; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/27/04_17:12:31 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aisB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aisB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L.....K.....-.....-.....L. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..A.....R.....L.....Y.....R.....E.....A.....V.....-.....-.....-. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....I.....A.....R.....V. 1aisB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..A.....R.....L.....Y.....R.....E.....A.....V.....-.....-.....-. 1aisB ..L.....S.....E.....L.....D.....R.....I.....T.....A.....Q.....L. 1aisB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..L.....V.....V.....Y.....P.....W.....T.....Q.....R.....F.....F. 1babB ..L.....V.....V.....Y.....P.....W.....T.....Q.....R.....F.....F. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..L.....V.....V.....Y.....P.....W.....T.....Q.....R.....F.....F. 1babB ..V.....V.....-.....Y.....P.....W.....T.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..A.....H.....H.....F.....G.....K.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1babB ..P.....E.....E.....K.....S.....A.....V.....T.....A.....L.....W. 1babB 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..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1oo0A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1oo0A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1oo0A ..L.....R.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1pi1A ..A.....V.....N.....T.....V.....D.....F.....F.....N.....Q.....I. 1pi1A ..A.....V.....N.....T.....V.....D.....F.....F.....N.....Q.....I. 1pi1A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1pi1A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1pi1A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1pi1A ..N.....M.....L.....Y.....G.....T.....I.....-.....-.....-.....-. 1pi1A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1pi1A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1pi1A ..H.....Q.....H.....F.....D.....S.....V.....M.....Q.....L.....Q. 1pi1A ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1pi1A 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..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1qsaA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1qsaA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1qsaA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1qsaA ..R.....Q.....M.....A.....A.....V.....A.....F.....A.....S.....V. 1qsaA ..R.....An10tlQ.....S.....R.....F.....V.....N.....E.....L.....A. 1qsaA dp-l....A.....Y.....L.....E.....R.....I.....Rl22dy-q39faS.....V. 1qsaA ..R.....T.....L.....Q.....S.....Rf....Vne8edW.....R.....G.....L. 1qsaA ..A.....K.....Wn....-tgqs.E.....E.....A.....W.....Q.....G.....A. 1qsaA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1qsaA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1qsaA ..R.....Q.....M.....A.....A.....V.....A.....F.....A.....S.....V. 1qsaA ..R.....T.....L.....Q.....S.....Rf....V.....N.....E.....L.....A. 1qsaA ..R.....Q.....M.....A.....A.....V.....A.....F.....A.....S.....V. 1qsaA 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..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..L.....I.....V.....Y.....P.....W.....T.....Q.....R.....H.....F. 1spgB ..L.....I.....V.....Y.....P.....W.....T.....Q.....R.....H.....F. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....V. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....V. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..D.....A.....E.....R.....A.....A.....I.....K.....A.....L.....W. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....A.....I.....K.....A.....L.....W. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....A.....A.....I.....K.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....I.....K.....A.....L.....W. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1spgB ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....D.....W.....T.....D.....A. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..Tdt7fpE.....T.....Y.....R.....F.....I.....D.....E.....L.....T. 1sur ..T.....Dtg7peT.....Y.....R.....F.....I.....D.....E.....L.....T. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..T.....D.....T.....G.....Y.....L.....F.....P.....E.....T.....Y. 1sur ..S.....F.....G.....I.....Qa12ir-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur 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..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1sur ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1uphA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....V.....H.....Q.....R.....I. 1uphA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1uphA ..L.....K.....H.....I.....V.....W.....A.....S.....R.....E.....L. 1uphA ..-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-. 1uphA ..-.....-.....V.....L.....Y.....C.....V.....H.....Q.....R.....I. 1uphA ..N.....T.....Iav...L.....Y.....C.....V.....H.....Q.....R.....I. 1uphA 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....D.....N.....R.....Q.....M.....D.....V.....V.....E.....-..... 1qsaA ....-.....-.....Q.....D.....A.....E.....N.....A.....R.....L..... 1qsaA ....N.....T.....G.....Q.....S.....E.....E.....A.....W.....Q..... 1qsaA ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1qsaA ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1qsaA ....-.....-.....-.....-.....-.....R.....T.....L.....Q.....S..... 1qsaA ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1qsaA ....A.....R.....Q.....D.....A.....E.....N.....A.....R.....L..... 1qsaA ....R.....R.....E.....D.....W.....R.....G.....L.....L.....A..... 1qsaA ....A.....R.....Q.....D.....A.....E.....N.....A.....R.....L..... 1qsaA ....La22wnT.....G.....Q.....S.....E.....E.....A.....W.....Q..... 1qsaA ....K.....El13cdK.....L.....F.....Svw...R.....Asg9ayL.....E..... 1qsaA ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1qsaA ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1qsaA 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....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....G.....K.....I.....D.....V.....G.....E.....I.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....G.....K.....I.....D.....V.....G.....E.....I.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....A.....E.....R.....A.....A.....I.....K..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB ....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1spgB 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L.....Y.....RE.....A.....V.....R.....K.....G.....Lirg..R.....S.. 1aisB L.....Y.....RE.....A.....V.....R.....K.....G.....L.....I.....R.. 1aisB -.....-.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1aisB H.....V.....EE.....E.....A.....A.....R.....L.....Y.....-.....-.. 1aisB -.....-.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....L.....P.. 1aisB -.....-.....--.....-.....L.....I.....-.....R.....G.....R.....S.. 1aisB L.....Y.....RE.....A.....V.....R.....K.....G.....L.....Irgr..-.. 1aisB F.....I.....AR.....N.....L.....N.....-.....-.....-.....-.....-.. 1aisB -.....-.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1aisB -.....-.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....L.....P.. 1aisB -.....-.....--.....-.....L.....I.....-.....R.....G.....R.....S.. 1aisB L.....Y.....RE.....A.....V.....R.....K.....G.....L.....Irgr..-.. 1aisB E.....L.....DR.....I.....T.....A.....Q.....L.....K.....L.....P.. 1babB A.....V.....MG.....N.....P.....K.....V.....K.....A.....H.....G.. 1babB 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