# TARGET T0249 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0249.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.993 2 Q 0.017 0.013 0.012 0.478 0.003 0.046 0.431 3 E 0.019 0.009 0.032 0.431 0.093 0.100 0.317 4 Q 0.015 0.006 0.047 0.431 0.071 0.127 0.303 5 R 0.012 0.003 0.047 0.642 0.089 0.075 0.132 6 Q 0.008 0.001 0.036 0.768 0.048 0.032 0.106 7 Q 0.003 0.002 0.016 0.859 0.030 0.026 0.064 8 L 0.001 0.001 0.005 0.948 0.008 0.018 0.018 9 L 0.001 0.001 0.002 0.961 0.007 0.020 0.009 10 R 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.013 0.005 11 S 0.001 0.001 0.001 0.972 0.004 0.015 0.007 12 L 0.004 0.001 0.001 0.979 0.004 0.007 0.005 13 E 0.007 0.001 0.001 0.979 0.003 0.006 0.003 14 A 0.008 0.001 0.001 0.985 0.002 0.002 0.002 15 L 0.005 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 0.001 16 I 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.001 17 F 0.003 0.001 0.002 0.978 0.001 0.013 0.002 18 S 0.001 0.001 0.003 0.954 0.003 0.035 0.003 19 S 0.002 0.001 0.004 0.773 0.022 0.187 0.011 20 E 0.003 0.001 0.004 0.108 0.227 0.571 0.087 21 E 0.034 0.006 0.003 0.033 0.568 0.040 0.317 22 P 0.102 0.022 0.001 0.005 0.118 0.011 0.740 23 V 0.166 0.068 0.001 0.004 0.096 0.007 0.657 24 N 0.091 0.028 0.001 0.006 0.060 0.003 0.811 25 L 0.001 0.001 0.059 0.904 0.010 0.021 0.004 26 Q 0.001 0.001 0.071 0.893 0.007 0.022 0.005 27 T 0.001 0.001 0.084 0.887 0.006 0.014 0.007 28 L 0.001 0.001 0.020 0.954 0.006 0.011 0.007 29 S 0.002 0.001 0.035 0.905 0.008 0.039 0.011 30 Q 0.003 0.001 0.047 0.826 0.008 0.104 0.013 31 I 0.002 0.002 0.040 0.785 0.025 0.116 0.031 32 T 0.007 0.019 0.070 0.419 0.116 0.188 0.181 33 A 0.006 0.006 0.095 0.069 0.164 0.411 0.248 34 H 0.005 0.003 0.100 0.039 0.200 0.540 0.113 35 K 0.009 0.012 0.070 0.016 0.105 0.385 0.402 36 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.048 0.003 0.941 37 T 0.004 0.008 0.001 0.004 0.011 0.002 0.971 38 P 0.001 0.001 0.033 0.887 0.022 0.032 0.025 39 S 0.001 0.001 0.020 0.944 0.007 0.021 0.007 40 E 0.001 0.001 0.015 0.963 0.004 0.011 0.006 41 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 0.002 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 43 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.003 45 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 46 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.002 47 E 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.018 0.003 48 L 0.001 0.001 0.002 0.959 0.005 0.023 0.010 49 N 0.001 0.001 0.010 0.917 0.011 0.046 0.013 50 R 0.002 0.001 0.026 0.813 0.011 0.121 0.026 51 D 0.002 0.003 0.046 0.676 0.022 0.191 0.060 52 Y 0.008 0.013 0.078 0.451 0.080 0.205 0.166 53 E 0.012 0.004 0.096 0.240 0.120 0.355 0.173 54 A 0.014 0.007 0.087 0.140 0.178 0.403 0.171 55 T 0.020 0.008 0.038 0.050 0.299 0.281 0.305 56 G 0.036 0.005 0.021 0.012 0.327 0.202 0.398 57 R 0.126 0.004 0.007 0.005 0.531 0.047 0.279 58 T 0.719 0.009 0.002 0.001 0.042 0.013 0.213 59 F 0.902 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.090 60 R 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 61 I 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 62 H 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 63 A 0.939 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.050 64 I 0.890 0.003 0.005 0.001 0.020 0.025 0.056 65 A 0.457 0.004 0.027 0.004 0.135 0.327 0.046 66 G 0.057 0.001 0.021 0.001 0.163 0.723 0.034 67 G 0.429 0.004 0.014 0.001 0.131 0.216 0.205 68 Y 0.891 0.010 0.001 0.001 0.008 0.003 0.088 69 R 0.954 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 70 F 0.943 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.042 71 L 0.828 0.007 0.003 0.001 0.038 0.010 0.113 72 T 0.470 0.015 0.003 0.002 0.161 0.009 0.340 73 E 0.137 0.007 0.007 0.013 0.104 0.010 0.723 74 P 0.004 0.001 0.345 0.489 0.035 0.093 0.034 75 E 0.002 0.003 0.280 0.577 0.024 0.094 0.020 76 F 0.001 0.001 0.150 0.790 0.006 0.038 0.013 77 A 0.001 0.001 0.025 0.949 0.005 0.015 0.006 78 D 0.001 0.001 0.015 0.959 0.003 0.018 0.004 79 L 0.001 0.001 0.013 0.966 0.003 0.014 0.004 80 V 0.001 0.001 0.006 0.978 0.002 0.010 0.003 81 R 0.001 0.001 0.012 0.955 0.004 0.024 0.003 82 Q 0.001 0.001 0.016 0.918 0.006 0.054 0.004 83 L 0.001 0.001 0.022 0.864 0.010 0.092 0.010 84 L 0.004 0.007 0.027 0.621 0.056 0.214 0.071 85 A 0.007 0.003 0.045 0.234 0.105 0.371 0.235 86 P 0.014 0.006 0.060 0.131 0.233 0.224 0.332 87 V 0.025 0.011 0.054 0.117 0.211 0.144 0.439 88 I 0.024 0.021 0.036 0.093 0.228 0.076 0.522 89 Q 0.018 0.013 0.037 0.068 0.178 0.071 0.614 90 R 0.019 0.007 0.070 0.114 0.149 0.213 0.428 91 R 0.033 0.026 0.086 0.131 0.117 0.160 0.445 92 L 0.017 0.020 0.053 0.176 0.194 0.069 0.471 93 S 0.011 0.009 0.006 0.192 0.155 0.033 0.595 94 R 0.001 0.001 0.013 0.952 0.009 0.018 0.008 95 S 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.008 0.002 96 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.022 0.001 105 W 0.001 0.001 0.004 0.873 0.011 0.105 0.006 106 H 0.003 0.004 0.009 0.711 0.059 0.161 0.053 107 Q 0.009 0.007 0.015 0.257 0.252 0.087 0.373 108 P 0.009 0.006 0.058 0.181 0.155 0.338 0.252 109 V 0.041 0.030 0.074 0.219 0.159 0.198 0.279 110 T 0.089 0.022 0.025 0.199 0.096 0.048 0.521 111 K 0.012 0.001 0.041 0.853 0.024 0.031 0.037 112 G 0.019 0.002 0.032 0.888 0.014 0.025 0.021 113 E 0.028 0.005 0.029 0.884 0.013 0.022 0.019 114 I 0.042 0.002 0.013 0.908 0.007 0.013 0.015 115 Q 0.082 0.001 0.014 0.854 0.010 0.021 0.018 116 Q 0.058 0.002 0.023 0.851 0.012 0.043 0.011 117 I 0.057 0.004 0.023 0.812 0.020 0.066 0.019 118 R 0.055 0.004 0.031 0.555 0.057 0.263 0.034 119 G 0.056 0.004 0.033 0.250 0.130 0.402 0.125 120 A 0.063 0.020 0.023 0.109 0.254 0.083 0.450 121 S 0.053 0.058 0.025 0.073 0.128 0.061 0.601 122 P 0.018 0.009 0.026 0.184 0.117 0.062 0.584 123 D 0.003 0.002 0.049 0.610 0.060 0.157 0.119 124 Y 0.001 0.001 0.034 0.837 0.027 0.077 0.023 125 S 0.001 0.001 0.011 0.940 0.011 0.019 0.016 126 I 0.001 0.001 0.003 0.978 0.006 0.006 0.007 127 D 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.006 0.005 128 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.006 0.003 129 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.005 0.004 130 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.002 0.014 0.005 131 A 0.001 0.001 0.003 0.861 0.003 0.124 0.007 132 R 0.001 0.001 0.004 0.382 0.008 0.597 0.008 133 G 0.003 0.003 0.010 0.279 0.045 0.596 0.064 134 L 0.033 0.014 0.019 0.208 0.112 0.043 0.571 135 I 0.177 0.041 0.040 0.386 0.056 0.029 0.271 136 E 0.226 0.009 0.053 0.495 0.049 0.052 0.116 137 V 0.167 0.012 0.043 0.556 0.050 0.106 0.066 138 R 0.138 0.005 0.025 0.318 0.131 0.240 0.143 139 G 0.127 0.005 0.017 0.053 0.194 0.257 0.347 140 R 0.168 0.021 0.014 0.025 0.111 0.056 0.605 141 A 0.254 0.040 0.012 0.013 0.166 0.040 0.475 142 D 0.135 0.045 0.013 0.010 0.228 0.068 0.501 143 S 0.045 0.026 0.011 0.003 0.183 0.045 0.688 144 P 0.010 0.005 0.015 0.003 0.235 0.633 0.100 145 G 0.012 0.005 0.014 0.004 0.264 0.611 0.091 146 R 0.085 0.032 0.021 0.017 0.279 0.049 0.518 147 P 0.322 0.080 0.016 0.023 0.076 0.034 0.449 148 L 0.534 0.031 0.038 0.041 0.085 0.036 0.235 149 Q 0.689 0.017 0.047 0.038 0.039 0.029 0.141 150 Y 0.661 0.006 0.039 0.063 0.034 0.061 0.136 151 G 0.596 0.037 0.044 0.054 0.044 0.054 0.171 152 T 0.483 0.070 0.019 0.073 0.087 0.025 0.243 153 T 0.095 0.008 0.007 0.189 0.105 0.015 0.581 154 E 0.001 0.001 0.015 0.964 0.005 0.009 0.006 155 V 0.001 0.001 0.006 0.976 0.003 0.012 0.002 156 F 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.006 0.001 157 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.002 0.006 0.002 158 D 0.001 0.001 0.014 0.949 0.002 0.032 0.002 159 L 0.001 0.001 0.029 0.868 0.003 0.098 0.002 160 F 0.001 0.006 0.023 0.389 0.047 0.520 0.016 161 H 0.002 0.011 0.008 0.034 0.091 0.551 0.302 162 L 0.002 0.015 0.008 0.009 0.106 0.040 0.820 163 P 0.005 0.038 0.053 0.022 0.317 0.107 0.456 164 S 0.008 0.035 0.048 0.047 0.471 0.071 0.321 165 L 0.003 0.009 0.384 0.206 0.098 0.074 0.226 166 K 0.007 0.005 0.423 0.200 0.052 0.210 0.104 167 D 0.003 0.013 0.407 0.229 0.085 0.163 0.101 168 L 0.002 0.014 0.035 0.130 0.515 0.047 0.257 169 P 0.003 0.006 0.049 0.145 0.133 0.209 0.455 170 K 0.003 0.023 0.050 0.173 0.079 0.142 0.528 171 L 0.002 0.006 0.098 0.404 0.088 0.086 0.317 172 R 0.004 0.004 0.129 0.481 0.073 0.153 0.157 173 E 0.002 0.004 0.109 0.513 0.067 0.152 0.155 174 I 0.002 0.009 0.056 0.580 0.080 0.081 0.192 175 K 0.002 0.002 0.030 0.727 0.053 0.105 0.082 176 E 0.003 0.002 0.025 0.728 0.029 0.147 0.066 177 I 0.001 0.004 0.021 0.726 0.039 0.073 0.135 178 L 0.002 0.004 0.023 0.771 0.031 0.065 0.103 179 Q 0.002 0.002 0.022 0.803 0.023 0.094 0.054 180 E 0.001 0.001 0.014 0.837 0.030 0.062 0.053 181 H 0.002 0.002 0.013 0.830 0.031 0.049 0.073 182 E 0.002 0.002 0.013 0.850 0.022 0.064 0.046 183 E 0.003 0.001 0.015 0.824 0.023 0.082 0.052 184 Q 0.003 0.002 0.016 0.799 0.031 0.091 0.059 185 Q 0.005 0.003 0.020 0.771 0.035 0.086 0.081 186 Y 0.008 0.005 0.033 0.714 0.054 0.066 0.120 187 L 0.009 0.004 0.042 0.716 0.050 0.089 0.090 188 A 0.006 0.003 0.051 0.652 0.042 0.157 0.089 189 A 0.004 0.006 0.050 0.535 0.074 0.174 0.158 190 D 0.005 0.005 0.054 0.390 0.103 0.275 0.168 191 G 0.006 0.004 0.055 0.268 0.124 0.331 0.212 192 D 0.007 0.015 0.048 0.265 0.174 0.144 0.347 193 L 0.010 0.012 0.037 0.220 0.164 0.057 0.500 194 P 0.015 0.008 0.108 0.253 0.082 0.166 0.368 195 V 0.019 0.026 0.162 0.281 0.097 0.145 0.269 196 A 0.015 0.023 0.123 0.265 0.140 0.111 0.324 197 A 0.009 0.007 0.084 0.215 0.115 0.201 0.368 198 D 0.005 0.009 0.085 0.196 0.137 0.218 0.349 199 E 0.003 0.007 0.133 0.196 0.137 0.207 0.317 200 D 0.003 0.004 0.126 0.225 0.084 0.308 0.250 201 E 0.004 0.010 0.089 0.244 0.181 0.131 0.342 202 K 0.006 0.018 0.051 0.396 0.156 0.084 0.289 203 P 0.008 0.007 0.060 0.392 0.072 0.099 0.363 204 R 0.012 0.013 0.114 0.387 0.061 0.170 0.243 205 M 0.020 0.006 0.212 0.410 0.075 0.131 0.145 206 E 0.032 0.005 0.235 0.393 0.067 0.091 0.177 207 R 0.026 0.009 0.144 0.341 0.126 0.135 0.220 208 I 0.024 0.024 0.067 0.217 0.006 0.208 0.453 209 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995