# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.47039 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.144 0.234 0.022 0.002 0.576 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.012 2 V 0.181 0.120 0.009 0.001 0.665 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.017 3 V 0.491 0.037 0.012 0.004 0.327 0.007 0.006 0.006 0.003 0.010 0.097 4 Y 0.029 0.053 0.050 0.224 0.065 0.167 0.252 0.065 0.023 0.042 0.029 5 G 0.188 0.170 0.172 0.034 0.181 0.006 0.003 0.018 0.016 0.092 0.120 6 A 0.062 0.082 0.019 0.007 0.139 0.006 0.007 0.199 0.344 0.104 0.032 7 D 0.046 0.032 0.007 0.009 0.090 0.044 0.108 0.413 0.179 0.051 0.021 8 V 0.164 0.098 0.019 0.009 0.267 0.009 0.041 0.210 0.076 0.067 0.041 9 I 0.127 0.071 0.020 0.021 0.195 0.029 0.058 0.239 0.075 0.113 0.050 10 C 0.157 0.176 0.052 0.016 0.220 0.010 0.016 0.139 0.060 0.070 0.084 11 A 0.042 0.113 0.045 0.018 0.099 0.021 0.025 0.253 0.250 0.098 0.035 12 S 0.031 0.090 0.049 0.023 0.065 0.027 0.142 0.386 0.139 0.035 0.013 13 C 0.049 0.039 0.017 0.014 0.055 0.019 0.096 0.279 0.193 0.201 0.036 14 V 0.063 0.200 0.058 0.022 0.146 0.031 0.085 0.161 0.112 0.086 0.036 15 N 0.058 0.063 0.041 0.040 0.065 0.035 0.037 0.064 0.091 0.389 0.116 16 A 0.048 0.340 0.302 0.018 0.178 0.006 0.011 0.032 0.024 0.021 0.019 17 P 0.049 0.281 0.100 0.014 0.149 0.025 0.097 0.151 0.073 0.037 0.024 18 T 0.021 0.460 0.221 0.011 0.069 0.003 0.009 0.063 0.040 0.087 0.015 19 S 0.015 0.027 0.010 0.002 0.026 0.003 0.007 0.592 0.285 0.023 0.010 20 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.809 0.160 0.007 0.001 21 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.839 0.095 0.045 0.002 22 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.866 0.106 0.021 0.001 23 Y 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.845 0.124 0.016 0.001 24 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.931 0.051 0.001 0.001 25 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.881 0.088 0.023 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.783 0.197 0.017 0.001 27 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.961 0.031 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.904 0.068 0.011 0.001 30 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.778 0.179 0.024 0.001 31 K 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.007 0.046 0.489 0.311 0.129 0.004 32 R 0.019 0.072 0.029 0.004 0.060 0.007 0.123 0.498 0.102 0.077 0.010 33 K 0.053 0.104 0.058 0.017 0.128 0.037 0.209 0.169 0.092 0.095 0.038 34 Y 0.141 0.266 0.174 0.018 0.275 0.004 0.009 0.033 0.022 0.015 0.042 35 P 0.009 0.084 0.027 0.010 0.038 0.042 0.128 0.407 0.235 0.016 0.004 36 N 0.053 0.023 0.008 0.005 0.040 0.007 0.033 0.049 0.142 0.557 0.082 37 I 0.103 0.341 0.072 0.005 0.364 0.004 0.010 0.020 0.023 0.032 0.026 38 S 0.227 0.115 0.016 0.006 0.375 0.012 0.051 0.039 0.034 0.055 0.071 39 F 0.229 0.179 0.025 0.002 0.530 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.024 40 K 0.253 0.091 0.011 0.003 0.571 0.005 0.010 0.005 0.003 0.011 0.036 41 Y 0.432 0.056 0.006 0.001 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 42 T 0.199 0.065 0.010 0.032 0.549 0.046 0.043 0.006 0.003 0.010 0.035 43 Y 0.225 0.091 0.013 0.002 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 44 I 0.183 0.130 0.008 0.003 0.627 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.037 45 D 0.446 0.031 0.005 0.001 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.073 46 I 0.162 0.126 0.016 0.008 0.242 0.014 0.016 0.059 0.091 0.169 0.097 47 T 0.080 0.201 0.145 0.061 0.143 0.040 0.063 0.055 0.059 0.125 0.028 48 K 0.069 0.131 0.148 0.070 0.128 0.033 0.047 0.128 0.083 0.122 0.042 49 D 0.061 0.207 0.119 0.031 0.138 0.024 0.057 0.165 0.097 0.066 0.034 50 N 0.043 0.062 0.034 0.015 0.068 0.014 0.025 0.247 0.269 0.175 0.049 51 D 0.019 0.130 0.066 0.016 0.065 0.030 0.065 0.386 0.160 0.051 0.012 52 N 0.098 0.057 0.032 0.007 0.091 0.006 0.020 0.200 0.102 0.289 0.100 53 L 0.105 0.076 0.021 0.005 0.116 0.008 0.022 0.324 0.142 0.133 0.048 54 T 0.020 0.171 0.094 0.021 0.054 0.019 0.027 0.374 0.115 0.093 0.012 55 D 0.037 0.063 0.037 0.010 0.084 0.008 0.021 0.537 0.125 0.056 0.021 56 H 0.013 0.042 0.022 0.004 0.022 0.005 0.013 0.691 0.121 0.056 0.011 57 D 0.026 0.045 0.010 0.002 0.044 0.002 0.007 0.659 0.078 0.114 0.014 58 L 0.006 0.013 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.794 0.129 0.034 0.004 59 Q 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.923 0.049 0.005 0.001 60 F 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.932 0.040 0.015 0.001 61 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.885 0.097 0.008 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.903 0.076 0.003 0.001 63 R 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.032 0.784 0.112 0.057 0.001 64 I 0.012 0.022 0.012 0.004 0.015 0.006 0.034 0.691 0.130 0.066 0.008 65 E 0.013 0.040 0.018 0.013 0.015 0.015 0.053 0.471 0.246 0.101 0.015 66 Q 0.008 0.062 0.032 0.015 0.024 0.021 0.063 0.372 0.318 0.075 0.011 67 D 0.029 0.074 0.012 0.007 0.044 0.010 0.047 0.314 0.288 0.139 0.034 68 E 0.051 0.044 0.009 0.003 0.074 0.007 0.034 0.150 0.265 0.322 0.041 69 L 0.160 0.111 0.023 0.006 0.266 0.011 0.045 0.108 0.109 0.118 0.043 70 F 0.255 0.121 0.069 0.014 0.302 0.005 0.011 0.009 0.017 0.090 0.106 71 Y 0.062 0.310 0.284 0.060 0.177 0.019 0.027 0.026 0.009 0.010 0.016 72 P 0.192 0.206 0.041 0.004 0.501 0.003 0.008 0.009 0.004 0.004 0.027 73 L 0.301 0.065 0.008 0.001 0.577 0.005 0.008 0.005 0.004 0.003 0.023 74 I 0.174 0.121 0.007 0.001 0.665 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.018 75 T 0.426 0.072 0.015 0.002 0.401 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.061 76 M 0.041 0.040 0.039 0.267 0.035 0.299 0.078 0.063 0.031 0.082 0.026 77 N 0.005 0.104 0.145 0.480 0.023 0.086 0.069 0.054 0.016 0.012 0.005 78 D 0.011 0.018 0.028 0.065 0.013 0.022 0.010 0.092 0.139 0.548 0.053 79 E 0.018 0.447 0.169 0.008 0.192 0.006 0.016 0.083 0.040 0.018 0.004 80 Y 0.274 0.115 0.025 0.003 0.331 0.007 0.019 0.093 0.029 0.033 0.070 81 V 0.125 0.133 0.092 0.058 0.131 0.042 0.080 0.118 0.050 0.093 0.079 82 A 0.026 0.106 0.232 0.206 0.056 0.108 0.035 0.091 0.044 0.079 0.017 83 D 0.021 0.107 0.119 0.131 0.042 0.122 0.184 0.145 0.058 0.055 0.016 84 G 0.020 0.061 0.134 0.237 0.023 0.049 0.021 0.052 0.040 0.291 0.073 85 Y 0.105 0.222 0.077 0.029 0.227 0.021 0.041 0.122 0.058 0.062 0.036 86 I 0.132 0.197 0.039 0.004 0.262 0.010 0.012 0.149 0.085 0.052 0.058 87 Q 0.094 0.210 0.064 0.009 0.198 0.008 0.030 0.249 0.066 0.048 0.025 88 T 0.153 0.078 0.034 0.010 0.148 0.009 0.024 0.356 0.093 0.066 0.029 89 K 0.009 0.126 0.050 0.014 0.055 0.016 0.021 0.668 0.035 0.003 0.003 90 Q 0.067 0.059 0.011 0.001 0.093 0.001 0.008 0.715 0.020 0.008 0.017 91 I 0.018 0.006 0.002 0.002 0.013 0.004 0.006 0.855 0.070 0.020 0.005 92 T 0.008 0.012 0.002 0.002 0.017 0.002 0.005 0.871 0.073 0.007 0.002 93 R 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.010 0.945 0.023 0.001 0.001 94 F 0.005 0.005 0.002 0.002 0.007 0.003 0.027 0.914 0.022 0.012 0.002 95 I 0.015 0.020 0.007 0.005 0.018 0.010 0.020 0.801 0.067 0.030 0.008 96 D 0.021 0.040 0.011 0.005 0.029 0.006 0.012 0.727 0.104 0.034 0.011 97 Q 0.005 0.019 0.006 0.002 0.014 0.004 0.020 0.739 0.161 0.026 0.003 98 K 0.015 0.035 0.017 0.005 0.029 0.009 0.065 0.660 0.109 0.047 0.008 99 L 0.044 0.027 0.009 0.006 0.041 0.009 0.043 0.562 0.128 0.102 0.028 100 V 0.039 0.102 0.032 0.018 0.079 0.029 0.059 0.430 0.121 0.067 0.023 101 N 0.055 0.114 0.065 0.024 0.099 0.020 0.037 0.285 0.122 0.139 0.039 102 E 0.053 0.145 0.076 0.015 0.120 0.021 0.061 0.298 0.118 0.070 0.022