# TARGET T0250 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0250.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9438 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.002 0.002 0.012 0.009 0.011 0.953 2 T 0.066 0.014 0.014 0.063 0.040 0.054 0.748 3 N 0.128 0.006 0.029 0.142 0.231 0.097 0.366 4 V 0.423 0.008 0.022 0.232 0.064 0.039 0.212 5 L 0.461 0.013 0.006 0.425 0.020 0.009 0.066 6 Y 0.400 0.008 0.008 0.509 0.018 0.018 0.039 7 Q 0.244 0.005 0.007 0.602 0.024 0.034 0.084 8 H 0.073 0.004 0.008 0.735 0.067 0.036 0.076 9 G 0.079 0.008 0.017 0.668 0.094 0.056 0.078 10 T 0.019 0.003 0.015 0.884 0.014 0.031 0.035 11 L 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.005 0.002 12 G 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.003 0.001 13 T 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.005 0.001 14 L 0.001 0.001 0.010 0.970 0.001 0.016 0.001 15 M 0.002 0.001 0.010 0.957 0.003 0.025 0.002 16 A 0.001 0.001 0.013 0.857 0.006 0.120 0.003 17 G 0.004 0.001 0.017 0.637 0.015 0.303 0.023 18 L 0.022 0.008 0.024 0.651 0.051 0.122 0.122 19 L 0.071 0.020 0.025 0.560 0.053 0.141 0.130 20 E 0.043 0.007 0.020 0.318 0.160 0.358 0.093 21 G 0.059 0.003 0.017 0.198 0.227 0.366 0.130 22 T 0.223 0.024 0.009 0.130 0.144 0.103 0.366 23 A 0.399 0.052 0.001 0.042 0.193 0.010 0.302 24 T 0.387 0.045 0.002 0.062 0.059 0.005 0.441 25 I 0.004 0.001 0.008 0.979 0.001 0.004 0.004 26 N 0.002 0.001 0.012 0.979 0.002 0.003 0.003 27 E 0.001 0.001 0.020 0.973 0.001 0.002 0.003 28 L 0.005 0.001 0.024 0.962 0.001 0.004 0.002 29 L 0.005 0.001 0.037 0.920 0.003 0.031 0.003 30 E 0.004 0.001 0.031 0.812 0.005 0.145 0.003 31 H 0.005 0.001 0.031 0.272 0.022 0.651 0.018 32 G 0.013 0.007 0.022 0.042 0.239 0.439 0.239 33 N 0.024 0.019 0.020 0.012 0.263 0.077 0.586 34 L 0.157 0.058 0.057 0.018 0.205 0.147 0.358 35 G 0.306 0.043 0.075 0.015 0.155 0.151 0.255 36 I 0.430 0.041 0.058 0.015 0.122 0.071 0.263 37 A 0.438 0.042 0.035 0.009 0.139 0.054 0.282 38 T 0.385 0.061 0.028 0.009 0.085 0.040 0.392 39 L 0.271 0.027 0.073 0.025 0.187 0.108 0.310 40 T 0.165 0.027 0.106 0.018 0.206 0.231 0.246 41 G 0.079 0.019 0.108 0.029 0.208 0.284 0.274 42 S 0.136 0.022 0.047 0.015 0.172 0.126 0.483 43 D 0.078 0.024 0.025 0.005 0.194 0.561 0.113 44 G 0.204 0.005 0.012 0.001 0.237 0.365 0.177 45 E 0.426 0.007 0.002 0.001 0.071 0.003 0.490 46 V 0.948 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.041 47 I 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 48 F 0.987 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 49 L 0.954 0.005 0.001 0.005 0.001 0.003 0.032 50 D 0.458 0.004 0.003 0.009 0.059 0.356 0.111 51 G 0.112 0.001 0.004 0.003 0.141 0.705 0.034 52 K 0.639 0.017 0.013 0.029 0.069 0.105 0.127 53 A 0.805 0.030 0.012 0.018 0.028 0.026 0.081 54 Y 0.731 0.007 0.015 0.015 0.052 0.016 0.164 55 H 0.811 0.011 0.008 0.010 0.036 0.010 0.113 56 A 0.641 0.054 0.016 0.021 0.057 0.032 0.179 57 N 0.295 0.012 0.027 0.014 0.078 0.111 0.462 58 E 0.090 0.006 0.033 0.008 0.127 0.662 0.075 59 H 0.033 0.004 0.018 0.001 0.135 0.754 0.055 60 K 0.124 0.004 0.010 0.001 0.457 0.182 0.223 61 E 0.590 0.026 0.003 0.001 0.039 0.009 0.333 62 F 0.932 0.019 0.001 0.001 0.006 0.001 0.041 63 I 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 64 E 0.971 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 65 L 0.841 0.013 0.003 0.001 0.015 0.004 0.123 66 K 0.327 0.010 0.009 0.002 0.085 0.022 0.545 67 G 0.027 0.003 0.126 0.016 0.159 0.541 0.128 68 D 0.015 0.004 0.169 0.012 0.083 0.619 0.099 69 E 0.087 0.014 0.121 0.014 0.152 0.264 0.349 70 K 0.239 0.099 0.029 0.006 0.208 0.060 0.359 71 V 0.226 0.013 0.002 0.001 0.354 0.003 0.401 72 P 0.185 0.003 0.005 0.001 0.224 0.065 0.518 73 Y 0.714 0.021 0.006 0.001 0.094 0.051 0.113 74 A 0.877 0.004 0.003 0.001 0.018 0.002 0.094 75 S 0.963 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.025 76 I 0.954 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.033 77 T 0.904 0.006 0.001 0.002 0.018 0.007 0.062 78 N 0.677 0.004 0.006 0.003 0.066 0.024 0.220 79 F 0.317 0.015 0.018 0.005 0.234 0.058 0.354 80 K 0.315 0.018 0.030 0.010 0.163 0.081 0.382 81 A 0.118 0.012 0.147 0.035 0.130 0.234 0.323 82 S 0.095 0.009 0.166 0.037 0.128 0.296 0.269 83 K 0.208 0.018 0.107 0.034 0.159 0.189 0.285 84 T 0.439 0.025 0.022 0.014 0.099 0.069 0.332 85 F 0.494 0.031 0.003 0.004 0.089 0.007 0.372 86 P 0.295 0.021 0.004 0.003 0.024 0.009 0.645 87 L 0.178 0.025 0.080 0.037 0.058 0.037 0.585 88 Q 0.166 0.014 0.180 0.044 0.117 0.085 0.393 89 Q 0.132 0.019 0.140 0.035 0.105 0.068 0.501 90 L 0.086 0.056 0.019 0.039 0.164 0.032 0.604 91 S 0.025 0.023 0.008 0.025 0.081 0.018 0.820 92 Q 0.001 0.001 0.038 0.896 0.005 0.045 0.015 93 D 0.001 0.001 0.022 0.959 0.002 0.016 0.002 94 D 0.001 0.001 0.025 0.965 0.001 0.005 0.004 95 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.002 96 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 98 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 99 I 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.011 0.004 100 K 0.001 0.001 0.004 0.965 0.001 0.028 0.002 101 N 0.001 0.001 0.006 0.864 0.003 0.126 0.001 102 E 0.001 0.001 0.006 0.848 0.007 0.126 0.013 103 M 0.001 0.004 0.022 0.710 0.030 0.134 0.099 104 L 0.003 0.003 0.059 0.644 0.042 0.114 0.135 105 S 0.004 0.002 0.101 0.697 0.059 0.103 0.034 106 E 0.005 0.003 0.112 0.635 0.048 0.165 0.033 107 N 0.058 0.013 0.078 0.302 0.111 0.196 0.241 108 L 0.249 0.060 0.032 0.075 0.092 0.117 0.374 109 F 0.621 0.012 0.024 0.017 0.040 0.034 0.253 110 S 0.711 0.004 0.016 0.022 0.102 0.014 0.131 111 A 0.881 0.004 0.010 0.024 0.015 0.009 0.055 112 V 0.943 0.002 0.002 0.015 0.003 0.006 0.029 113 K 0.969 0.003 0.001 0.011 0.002 0.003 0.011 114 I 0.936 0.004 0.001 0.008 0.002 0.010 0.039 115 Y 0.673 0.002 0.002 0.006 0.062 0.125 0.131 116 G 0.659 0.003 0.003 0.004 0.148 0.090 0.094 117 T 0.705 0.017 0.005 0.002 0.091 0.037 0.143 118 F 0.682 0.009 0.020 0.005 0.049 0.030 0.204 119 K 0.488 0.002 0.024 0.007 0.239 0.108 0.133 120 H 0.819 0.003 0.013 0.004 0.054 0.037 0.070 121 M 0.930 0.002 0.001 0.005 0.006 0.003 0.053 122 H 0.974 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.015 123 V 0.965 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.025 124 R 0.906 0.002 0.001 0.003 0.012 0.006 0.070 125 M 0.833 0.019 0.003 0.010 0.033 0.010 0.092 126 M 0.284 0.016 0.009 0.012 0.167 0.015 0.496 127 P 0.045 0.003 0.180 0.048 0.075 0.542 0.106 128 A 0.016 0.009 0.126 0.017 0.140 0.546 0.146 129 Q 0.027 0.034 0.101 0.017 0.240 0.230 0.352 130 Q 0.027 0.015 0.002 0.005 0.391 0.009 0.552 131 P 0.018 0.022 0.002 0.008 0.040 0.007 0.902 132 P 0.028 0.048 0.022 0.087 0.057 0.065 0.694 133 Y 0.025 0.021 0.050 0.349 0.069 0.070 0.415 134 T 0.009 0.003 0.100 0.767 0.042 0.028 0.051 135 R 0.009 0.003 0.048 0.884 0.012 0.017 0.028 136 L 0.003 0.001 0.028 0.940 0.002 0.018 0.009 137 I 0.002 0.001 0.015 0.954 0.005 0.017 0.005 138 D 0.001 0.001 0.012 0.970 0.002 0.011 0.004 139 S 0.002 0.001 0.018 0.955 0.003 0.016 0.006 140 A 0.004 0.001 0.031 0.903 0.009 0.044 0.008 141 R 0.005 0.002 0.033 0.730 0.017 0.200 0.014 142 R 0.006 0.001 0.026 0.477 0.063 0.399 0.028 143 Q 0.020 0.010 0.001 0.029 0.393 0.012 0.535 144 P 0.021 0.009 0.012 0.025 0.036 0.040 0.857 145 E 0.079 0.034 0.165 0.114 0.183 0.152 0.274 146 E 0.126 0.014 0.312 0.060 0.122 0.172 0.194 147 K 0.204 0.026 0.245 0.060 0.105 0.145 0.215 148 R 0.196 0.015 0.145 0.055 0.145 0.160 0.284 149 Q 0.178 0.010 0.111 0.034 0.181 0.291 0.195 150 D 0.247 0.016 0.051 0.010 0.167 0.228 0.280 151 I 0.454 0.025 0.008 0.002 0.101 0.020 0.391 152 R 0.437 0.005 0.006 0.002 0.156 0.058 0.336 153 G 0.880 0.002 0.003 0.001 0.033 0.021 0.061 154 A 0.957 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 155 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 156 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 157 G 0.942 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.037 158 F 0.791 0.004 0.005 0.002 0.058 0.012 0.129 159 F 0.570 0.042 0.005 0.003 0.109 0.020 0.251 160 T 0.140 0.018 0.005 0.004 0.146 0.008 0.679 161 P 0.013 0.003 0.412 0.266 0.044 0.155 0.108 162 E 0.008 0.002 0.510 0.253 0.029 0.168 0.030 163 L 0.014 0.006 0.520 0.260 0.023 0.120 0.057 164 F 0.054 0.031 0.207 0.333 0.067 0.178 0.130 165 H 0.043 0.013 0.083 0.223 0.060 0.502 0.076 166 G 0.053 0.008 0.052 0.079 0.140 0.470 0.198 167 V 0.094 0.045 0.026 0.039 0.186 0.101 0.510 168 G 0.109 0.038 0.036 0.021 0.213 0.109 0.473 169 S 0.117 0.028 0.080 0.043 0.234 0.204 0.294 170 A 0.100 0.024 0.076 0.050 0.193 0.317 0.240 171 G 0.170 0.021 0.072 0.034 0.227 0.222 0.254 172 F 0.353 0.033 0.048 0.037 0.129 0.061 0.339 173 H 0.554 0.037 0.051 0.052 0.085 0.036 0.185 174 I 0.627 0.023 0.059 0.049 0.041 0.048 0.154 175 H 0.576 0.028 0.048 0.049 0.056 0.077 0.166 176 F 0.506 0.025 0.052 0.038 0.064 0.075 0.240 177 A 0.299 0.031 0.033 0.035 0.147 0.089 0.366 178 D 0.132 0.017 0.039 0.035 0.163 0.085 0.529 179 D 0.057 0.015 0.159 0.143 0.168 0.347 0.111 180 E 0.046 0.007 0.178 0.125 0.073 0.483 0.088 181 R 0.122 0.026 0.198 0.110 0.112 0.232 0.199 182 A 0.196 0.044 0.052 0.083 0.117 0.259 0.249 183 Y 0.155 0.021 0.029 0.040 0.215 0.398 0.142 184 G 0.200 0.013 0.015 0.027 0.243 0.281 0.221 185 G 0.367 0.020 0.012 0.020 0.208 0.097 0.275 186 H 0.690 0.032 0.008 0.007 0.089 0.023 0.151 187 V 0.793 0.015 0.018 0.009 0.045 0.043 0.078 188 L 0.855 0.004 0.012 0.004 0.026 0.020 0.080 189 D 0.829 0.005 0.014 0.007 0.060 0.009 0.076 190 F 0.912 0.002 0.008 0.003 0.023 0.006 0.046 191 E 0.959 0.008 0.002 0.001 0.004 0.007 0.019 192 V 0.938 0.010 0.002 0.001 0.003 0.010 0.036 193 D 0.569 0.002 0.002 0.001 0.086 0.204 0.136 194 D 0.537 0.001 0.003 0.001 0.099 0.278 0.083 195 V 0.949 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.031 196 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 197 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 198 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 199 I 0.918 0.002 0.001 0.003 0.009 0.007 0.061 200 Q 0.560 0.004 0.007 0.005 0.163 0.042 0.220 201 N 0.576 0.008 0.018 0.020 0.160 0.050 0.168 202 F 0.439 0.015 0.085 0.072 0.093 0.056 0.240 203 E 0.459 0.006 0.102 0.051 0.150 0.078 0.153 204 T 0.603 0.008 0.101 0.065 0.060 0.087 0.077 205 F 0.750 0.021 0.050 0.060 0.020 0.024 0.075 206 Q 0.788 0.006 0.045 0.050 0.022 0.025 0.063 207 Q 0.803 0.005 0.024 0.047 0.019 0.033 0.069 208 H 0.658 0.021 0.022 0.068 0.043 0.039 0.148 209 F 0.414 0.025 0.004 0.016 0.196 0.005 0.340 210 P 0.224 0.018 0.009 0.010 0.069 0.024 0.646 211 V 0.063 0.028 0.068 0.040 0.165 0.381 0.255 212 N 0.044 0.014 0.035 0.049 0.313 0.291 0.253 213 N 0.024 0.011 0.026 0.076 0.342 0.042 0.478 214 E 0.003 0.002 0.043 0.772 0.027 0.129 0.023 215 T 0.005 0.002 0.046 0.830 0.014 0.087 0.016 216 F 0.032 0.016 0.098 0.745 0.016 0.050 0.043 217 V 0.088 0.016 0.058 0.662 0.034 0.066 0.077 218 K 0.082 0.009 0.114 0.489 0.049 0.180 0.076 219 A 0.076 0.009 0.089 0.252 0.119 0.343 0.112 220 K 0.083 0.011 0.037 0.076 0.115 0.358 0.320 221 I 0.086 0.077 0.007 0.016 0.116 0.021 0.676 222 D 0.036 0.024 0.009 0.011 0.044 0.014 0.862 223 Y 0.006 0.004 0.303 0.502 0.021 0.091 0.073 224 K 0.001 0.001 0.252 0.611 0.017 0.101 0.017 225 D 0.002 0.005 0.299 0.557 0.012 0.079 0.046 226 V 0.002 0.002 0.053 0.850 0.010 0.034 0.050 227 A 0.001 0.001 0.029 0.940 0.003 0.013 0.013 228 E 0.001 0.001 0.019 0.960 0.002 0.014 0.004 229 E 0.001 0.001 0.012 0.965 0.002 0.014 0.005 230 I 0.002 0.001 0.010 0.967 0.002 0.011 0.006 231 R 0.002 0.001 0.012 0.957 0.003 0.018 0.007 232 E 0.002 0.001 0.017 0.917 0.004 0.053 0.007 233 A 0.003 0.002 0.023 0.831 0.011 0.104 0.026 234 E 0.010 0.006 0.039 0.503 0.074 0.105 0.262