# TARGET T0250 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0250.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 2 T 0.074 0.016 0.004 0.049 0.012 0.038 0.807 3 N 0.107 0.011 0.021 0.233 0.191 0.089 0.348 4 V 0.210 0.012 0.017 0.492 0.082 0.041 0.146 5 L 0.296 0.008 0.011 0.540 0.023 0.019 0.103 6 Y 0.246 0.006 0.018 0.594 0.022 0.024 0.091 7 Q 0.227 0.004 0.016 0.647 0.020 0.033 0.054 8 H 0.122 0.003 0.016 0.728 0.023 0.049 0.058 9 G 0.055 0.008 0.014 0.757 0.048 0.047 0.071 10 T 0.029 0.005 0.009 0.841 0.033 0.027 0.056 11 L 0.008 0.001 0.008 0.955 0.009 0.009 0.009 12 G 0.009 0.001 0.009 0.960 0.006 0.010 0.006 13 T 0.003 0.001 0.017 0.951 0.004 0.019 0.005 14 L 0.005 0.001 0.022 0.929 0.007 0.028 0.008 15 M 0.006 0.002 0.038 0.860 0.008 0.075 0.012 16 A 0.006 0.001 0.039 0.636 0.016 0.290 0.013 17 G 0.015 0.004 0.057 0.438 0.049 0.338 0.099 18 L 0.061 0.043 0.061 0.379 0.095 0.144 0.216 19 L 0.109 0.027 0.059 0.314 0.107 0.158 0.226 20 E 0.078 0.007 0.039 0.107 0.218 0.400 0.151 21 G 0.120 0.004 0.024 0.063 0.254 0.381 0.154 22 T 0.375 0.018 0.018 0.069 0.122 0.120 0.279 23 A 0.595 0.087 0.005 0.030 0.060 0.016 0.208 24 T 0.497 0.044 0.002 0.035 0.053 0.006 0.364 25 I 0.004 0.001 0.042 0.940 0.003 0.007 0.003 26 N 0.002 0.001 0.057 0.927 0.002 0.010 0.002 27 E 0.001 0.001 0.083 0.898 0.001 0.014 0.002 28 L 0.004 0.001 0.041 0.936 0.004 0.010 0.004 29 L 0.008 0.001 0.062 0.859 0.008 0.054 0.008 30 E 0.008 0.001 0.047 0.687 0.014 0.234 0.008 31 H 0.015 0.003 0.025 0.467 0.097 0.311 0.083 32 G 0.031 0.009 0.004 0.023 0.351 0.128 0.454 33 N 0.048 0.004 0.006 0.004 0.482 0.087 0.369 34 L 0.334 0.028 0.021 0.010 0.133 0.078 0.395 35 G 0.679 0.012 0.025 0.008 0.056 0.045 0.176 36 I 0.815 0.007 0.013 0.004 0.033 0.021 0.107 37 A 0.741 0.009 0.012 0.004 0.054 0.020 0.160 38 T 0.596 0.023 0.007 0.004 0.060 0.009 0.300 39 L 0.315 0.027 0.069 0.017 0.089 0.059 0.425 40 T 0.160 0.025 0.103 0.012 0.254 0.214 0.231 41 G 0.144 0.019 0.131 0.015 0.167 0.283 0.241 42 S 0.093 0.037 0.054 0.018 0.228 0.245 0.324 43 D 0.125 0.012 0.025 0.024 0.189 0.278 0.346 44 G 0.229 0.014 0.044 0.067 0.304 0.118 0.225 45 E 0.484 0.028 0.025 0.111 0.070 0.022 0.260 46 V 0.651 0.009 0.023 0.131 0.029 0.022 0.134 47 I 0.770 0.021 0.011 0.110 0.017 0.015 0.056 48 F 0.704 0.013 0.013 0.115 0.014 0.047 0.094 49 L 0.574 0.010 0.011 0.052 0.090 0.110 0.153 50 D 0.178 0.006 0.008 0.012 0.398 0.284 0.113 51 G 0.170 0.004 0.010 0.003 0.364 0.243 0.206 52 K 0.556 0.012 0.030 0.008 0.140 0.048 0.207 53 A 0.786 0.013 0.025 0.006 0.030 0.023 0.118 54 Y 0.891 0.004 0.014 0.005 0.021 0.010 0.055 55 H 0.914 0.006 0.007 0.002 0.020 0.005 0.046 56 A 0.859 0.027 0.004 0.002 0.014 0.005 0.089 57 N 0.585 0.012 0.013 0.002 0.030 0.056 0.303 58 E 0.162 0.005 0.020 0.001 0.087 0.647 0.077 59 H 0.013 0.001 0.008 0.001 0.101 0.864 0.013 60 K 0.094 0.003 0.004 0.001 0.545 0.232 0.121 61 E 0.567 0.020 0.001 0.001 0.027 0.005 0.381 62 F 0.934 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 63 I 0.956 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 64 E 0.921 0.009 0.001 0.001 0.007 0.002 0.061 65 L 0.522 0.021 0.001 0.001 0.018 0.005 0.432 66 K 0.185 0.007 0.004 0.001 0.092 0.059 0.651 67 G 0.008 0.002 0.037 0.005 0.170 0.760 0.018 68 D 0.016 0.002 0.046 0.003 0.269 0.591 0.072 69 E 0.178 0.021 0.039 0.008 0.273 0.086 0.395 70 K 0.433 0.188 0.010 0.005 0.066 0.025 0.273 71 V 0.467 0.011 0.005 0.002 0.111 0.017 0.387 72 P 0.505 0.007 0.010 0.002 0.171 0.055 0.249 73 Y 0.740 0.014 0.010 0.002 0.049 0.046 0.139 74 A 0.883 0.005 0.004 0.001 0.023 0.010 0.073 75 S 0.927 0.003 0.002 0.001 0.012 0.003 0.053 76 I 0.928 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.058 77 T 0.912 0.004 0.001 0.001 0.009 0.004 0.068 78 N 0.850 0.007 0.003 0.002 0.025 0.011 0.102 79 F 0.558 0.017 0.005 0.004 0.076 0.017 0.324 80 K 0.330 0.014 0.010 0.004 0.104 0.026 0.511 81 A 0.156 0.012 0.086 0.019 0.156 0.327 0.243 82 S 0.200 0.012 0.099 0.018 0.194 0.266 0.211 83 K 0.464 0.014 0.064 0.017 0.135 0.060 0.245 84 T 0.644 0.019 0.017 0.013 0.050 0.037 0.221 85 F 0.698 0.023 0.008 0.009 0.051 0.018 0.194 86 P 0.602 0.021 0.007 0.006 0.041 0.016 0.308 87 L 0.322 0.032 0.007 0.005 0.065 0.013 0.556 88 Q 0.191 0.010 0.015 0.008 0.091 0.045 0.639 89 Q 0.123 0.030 0.028 0.015 0.126 0.179 0.500 90 L 0.065 0.044 0.012 0.009 0.271 0.082 0.516 91 S 0.028 0.018 0.002 0.011 0.288 0.015 0.637 92 Q 0.001 0.001 0.034 0.892 0.028 0.023 0.021 93 D 0.001 0.001 0.028 0.920 0.013 0.027 0.011 94 D 0.001 0.001 0.020 0.952 0.004 0.017 0.006 95 V 0.001 0.001 0.005 0.977 0.003 0.010 0.004 96 F 0.001 0.001 0.003 0.980 0.003 0.011 0.003 97 A 0.001 0.001 0.005 0.972 0.003 0.015 0.004 98 Q 0.001 0.001 0.007 0.964 0.003 0.020 0.006 99 I 0.001 0.002 0.015 0.941 0.004 0.028 0.008 100 K 0.002 0.001 0.058 0.831 0.007 0.093 0.008 101 N 0.001 0.001 0.046 0.666 0.018 0.256 0.012 102 E 0.002 0.003 0.055 0.572 0.057 0.263 0.047 103 M 0.014 0.021 0.021 0.117 0.335 0.138 0.355 104 L 0.015 0.010 0.015 0.022 0.285 0.256 0.397 105 S 0.039 0.014 0.018 0.017 0.397 0.116 0.400 106 E 0.059 0.006 0.041 0.027 0.420 0.161 0.286 107 N 0.230 0.015 0.044 0.024 0.226 0.124 0.336 108 L 0.626 0.025 0.028 0.022 0.057 0.026 0.217 109 F 0.685 0.025 0.042 0.020 0.045 0.020 0.163 110 S 0.753 0.010 0.063 0.016 0.034 0.018 0.107 111 A 0.855 0.005 0.036 0.005 0.023 0.019 0.057 112 V 0.932 0.005 0.005 0.003 0.012 0.008 0.036 113 K 0.954 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.029 114 I 0.930 0.008 0.001 0.001 0.007 0.004 0.050 115 Y 0.812 0.005 0.004 0.001 0.059 0.022 0.098 116 G 0.699 0.011 0.005 0.002 0.133 0.034 0.116 117 T 0.774 0.020 0.003 0.001 0.037 0.015 0.150 118 F 0.737 0.009 0.008 0.002 0.039 0.025 0.180 119 K 0.417 0.012 0.045 0.006 0.143 0.276 0.102 120 H 0.350 0.009 0.048 0.004 0.108 0.296 0.186 121 M 0.734 0.007 0.007 0.002 0.033 0.017 0.201 122 H 0.912 0.011 0.001 0.001 0.010 0.003 0.062 123 V 0.914 0.006 0.002 0.001 0.011 0.005 0.061 124 R 0.895 0.004 0.003 0.002 0.018 0.011 0.067 125 M 0.732 0.017 0.006 0.007 0.056 0.017 0.166 126 M 0.377 0.015 0.009 0.009 0.109 0.022 0.460 127 P 0.145 0.013 0.037 0.017 0.243 0.178 0.368 128 A 0.081 0.022 0.057 0.019 0.227 0.241 0.353 129 Q 0.055 0.052 0.027 0.016 0.265 0.088 0.497 130 Q 0.026 0.034 0.011 0.010 0.352 0.040 0.527 131 P 0.014 0.012 0.013 0.012 0.165 0.061 0.723 132 P 0.008 0.016 0.028 0.024 0.152 0.123 0.648 133 Y 0.009 0.020 0.028 0.074 0.229 0.080 0.560 134 T 0.003 0.010 0.078 0.413 0.113 0.155 0.228 135 R 0.004 0.012 0.039 0.495 0.105 0.142 0.203 136 L 0.002 0.004 0.030 0.856 0.027 0.029 0.052 137 I 0.003 0.003 0.013 0.932 0.011 0.011 0.027 138 D 0.004 0.001 0.018 0.930 0.009 0.022 0.016 139 S 0.004 0.001 0.020 0.913 0.012 0.037 0.013 140 A 0.004 0.004 0.026 0.873 0.011 0.061 0.021 141 R 0.006 0.001 0.020 0.518 0.021 0.417 0.018 142 R 0.006 0.002 0.014 0.256 0.046 0.628 0.047 143 Q 0.019 0.008 0.004 0.029 0.318 0.025 0.597 144 P 0.077 0.009 0.008 0.013 0.173 0.026 0.693 145 E 0.546 0.023 0.023 0.024 0.073 0.044 0.266 146 E 0.708 0.015 0.018 0.021 0.033 0.025 0.180 147 K 0.819 0.007 0.009 0.013 0.017 0.009 0.125 148 R 0.640 0.007 0.064 0.027 0.048 0.060 0.154 149 Q 0.285 0.019 0.122 0.031 0.198 0.210 0.134 150 D 0.228 0.010 0.090 0.025 0.175 0.220 0.253 151 I 0.501 0.011 0.009 0.012 0.107 0.059 0.301 152 R 0.692 0.008 0.003 0.007 0.104 0.041 0.145 153 G 0.908 0.008 0.002 0.004 0.019 0.006 0.053 154 A 0.947 0.003 0.002 0.005 0.006 0.005 0.033 155 I 0.944 0.005 0.003 0.006 0.007 0.005 0.029 156 V 0.860 0.003 0.008 0.011 0.024 0.013 0.080 157 G 0.728 0.006 0.016 0.014 0.070 0.034 0.131 158 F 0.695 0.011 0.016 0.018 0.067 0.032 0.161 159 F 0.447 0.067 0.015 0.023 0.119 0.039 0.289 160 T 0.194 0.021 0.017 0.034 0.137 0.033 0.564 161 P 0.012 0.003 0.385 0.232 0.048 0.243 0.078 162 E 0.008 0.003 0.430 0.171 0.050 0.308 0.029 163 L 0.013 0.008 0.524 0.175 0.031 0.202 0.047 164 F 0.049 0.033 0.205 0.190 0.122 0.172 0.229 165 H 0.070 0.008 0.128 0.111 0.122 0.435 0.126 166 G 0.098 0.015 0.095 0.072 0.142 0.413 0.163 167 V 0.157 0.027 0.042 0.051 0.193 0.114 0.415 168 G 0.195 0.050 0.024 0.027 0.251 0.124 0.330 169 S 0.180 0.030 0.025 0.026 0.200 0.082 0.458 170 A 0.127 0.014 0.041 0.022 0.213 0.279 0.304 171 G 0.271 0.014 0.049 0.024 0.191 0.301 0.151 172 F 0.628 0.019 0.030 0.016 0.066 0.046 0.195 173 H 0.831 0.010 0.011 0.006 0.027 0.017 0.098 174 I 0.904 0.003 0.006 0.003 0.016 0.009 0.059 175 H 0.922 0.007 0.004 0.002 0.013 0.005 0.047 176 F 0.851 0.010 0.003 0.002 0.024 0.005 0.104 177 A 0.733 0.040 0.003 0.003 0.044 0.011 0.165 178 D 0.279 0.014 0.013 0.008 0.073 0.043 0.571 179 D 0.036 0.004 0.025 0.007 0.133 0.735 0.060 180 E 0.031 0.006 0.033 0.010 0.134 0.715 0.072 181 R 0.108 0.015 0.032 0.010 0.346 0.253 0.236 182 A 0.170 0.039 0.020 0.013 0.205 0.205 0.349 183 Y 0.296 0.044 0.017 0.009 0.277 0.113 0.245 184 G 0.382 0.014 0.013 0.007 0.182 0.119 0.283 185 G 0.647 0.007 0.006 0.004 0.119 0.032 0.186 186 H 0.833 0.011 0.004 0.002 0.022 0.008 0.120 187 V 0.882 0.005 0.007 0.003 0.020 0.009 0.074 188 L 0.912 0.005 0.007 0.002 0.020 0.004 0.051 189 D 0.891 0.002 0.004 0.001 0.021 0.002 0.080 190 F 0.957 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 191 E 0.969 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 192 V 0.944 0.003 0.002 0.001 0.006 0.004 0.041 193 D 0.562 0.007 0.029 0.002 0.089 0.274 0.037 194 D 0.430 0.003 0.021 0.001 0.142 0.264 0.139 195 V 0.826 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 0.142 196 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 197 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 198 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 199 I 0.948 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 200 Q 0.677 0.004 0.002 0.001 0.073 0.020 0.222 201 N 0.365 0.014 0.012 0.004 0.236 0.094 0.276 202 F 0.244 0.021 0.052 0.013 0.214 0.140 0.315 203 E 0.290 0.022 0.083 0.019 0.178 0.117 0.291 204 T 0.382 0.009 0.094 0.031 0.175 0.085 0.224 205 F 0.649 0.023 0.026 0.022 0.062 0.030 0.187 206 Q 0.798 0.013 0.011 0.016 0.026 0.011 0.124 207 Q 0.828 0.011 0.013 0.017 0.020 0.011 0.101 208 H 0.727 0.024 0.017 0.019 0.047 0.018 0.147 209 F 0.350 0.010 0.008 0.008 0.251 0.014 0.359 210 P 0.186 0.017 0.005 0.003 0.088 0.017 0.685 211 V 0.104 0.082 0.010 0.005 0.074 0.037 0.687 212 N 0.038 0.028 0.005 0.004 0.336 0.040 0.549 213 N 0.017 0.010 0.006 0.016 0.264 0.022 0.663 214 E 0.002 0.003 0.178 0.663 0.047 0.073 0.034 215 T 0.004 0.003 0.259 0.581 0.033 0.083 0.037 216 F 0.005 0.004 0.336 0.554 0.021 0.057 0.023 217 V 0.011 0.007 0.145 0.675 0.031 0.083 0.047 218 K 0.017 0.008 0.170 0.426 0.050 0.263 0.066 219 A 0.025 0.005 0.158 0.314 0.105 0.271 0.122 220 K 0.026 0.013 0.110 0.194 0.103 0.297 0.257 221 I 0.025 0.049 0.026 0.043 0.279 0.061 0.516 222 D 0.014 0.013 0.007 0.014 0.102 0.025 0.825 223 Y 0.001 0.001 0.246 0.606 0.035 0.085 0.025 224 K 0.001 0.001 0.303 0.554 0.034 0.086 0.020 225 D 0.001 0.002 0.243 0.601 0.034 0.073 0.046 226 V 0.002 0.003 0.029 0.847 0.025 0.028 0.067 227 A 0.002 0.001 0.012 0.923 0.009 0.034 0.019 228 E 0.003 0.001 0.011 0.913 0.010 0.043 0.019 229 E 0.004 0.002 0.010 0.906 0.018 0.028 0.031 230 I 0.009 0.006 0.009 0.900 0.019 0.028 0.029 231 R 0.014 0.002 0.012 0.824 0.027 0.090 0.031 232 E 0.010 0.003 0.013 0.642 0.036 0.241 0.055 233 A 0.008 0.005 0.014 0.493 0.005 0.245 0.229 234 E 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.989