# TARGET T0249 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0249.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.813 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.826 0.135 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 2 Q 0.797 0.144 0.040 0.015 0.004 0.001 0.001 3 E 0.757 0.172 0.050 0.017 0.004 0.001 0.001 4 Q 0.711 0.198 0.060 0.024 0.006 0.001 0.001 5 R 0.484 0.272 0.154 0.070 0.017 0.002 0.001 6 Q 0.375 0.299 0.200 0.095 0.028 0.004 0.001 7 Q 0.334 0.326 0.191 0.102 0.037 0.008 0.001 8 L 0.077 0.140 0.203 0.274 0.222 0.078 0.006 9 L 0.084 0.136 0.200 0.279 0.209 0.083 0.008 10 R 0.067 0.145 0.203 0.262 0.197 0.109 0.017 11 S 0.019 0.061 0.131 0.213 0.242 0.238 0.095 12 L 0.005 0.009 0.019 0.069 0.220 0.478 0.200 13 E 0.008 0.026 0.075 0.190 0.253 0.269 0.179 14 A 0.007 0.018 0.026 0.047 0.095 0.387 0.420 15 L 0.003 0.009 0.017 0.046 0.133 0.356 0.437 16 I 0.003 0.009 0.020 0.055 0.144 0.369 0.400 17 F 0.014 0.042 0.080 0.195 0.282 0.283 0.106 18 S 0.020 0.035 0.061 0.144 0.307 0.383 0.049 19 S 0.040 0.128 0.246 0.310 0.207 0.063 0.006 20 E 0.279 0.407 0.203 0.080 0.024 0.005 0.001 21 E 0.197 0.297 0.257 0.171 0.064 0.014 0.001 22 P 0.366 0.278 0.172 0.118 0.051 0.015 0.001 23 V 0.096 0.110 0.172 0.263 0.263 0.090 0.006 24 N 0.310 0.351 0.190 0.092 0.041 0.014 0.002 25 L 0.057 0.160 0.283 0.316 0.146 0.036 0.002 26 Q 0.476 0.381 0.105 0.029 0.007 0.002 0.001 27 T 0.058 0.206 0.362 0.276 0.084 0.014 0.001 28 L 0.011 0.012 0.031 0.186 0.455 0.290 0.014 29 S 0.046 0.248 0.380 0.245 0.070 0.010 0.001 30 Q 0.211 0.499 0.201 0.069 0.017 0.004 0.001 31 I 0.039 0.099 0.225 0.340 0.239 0.055 0.003 32 T 0.047 0.102 0.237 0.340 0.224 0.049 0.002 33 A 0.506 0.326 0.120 0.037 0.009 0.002 0.001 34 H 0.546 0.304 0.112 0.033 0.005 0.001 0.001 35 K 0.716 0.202 0.054 0.021 0.006 0.001 0.001 36 F 0.098 0.171 0.292 0.302 0.123 0.013 0.001 37 T 0.412 0.432 0.123 0.028 0.004 0.001 0.001 38 P 0.207 0.435 0.257 0.087 0.013 0.001 0.001 39 S 0.767 0.184 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 40 E 0.070 0.386 0.385 0.136 0.021 0.002 0.001 41 L 0.004 0.007 0.024 0.242 0.521 0.198 0.004 42 Q 0.015 0.206 0.452 0.275 0.047 0.004 0.001 43 E 0.108 0.588 0.255 0.043 0.005 0.001 0.001 44 A 0.002 0.008 0.044 0.206 0.470 0.264 0.006 45 V 0.001 0.005 0.033 0.196 0.492 0.266 0.007 46 D 0.075 0.470 0.339 0.101 0.014 0.001 0.001 47 E 0.031 0.218 0.413 0.291 0.045 0.003 0.001 48 L 0.002 0.006 0.027 0.165 0.522 0.273 0.005 49 N 0.060 0.262 0.374 0.236 0.062 0.005 0.001 50 R 0.491 0.422 0.075 0.011 0.001 0.001 0.001 51 D 0.166 0.363 0.291 0.151 0.026 0.002 0.001 52 Y 0.021 0.083 0.207 0.424 0.237 0.027 0.001 53 E 0.366 0.434 0.153 0.039 0.008 0.001 0.001 54 A 0.590 0.277 0.093 0.033 0.006 0.001 0.001 55 T 0.445 0.275 0.169 0.086 0.021 0.003 0.001 56 G 0.572 0.290 0.092 0.034 0.009 0.001 0.001 57 R 0.092 0.174 0.278 0.289 0.138 0.027 0.001 58 T 0.050 0.107 0.152 0.237 0.251 0.181 0.021 59 F 0.022 0.063 0.108 0.200 0.296 0.260 0.052 60 R 0.017 0.091 0.236 0.317 0.212 0.107 0.021 61 I 0.008 0.011 0.021 0.097 0.322 0.452 0.089 62 H 0.027 0.127 0.230 0.312 0.213 0.082 0.009 63 A 0.097 0.306 0.254 0.183 0.100 0.052 0.008 64 I 0.043 0.107 0.204 0.305 0.234 0.097 0.010 65 A 0.097 0.194 0.262 0.258 0.150 0.035 0.004 66 G 0.321 0.369 0.185 0.084 0.029 0.010 0.002 67 G 0.149 0.346 0.279 0.156 0.054 0.014 0.002 68 Y 0.017 0.058 0.122 0.238 0.321 0.220 0.024 69 R 0.014 0.102 0.253 0.350 0.207 0.066 0.008 70 F 0.010 0.018 0.038 0.131 0.329 0.423 0.052 71 L 0.013 0.102 0.237 0.356 0.218 0.067 0.007 72 T 0.024 0.106 0.185 0.303 0.258 0.114 0.010 73 E 0.062 0.300 0.346 0.203 0.071 0.016 0.002 74 P 0.486 0.336 0.114 0.044 0.015 0.004 0.001 75 E 0.141 0.413 0.293 0.114 0.030 0.008 0.001 76 F 0.007 0.018 0.059 0.236 0.447 0.220 0.014 77 A 0.022 0.144 0.314 0.336 0.144 0.037 0.003 78 D 0.101 0.473 0.293 0.103 0.025 0.005 0.001 79 L 0.005 0.016 0.095 0.289 0.429 0.160 0.006 80 V 0.004 0.004 0.010 0.056 0.299 0.573 0.054 81 R 0.028 0.168 0.353 0.324 0.108 0.018 0.001 82 Q 0.066 0.313 0.345 0.218 0.052 0.006 0.001 83 L 0.012 0.028 0.075 0.253 0.412 0.212 0.009 84 L 0.037 0.090 0.184 0.367 0.266 0.055 0.001 85 A 0.470 0.405 0.102 0.020 0.003 0.001 0.001 86 P 0.551 0.326 0.096 0.024 0.003 0.001 0.001 87 V 0.512 0.279 0.121 0.065 0.020 0.004 0.001 88 I 0.318 0.301 0.215 0.123 0.037 0.006 0.001 89 Q 0.528 0.253 0.122 0.067 0.025 0.005 0.001 90 R 0.398 0.314 0.182 0.079 0.023 0.004 0.001 91 R 0.315 0.316 0.191 0.116 0.046 0.014 0.002 92 L 0.060 0.061 0.104 0.201 0.287 0.243 0.043 93 S 0.111 0.135 0.187 0.256 0.203 0.095 0.013 94 R 0.140 0.262 0.262 0.185 0.091 0.051 0.009 95 S 0.111 0.092 0.130 0.208 0.236 0.181 0.042 96 M 0.076 0.087 0.128 0.152 0.195 0.252 0.109 97 L 0.109 0.085 0.093 0.134 0.191 0.246 0.142 98 E 0.140 0.126 0.141 0.181 0.168 0.144 0.099 99 V 0.157 0.091 0.100 0.126 0.169 0.214 0.143 100 L 0.145 0.087 0.087 0.110 0.124 0.209 0.239 101 A 0.155 0.099 0.095 0.123 0.113 0.188 0.228 102 V 0.137 0.071 0.071 0.101 0.122 0.190 0.307 103 V 0.172 0.107 0.080 0.122 0.113 0.198 0.208 104 A 0.200 0.144 0.136 0.172 0.122 0.135 0.091 105 W 0.146 0.122 0.114 0.152 0.152 0.215 0.098 106 H 0.179 0.185 0.177 0.194 0.133 0.104 0.027 107 Q 0.235 0.218 0.183 0.170 0.107 0.075 0.011 108 P 0.400 0.200 0.140 0.131 0.082 0.041 0.006 109 V 0.329 0.231 0.160 0.122 0.083 0.063 0.012 110 T 0.283 0.214 0.167 0.174 0.103 0.050 0.008 111 K 0.343 0.305 0.177 0.107 0.047 0.017 0.004 112 G 0.376 0.208 0.134 0.128 0.095 0.047 0.012 113 E 0.202 0.295 0.256 0.154 0.065 0.023 0.005 114 I 0.095 0.078 0.114 0.228 0.293 0.163 0.029 115 Q 0.288 0.336 0.218 0.113 0.035 0.009 0.001 116 Q 0.324 0.371 0.179 0.085 0.031 0.009 0.001 117 I 0.179 0.103 0.143 0.250 0.217 0.091 0.017 118 R 0.138 0.225 0.233 0.221 0.120 0.055 0.010 119 G 0.347 0.274 0.168 0.120 0.063 0.025 0.004 120 A 0.401 0.271 0.150 0.097 0.054 0.024 0.003 121 S 0.267 0.275 0.206 0.145 0.071 0.030 0.005 122 P 0.138 0.119 0.157 0.236 0.214 0.113 0.022 123 D 0.322 0.301 0.199 0.112 0.048 0.016 0.003 124 Y 0.190 0.293 0.253 0.165 0.072 0.023 0.004 125 S 0.039 0.082 0.156 0.257 0.300 0.156 0.010 126 I 0.014 0.021 0.055 0.179 0.396 0.303 0.032 127 D 0.094 0.328 0.304 0.183 0.068 0.021 0.002 128 R 0.028 0.236 0.371 0.265 0.084 0.016 0.001 129 L 0.001 0.006 0.031 0.176 0.449 0.317 0.019 130 L 0.014 0.095 0.232 0.334 0.242 0.078 0.004 131 A 0.175 0.300 0.231 0.167 0.094 0.031 0.002 132 R 0.061 0.234 0.380 0.243 0.070 0.011 0.001 133 G 0.065 0.325 0.369 0.181 0.049 0.010 0.001 134 L 0.004 0.016 0.053 0.215 0.431 0.269 0.011 135 I 0.003 0.017 0.059 0.211 0.443 0.255 0.011 136 E 0.018 0.113 0.247 0.327 0.217 0.073 0.005 137 V 0.083 0.217 0.260 0.243 0.145 0.049 0.004 138 R 0.068 0.224 0.315 0.269 0.101 0.021 0.001 139 G 0.433 0.296 0.126 0.084 0.046 0.014 0.001 140 R 0.205 0.268 0.262 0.175 0.072 0.017 0.001 141 A 0.492 0.270 0.134 0.072 0.025 0.006 0.001 142 D 0.544 0.259 0.116 0.056 0.019 0.005 0.001 143 S 0.405 0.241 0.183 0.113 0.046 0.010 0.001 144 P 0.469 0.256 0.144 0.082 0.034 0.013 0.002 145 G 0.365 0.208 0.136 0.131 0.098 0.049 0.012 146 R 0.187 0.208 0.224 0.194 0.115 0.056 0.016 147 P 0.143 0.141 0.144 0.186 0.187 0.151 0.049 148 L 0.059 0.113 0.166 0.215 0.205 0.170 0.072 149 Q 0.058 0.121 0.137 0.172 0.213 0.219 0.080 150 Y 0.050 0.065 0.114 0.204 0.268 0.224 0.075 151 G 0.034 0.095 0.180 0.261 0.226 0.169 0.035 152 T 0.015 0.027 0.052 0.136 0.272 0.385 0.113 153 T 0.019 0.056 0.103 0.218 0.284 0.244 0.075 154 E 0.186 0.345 0.240 0.141 0.056 0.025 0.007 155 V 0.051 0.184 0.292 0.282 0.132 0.051 0.007 156 F 0.010 0.018 0.045 0.161 0.389 0.354 0.023 157 L 0.034 0.097 0.211 0.292 0.268 0.092 0.005 158 D 0.253 0.338 0.193 0.128 0.060 0.026 0.002 159 L 0.045 0.148 0.314 0.301 0.146 0.044 0.002 160 F 0.019 0.024 0.062 0.217 0.425 0.242 0.013 161 H 0.237 0.365 0.192 0.104 0.060 0.036 0.005 162 L 0.074 0.130 0.226 0.304 0.204 0.059 0.002 163 P 0.357 0.364 0.192 0.068 0.016 0.002 0.001 164 S 0.471 0.316 0.133 0.062 0.016 0.002 0.001 165 L 0.090 0.094 0.196 0.332 0.247 0.039 0.001 166 K 0.578 0.337 0.072 0.011 0.001 0.001 0.001 167 D 0.374 0.322 0.199 0.089 0.015 0.002 0.001 168 L 0.064 0.122 0.220 0.322 0.218 0.054 0.001 169 P 0.178 0.249 0.254 0.202 0.099 0.017 0.001 170 K 0.586 0.284 0.091 0.030 0.007 0.001 0.001 171 L 0.167 0.208 0.289 0.235 0.087 0.014 0.001 172 R 0.679 0.254 0.050 0.013 0.003 0.001 0.001 173 E 0.593 0.263 0.103 0.035 0.006 0.001 0.001 174 I 0.246 0.213 0.264 0.205 0.066 0.006 0.001 175 K 0.744 0.205 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 176 E 0.815 0.147 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 177 I 0.303 0.234 0.243 0.165 0.050 0.005 0.001 178 L 0.285 0.303 0.243 0.135 0.032 0.003 0.001 179 Q 0.767 0.186 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 180 E 0.684 0.214 0.073 0.024 0.005 0.001 0.001 181 H 0.392 0.240 0.174 0.137 0.050 0.008 0.001 182 E 0.540 0.301 0.112 0.038 0.008 0.001 0.001 183 E 0.596 0.274 0.096 0.028 0.005 0.001 0.001 184 Q 0.404 0.288 0.193 0.090 0.022 0.003 0.001 185 Q 0.424 0.355 0.147 0.058 0.014 0.002 0.001 186 Y 0.105 0.149 0.254 0.312 0.155 0.024 0.001 187 L 0.164 0.242 0.272 0.215 0.089 0.017 0.001 188 A 0.421 0.283 0.164 0.094 0.031 0.006 0.001 189 A 0.621 0.192 0.095 0.059 0.025 0.006 0.001 190 D 0.571 0.222 0.115 0.061 0.025 0.006 0.001 191 G 0.429 0.260 0.170 0.099 0.035 0.008 0.001 192 D 0.455 0.280 0.146 0.080 0.031 0.008 0.001 193 L 0.249 0.217 0.229 0.192 0.094 0.019 0.001 194 P 0.479 0.269 0.136 0.078 0.031 0.007 0.001 195 V 0.257 0.216 0.227 0.193 0.089 0.017 0.001 196 A 0.343 0.265 0.191 0.131 0.057 0.013 0.001 197 A 0.453 0.274 0.156 0.085 0.028 0.004 0.001 198 D 0.603 0.238 0.101 0.044 0.013 0.002 0.001 199 E 0.671 0.212 0.080 0.030 0.006 0.001 0.001 200 D 0.724 0.199 0.057 0.017 0.003 0.001 0.001 201 E 0.778 0.168 0.042 0.010 0.001 0.001 0.001 202 K 0.683 0.222 0.071 0.020 0.003 0.001 0.001 203 P 0.680 0.211 0.074 0.029 0.006 0.001 0.001 204 R 0.573 0.250 0.109 0.054 0.013 0.002 0.001 205 M 0.368 0.229 0.206 0.147 0.045 0.006 0.001 206 E 0.651 0.241 0.076 0.026 0.006 0.001 0.001 207 R 0.671 0.217 0.078 0.027 0.006 0.001 0.001 208 I 0.527 0.220 0.156 0.077 0.019 0.002 0.001 209 E 0.832 0.120 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001