# TARGET T0250 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0250.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9438 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.633 0.203 0.085 0.052 0.021 0.006 0.001 2 T 0.389 0.285 0.188 0.097 0.034 0.006 0.001 3 N 0.289 0.361 0.212 0.102 0.029 0.006 0.001 4 V 0.044 0.101 0.222 0.295 0.234 0.094 0.010 5 L 0.010 0.017 0.036 0.091 0.238 0.478 0.130 6 Y 0.014 0.029 0.055 0.130 0.250 0.347 0.176 7 Q 0.012 0.027 0.034 0.066 0.127 0.333 0.400 8 H 0.010 0.023 0.040 0.093 0.195 0.320 0.320 9 G 0.012 0.031 0.068 0.146 0.214 0.304 0.226 10 T 0.012 0.016 0.024 0.044 0.093 0.281 0.530 11 L 0.007 0.011 0.016 0.043 0.109 0.362 0.451 12 G 0.011 0.031 0.085 0.189 0.246 0.258 0.180 13 T 0.012 0.021 0.039 0.106 0.207 0.392 0.223 14 L 0.008 0.011 0.013 0.033 0.108 0.426 0.402 15 M 0.017 0.048 0.081 0.153 0.243 0.329 0.128 16 A 0.047 0.154 0.233 0.258 0.185 0.098 0.027 17 G 0.035 0.123 0.204 0.268 0.226 0.120 0.024 18 L 0.031 0.090 0.144 0.220 0.260 0.217 0.037 19 L 0.032 0.048 0.092 0.202 0.332 0.256 0.037 20 E 0.165 0.315 0.277 0.159 0.061 0.019 0.004 21 G 0.072 0.124 0.168 0.246 0.229 0.139 0.023 22 T 0.150 0.279 0.247 0.187 0.093 0.038 0.006 23 A 0.051 0.130 0.217 0.271 0.228 0.093 0.011 24 T 0.042 0.199 0.303 0.269 0.140 0.043 0.004 25 I 0.010 0.020 0.055 0.229 0.443 0.228 0.014 26 N 0.157 0.469 0.269 0.085 0.016 0.002 0.001 27 E 0.048 0.344 0.380 0.189 0.035 0.004 0.001 28 L 0.004 0.012 0.049 0.256 0.489 0.185 0.006 29 L 0.026 0.170 0.378 0.315 0.102 0.009 0.001 30 E 0.538 0.365 0.076 0.017 0.003 0.001 0.001 31 H 0.153 0.302 0.298 0.180 0.055 0.011 0.001 32 G 0.072 0.139 0.224 0.292 0.202 0.065 0.005 33 N 0.136 0.298 0.251 0.177 0.090 0.039 0.009 34 L 0.007 0.019 0.056 0.158 0.315 0.361 0.085 35 G 0.011 0.034 0.084 0.192 0.288 0.301 0.091 36 I 0.012 0.020 0.029 0.057 0.143 0.408 0.331 37 A 0.013 0.027 0.037 0.083 0.188 0.352 0.299 38 T 0.006 0.017 0.040 0.111 0.245 0.362 0.220 39 L 0.011 0.032 0.073 0.198 0.319 0.272 0.095 40 T 0.108 0.278 0.242 0.191 0.109 0.058 0.014 41 G 0.041 0.137 0.205 0.243 0.210 0.126 0.037 42 S 0.010 0.028 0.071 0.166 0.283 0.322 0.120 43 D 0.022 0.047 0.086 0.167 0.249 0.273 0.156 44 G 0.009 0.016 0.036 0.084 0.168 0.402 0.286 45 E 0.009 0.016 0.022 0.047 0.116 0.390 0.401 46 V 0.005 0.008 0.013 0.026 0.076 0.278 0.593 47 I 0.005 0.013 0.025 0.069 0.150 0.335 0.402 48 F 0.007 0.015 0.034 0.083 0.176 0.381 0.305 49 L 0.018 0.034 0.057 0.129 0.230 0.371 0.162 50 D 0.090 0.163 0.213 0.232 0.165 0.107 0.031 51 G 0.143 0.202 0.206 0.203 0.147 0.079 0.019 52 K 0.239 0.299 0.212 0.136 0.069 0.037 0.009 53 A 0.060 0.115 0.168 0.234 0.245 0.158 0.020 54 Y 0.052 0.080 0.128 0.244 0.300 0.174 0.021 55 H 0.072 0.205 0.260 0.255 0.154 0.051 0.004 56 A 0.139 0.208 0.259 0.242 0.123 0.027 0.002 57 N 0.502 0.303 0.135 0.048 0.011 0.001 0.001 58 E 0.747 0.184 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 59 H 0.692 0.198 0.076 0.027 0.006 0.001 0.001 60 K 0.589 0.240 0.109 0.044 0.014 0.002 0.001 61 E 0.376 0.350 0.180 0.070 0.020 0.004 0.001 62 F 0.079 0.125 0.221 0.305 0.220 0.048 0.002 63 I 0.109 0.224 0.274 0.252 0.117 0.022 0.001 64 E 0.169 0.419 0.270 0.115 0.024 0.003 0.001 65 L 0.041 0.109 0.252 0.370 0.201 0.026 0.001 66 K 0.604 0.288 0.082 0.022 0.004 0.001 0.001 67 G 0.724 0.207 0.053 0.014 0.002 0.001 0.001 68 D 0.728 0.195 0.056 0.017 0.003 0.001 0.001 69 E 0.265 0.307 0.254 0.137 0.034 0.004 0.001 70 K 0.205 0.367 0.256 0.126 0.038 0.008 0.001 71 V 0.022 0.064 0.146 0.279 0.328 0.147 0.014 72 P 0.014 0.044 0.100 0.205 0.302 0.277 0.059 73 Y 0.010 0.035 0.072 0.150 0.230 0.367 0.136 74 A 0.012 0.025 0.042 0.093 0.211 0.411 0.206 75 S 0.009 0.041 0.104 0.205 0.264 0.291 0.087 76 I 0.008 0.013 0.028 0.093 0.268 0.445 0.146 77 T 0.033 0.099 0.181 0.274 0.248 0.142 0.023 78 N 0.094 0.238 0.248 0.209 0.137 0.065 0.009 79 F 0.077 0.146 0.235 0.280 0.190 0.067 0.005 80 K 0.415 0.333 0.157 0.067 0.023 0.005 0.001 81 A 0.307 0.249 0.217 0.147 0.064 0.015 0.001 82 S 0.533 0.290 0.116 0.045 0.014 0.003 0.001 83 K 0.296 0.269 0.236 0.145 0.046 0.008 0.001 84 T 0.376 0.310 0.179 0.096 0.031 0.007 0.001 85 F 0.110 0.138 0.226 0.299 0.189 0.037 0.001 86 P 0.338 0.395 0.183 0.064 0.017 0.003 0.001 87 L 0.083 0.139 0.257 0.317 0.170 0.033 0.001 88 Q 0.496 0.324 0.120 0.043 0.014 0.003 0.001 89 Q 0.507 0.295 0.128 0.052 0.015 0.003 0.001 90 L 0.103 0.149 0.225 0.298 0.183 0.041 0.001 91 S 0.308 0.424 0.181 0.066 0.017 0.003 0.001 92 Q 0.070 0.273 0.369 0.225 0.057 0.006 0.001 93 D 0.684 0.244 0.053 0.014 0.004 0.001 0.001 94 D 0.110 0.393 0.337 0.129 0.028 0.004 0.001 95 V 0.008 0.014 0.051 0.294 0.481 0.149 0.003 96 F 0.025 0.176 0.379 0.319 0.089 0.010 0.001 97 A 0.330 0.532 0.114 0.020 0.003 0.001 0.001 98 Q 0.031 0.131 0.361 0.366 0.102 0.010 0.001 99 I 0.010 0.011 0.046 0.227 0.528 0.175 0.003 100 K 0.142 0.380 0.338 0.119 0.019 0.002 0.001 101 N 0.566 0.369 0.055 0.009 0.001 0.001 0.001 102 E 0.178 0.340 0.284 0.149 0.041 0.007 0.001 103 M 0.055 0.101 0.214 0.372 0.214 0.043 0.001 104 L 0.300 0.322 0.203 0.111 0.050 0.013 0.001 105 S 0.318 0.273 0.204 0.138 0.053 0.012 0.001 106 E 0.215 0.379 0.225 0.115 0.045 0.019 0.003 107 N 0.029 0.054 0.116 0.247 0.363 0.176 0.015 108 L 0.023 0.060 0.147 0.265 0.272 0.198 0.035 109 F 0.031 0.040 0.055 0.095 0.209 0.436 0.134 110 S 0.045 0.064 0.110 0.219 0.252 0.231 0.079 111 A 0.050 0.054 0.071 0.118 0.187 0.333 0.187 112 V 0.030 0.052 0.064 0.137 0.207 0.336 0.174 113 K 0.052 0.115 0.184 0.239 0.203 0.157 0.051 114 I 0.017 0.034 0.056 0.121 0.263 0.409 0.099 115 Y 0.105 0.233 0.255 0.249 0.111 0.042 0.006 116 G 0.103 0.204 0.219 0.227 0.161 0.077 0.009 117 T 0.110 0.265 0.294 0.226 0.086 0.018 0.002 118 F 0.044 0.051 0.102 0.269 0.384 0.142 0.007 119 K 0.331 0.406 0.193 0.058 0.009 0.001 0.001 120 H 0.299 0.376 0.213 0.085 0.022 0.004 0.001 121 M 0.087 0.098 0.165 0.289 0.266 0.089 0.006 122 H 0.197 0.303 0.244 0.174 0.064 0.016 0.002 123 V 0.218 0.271 0.196 0.172 0.096 0.042 0.006 124 R 0.097 0.188 0.245 0.258 0.148 0.055 0.007 125 M 0.115 0.152 0.176 0.227 0.204 0.109 0.017 126 M 0.182 0.240 0.246 0.195 0.097 0.034 0.006 127 P 0.552 0.283 0.097 0.043 0.017 0.006 0.001 128 A 0.436 0.290 0.147 0.081 0.032 0.012 0.002 129 Q 0.227 0.191 0.196 0.210 0.130 0.041 0.004 130 Q 0.378 0.314 0.184 0.082 0.030 0.010 0.002 131 P 0.449 0.288 0.141 0.073 0.033 0.013 0.004 132 P 0.209 0.297 0.238 0.164 0.070 0.019 0.003 133 Y 0.090 0.131 0.213 0.292 0.218 0.052 0.004 134 T 0.355 0.353 0.190 0.072 0.023 0.006 0.001 135 R 0.195 0.395 0.246 0.118 0.036 0.008 0.001 136 L 0.045 0.030 0.064 0.234 0.407 0.200 0.021 137 I 0.099 0.220 0.284 0.262 0.104 0.029 0.002 138 D 0.205 0.426 0.237 0.099 0.026 0.007 0.001 139 S 0.073 0.068 0.121 0.261 0.322 0.145 0.009 140 A 0.100 0.110 0.176 0.266 0.244 0.097 0.007 141 R 0.335 0.400 0.181 0.064 0.016 0.004 0.001 142 R 0.317 0.355 0.212 0.091 0.022 0.003 0.001 143 Q 0.078 0.100 0.173 0.299 0.267 0.080 0.003 144 P 0.343 0.276 0.188 0.123 0.056 0.014 0.001 145 E 0.528 0.306 0.117 0.038 0.009 0.001 0.001 146 E 0.361 0.313 0.195 0.098 0.028 0.005 0.001 147 K 0.322 0.333 0.191 0.109 0.036 0.008 0.001 148 R 0.306 0.241 0.212 0.162 0.069 0.010 0.001 149 Q 0.631 0.265 0.078 0.021 0.004 0.001 0.001 150 D 0.358 0.351 0.190 0.082 0.016 0.002 0.001 151 I 0.046 0.085 0.187 0.348 0.269 0.064 0.002 152 R 0.236 0.408 0.234 0.091 0.026 0.005 0.001 153 G 0.029 0.054 0.130 0.301 0.313 0.158 0.015 154 A 0.015 0.031 0.065 0.142 0.280 0.381 0.086 155 I 0.012 0.022 0.041 0.087 0.185 0.404 0.249 156 V 0.016 0.024 0.039 0.080 0.140 0.332 0.369 157 G 0.015 0.031 0.040 0.073 0.144 0.358 0.338 158 F 0.014 0.028 0.050 0.116 0.200 0.336 0.256 159 F 0.015 0.033 0.061 0.143 0.239 0.355 0.155 160 T 0.048 0.123 0.146 0.197 0.213 0.199 0.075 161 P 0.060 0.114 0.183 0.255 0.214 0.133 0.042 162 E 0.161 0.296 0.243 0.160 0.081 0.045 0.014 163 L 0.045 0.075 0.124 0.221 0.261 0.211 0.063 164 F 0.061 0.079 0.111 0.210 0.280 0.210 0.050 165 H 0.195 0.284 0.225 0.162 0.081 0.039 0.013 166 G 0.229 0.194 0.155 0.164 0.125 0.096 0.037 167 V 0.103 0.111 0.139 0.188 0.211 0.179 0.069 168 G 0.181 0.193 0.181 0.174 0.126 0.097 0.049 169 S 0.122 0.108 0.115 0.161 0.178 0.201 0.115 170 A 0.144 0.133 0.113 0.137 0.179 0.191 0.103 171 G 0.098 0.106 0.154 0.195 0.173 0.163 0.111 172 F 0.044 0.052 0.073 0.123 0.186 0.303 0.219 173 H 0.018 0.032 0.045 0.077 0.147 0.327 0.354 174 I 0.016 0.040 0.072 0.141 0.222 0.299 0.211 175 H 0.013 0.032 0.049 0.097 0.194 0.370 0.243 176 F 0.007 0.027 0.068 0.181 0.301 0.332 0.084 177 A 0.011 0.029 0.073 0.187 0.360 0.294 0.045 178 D 0.125 0.301 0.307 0.195 0.061 0.010 0.001 179 D 0.315 0.403 0.191 0.068 0.018 0.004 0.001 180 E 0.467 0.286 0.141 0.077 0.024 0.005 0.001 181 R 0.296 0.232 0.193 0.169 0.089 0.020 0.001 182 A 0.424 0.266 0.163 0.097 0.039 0.011 0.001 183 Y 0.177 0.252 0.249 0.190 0.092 0.035 0.005 184 G 0.162 0.207 0.206 0.206 0.143 0.067 0.009 185 G 0.118 0.124 0.165 0.218 0.206 0.142 0.027 186 H 0.066 0.086 0.121 0.170 0.226 0.271 0.061 187 V 0.046 0.059 0.088 0.158 0.256 0.290 0.103 188 L 0.033 0.056 0.091 0.190 0.289 0.269 0.072 189 D 0.100 0.187 0.201 0.188 0.156 0.128 0.040 190 F 0.027 0.062 0.134 0.270 0.334 0.161 0.011 191 E 0.128 0.366 0.288 0.149 0.054 0.014 0.001 192 V 0.056 0.123 0.215 0.303 0.239 0.062 0.003 193 D 0.550 0.312 0.102 0.028 0.006 0.001 0.001 194 D 0.338 0.416 0.175 0.060 0.009 0.001 0.001 195 V 0.023 0.053 0.140 0.325 0.327 0.128 0.004 196 V 0.043 0.249 0.370 0.229 0.086 0.022 0.002 197 V 0.017 0.030 0.059 0.188 0.389 0.294 0.023 198 E 0.026 0.173 0.314 0.301 0.143 0.041 0.003 199 I 0.027 0.054 0.125 0.294 0.364 0.131 0.006 200 Q 0.207 0.391 0.269 0.102 0.024 0.005 0.001 201 N 0.320 0.393 0.181 0.080 0.021 0.003 0.001 202 F 0.135 0.182 0.285 0.266 0.113 0.018 0.001 203 E 0.547 0.314 0.100 0.032 0.007 0.001 0.001 204 T 0.269 0.366 0.244 0.095 0.022 0.004 0.001 205 F 0.042 0.056 0.109 0.263 0.350 0.172 0.008 206 Q 0.078 0.235 0.309 0.235 0.107 0.032 0.003 207 Q 0.069 0.097 0.126 0.213 0.269 0.203 0.023 208 H 0.056 0.163 0.235 0.245 0.190 0.094 0.017 209 F 0.018 0.040 0.095 0.243 0.349 0.232 0.023 210 P 0.094 0.226 0.256 0.218 0.132 0.065 0.008 211 V 0.169 0.246 0.234 0.209 0.110 0.029 0.002 212 N 0.419 0.297 0.167 0.080 0.029 0.008 0.001 213 N 0.487 0.288 0.141 0.061 0.018 0.004 0.001 214 E 0.442 0.309 0.168 0.061 0.016 0.003 0.001 215 T 0.491 0.347 0.113 0.037 0.010 0.002 0.001 216 F 0.072 0.102 0.196 0.330 0.235 0.063 0.003 217 V 0.065 0.140 0.242 0.316 0.188 0.048 0.002 218 K 0.215 0.373 0.261 0.114 0.031 0.006 0.001 219 A 0.170 0.167 0.226 0.253 0.153 0.030 0.001 220 K 0.303 0.334 0.214 0.101 0.038 0.009 0.001 221 I 0.050 0.078 0.182 0.355 0.277 0.056 0.001 222 D 0.316 0.426 0.187 0.057 0.012 0.002 0.001 223 Y 0.139 0.301 0.295 0.199 0.057 0.009 0.001 224 K 0.808 0.153 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 225 D 0.643 0.260 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 226 V 0.114 0.142 0.257 0.340 0.132 0.014 0.001 227 A 0.325 0.382 0.202 0.073 0.016 0.002 0.001 228 E 0.675 0.270 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 229 E 0.172 0.254 0.285 0.220 0.060 0.008 0.001 230 I 0.053 0.051 0.113 0.312 0.372 0.098 0.002 231 R 0.278 0.356 0.251 0.096 0.017 0.002 0.001 232 E 0.498 0.379 0.096 0.023 0.004 0.001 0.001 233 A 0.291 0.163 0.195 0.215 0.113 0.023 0.001 234 E 0.493 0.217 0.149 0.094 0.036 0.010 0.001