# TARGET T0249 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0249.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.004 0.006 0.042 0.147 0.788 2 Q 0.036 0.014 0.017 0.139 0.177 0.617 3 E 0.027 0.016 0.018 0.196 0.234 0.510 4 Q 0.016 0.009 0.028 0.205 0.253 0.489 5 R 0.010 0.005 0.032 0.321 0.264 0.369 6 Q 0.005 0.005 0.032 0.343 0.199 0.416 7 Q 0.005 0.007 0.049 0.659 0.122 0.158 8 L 0.002 0.001 0.019 0.934 0.019 0.025 9 L 0.001 0.001 0.007 0.972 0.010 0.010 10 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.006 11 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 12 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 17 F 0.002 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 18 S 0.004 0.001 0.002 0.967 0.013 0.012 19 S 0.012 0.005 0.006 0.785 0.082 0.108 20 E 0.008 0.003 0.003 0.030 0.202 0.754 21 E 0.021 0.003 0.003 0.010 0.207 0.757 22 P 0.056 0.010 0.003 0.004 0.113 0.814 23 V 0.188 0.137 0.002 0.008 0.086 0.579 24 N 0.098 0.011 0.003 0.032 0.069 0.787 25 L 0.001 0.001 0.017 0.972 0.007 0.004 26 Q 0.001 0.001 0.013 0.981 0.005 0.001 27 T 0.001 0.001 0.015 0.981 0.004 0.001 28 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 29 S 0.001 0.001 0.015 0.978 0.005 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.043 0.932 0.020 0.004 31 I 0.001 0.001 0.034 0.904 0.037 0.024 32 T 0.001 0.011 0.052 0.740 0.123 0.073 33 A 0.002 0.003 0.114 0.381 0.393 0.107 34 H 0.002 0.001 0.090 0.093 0.660 0.154 35 K 0.009 0.004 0.082 0.034 0.668 0.203 36 F 0.015 0.027 0.017 0.029 0.534 0.378 37 T 0.004 0.009 0.007 0.032 0.222 0.726 38 P 0.001 0.001 0.059 0.854 0.065 0.021 39 S 0.001 0.001 0.035 0.919 0.035 0.009 40 E 0.001 0.001 0.038 0.939 0.018 0.005 41 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.005 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 43 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 44 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 45 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 46 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 49 N 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 50 R 0.001 0.001 0.005 0.977 0.013 0.005 51 D 0.001 0.001 0.010 0.938 0.030 0.022 52 Y 0.004 0.008 0.021 0.858 0.072 0.037 53 E 0.008 0.006 0.049 0.664 0.176 0.096 54 A 0.012 0.004 0.078 0.327 0.427 0.153 55 T 0.015 0.007 0.104 0.122 0.535 0.217 56 G 0.032 0.004 0.037 0.025 0.517 0.385 57 R 0.170 0.016 0.020 0.005 0.374 0.414 58 T 0.587 0.015 0.006 0.002 0.122 0.268 59 F 0.885 0.003 0.001 0.001 0.026 0.083 60 R 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 61 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 62 H 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 63 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 64 I 0.894 0.005 0.002 0.001 0.060 0.038 65 A 0.213 0.003 0.010 0.010 0.671 0.093 66 G 0.066 0.002 0.025 0.018 0.776 0.113 67 G 0.527 0.019 0.009 0.007 0.350 0.088 68 Y 0.905 0.007 0.001 0.002 0.035 0.049 69 R 0.961 0.002 0.001 0.001 0.007 0.030 70 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 71 L 0.930 0.003 0.001 0.002 0.015 0.050 72 T 0.673 0.008 0.001 0.003 0.040 0.275 73 E 0.221 0.008 0.025 0.024 0.166 0.556 74 P 0.038 0.003 0.202 0.073 0.288 0.396 75 E 0.016 0.005 0.363 0.141 0.319 0.155 76 F 0.013 0.010 0.271 0.341 0.223 0.142 77 A 0.007 0.003 0.116 0.656 0.132 0.087 78 D 0.001 0.002 0.082 0.801 0.077 0.038 79 L 0.001 0.001 0.038 0.930 0.024 0.006 80 V 0.001 0.001 0.015 0.966 0.015 0.003 81 R 0.001 0.001 0.017 0.958 0.020 0.005 82 Q 0.001 0.001 0.015 0.935 0.034 0.015 83 L 0.001 0.001 0.011 0.900 0.046 0.041 84 L 0.002 0.006 0.020 0.806 0.072 0.095 85 A 0.008 0.005 0.024 0.371 0.210 0.382 86 P 0.014 0.003 0.042 0.141 0.254 0.546 87 V 0.022 0.011 0.036 0.088 0.294 0.549 88 I 0.020 0.009 0.026 0.059 0.234 0.652 89 Q 0.017 0.009 0.038 0.072 0.247 0.618 90 R 0.022 0.011 0.053 0.120 0.260 0.534 91 R 0.014 0.017 0.021 0.048 0.165 0.734 92 L 0.006 0.013 0.008 0.065 0.129 0.779 93 S 0.002 0.003 0.002 0.046 0.039 0.909 94 R 0.001 0.001 0.003 0.978 0.005 0.013 95 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 96 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 105 W 0.001 0.001 0.004 0.967 0.019 0.009 106 H 0.001 0.002 0.009 0.654 0.156 0.178 107 Q 0.004 0.003 0.006 0.076 0.393 0.519 108 P 0.005 0.009 0.007 0.020 0.290 0.669 109 V 0.012 0.065 0.002 0.020 0.240 0.661 110 T 0.009 0.006 0.002 0.026 0.118 0.838 111 K 0.002 0.001 0.018 0.931 0.023 0.026 112 G 0.004 0.001 0.017 0.943 0.028 0.008 113 E 0.005 0.001 0.017 0.947 0.023 0.007 114 I 0.008 0.001 0.012 0.955 0.016 0.008 115 Q 0.007 0.001 0.019 0.947 0.020 0.006 116 Q 0.008 0.001 0.037 0.905 0.037 0.013 117 I 0.010 0.002 0.038 0.874 0.055 0.022 118 R 0.014 0.005 0.054 0.766 0.094 0.067 119 G 0.036 0.003 0.029 0.197 0.315 0.420 120 A 0.061 0.023 0.016 0.038 0.247 0.615 121 S 0.055 0.036 0.010 0.023 0.267 0.609 122 P 0.005 0.003 0.083 0.464 0.237 0.207 123 D 0.001 0.001 0.054 0.840 0.070 0.035 124 Y 0.001 0.001 0.019 0.973 0.006 0.001 125 S 0.001 0.001 0.007 0.989 0.002 0.001 126 I 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 127 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 128 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 129 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.006 0.001 130 L 0.001 0.001 0.006 0.981 0.009 0.003 131 A 0.001 0.001 0.006 0.966 0.017 0.009 132 R 0.002 0.001 0.004 0.922 0.030 0.041 133 G 0.011 0.001 0.002 0.237 0.123 0.626 134 L 0.133 0.016 0.006 0.156 0.202 0.487 135 I 0.391 0.018 0.015 0.195 0.198 0.182 136 E 0.396 0.011 0.040 0.229 0.200 0.125 137 V 0.358 0.014 0.061 0.242 0.171 0.154 138 R 0.149 0.008 0.051 0.196 0.252 0.344 139 G 0.067 0.005 0.014 0.030 0.271 0.613 140 R 0.145 0.028 0.021 0.017 0.271 0.519 141 A 0.191 0.051 0.016 0.017 0.316 0.409 142 D 0.075 0.029 0.015 0.017 0.410 0.453 143 S 0.024 0.018 0.007 0.008 0.815 0.128 144 P 0.026 0.005 0.005 0.011 0.775 0.178 145 G 0.050 0.014 0.008 0.014 0.694 0.221 146 R 0.199 0.022 0.010 0.011 0.512 0.245 147 P 0.310 0.024 0.045 0.043 0.227 0.352 148 L 0.415 0.028 0.132 0.051 0.183 0.191 149 Q 0.621 0.018 0.111 0.056 0.091 0.102 150 Y 0.697 0.010 0.063 0.070 0.068 0.092 151 G 0.686 0.014 0.038 0.075 0.078 0.110 152 T 0.582 0.043 0.017 0.134 0.066 0.158 153 T 0.049 0.007 0.024 0.441 0.159 0.320 154 E 0.001 0.001 0.038 0.926 0.029 0.007 155 V 0.001 0.001 0.029 0.956 0.015 0.001 156 F 0.001 0.001 0.023 0.962 0.015 0.001 157 L 0.001 0.001 0.015 0.963 0.021 0.001 158 D 0.001 0.001 0.035 0.922 0.037 0.006 159 L 0.001 0.001 0.033 0.864 0.086 0.015 160 F 0.004 0.004 0.040 0.479 0.232 0.241 161 H 0.004 0.002 0.004 0.003 0.171 0.816 162 L 0.048 0.005 0.062 0.004 0.436 0.445 163 P 0.111 0.047 0.095 0.006 0.414 0.327 164 S 0.131 0.049 0.131 0.017 0.511 0.162 165 L 0.003 0.002 0.780 0.015 0.192 0.008 166 K 0.008 0.003 0.636 0.028 0.286 0.040 167 D 0.008 0.002 0.516 0.048 0.358 0.068 168 L 0.018 0.015 0.016 0.026 0.238 0.687 169 P 0.022 0.036 0.031 0.082 0.130 0.698 170 K 0.024 0.012 0.097 0.266 0.156 0.444 171 L 0.005 0.001 0.250 0.358 0.195 0.192 172 R 0.001 0.003 0.267 0.459 0.150 0.119 173 E 0.001 0.001 0.182 0.461 0.228 0.126 174 I 0.002 0.009 0.060 0.542 0.246 0.142 175 K 0.001 0.006 0.045 0.669 0.188 0.089 176 E 0.001 0.002 0.033 0.781 0.109 0.075 177 I 0.001 0.001 0.027 0.886 0.051 0.034 178 L 0.001 0.002 0.023 0.839 0.081 0.054 179 Q 0.001 0.001 0.012 0.853 0.071 0.061 180 E 0.001 0.001 0.008 0.867 0.056 0.067 181 H 0.002 0.002 0.007 0.832 0.063 0.094 182 E 0.005 0.002 0.009 0.850 0.065 0.070 183 E 0.005 0.001 0.008 0.846 0.063 0.076 184 Q 0.005 0.001 0.008 0.817 0.070 0.099 185 Q 0.006 0.002 0.010 0.803 0.071 0.108 186 Y 0.005 0.002 0.011 0.813 0.082 0.087 187 L 0.003 0.002 0.018 0.841 0.073 0.062 188 A 0.004 0.002 0.027 0.699 0.132 0.136 189 A 0.004 0.002 0.023 0.630 0.151 0.189 190 D 0.006 0.004 0.043 0.509 0.226 0.212 191 G 0.007 0.004 0.031 0.281 0.317 0.360 192 D 0.010 0.007 0.044 0.263 0.281 0.395 193 L 0.011 0.009 0.031 0.139 0.325 0.485 194 P 0.009 0.006 0.148 0.214 0.311 0.312 195 V 0.019 0.019 0.161 0.251 0.265 0.285 196 A 0.027 0.022 0.127 0.168 0.349 0.307 197 A 0.025 0.042 0.055 0.159 0.348 0.371 198 D 0.010 0.014 0.029 0.064 0.611 0.273 199 E 0.004 0.004 0.117 0.129 0.634 0.113 200 D 0.004 0.008 0.115 0.125 0.613 0.135 201 E 0.006 0.015 0.078 0.113 0.628 0.160 202 K 0.013 0.024 0.030 0.133 0.498 0.301 203 P 0.017 0.014 0.061 0.201 0.425 0.283 204 R 0.029 0.016 0.112 0.178 0.433 0.232 205 M 0.072 0.022 0.119 0.226 0.331 0.231 206 E 0.160 0.027 0.058 0.134 0.213 0.408 207 R 0.154 0.031 0.038 0.120 0.143 0.515 208 I 0.071 0.027 0.009 0.054 0.071 0.767 209 E 0.004 0.003 0.003 0.022 0.042 0.926