# TARGET T0250 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0250.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9438 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.005 0.006 0.009 0.160 0.792 2 T 0.093 0.012 0.007 0.016 0.230 0.641 3 N 0.132 0.008 0.005 0.015 0.231 0.609 4 V 0.646 0.016 0.007 0.027 0.091 0.212 5 L 0.863 0.007 0.005 0.065 0.021 0.039 6 Y 0.829 0.005 0.008 0.119 0.012 0.026 7 Q 0.561 0.005 0.013 0.289 0.038 0.094 8 H 0.186 0.005 0.016 0.412 0.084 0.297 9 G 0.067 0.005 0.033 0.503 0.137 0.255 10 T 0.030 0.008 0.023 0.814 0.045 0.080 11 L 0.002 0.001 0.004 0.986 0.005 0.003 12 G 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 13 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 15 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 16 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.012 0.007 17 G 0.002 0.001 0.021 0.837 0.072 0.066 18 L 0.021 0.005 0.065 0.481 0.269 0.159 19 L 0.057 0.012 0.045 0.492 0.289 0.106 20 E 0.055 0.008 0.017 0.355 0.309 0.256 21 G 0.027 0.003 0.008 0.056 0.270 0.636 22 T 0.098 0.012 0.021 0.101 0.311 0.458 23 A 0.277 0.070 0.006 0.059 0.171 0.417 24 T 0.212 0.043 0.003 0.102 0.052 0.588 25 I 0.001 0.001 0.008 0.986 0.002 0.002 26 N 0.001 0.001 0.012 0.983 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.016 0.981 0.002 0.001 28 L 0.001 0.001 0.012 0.978 0.005 0.003 29 L 0.002 0.001 0.016 0.957 0.018 0.006 30 E 0.005 0.002 0.018 0.887 0.061 0.027 31 H 0.010 0.011 0.020 0.573 0.196 0.191 32 G 0.008 0.009 0.014 0.035 0.486 0.446 33 N 0.017 0.004 0.026 0.006 0.526 0.421 34 L 0.160 0.025 0.061 0.019 0.480 0.256 35 G 0.313 0.020 0.049 0.028 0.326 0.264 36 I 0.437 0.017 0.059 0.047 0.191 0.249 37 A 0.400 0.037 0.025 0.032 0.213 0.293 38 T 0.269 0.039 0.022 0.028 0.452 0.190 39 L 0.169 0.021 0.036 0.027 0.563 0.185 40 T 0.100 0.008 0.052 0.027 0.592 0.222 41 G 0.238 0.026 0.040 0.022 0.585 0.088 42 S 0.332 0.034 0.008 0.008 0.390 0.227 43 D 0.248 0.007 0.005 0.004 0.426 0.310 44 G 0.775 0.006 0.002 0.002 0.110 0.105 45 E 0.942 0.002 0.001 0.001 0.014 0.040 46 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 47 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 48 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 49 L 0.856 0.003 0.001 0.001 0.112 0.027 50 D 0.352 0.004 0.002 0.002 0.551 0.088 51 G 0.192 0.003 0.005 0.003 0.687 0.110 52 K 0.700 0.006 0.007 0.005 0.190 0.092 53 A 0.925 0.006 0.004 0.005 0.025 0.035 54 Y 0.933 0.007 0.003 0.006 0.017 0.034 55 H 0.910 0.005 0.002 0.004 0.025 0.054 56 A 0.785 0.017 0.005 0.005 0.075 0.114 57 N 0.372 0.015 0.018 0.004 0.551 0.040 58 E 0.135 0.007 0.030 0.005 0.777 0.046 59 H 0.039 0.003 0.018 0.003 0.884 0.054 60 K 0.277 0.007 0.008 0.002 0.593 0.114 61 E 0.722 0.009 0.004 0.002 0.074 0.188 62 F 0.937 0.012 0.003 0.003 0.016 0.030 63 I 0.962 0.003 0.002 0.002 0.008 0.023 64 E 0.947 0.004 0.001 0.002 0.013 0.032 65 L 0.747 0.025 0.002 0.002 0.102 0.121 66 K 0.223 0.010 0.007 0.003 0.647 0.111 67 G 0.039 0.002 0.019 0.003 0.841 0.095 68 D 0.050 0.006 0.027 0.003 0.818 0.097 69 E 0.377 0.030 0.015 0.002 0.360 0.215 70 K 0.586 0.041 0.003 0.002 0.079 0.289 71 V 0.427 0.015 0.002 0.001 0.148 0.406 72 P 0.379 0.003 0.010 0.001 0.187 0.420 73 Y 0.768 0.008 0.010 0.002 0.072 0.140 74 A 0.925 0.003 0.005 0.001 0.027 0.038 75 S 0.963 0.002 0.002 0.001 0.011 0.021 76 I 0.940 0.004 0.003 0.002 0.023 0.029 77 T 0.810 0.005 0.004 0.006 0.083 0.092 78 N 0.512 0.004 0.010 0.008 0.225 0.241 79 F 0.329 0.018 0.017 0.012 0.281 0.343 80 K 0.284 0.019 0.023 0.011 0.287 0.376 81 A 0.221 0.015 0.080 0.026 0.394 0.265 82 S 0.142 0.010 0.089 0.029 0.392 0.337 83 K 0.319 0.014 0.048 0.015 0.238 0.365 84 T 0.464 0.020 0.010 0.010 0.100 0.396 85 F 0.487 0.025 0.008 0.008 0.089 0.383 86 P 0.349 0.021 0.011 0.012 0.153 0.454 87 L 0.185 0.015 0.194 0.038 0.365 0.203 88 Q 0.144 0.008 0.142 0.028 0.456 0.222 89 Q 0.074 0.008 0.130 0.019 0.512 0.257 90 L 0.048 0.040 0.011 0.016 0.268 0.616 91 S 0.020 0.012 0.002 0.015 0.059 0.892 92 Q 0.001 0.001 0.027 0.960 0.006 0.006 93 D 0.001 0.001 0.015 0.982 0.002 0.001 94 D 0.001 0.001 0.016 0.980 0.003 0.001 95 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 96 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 98 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 99 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 100 K 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 101 N 0.001 0.001 0.008 0.972 0.011 0.008 102 E 0.001 0.001 0.015 0.889 0.038 0.058 103 M 0.001 0.004 0.034 0.682 0.118 0.162 104 L 0.003 0.003 0.063 0.234 0.359 0.337 105 S 0.005 0.001 0.108 0.247 0.325 0.313 106 E 0.026 0.005 0.107 0.436 0.264 0.162 107 N 0.084 0.011 0.057 0.262 0.297 0.290 108 L 0.242 0.012 0.049 0.248 0.172 0.277 109 F 0.541 0.004 0.045 0.116 0.119 0.175 110 S 0.750 0.002 0.030 0.063 0.074 0.080 111 A 0.903 0.001 0.009 0.041 0.017 0.028 112 V 0.925 0.001 0.003 0.031 0.010 0.029 113 K 0.949 0.001 0.001 0.015 0.012 0.022 114 I 0.911 0.002 0.001 0.015 0.020 0.051 115 Y 0.733 0.004 0.002 0.014 0.086 0.161 116 G 0.678 0.006 0.003 0.004 0.105 0.204 117 T 0.724 0.011 0.007 0.004 0.076 0.178 118 F 0.799 0.005 0.036 0.005 0.101 0.054 119 K 0.770 0.002 0.028 0.006 0.126 0.068 120 H 0.840 0.002 0.017 0.008 0.081 0.053 121 M 0.948 0.003 0.001 0.003 0.022 0.022 122 H 0.972 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 123 V 0.974 0.002 0.001 0.002 0.006 0.015 124 R 0.934 0.003 0.001 0.003 0.016 0.043 125 M 0.779 0.011 0.002 0.003 0.047 0.158 126 M 0.412 0.014 0.010 0.005 0.277 0.281 127 P 0.176 0.011 0.081 0.021 0.506 0.205 128 A 0.093 0.015 0.118 0.035 0.528 0.211 129 Q 0.106 0.042 0.057 0.020 0.522 0.254 130 Q 0.064 0.024 0.013 0.018 0.330 0.551 131 P 0.027 0.018 0.013 0.016 0.324 0.602 132 P 0.008 0.013 0.017 0.034 0.250 0.678 133 Y 0.017 0.015 0.032 0.187 0.201 0.548 134 T 0.009 0.007 0.029 0.486 0.171 0.298 135 R 0.008 0.010 0.029 0.728 0.084 0.141 136 L 0.002 0.001 0.036 0.931 0.020 0.011 137 I 0.003 0.001 0.032 0.940 0.016 0.008 138 D 0.002 0.001 0.035 0.935 0.020 0.008 139 S 0.002 0.002 0.020 0.941 0.018 0.017 140 A 0.002 0.001 0.025 0.904 0.051 0.017 141 R 0.002 0.002 0.027 0.840 0.089 0.041 142 R 0.002 0.002 0.016 0.728 0.117 0.136 143 Q 0.006 0.006 0.011 0.072 0.383 0.523 144 P 0.004 0.002 0.015 0.015 0.258 0.706 145 E 0.038 0.013 0.126 0.037 0.434 0.352 146 E 0.119 0.026 0.153 0.046 0.416 0.241 147 K 0.166 0.026 0.222 0.060 0.297 0.229 148 R 0.112 0.014 0.319 0.072 0.390 0.093 149 Q 0.161 0.005 0.246 0.056 0.409 0.123 150 D 0.176 0.005 0.108 0.028 0.477 0.206 151 I 0.425 0.031 0.011 0.010 0.245 0.279 152 R 0.605 0.009 0.003 0.005 0.089 0.290 153 G 0.918 0.005 0.001 0.001 0.019 0.056 154 A 0.974 0.002 0.001 0.001 0.007 0.015 155 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 156 V 0.954 0.003 0.001 0.002 0.014 0.027 157 G 0.866 0.002 0.003 0.003 0.045 0.080 158 F 0.713 0.009 0.007 0.014 0.084 0.173 159 F 0.397 0.043 0.011 0.028 0.134 0.387 160 T 0.135 0.020 0.019 0.035 0.245 0.546 161 P 0.026 0.004 0.316 0.247 0.280 0.126 162 E 0.024 0.007 0.422 0.209 0.270 0.068 163 L 0.033 0.017 0.310 0.395 0.209 0.036 164 F 0.055 0.026 0.083 0.304 0.397 0.135 165 H 0.040 0.015 0.059 0.233 0.440 0.212 166 G 0.061 0.010 0.053 0.088 0.502 0.286 167 V 0.124 0.034 0.065 0.088 0.413 0.276 168 G 0.159 0.052 0.052 0.063 0.352 0.324 169 S 0.172 0.028 0.039 0.073 0.410 0.277 170 A 0.182 0.014 0.027 0.049 0.465 0.264 171 G 0.286 0.010 0.035 0.049 0.407 0.213 172 F 0.558 0.021 0.032 0.049 0.195 0.146 173 H 0.761 0.016 0.021 0.034 0.088 0.080 174 I 0.820 0.006 0.022 0.028 0.060 0.064 175 H 0.850 0.005 0.015 0.023 0.051 0.055 176 F 0.819 0.008 0.013 0.027 0.065 0.067 177 A 0.671 0.021 0.011 0.026 0.115 0.155 178 D 0.346 0.027 0.021 0.029 0.391 0.186 179 D 0.079 0.012 0.171 0.053 0.554 0.132 180 E 0.054 0.008 0.263 0.053 0.496 0.126 181 R 0.058 0.013 0.273 0.043 0.529 0.084 182 A 0.087 0.017 0.052 0.026 0.502 0.317 183 Y 0.181 0.039 0.019 0.026 0.395 0.340 184 G 0.236 0.018 0.008 0.007 0.342 0.389 185 G 0.546 0.020 0.013 0.005 0.146 0.271 186 H 0.777 0.017 0.013 0.004 0.066 0.123 187 V 0.853 0.005 0.025 0.004 0.052 0.062 188 L 0.866 0.002 0.013 0.005 0.052 0.062 189 D 0.863 0.002 0.011 0.005 0.063 0.056 190 F 0.912 0.005 0.003 0.003 0.030 0.047 191 E 0.925 0.008 0.002 0.002 0.019 0.045 192 V 0.882 0.009 0.013 0.001 0.086 0.010 193 D 0.684 0.005 0.018 0.002 0.269 0.023 194 D 0.470 0.001 0.023 0.002 0.456 0.047 195 V 0.943 0.002 0.001 0.001 0.046 0.008 196 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 197 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 198 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 199 I 0.933 0.002 0.001 0.002 0.022 0.041 200 Q 0.753 0.003 0.005 0.005 0.120 0.114 201 N 0.467 0.010 0.031 0.012 0.292 0.187 202 F 0.244 0.009 0.169 0.024 0.441 0.114 203 E 0.265 0.007 0.229 0.021 0.350 0.128 204 T 0.272 0.008 0.231 0.026 0.327 0.137 205 F 0.495 0.019 0.054 0.033 0.189 0.210 206 Q 0.708 0.006 0.018 0.020 0.080 0.168 207 Q 0.828 0.010 0.007 0.013 0.034 0.107 208 H 0.743 0.016 0.004 0.022 0.037 0.178 209 F 0.348 0.019 0.005 0.008 0.082 0.538 210 P 0.141 0.008 0.004 0.003 0.272 0.572 211 V 0.084 0.020 0.038 0.019 0.439 0.401 212 N 0.034 0.020 0.015 0.016 0.493 0.422 213 N 0.018 0.012 0.022 0.049 0.471 0.427 214 E 0.003 0.001 0.147 0.655 0.136 0.057 215 T 0.004 0.003 0.113 0.776 0.089 0.016 216 F 0.007 0.004 0.130 0.709 0.136 0.015 217 V 0.029 0.006 0.067 0.725 0.115 0.058 218 K 0.021 0.004 0.065 0.741 0.107 0.062 219 A 0.025 0.005 0.047 0.625 0.127 0.171 220 K 0.024 0.007 0.014 0.153 0.141 0.661 221 I 0.036 0.035 0.006 0.045 0.120 0.758 222 D 0.019 0.009 0.003 0.032 0.093 0.845 223 Y 0.002 0.001 0.135 0.805 0.032 0.026 224 K 0.003 0.001 0.205 0.724 0.050 0.017 225 D 0.005 0.002 0.209 0.696 0.071 0.018 226 V 0.002 0.001 0.030 0.925 0.020 0.020 227 A 0.002 0.001 0.011 0.966 0.011 0.009 228 E 0.001 0.001 0.010 0.972 0.012 0.005 229 E 0.002 0.001 0.009 0.960 0.015 0.013 230 I 0.003 0.001 0.013 0.957 0.015 0.011 231 R 0.005 0.001 0.026 0.906 0.033 0.029 232 E 0.007 0.001 0.024 0.843 0.046 0.079 233 A 0.022 0.005 0.021 0.597 0.091 0.265 234 E 0.032 0.005 0.024 0.581 0.115 0.244