# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.47039 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.150 0.164 0.200 0.183 0.127 0.027 2 V 0.100 0.135 0.165 0.208 0.195 0.152 0.045 3 V 0.086 0.090 0.114 0.173 0.215 0.235 0.086 4 Y 0.095 0.092 0.097 0.155 0.210 0.231 0.119 5 G 0.110 0.138 0.152 0.157 0.155 0.174 0.113 6 A 0.076 0.065 0.084 0.174 0.269 0.238 0.094 7 D 0.176 0.250 0.234 0.168 0.095 0.052 0.026 8 V 0.121 0.171 0.169 0.181 0.160 0.133 0.063 9 I 0.052 0.057 0.093 0.161 0.238 0.281 0.118 10 C 0.067 0.086 0.120 0.164 0.180 0.225 0.159 11 A 0.089 0.080 0.092 0.135 0.157 0.233 0.215 12 S 0.104 0.114 0.096 0.126 0.143 0.231 0.186 13 C 0.135 0.106 0.103 0.148 0.171 0.194 0.143 14 V 0.166 0.130 0.118 0.142 0.152 0.173 0.120 15 N 0.244 0.223 0.181 0.163 0.105 0.063 0.021 16 A 0.227 0.182 0.160 0.163 0.145 0.097 0.026 17 P 0.310 0.194 0.158 0.145 0.111 0.063 0.019 18 T 0.343 0.277 0.179 0.114 0.052 0.028 0.007 19 S 0.482 0.194 0.118 0.112 0.065 0.024 0.004 20 K 0.650 0.231 0.078 0.029 0.010 0.002 0.001 21 D 0.608 0.247 0.094 0.038 0.010 0.003 0.001 22 I 0.397 0.190 0.166 0.138 0.080 0.027 0.003 23 Y 0.265 0.199 0.217 0.168 0.107 0.039 0.004 24 D 0.427 0.251 0.156 0.104 0.045 0.015 0.002 25 W 0.211 0.156 0.191 0.190 0.169 0.075 0.008 26 L 0.158 0.076 0.062 0.141 0.252 0.268 0.043 27 Q 0.102 0.261 0.329 0.220 0.065 0.020 0.003 28 P 0.233 0.137 0.178 0.226 0.162 0.059 0.005 29 L 0.349 0.137 0.105 0.106 0.135 0.136 0.030 30 L 0.174 0.083 0.075 0.147 0.192 0.283 0.047 31 K 0.115 0.237 0.294 0.246 0.088 0.016 0.003 32 R 0.124 0.140 0.122 0.224 0.244 0.135 0.011 33 K 0.097 0.270 0.246 0.235 0.119 0.031 0.002 34 Y 0.215 0.240 0.235 0.184 0.104 0.021 0.001 35 P 0.680 0.240 0.065 0.013 0.002 0.001 0.001 36 N 0.844 0.129 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 37 I 0.477 0.280 0.160 0.068 0.014 0.002 0.001 38 S 0.365 0.350 0.181 0.084 0.018 0.002 0.001 39 F 0.092 0.115 0.214 0.321 0.218 0.038 0.001 40 K 0.181 0.423 0.285 0.090 0.019 0.003 0.001 41 Y 0.022 0.034 0.091 0.263 0.394 0.187 0.009 42 T 0.058 0.212 0.318 0.262 0.118 0.030 0.002 43 Y 0.026 0.081 0.137 0.245 0.306 0.188 0.016 44 I 0.010 0.033 0.079 0.223 0.350 0.272 0.033 45 D 0.015 0.105 0.199 0.284 0.243 0.137 0.017 46 I 0.014 0.045 0.115 0.286 0.362 0.165 0.012 47 T 0.117 0.317 0.316 0.177 0.061 0.011 0.001 48 K 0.386 0.376 0.162 0.060 0.014 0.002 0.001 49 D 0.473 0.283 0.151 0.072 0.018 0.003 0.001 50 N 0.357 0.284 0.215 0.112 0.029 0.003 0.001 51 D 0.733 0.202 0.050 0.013 0.002 0.001 0.001 52 N 0.685 0.224 0.066 0.021 0.004 0.001 0.001 53 L 0.205 0.240 0.273 0.211 0.065 0.007 0.001 54 T 0.509 0.357 0.104 0.025 0.004 0.001 0.001 55 D 0.736 0.182 0.055 0.021 0.005 0.001 0.001 56 H 0.482 0.277 0.147 0.072 0.019 0.002 0.001 57 D 0.407 0.261 0.164 0.118 0.042 0.008 0.001 58 L 0.231 0.301 0.286 0.142 0.036 0.004 0.001 59 Q 0.400 0.409 0.143 0.039 0.008 0.001 0.001 60 F 0.031 0.051 0.124 0.327 0.354 0.110 0.003 61 I 0.031 0.056 0.122 0.277 0.338 0.171 0.005 62 E 0.238 0.438 0.229 0.080 0.014 0.002 0.001 63 R 0.104 0.250 0.331 0.236 0.067 0.012 0.001 64 I 0.006 0.018 0.053 0.169 0.411 0.331 0.012 65 E 0.180 0.241 0.247 0.189 0.104 0.036 0.003 66 Q 0.351 0.397 0.183 0.057 0.011 0.001 0.001 67 D 0.163 0.244 0.289 0.211 0.078 0.015 0.001 68 E 0.127 0.347 0.245 0.167 0.080 0.032 0.002 69 L 0.015 0.033 0.091 0.241 0.389 0.213 0.017 70 F 0.027 0.057 0.095 0.187 0.282 0.295 0.057 71 Y 0.020 0.050 0.094 0.192 0.254 0.288 0.102 72 P 0.017 0.029 0.058 0.127 0.208 0.378 0.182 73 L 0.013 0.020 0.030 0.059 0.156 0.408 0.314 74 I 0.015 0.022 0.028 0.070 0.159 0.420 0.285 75 T 0.024 0.067 0.130 0.242 0.261 0.210 0.066 76 M 0.029 0.035 0.062 0.169 0.323 0.323 0.058 77 N 0.177 0.273 0.250 0.191 0.082 0.024 0.003 78 D 0.385 0.356 0.162 0.072 0.020 0.004 0.001 79 E 0.375 0.309 0.184 0.094 0.030 0.007 0.001 80 Y 0.191 0.218 0.213 0.202 0.129 0.044 0.002 81 V 0.191 0.166 0.193 0.229 0.157 0.059 0.005 82 A 0.342 0.269 0.176 0.121 0.061 0.026 0.005 83 D 0.382 0.270 0.163 0.100 0.050 0.028 0.008 84 G 0.364 0.244 0.162 0.126 0.070 0.030 0.005 85 Y 0.296 0.244 0.198 0.149 0.080 0.027 0.004 86 I 0.264 0.188 0.186 0.170 0.126 0.056 0.009 87 Q 0.286 0.317 0.223 0.112 0.044 0.015 0.002 88 T 0.147 0.164 0.167 0.231 0.195 0.086 0.010 89 K 0.236 0.256 0.220 0.167 0.085 0.032 0.004 90 Q 0.210 0.349 0.250 0.134 0.043 0.012 0.001 91 I 0.048 0.041 0.075 0.236 0.350 0.230 0.021 92 T 0.082 0.159 0.220 0.270 0.187 0.074 0.006 93 R 0.264 0.380 0.206 0.102 0.036 0.011 0.001 94 F 0.148 0.206 0.287 0.243 0.095 0.020 0.001 95 I 0.098 0.063 0.103 0.221 0.330 0.173 0.012 96 D 0.369 0.300 0.190 0.100 0.033 0.007 0.001 97 Q 0.625 0.276 0.074 0.020 0.004 0.001 0.001 98 K 0.446 0.265 0.164 0.094 0.027 0.004 0.001 99 L 0.266 0.218 0.196 0.196 0.099 0.024 0.001 100 V 0.485 0.248 0.150 0.081 0.030 0.006 0.001 101 N 0.773 0.162 0.044 0.016 0.004 0.001 0.001 102 E 0.755 0.161 0.055 0.022 0.006 0.001 0.001