# TARGET T0250 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0250.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.750 0.177 0.054 0.015 0.003 0.001 0.001 2 T 0.667 0.227 0.071 0.028 0.007 0.001 0.001 3 N 0.446 0.270 0.141 0.091 0.042 0.010 0.001 4 V 0.221 0.283 0.217 0.159 0.088 0.030 0.003 5 L 0.043 0.055 0.103 0.222 0.280 0.228 0.069 6 Y 0.032 0.044 0.068 0.148 0.246 0.319 0.143 7 Q 0.044 0.046 0.060 0.112 0.229 0.351 0.158 8 H 0.048 0.103 0.157 0.192 0.209 0.212 0.079 9 G 0.048 0.102 0.134 0.244 0.213 0.182 0.077 10 T 0.025 0.046 0.059 0.125 0.210 0.305 0.229 11 L 0.026 0.028 0.034 0.095 0.215 0.397 0.205 12 G 0.077 0.156 0.209 0.255 0.196 0.091 0.017 13 T 0.076 0.117 0.179 0.249 0.222 0.135 0.021 14 L 0.066 0.070 0.056 0.107 0.211 0.387 0.103 15 M 0.033 0.065 0.116 0.258 0.305 0.189 0.034 16 A 0.136 0.315 0.276 0.168 0.071 0.028 0.005 17 G 0.092 0.179 0.218 0.255 0.178 0.068 0.010 18 L 0.073 0.142 0.186 0.242 0.208 0.129 0.020 19 L 0.070 0.092 0.139 0.236 0.283 0.158 0.022 20 E 0.153 0.341 0.250 0.168 0.065 0.019 0.003 21 G 0.046 0.104 0.149 0.260 0.263 0.157 0.021 22 T 0.064 0.245 0.312 0.222 0.111 0.041 0.004 23 A 0.041 0.103 0.165 0.279 0.270 0.128 0.014 24 T 0.070 0.212 0.234 0.254 0.162 0.061 0.008 25 I 0.015 0.039 0.089 0.260 0.386 0.199 0.013 26 N 0.149 0.448 0.254 0.111 0.031 0.006 0.001 27 E 0.120 0.335 0.336 0.166 0.037 0.006 0.001 28 L 0.023 0.051 0.102 0.296 0.404 0.121 0.003 29 L 0.088 0.272 0.299 0.244 0.084 0.012 0.001 30 E 0.548 0.381 0.058 0.011 0.002 0.001 0.001 31 H 0.075 0.240 0.344 0.242 0.084 0.014 0.001 32 G 0.105 0.196 0.254 0.248 0.149 0.044 0.004 33 N 0.100 0.211 0.209 0.216 0.177 0.075 0.013 34 L 0.055 0.063 0.101 0.192 0.246 0.254 0.089 35 G 0.022 0.046 0.063 0.142 0.227 0.328 0.172 36 I 0.007 0.010 0.021 0.047 0.105 0.325 0.486 37 A 0.013 0.020 0.033 0.082 0.179 0.319 0.354 38 T 0.024 0.091 0.161 0.230 0.205 0.186 0.104 39 L 0.012 0.026 0.047 0.132 0.288 0.349 0.146 40 T 0.097 0.281 0.247 0.202 0.117 0.046 0.010 41 G 0.082 0.239 0.269 0.229 0.126 0.047 0.007 42 S 0.018 0.027 0.065 0.179 0.306 0.342 0.063 43 D 0.020 0.091 0.157 0.258 0.257 0.183 0.034 44 G 0.008 0.018 0.044 0.104 0.201 0.378 0.248 45 E 0.002 0.006 0.016 0.051 0.152 0.365 0.408 46 V 0.001 0.003 0.008 0.025 0.082 0.332 0.548 47 I 0.003 0.007 0.017 0.040 0.089 0.320 0.523 48 F 0.004 0.006 0.013 0.036 0.093 0.377 0.470 49 L 0.005 0.010 0.020 0.059 0.181 0.429 0.296 50 D 0.032 0.083 0.167 0.237 0.252 0.178 0.050 51 G 0.037 0.111 0.163 0.233 0.226 0.179 0.050 52 K 0.046 0.158 0.249 0.278 0.170 0.083 0.016 53 A 0.025 0.043 0.096 0.188 0.320 0.290 0.038 54 Y 0.024 0.066 0.125 0.228 0.283 0.234 0.039 55 H 0.048 0.111 0.174 0.225 0.255 0.172 0.015 56 A 0.023 0.049 0.100 0.256 0.363 0.196 0.013 57 N 0.174 0.353 0.276 0.146 0.042 0.009 0.001 58 E 0.367 0.280 0.192 0.114 0.038 0.008 0.001 59 H 0.542 0.272 0.106 0.053 0.020 0.005 0.001 60 K 0.415 0.249 0.165 0.118 0.044 0.008 0.001 61 E 0.397 0.348 0.169 0.062 0.019 0.004 0.001 62 F 0.049 0.107 0.203 0.342 0.234 0.062 0.002 63 I 0.120 0.324 0.285 0.188 0.070 0.012 0.001 64 E 0.141 0.366 0.293 0.153 0.042 0.006 0.001 65 L 0.029 0.076 0.192 0.432 0.243 0.027 0.001 66 K 0.520 0.363 0.092 0.022 0.003 0.001 0.001 67 G 0.682 0.263 0.044 0.009 0.001 0.001 0.001 68 D 0.596 0.300 0.079 0.021 0.003 0.001 0.001 69 E 0.124 0.233 0.260 0.251 0.115 0.016 0.001 70 K 0.103 0.321 0.295 0.199 0.069 0.012 0.001 71 V 0.024 0.066 0.128 0.257 0.304 0.202 0.018 72 P 0.014 0.061 0.128 0.254 0.297 0.206 0.038 73 Y 0.007 0.028 0.072 0.155 0.279 0.351 0.107 74 A 0.004 0.010 0.025 0.079 0.193 0.462 0.226 75 S 0.007 0.031 0.075 0.165 0.265 0.352 0.106 76 I 0.006 0.016 0.039 0.098 0.242 0.443 0.155 77 T 0.019 0.093 0.186 0.293 0.252 0.133 0.024 78 N 0.070 0.230 0.274 0.236 0.133 0.051 0.006 79 F 0.046 0.129 0.205 0.314 0.230 0.072 0.004 80 K 0.232 0.376 0.237 0.114 0.034 0.007 0.001 81 A 0.129 0.183 0.236 0.271 0.148 0.033 0.001 82 S 0.362 0.359 0.180 0.075 0.020 0.003 0.001 83 K 0.234 0.287 0.220 0.169 0.074 0.015 0.001 84 T 0.226 0.346 0.260 0.126 0.036 0.007 0.001 85 F 0.083 0.117 0.199 0.324 0.223 0.052 0.002 86 P 0.414 0.360 0.148 0.056 0.018 0.003 0.001 87 L 0.213 0.191 0.232 0.239 0.108 0.017 0.001 88 Q 0.522 0.331 0.103 0.036 0.007 0.001 0.001 89 Q 0.526 0.317 0.104 0.041 0.011 0.002 0.001 90 L 0.138 0.196 0.264 0.265 0.117 0.019 0.001 91 S 0.407 0.410 0.131 0.043 0.008 0.001 0.001 92 Q 0.095 0.255 0.353 0.229 0.060 0.007 0.001 93 D 0.806 0.177 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 94 D 0.144 0.496 0.275 0.074 0.010 0.001 0.001 95 V 0.009 0.023 0.075 0.297 0.484 0.110 0.002 96 F 0.027 0.262 0.410 0.246 0.051 0.004 0.001 97 A 0.250 0.618 0.113 0.016 0.003 0.001 0.001 98 Q 0.008 0.064 0.296 0.456 0.156 0.020 0.001 99 I 0.005 0.010 0.035 0.212 0.503 0.228 0.007 100 K 0.171 0.460 0.242 0.097 0.024 0.004 0.001 101 N 0.399 0.439 0.127 0.029 0.005 0.001 0.001 102 E 0.071 0.217 0.302 0.271 0.112 0.025 0.002 103 M 0.043 0.090 0.175 0.312 0.297 0.080 0.004 104 L 0.474 0.296 0.121 0.071 0.029 0.008 0.001 105 S 0.173 0.218 0.181 0.183 0.157 0.078 0.011 106 E 0.116 0.202 0.225 0.255 0.139 0.053 0.010 107 N 0.086 0.111 0.108 0.160 0.243 0.232 0.060 108 L 0.027 0.047 0.076 0.178 0.250 0.298 0.125 109 F 0.044 0.055 0.074 0.134 0.208 0.328 0.156 110 S 0.027 0.059 0.068 0.117 0.200 0.322 0.207 111 A 0.015 0.022 0.038 0.088 0.178 0.408 0.252 112 V 0.010 0.026 0.051 0.100 0.146 0.321 0.347 113 K 0.015 0.066 0.149 0.265 0.221 0.189 0.095 114 I 0.006 0.013 0.021 0.082 0.313 0.464 0.100 115 Y 0.041 0.179 0.319 0.272 0.146 0.038 0.004 116 G 0.083 0.206 0.228 0.263 0.142 0.070 0.009 117 T 0.159 0.361 0.255 0.154 0.060 0.011 0.001 118 F 0.047 0.079 0.145 0.351 0.297 0.078 0.003 119 K 0.356 0.444 0.154 0.038 0.007 0.001 0.001 120 H 0.290 0.381 0.222 0.087 0.018 0.002 0.001 121 M 0.086 0.134 0.182 0.282 0.243 0.070 0.003 122 H 0.183 0.306 0.263 0.171 0.064 0.012 0.001 123 V 0.197 0.175 0.171 0.202 0.164 0.082 0.010 124 R 0.207 0.247 0.226 0.180 0.099 0.037 0.004 125 M 0.179 0.188 0.173 0.197 0.161 0.088 0.014 126 M 0.240 0.188 0.169 0.188 0.138 0.065 0.012 127 P 0.412 0.265 0.159 0.098 0.044 0.018 0.004 128 A 0.343 0.238 0.168 0.132 0.074 0.037 0.008 129 Q 0.240 0.200 0.172 0.174 0.133 0.070 0.012 130 Q 0.266 0.220 0.178 0.165 0.112 0.053 0.006 131 P 0.239 0.271 0.203 0.164 0.086 0.033 0.005 132 P 0.174 0.222 0.200 0.209 0.139 0.051 0.004 133 Y 0.138 0.188 0.260 0.252 0.131 0.029 0.002 134 T 0.542 0.314 0.102 0.033 0.008 0.001 0.001 135 R 0.441 0.286 0.162 0.082 0.024 0.004 0.001 136 L 0.156 0.111 0.130 0.243 0.255 0.101 0.005 137 I 0.279 0.328 0.232 0.117 0.037 0.006 0.001 138 D 0.400 0.390 0.157 0.044 0.008 0.001 0.001 139 S 0.194 0.191 0.191 0.225 0.152 0.043 0.002 140 A 0.197 0.209 0.242 0.226 0.100 0.024 0.002 141 R 0.545 0.319 0.099 0.029 0.006 0.001 0.001 142 R 0.449 0.295 0.152 0.073 0.026 0.005 0.001 143 Q 0.207 0.210 0.215 0.215 0.119 0.033 0.002 144 P 0.408 0.290 0.157 0.100 0.036 0.008 0.001 145 E 0.334 0.316 0.200 0.105 0.036 0.009 0.001 146 E 0.158 0.171 0.174 0.248 0.183 0.061 0.005 147 K 0.369 0.344 0.170 0.082 0.028 0.007 0.001 148 R 0.224 0.195 0.184 0.226 0.131 0.037 0.003 149 Q 0.544 0.310 0.099 0.036 0.009 0.002 0.001 150 D 0.281 0.272 0.209 0.150 0.070 0.016 0.001 151 I 0.120 0.177 0.203 0.264 0.178 0.055 0.003 152 R 0.144 0.354 0.285 0.160 0.046 0.010 0.001 153 G 0.013 0.043 0.079 0.212 0.361 0.251 0.041 154 A 0.007 0.053 0.142 0.273 0.300 0.190 0.035 155 I 0.003 0.005 0.012 0.043 0.136 0.420 0.380 156 V 0.005 0.010 0.023 0.055 0.118 0.341 0.448 157 G 0.008 0.016 0.030 0.057 0.104 0.331 0.455 158 F 0.004 0.008 0.018 0.049 0.117 0.341 0.464 159 F 0.007 0.023 0.044 0.116 0.224 0.328 0.257 160 T 0.010 0.040 0.070 0.157 0.242 0.295 0.187 161 P 0.019 0.054 0.105 0.207 0.285 0.226 0.103 162 E 0.040 0.121 0.192 0.213 0.204 0.158 0.071 163 L 0.033 0.054 0.098 0.186 0.254 0.283 0.092 164 F 0.059 0.074 0.089 0.157 0.266 0.271 0.085 165 H 0.079 0.220 0.229 0.229 0.133 0.083 0.028 166 G 0.076 0.121 0.136 0.191 0.213 0.180 0.084 167 V 0.054 0.080 0.091 0.146 0.219 0.259 0.151 168 G 0.089 0.110 0.107 0.163 0.185 0.205 0.141 169 S 0.029 0.029 0.047 0.095 0.155 0.284 0.361 170 A 0.017 0.040 0.050 0.082 0.140 0.297 0.374 171 G 0.008 0.022 0.047 0.091 0.156 0.282 0.394 172 F 0.004 0.010 0.019 0.050 0.115 0.285 0.517 173 H 0.004 0.014 0.023 0.057 0.121 0.269 0.512 174 I 0.004 0.011 0.031 0.078 0.140 0.328 0.408 175 H 0.008 0.026 0.045 0.113 0.182 0.326 0.299 176 F 0.008 0.014 0.030 0.084 0.184 0.341 0.339 177 A 0.004 0.009 0.018 0.061 0.206 0.454 0.248 178 D 0.022 0.096 0.165 0.272 0.254 0.142 0.050 179 D 0.078 0.196 0.222 0.223 0.157 0.090 0.034 180 E 0.196 0.296 0.225 0.163 0.081 0.033 0.006 181 R 0.143 0.218 0.231 0.238 0.130 0.036 0.004 182 A 0.391 0.319 0.163 0.078 0.035 0.012 0.002 183 Y 0.259 0.259 0.208 0.153 0.079 0.035 0.006 184 G 0.115 0.182 0.200 0.230 0.172 0.086 0.017 185 G 0.087 0.140 0.166 0.212 0.214 0.138 0.043 186 H 0.040 0.087 0.129 0.203 0.249 0.225 0.067 187 V 0.015 0.019 0.037 0.088 0.172 0.400 0.268 188 L 0.009 0.032 0.062 0.150 0.258 0.354 0.135 189 D 0.016 0.076 0.198 0.279 0.237 0.170 0.025 190 F 0.009 0.029 0.049 0.154 0.336 0.373 0.050 191 E 0.048 0.261 0.347 0.250 0.078 0.014 0.001 192 V 0.020 0.066 0.156 0.356 0.319 0.079 0.004 193 D 0.397 0.459 0.118 0.023 0.002 0.001 0.001 194 D 0.413 0.486 0.084 0.015 0.002 0.001 0.001 195 V 0.009 0.060 0.184 0.393 0.297 0.056 0.001 196 V 0.025 0.245 0.412 0.248 0.062 0.008 0.001 197 V 0.004 0.011 0.035 0.149 0.406 0.364 0.031 198 E 0.011 0.114 0.296 0.357 0.179 0.043 0.001 199 I 0.002 0.012 0.042 0.185 0.453 0.294 0.012 200 Q 0.027 0.218 0.302 0.252 0.145 0.053 0.004 201 N 0.072 0.258 0.283 0.262 0.098 0.025 0.001 202 F 0.036 0.128 0.205 0.287 0.248 0.091 0.005 203 E 0.188 0.353 0.238 0.143 0.062 0.015 0.001 204 T 0.180 0.380 0.263 0.125 0.039 0.011 0.001 205 F 0.023 0.038 0.088 0.245 0.359 0.230 0.017 206 Q 0.062 0.188 0.282 0.274 0.155 0.038 0.002 207 Q 0.091 0.191 0.176 0.195 0.212 0.124 0.011 208 H 0.038 0.132 0.283 0.323 0.163 0.056 0.005 209 F 0.017 0.030 0.075 0.223 0.369 0.260 0.025 210 P 0.177 0.334 0.259 0.142 0.065 0.020 0.002 211 V 0.269 0.265 0.220 0.160 0.067 0.017 0.002 212 N 0.460 0.338 0.134 0.051 0.014 0.003 0.001 213 N 0.370 0.306 0.182 0.102 0.034 0.005 0.001 214 E 0.650 0.254 0.067 0.023 0.005 0.001 0.001 215 T 0.366 0.365 0.185 0.067 0.015 0.002 0.001 216 F 0.081 0.103 0.188 0.310 0.252 0.063 0.003 217 V 0.118 0.238 0.266 0.237 0.115 0.025 0.001 218 K 0.314 0.358 0.199 0.095 0.029 0.006 0.001 219 A 0.097 0.221 0.269 0.269 0.119 0.023 0.001 220 K 0.301 0.388 0.189 0.086 0.028 0.007 0.001 221 I 0.042 0.074 0.171 0.330 0.307 0.073 0.003 222 D 0.395 0.393 0.152 0.049 0.009 0.001 0.001 223 Y 0.343 0.329 0.208 0.096 0.021 0.002 0.001 224 K 0.840 0.146 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 225 D 0.449 0.362 0.147 0.037 0.005 0.001 0.001 226 V 0.082 0.113 0.217 0.357 0.208 0.022 0.001 227 A 0.229 0.374 0.252 0.115 0.027 0.003 0.001 228 E 0.562 0.341 0.081 0.014 0.002 0.001 0.001 229 E 0.121 0.216 0.274 0.256 0.114 0.018 0.001 230 I 0.052 0.068 0.163 0.310 0.299 0.102 0.004 231 R 0.363 0.375 0.182 0.064 0.014 0.002 0.001 232 E 0.576 0.304 0.092 0.022 0.005 0.001 0.001 233 A 0.371 0.199 0.200 0.174 0.048 0.008 0.001 234 E 0.538 0.171 0.111 0.103 0.063 0.014 0.001