# TARGET T0249 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0249.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.813 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.003 0.002 0.043 0.074 0.872 2 Q 0.012 0.006 0.010 0.416 0.091 0.465 3 E 0.008 0.005 0.013 0.710 0.079 0.186 4 Q 0.007 0.003 0.009 0.855 0.051 0.076 5 R 0.004 0.001 0.004 0.962 0.013 0.017 6 Q 0.003 0.001 0.003 0.984 0.005 0.005 7 Q 0.002 0.001 0.002 0.988 0.004 0.004 8 L 0.002 0.001 0.004 0.985 0.004 0.005 9 L 0.002 0.001 0.006 0.981 0.004 0.007 10 R 0.006 0.001 0.016 0.948 0.011 0.018 11 S 0.018 0.002 0.011 0.901 0.022 0.047 12 L 0.121 0.005 0.014 0.664 0.093 0.102 13 E 0.232 0.002 0.016 0.500 0.132 0.118 14 A 0.602 0.003 0.011 0.330 0.032 0.022 15 L 0.661 0.002 0.006 0.301 0.015 0.015 16 I 0.731 0.003 0.011 0.218 0.012 0.026 17 F 0.504 0.011 0.012 0.234 0.030 0.208 18 S 0.224 0.016 0.023 0.060 0.279 0.398 19 S 0.078 0.012 0.018 0.035 0.529 0.327 20 E 0.019 0.006 0.021 0.008 0.686 0.260 21 E 0.029 0.012 0.012 0.005 0.738 0.203 22 P 0.073 0.027 0.019 0.008 0.353 0.520 23 V 0.091 0.086 0.005 0.006 0.217 0.594 24 N 0.042 0.016 0.001 0.007 0.065 0.869 25 L 0.002 0.001 0.018 0.961 0.007 0.012 26 Q 0.002 0.001 0.012 0.979 0.004 0.002 27 T 0.001 0.001 0.011 0.981 0.005 0.001 28 L 0.002 0.001 0.010 0.981 0.004 0.003 29 S 0.001 0.001 0.013 0.978 0.005 0.003 30 Q 0.002 0.001 0.013 0.964 0.011 0.010 31 I 0.003 0.002 0.009 0.897 0.022 0.067 32 T 0.003 0.010 0.008 0.646 0.160 0.173 33 A 0.001 0.003 0.061 0.263 0.595 0.077 34 H 0.001 0.001 0.074 0.052 0.803 0.069 35 K 0.004 0.006 0.056 0.017 0.815 0.103 36 F 0.019 0.057 0.009 0.019 0.384 0.512 37 T 0.010 0.014 0.001 0.010 0.057 0.908 38 P 0.001 0.001 0.036 0.945 0.009 0.009 39 S 0.001 0.001 0.025 0.971 0.002 0.001 40 E 0.001 0.001 0.025 0.973 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 43 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 44 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 45 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 46 D 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 47 E 0.001 0.001 0.009 0.978 0.008 0.004 48 L 0.001 0.001 0.013 0.934 0.019 0.032 49 N 0.002 0.002 0.023 0.890 0.030 0.053 50 R 0.002 0.001 0.030 0.887 0.038 0.041 51 D 0.003 0.002 0.027 0.877 0.048 0.044 52 Y 0.001 0.001 0.042 0.893 0.047 0.017 53 E 0.002 0.001 0.054 0.847 0.084 0.012 54 A 0.002 0.001 0.080 0.741 0.148 0.028 55 T 0.003 0.003 0.055 0.470 0.274 0.195 56 G 0.010 0.004 0.008 0.007 0.296 0.676 57 R 0.064 0.004 0.002 0.001 0.123 0.807 58 T 0.712 0.012 0.001 0.001 0.037 0.237 59 F 0.948 0.002 0.001 0.001 0.009 0.042 60 R 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 61 I 0.989 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 62 H 0.988 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 63 A 0.982 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 64 I 0.893 0.005 0.002 0.003 0.076 0.021 65 A 0.454 0.004 0.010 0.008 0.465 0.058 66 G 0.149 0.003 0.020 0.011 0.739 0.078 67 G 0.453 0.009 0.014 0.011 0.405 0.107 68 Y 0.859 0.007 0.003 0.005 0.041 0.085 69 R 0.960 0.005 0.001 0.003 0.012 0.019 70 F 0.912 0.007 0.003 0.007 0.031 0.040 71 L 0.696 0.013 0.007 0.012 0.100 0.172 72 T 0.217 0.011 0.012 0.031 0.286 0.444 73 E 0.039 0.005 0.022 0.059 0.324 0.551 74 P 0.004 0.002 0.272 0.515 0.144 0.063 75 E 0.007 0.007 0.258 0.534 0.118 0.076 76 F 0.001 0.001 0.072 0.902 0.018 0.006 77 A 0.002 0.001 0.009 0.964 0.011 0.013 78 D 0.001 0.001 0.007 0.978 0.009 0.005 79 L 0.002 0.001 0.005 0.984 0.006 0.003 80 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 81 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.004 83 L 0.001 0.001 0.008 0.935 0.020 0.036 84 L 0.001 0.003 0.010 0.842 0.049 0.096 85 A 0.003 0.004 0.026 0.379 0.217 0.371 86 P 0.003 0.001 0.068 0.269 0.338 0.321 87 V 0.009 0.004 0.144 0.251 0.365 0.226 88 I 0.014 0.009 0.061 0.439 0.284 0.194 89 Q 0.015 0.006 0.038 0.457 0.199 0.285 90 R 0.015 0.004 0.025 0.451 0.171 0.335 91 R 0.053 0.015 0.026 0.258 0.193 0.455 92 L 0.033 0.018 0.012 0.396 0.136 0.405 93 S 0.018 0.008 0.005 0.429 0.045 0.495 94 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 95 S 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 96 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 105 W 0.004 0.001 0.001 0.978 0.010 0.006 106 H 0.011 0.004 0.002 0.710 0.045 0.228 107 Q 0.006 0.008 0.003 0.059 0.115 0.809 108 P 0.015 0.017 0.029 0.060 0.274 0.605 109 V 0.038 0.045 0.028 0.041 0.319 0.529 110 T 0.056 0.016 0.013 0.070 0.190 0.655 111 K 0.003 0.001 0.036 0.920 0.026 0.015 112 G 0.009 0.001 0.030 0.921 0.029 0.010 113 E 0.014 0.002 0.042 0.906 0.028 0.008 114 I 0.013 0.002 0.024 0.940 0.014 0.007 115 Q 0.007 0.001 0.025 0.947 0.013 0.009 116 Q 0.014 0.001 0.027 0.911 0.016 0.031 117 I 0.031 0.010 0.011 0.777 0.037 0.134 118 R 0.044 0.017 0.011 0.349 0.089 0.490 119 G 0.019 0.004 0.003 0.007 0.113 0.855 120 A 0.036 0.022 0.002 0.005 0.102 0.832 121 S 0.031 0.026 0.003 0.010 0.293 0.638 122 P 0.010 0.008 0.027 0.192 0.402 0.361 123 D 0.002 0.001 0.043 0.780 0.129 0.045 124 Y 0.003 0.003 0.030 0.917 0.039 0.008 125 S 0.003 0.002 0.007 0.969 0.007 0.011 126 I 0.002 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 127 D 0.002 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 128 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 129 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.002 130 L 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.001 131 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 132 R 0.001 0.001 0.009 0.929 0.020 0.041 133 G 0.006 0.001 0.009 0.081 0.103 0.800 134 L 0.171 0.016 0.021 0.037 0.176 0.579 135 I 0.698 0.011 0.018 0.026 0.080 0.168 136 E 0.831 0.009 0.010 0.019 0.044 0.087 137 V 0.745 0.009 0.009 0.022 0.111 0.104 138 R 0.410 0.020 0.012 0.023 0.265 0.269 139 G 0.201 0.019 0.014 0.016 0.451 0.299 140 R 0.268 0.059 0.020 0.019 0.417 0.217 141 A 0.276 0.038 0.031 0.020 0.305 0.329 142 D 0.166 0.034 0.043 0.028 0.414 0.315 143 S 0.056 0.018 0.019 0.022 0.622 0.263 144 P 0.037 0.013 0.010 0.029 0.553 0.358 145 G 0.023 0.011 0.005 0.026 0.418 0.517 146 R 0.111 0.043 0.007 0.095 0.343 0.400 147 P 0.131 0.025 0.018 0.308 0.145 0.373 148 L 0.199 0.019 0.046 0.542 0.073 0.122 149 Q 0.250 0.012 0.063 0.543 0.055 0.076 150 Y 0.207 0.005 0.073 0.531 0.086 0.098 151 G 0.209 0.010 0.080 0.385 0.138 0.178 152 T 0.082 0.017 0.061 0.509 0.123 0.208 153 T 0.031 0.010 0.028 0.663 0.068 0.200 154 E 0.001 0.001 0.016 0.970 0.008 0.006 155 V 0.001 0.001 0.011 0.980 0.005 0.003 156 F 0.001 0.001 0.008 0.984 0.005 0.002 157 L 0.001 0.001 0.010 0.968 0.016 0.005 158 D 0.001 0.001 0.020 0.910 0.043 0.026 159 L 0.004 0.004 0.031 0.832 0.053 0.076 160 F 0.008 0.012 0.026 0.361 0.117 0.477 161 H 0.004 0.002 0.005 0.003 0.053 0.933 162 L 0.004 0.003 0.006 0.001 0.067 0.918 163 P 0.007 0.009 0.041 0.004 0.214 0.724 164 S 0.004 0.009 0.396 0.016 0.340 0.235 165 L 0.001 0.001 0.900 0.013 0.079 0.007 166 K 0.001 0.001 0.852 0.037 0.101 0.010 167 D 0.001 0.003 0.682 0.068 0.217 0.029 168 L 0.002 0.014 0.136 0.071 0.539 0.238 169 P 0.002 0.011 0.116 0.150 0.431 0.290 170 K 0.003 0.011 0.086 0.206 0.395 0.299 171 L 0.002 0.002 0.137 0.684 0.125 0.050 172 R 0.002 0.003 0.114 0.763 0.076 0.042 173 E 0.004 0.004 0.082 0.790 0.078 0.041 174 I 0.003 0.002 0.038 0.882 0.034 0.041 175 K 0.002 0.001 0.021 0.939 0.018 0.018 176 E 0.002 0.001 0.028 0.925 0.027 0.017 177 I 0.001 0.001 0.021 0.924 0.028 0.024 178 L 0.002 0.001 0.019 0.924 0.028 0.025 179 Q 0.002 0.001 0.026 0.853 0.058 0.060 180 E 0.002 0.001 0.031 0.761 0.082 0.123 181 H 0.004 0.003 0.047 0.502 0.191 0.253 182 E 0.007 0.004 0.058 0.571 0.180 0.181 183 E 0.007 0.001 0.074 0.754 0.095 0.069 184 Q 0.014 0.002 0.068 0.726 0.100 0.089 185 Q 0.028 0.004 0.071 0.683 0.108 0.106 186 Y 0.045 0.008 0.069 0.647 0.097 0.134 187 L 0.051 0.011 0.054 0.646 0.103 0.135 188 A 0.056 0.012 0.055 0.507 0.167 0.202 189 A 0.039 0.009 0.041 0.392 0.224 0.294 190 D 0.033 0.013 0.035 0.143 0.358 0.418 191 G 0.035 0.012 0.020 0.043 0.356 0.533 192 D 0.044 0.022 0.016 0.028 0.278 0.612 193 L 0.044 0.024 0.017 0.023 0.306 0.586 194 P 0.042 0.018 0.052 0.033 0.340 0.515 195 V 0.071 0.034 0.109 0.049 0.303 0.433 196 A 0.100 0.036 0.094 0.049 0.310 0.411 197 A 0.082 0.040 0.077 0.062 0.275 0.464 198 D 0.048 0.023 0.067 0.043 0.424 0.396 199 E 0.014 0.007 0.334 0.093 0.420 0.132 200 D 0.020 0.008 0.255 0.086 0.487 0.144 201 E 0.019 0.012 0.169 0.091 0.502 0.207 202 K 0.016 0.011 0.051 0.056 0.375 0.491 203 P 0.021 0.020 0.041 0.059 0.340 0.520 204 R 0.020 0.019 0.090 0.112 0.359 0.402 205 M 0.029 0.012 0.257 0.241 0.282 0.180 206 E 0.055 0.009 0.212 0.245 0.281 0.198 207 R 0.059 0.011 0.135 0.228 0.264 0.302 208 I 0.074 0.032 0.024 0.131 0.169 0.570 209 E 0.056 0.012 0.009 0.071 0.134 0.717