# TARGET T0250 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0250.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.004 0.005 0.032 0.149 0.791 2 T 0.062 0.016 0.008 0.064 0.193 0.657 3 N 0.111 0.009 0.012 0.124 0.200 0.544 4 V 0.162 0.010 0.019 0.602 0.080 0.127 5 L 0.259 0.005 0.019 0.565 0.068 0.084 6 Y 0.317 0.015 0.021 0.478 0.067 0.102 7 Q 0.237 0.008 0.021 0.621 0.035 0.077 8 H 0.105 0.003 0.010 0.813 0.020 0.048 9 G 0.008 0.001 0.009 0.948 0.008 0.026 10 T 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.004 11 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 G 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 13 T 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.002 0.968 0.020 0.010 17 G 0.003 0.001 0.009 0.828 0.073 0.087 18 L 0.022 0.030 0.013 0.684 0.135 0.115 19 L 0.072 0.068 0.044 0.377 0.259 0.179 20 E 0.058 0.009 0.066 0.185 0.393 0.289 21 G 0.113 0.004 0.082 0.080 0.378 0.344 22 T 0.349 0.011 0.014 0.020 0.189 0.417 23 A 0.479 0.157 0.003 0.008 0.055 0.298 24 T 0.320 0.042 0.003 0.050 0.075 0.509 25 I 0.002 0.001 0.048 0.926 0.019 0.005 26 N 0.001 0.001 0.052 0.925 0.021 0.001 27 E 0.001 0.001 0.055 0.907 0.036 0.002 28 L 0.005 0.001 0.021 0.915 0.039 0.020 29 L 0.011 0.003 0.015 0.924 0.030 0.017 30 E 0.017 0.003 0.027 0.835 0.081 0.036 31 H 0.015 0.002 0.045 0.477 0.351 0.111 32 G 0.008 0.005 0.031 0.046 0.565 0.344 33 N 0.020 0.005 0.034 0.021 0.638 0.282 34 L 0.147 0.043 0.025 0.015 0.566 0.204 35 G 0.258 0.024 0.013 0.010 0.343 0.352 36 I 0.598 0.008 0.011 0.009 0.152 0.223 37 A 0.672 0.019 0.017 0.012 0.127 0.153 38 T 0.613 0.042 0.027 0.020 0.143 0.156 39 L 0.420 0.010 0.114 0.027 0.276 0.152 40 T 0.251 0.014 0.094 0.019 0.351 0.271 41 G 0.159 0.026 0.036 0.011 0.594 0.174 42 S 0.080 0.024 0.029 0.007 0.648 0.211 43 D 0.099 0.004 0.011 0.002 0.513 0.372 44 G 0.487 0.008 0.012 0.003 0.315 0.176 45 E 0.860 0.006 0.002 0.002 0.038 0.093 46 V 0.972 0.004 0.001 0.002 0.006 0.015 47 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 48 F 0.963 0.003 0.001 0.001 0.015 0.018 49 L 0.736 0.005 0.003 0.003 0.146 0.106 50 D 0.256 0.003 0.006 0.003 0.514 0.217 51 G 0.190 0.007 0.022 0.005 0.604 0.173 52 K 0.622 0.008 0.017 0.003 0.234 0.116 53 A 0.897 0.007 0.006 0.002 0.039 0.048 54 Y 0.941 0.003 0.002 0.001 0.017 0.035 55 H 0.949 0.003 0.002 0.001 0.018 0.028 56 A 0.917 0.014 0.001 0.001 0.024 0.044 57 N 0.548 0.019 0.002 0.001 0.406 0.025 58 E 0.085 0.003 0.006 0.002 0.873 0.031 59 H 0.065 0.002 0.002 0.001 0.893 0.036 60 K 0.293 0.014 0.002 0.001 0.638 0.052 61 E 0.772 0.004 0.001 0.001 0.030 0.193 62 F 0.957 0.016 0.001 0.001 0.004 0.023 63 I 0.951 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 64 E 0.941 0.006 0.001 0.001 0.012 0.040 65 L 0.604 0.014 0.001 0.001 0.078 0.302 66 K 0.222 0.015 0.004 0.001 0.643 0.115 67 G 0.022 0.003 0.021 0.004 0.892 0.058 68 D 0.035 0.007 0.033 0.004 0.859 0.061 69 E 0.251 0.039 0.022 0.007 0.576 0.105 70 K 0.469 0.025 0.005 0.005 0.110 0.385 71 V 0.684 0.055 0.006 0.005 0.079 0.171 72 P 0.593 0.008 0.016 0.008 0.122 0.254 73 Y 0.802 0.007 0.019 0.008 0.060 0.104 74 A 0.903 0.004 0.006 0.005 0.032 0.051 75 S 0.960 0.001 0.002 0.003 0.014 0.020 76 I 0.927 0.004 0.001 0.002 0.023 0.042 77 T 0.818 0.008 0.002 0.004 0.064 0.104 78 N 0.653 0.008 0.005 0.006 0.129 0.199 79 F 0.359 0.023 0.005 0.008 0.219 0.386 80 K 0.209 0.013 0.009 0.005 0.317 0.446 81 A 0.153 0.010 0.038 0.012 0.383 0.404 82 S 0.288 0.013 0.064 0.019 0.308 0.307 83 K 0.551 0.014 0.046 0.019 0.177 0.193 84 T 0.578 0.010 0.024 0.020 0.142 0.226 85 F 0.680 0.020 0.010 0.014 0.092 0.185 86 P 0.576 0.022 0.008 0.014 0.121 0.258 87 L 0.354 0.013 0.031 0.014 0.222 0.366 88 Q 0.177 0.007 0.027 0.011 0.295 0.484 89 Q 0.117 0.011 0.051 0.016 0.328 0.478 90 L 0.079 0.033 0.015 0.016 0.290 0.568 91 S 0.025 0.012 0.005 0.016 0.139 0.803 92 Q 0.002 0.001 0.032 0.897 0.044 0.024 93 D 0.001 0.001 0.014 0.955 0.023 0.007 94 D 0.001 0.001 0.012 0.973 0.011 0.003 95 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 96 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 98 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 99 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 100 K 0.001 0.001 0.014 0.972 0.011 0.002 101 N 0.001 0.001 0.017 0.934 0.033 0.016 102 E 0.001 0.001 0.015 0.840 0.068 0.076 103 M 0.005 0.016 0.016 0.270 0.337 0.355 104 L 0.011 0.005 0.014 0.036 0.464 0.469 105 S 0.060 0.007 0.027 0.018 0.590 0.298 106 E 0.218 0.020 0.018 0.006 0.488 0.250 107 N 0.470 0.012 0.007 0.004 0.168 0.340 108 L 0.795 0.007 0.004 0.004 0.055 0.135 109 F 0.875 0.005 0.002 0.005 0.028 0.084 110 S 0.898 0.002 0.002 0.005 0.027 0.066 111 A 0.969 0.001 0.001 0.002 0.010 0.018 112 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 113 K 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 114 I 0.966 0.002 0.001 0.001 0.006 0.024 115 Y 0.936 0.003 0.001 0.002 0.018 0.039 116 G 0.788 0.003 0.012 0.003 0.101 0.093 117 T 0.715 0.012 0.012 0.003 0.145 0.113 118 F 0.581 0.006 0.052 0.009 0.261 0.091 119 K 0.439 0.004 0.080 0.025 0.327 0.125 120 H 0.739 0.008 0.024 0.008 0.160 0.062 121 M 0.823 0.004 0.006 0.005 0.099 0.063 122 H 0.861 0.002 0.002 0.004 0.042 0.089 123 V 0.943 0.004 0.001 0.002 0.019 0.030 124 R 0.914 0.003 0.002 0.004 0.030 0.048 125 M 0.811 0.008 0.002 0.004 0.050 0.124 126 M 0.541 0.016 0.006 0.006 0.128 0.303 127 P 0.289 0.018 0.033 0.012 0.256 0.392 128 A 0.102 0.024 0.135 0.027 0.469 0.244 129 Q 0.102 0.039 0.084 0.024 0.570 0.181 130 Q 0.056 0.025 0.036 0.028 0.561 0.295 131 P 0.022 0.011 0.012 0.024 0.599 0.331 132 P 0.022 0.025 0.020 0.064 0.493 0.376 133 Y 0.014 0.018 0.025 0.169 0.332 0.442 134 T 0.013 0.006 0.061 0.323 0.304 0.294 135 R 0.010 0.008 0.063 0.442 0.169 0.307 136 L 0.004 0.002 0.050 0.854 0.048 0.041 137 I 0.004 0.002 0.030 0.929 0.024 0.010 138 D 0.006 0.002 0.041 0.910 0.034 0.008 139 S 0.006 0.001 0.046 0.884 0.046 0.017 140 A 0.007 0.001 0.054 0.863 0.057 0.018 141 R 0.009 0.001 0.047 0.822 0.091 0.030 142 R 0.033 0.003 0.021 0.335 0.298 0.311 143 Q 0.072 0.007 0.014 0.037 0.380 0.490 144 P 0.147 0.016 0.014 0.022 0.295 0.507 145 E 0.329 0.020 0.019 0.026 0.276 0.330 146 E 0.345 0.013 0.030 0.034 0.271 0.307 147 K 0.433 0.025 0.027 0.025 0.203 0.287 148 R 0.426 0.019 0.048 0.029 0.299 0.179 149 Q 0.293 0.017 0.052 0.023 0.359 0.257 150 D 0.208 0.008 0.007 0.003 0.336 0.438 151 I 0.284 0.044 0.002 0.001 0.194 0.475 152 R 0.290 0.008 0.001 0.001 0.074 0.627 153 G 0.742 0.005 0.002 0.002 0.041 0.209 154 A 0.898 0.004 0.001 0.002 0.021 0.074 155 I 0.937 0.004 0.001 0.003 0.014 0.041 156 V 0.932 0.002 0.001 0.003 0.018 0.044 157 G 0.880 0.003 0.002 0.002 0.028 0.086 158 F 0.839 0.012 0.003 0.005 0.051 0.090 159 F 0.595 0.021 0.006 0.009 0.139 0.230 160 T 0.231 0.009 0.013 0.020 0.313 0.414 161 P 0.109 0.012 0.210 0.093 0.428 0.148 162 E 0.075 0.006 0.377 0.173 0.314 0.054 163 L 0.062 0.009 0.445 0.211 0.241 0.032 164 F 0.078 0.013 0.216 0.342 0.273 0.078 165 H 0.063 0.011 0.103 0.348 0.310 0.165 166 G 0.048 0.007 0.020 0.068 0.401 0.456 167 V 0.125 0.033 0.018 0.036 0.295 0.493 168 G 0.145 0.052 0.018 0.035 0.341 0.410 169 S 0.088 0.024 0.048 0.125 0.416 0.300 170 A 0.095 0.009 0.043 0.061 0.487 0.305 171 G 0.211 0.031 0.039 0.025 0.444 0.248 172 F 0.411 0.034 0.057 0.023 0.262 0.213 173 H 0.517 0.010 0.043 0.017 0.189 0.223 174 I 0.580 0.010 0.067 0.032 0.153 0.158 175 H 0.645 0.020 0.028 0.025 0.129 0.153 176 F 0.631 0.036 0.019 0.029 0.123 0.162 177 A 0.484 0.053 0.010 0.021 0.163 0.270 178 D 0.171 0.037 0.009 0.027 0.594 0.162 179 D 0.031 0.012 0.042 0.060 0.784 0.072 180 E 0.016 0.008 0.052 0.038 0.844 0.043 181 R 0.027 0.028 0.089 0.025 0.794 0.038 182 A 0.080 0.058 0.037 0.032 0.631 0.162 183 Y 0.103 0.076 0.031 0.028 0.558 0.204 184 G 0.068 0.014 0.008 0.007 0.566 0.336 185 G 0.102 0.018 0.026 0.004 0.518 0.332 186 H 0.323 0.019 0.015 0.003 0.316 0.324 187 V 0.645 0.017 0.033 0.005 0.184 0.116 188 L 0.719 0.009 0.009 0.001 0.142 0.120 189 D 0.850 0.002 0.003 0.001 0.074 0.071 190 F 0.893 0.006 0.001 0.001 0.039 0.061 191 E 0.849 0.011 0.001 0.001 0.053 0.085 192 V 0.786 0.007 0.006 0.001 0.120 0.080 193 D 0.687 0.004 0.006 0.001 0.177 0.126 194 D 0.782 0.011 0.004 0.001 0.121 0.082 195 V 0.915 0.002 0.001 0.001 0.030 0.052 196 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 197 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 198 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 199 I 0.951 0.002 0.001 0.001 0.010 0.036 200 Q 0.815 0.003 0.001 0.001 0.058 0.122 201 N 0.546 0.005 0.003 0.002 0.169 0.274 202 F 0.378 0.010 0.033 0.007 0.374 0.199 203 E 0.265 0.009 0.069 0.011 0.483 0.162 204 T 0.374 0.006 0.081 0.018 0.344 0.178 205 F 0.786 0.009 0.011 0.008 0.089 0.097 206 Q 0.861 0.006 0.005 0.006 0.045 0.078 207 Q 0.895 0.009 0.002 0.005 0.028 0.063 208 H 0.833 0.007 0.003 0.003 0.046 0.108 209 F 0.562 0.009 0.007 0.005 0.133 0.284 210 P 0.316 0.009 0.010 0.004 0.287 0.373 211 V 0.148 0.022 0.016 0.005 0.309 0.500 212 N 0.069 0.030 0.007 0.007 0.266 0.621 213 N 0.019 0.009 0.007 0.015 0.276 0.675 214 E 0.004 0.001 0.235 0.526 0.184 0.050 215 T 0.003 0.001 0.279 0.531 0.166 0.019 216 F 0.004 0.002 0.290 0.580 0.115 0.009 217 V 0.013 0.004 0.141 0.646 0.136 0.060 218 K 0.029 0.010 0.123 0.512 0.227 0.099 219 A 0.027 0.005 0.093 0.451 0.262 0.162 220 K 0.038 0.012 0.037 0.105 0.312 0.496 221 I 0.030 0.050 0.013 0.067 0.275 0.564 222 D 0.016 0.009 0.005 0.040 0.213 0.718 223 Y 0.004 0.002 0.124 0.538 0.246 0.086 224 K 0.004 0.001 0.181 0.618 0.165 0.032 225 D 0.005 0.002 0.161 0.671 0.131 0.032 226 V 0.006 0.002 0.035 0.863 0.047 0.047 227 A 0.006 0.001 0.016 0.920 0.032 0.024 228 E 0.005 0.001 0.014 0.929 0.028 0.023 229 E 0.006 0.001 0.017 0.917 0.028 0.030 230 I 0.010 0.002 0.023 0.885 0.038 0.042 231 R 0.016 0.003 0.042 0.822 0.055 0.063 232 E 0.019 0.004 0.041 0.690 0.069 0.177 233 A 0.017 0.008 0.018 0.324 0.058 0.575 234 E 0.003 0.003 0.015 0.257 0.069 0.653