# TARGET T0248 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0248.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.002 0.006 0.033 0.094 0.851 2 I 0.039 0.016 0.024 0.116 0.143 0.662 3 N 0.044 0.019 0.021 0.142 0.171 0.602 4 K 0.031 0.016 0.043 0.257 0.213 0.441 5 P 0.003 0.001 0.046 0.789 0.079 0.081 6 N 0.002 0.001 0.050 0.800 0.091 0.056 7 Q 0.002 0.002 0.048 0.862 0.059 0.027 8 F 0.002 0.001 0.025 0.939 0.021 0.012 9 V 0.003 0.001 0.026 0.943 0.020 0.008 10 N 0.003 0.001 0.033 0.916 0.032 0.014 11 H 0.003 0.001 0.022 0.902 0.043 0.030 12 L 0.003 0.002 0.018 0.894 0.046 0.036 13 S 0.006 0.002 0.048 0.805 0.085 0.054 14 A 0.012 0.003 0.084 0.660 0.157 0.083 15 L 0.019 0.003 0.071 0.586 0.189 0.133 16 K 0.036 0.004 0.051 0.332 0.315 0.261 17 K 0.054 0.006 0.043 0.245 0.327 0.325 18 H 0.116 0.015 0.034 0.250 0.215 0.371 19 F 0.157 0.019 0.040 0.296 0.184 0.304 20 A 0.088 0.022 0.027 0.356 0.149 0.359 21 S 0.043 0.009 0.017 0.344 0.078 0.509 22 Y 0.003 0.001 0.014 0.953 0.011 0.020 23 K 0.001 0.001 0.011 0.969 0.009 0.009 24 E 0.001 0.001 0.016 0.976 0.006 0.002 25 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.002 26 R 0.001 0.001 0.011 0.977 0.008 0.003 27 E 0.001 0.001 0.013 0.957 0.019 0.011 28 A 0.001 0.001 0.015 0.923 0.028 0.033 29 F 0.002 0.005 0.021 0.888 0.047 0.036 30 N 0.003 0.002 0.048 0.792 0.098 0.057 31 D 0.004 0.001 0.049 0.671 0.158 0.116 32 Y 0.010 0.003 0.061 0.495 0.244 0.187 33 H 0.020 0.010 0.044 0.446 0.287 0.194 34 K 0.021 0.009 0.046 0.383 0.321 0.219 35 H 0.017 0.008 0.045 0.267 0.344 0.319 36 N 0.013 0.008 0.075 0.274 0.382 0.249 37 G 0.009 0.004 0.070 0.426 0.316 0.175 38 D 0.013 0.004 0.050 0.540 0.241 0.152 39 E 0.026 0.009 0.034 0.671 0.150 0.110 40 L 0.043 0.006 0.017 0.711 0.095 0.127 41 T 0.064 0.005 0.013 0.756 0.063 0.098 42 T 0.064 0.005 0.015 0.836 0.036 0.045 43 F 0.084 0.009 0.023 0.794 0.033 0.057 44 F 0.060 0.003 0.019 0.853 0.023 0.042 45 L 0.018 0.001 0.026 0.908 0.020 0.027 46 H 0.008 0.001 0.026 0.929 0.018 0.017 47 Q 0.003 0.001 0.020 0.960 0.009 0.007 48 F 0.003 0.001 0.011 0.971 0.007 0.007 49 D 0.002 0.001 0.007 0.975 0.007 0.009 50 K 0.001 0.001 0.007 0.972 0.008 0.011 51 V 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 52 M 0.002 0.001 0.007 0.975 0.010 0.006 53 E 0.002 0.001 0.008 0.954 0.020 0.015 54 L 0.002 0.001 0.011 0.922 0.035 0.031 55 V 0.003 0.003 0.009 0.880 0.056 0.050 56 K 0.003 0.002 0.011 0.763 0.108 0.113 57 Q 0.002 0.001 0.009 0.690 0.105 0.193 58 K 0.003 0.002 0.012 0.754 0.103 0.126 59 D 0.004 0.004 0.013 0.822 0.071 0.085 60 F 0.002 0.001 0.006 0.961 0.016 0.015 61 K 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.005 62 T 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 63 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 64 Q 0.001 0.001 0.003 0.981 0.007 0.007 65 S 0.001 0.001 0.003 0.968 0.011 0.016 66 R 0.001 0.001 0.004 0.964 0.010 0.021 67 C 0.001 0.001 0.004 0.939 0.020 0.035 68 E 0.001 0.001 0.015 0.918 0.042 0.022 69 E 0.001 0.001 0.018 0.867 0.068 0.045 70 E 0.001 0.001 0.034 0.802 0.097 0.066 71 L 0.001 0.002 0.032 0.770 0.100 0.094 72 A 0.001 0.004 0.029 0.547 0.219 0.200 73 A 0.001 0.003 0.022 0.243 0.441 0.291 74 P 0.001 0.001 0.028 0.073 0.519 0.378 75 Y 0.002 0.007 0.054 0.076 0.546 0.316 76 L 0.005 0.017 0.027 0.076 0.426 0.448 77 P 0.003 0.003 0.019 0.113 0.159 0.704 78 K 0.005 0.002 0.101 0.516 0.121 0.255 79 P 0.002 0.002 0.136 0.713 0.088 0.058 80 L 0.002 0.002 0.080 0.844 0.044 0.029 81 V 0.001 0.001 0.039 0.887 0.042 0.031 82 S 0.001 0.001 0.030 0.896 0.037 0.035 83 F 0.001 0.001 0.047 0.927 0.015 0.009 84 F 0.001 0.002 0.053 0.901 0.028 0.015 85 Q 0.001 0.001 0.044 0.898 0.036 0.020 86 S 0.001 0.001 0.025 0.897 0.039 0.037 87 L 0.001 0.001 0.010 0.940 0.027 0.021 88 L 0.003 0.001 0.016 0.931 0.032 0.016 89 Q 0.007 0.002 0.019 0.906 0.044 0.022 90 L 0.009 0.001 0.018 0.884 0.053 0.034 91 V 0.009 0.002 0.013 0.871 0.047 0.058 92 N 0.013 0.004 0.018 0.682 0.100 0.184 93 H 0.006 0.001 0.046 0.783 0.079 0.085 94 D 0.010 0.004 0.064 0.778 0.081 0.064 95 L 0.012 0.003 0.063 0.757 0.096 0.069 96 L 0.015 0.004 0.045 0.755 0.102 0.078 97 E 0.010 0.002 0.038 0.787 0.095 0.068 98 Q 0.015 0.003 0.031 0.712 0.118 0.122 99 Q 0.010 0.003 0.024 0.770 0.090 0.103 100 N 0.008 0.003 0.036 0.752 0.107 0.093 101 A 0.011 0.003 0.056 0.774 0.106 0.050 102 A 0.009 0.003 0.091 0.701 0.126 0.070 103 L 0.008 0.004 0.276 0.503 0.158 0.052 104 A 0.006 0.001 0.247 0.437 0.219 0.090 105 S 0.005 0.002 0.124 0.332 0.264 0.271 106 L 0.009 0.010 0.020 0.151 0.246 0.565 107 P 0.005 0.007 0.011 0.113 0.139 0.725 108 A 0.001 0.001 0.015 0.945 0.022 0.017 109 A 0.001 0.001 0.008 0.970 0.015 0.006 110 K 0.001 0.001 0.008 0.976 0.011 0.005 111 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 112 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 113 E 0.001 0.001 0.003 0.985 0.008 0.003 114 L 0.001 0.001 0.003 0.972 0.013 0.010 115 V 0.001 0.002 0.005 0.962 0.016 0.015 116 L 0.003 0.002 0.016 0.904 0.049 0.025 117 Q 0.004 0.002 0.025 0.763 0.143 0.064 118 D 0.008 0.002 0.030 0.267 0.400 0.292 119 Y 0.011 0.009 0.017 0.097 0.507 0.359 120 P 0.015 0.014 0.036 0.098 0.642 0.195 121 N 0.010 0.004 0.085 0.194 0.593 0.115 122 K 0.033 0.006 0.095 0.324 0.422 0.120 123 L 0.115 0.008 0.057 0.526 0.202 0.091 124 N 0.193 0.009 0.029 0.577 0.076 0.116 125 M 0.274 0.013 0.029 0.611 0.034 0.039 126 I 0.187 0.003 0.044 0.700 0.028 0.036 127 H 0.190 0.002 0.048 0.701 0.025 0.035 128 Y 0.129 0.002 0.052 0.746 0.030 0.041 129 L 0.169 0.006 0.031 0.725 0.031 0.039 130 L 0.153 0.004 0.032 0.704 0.049 0.058 131 P 0.142 0.006 0.031 0.585 0.104 0.132 132 K 0.103 0.010 0.046 0.495 0.168 0.178 133 T 0.086 0.017 0.058 0.429 0.265 0.145 134 K 0.055 0.009 0.114 0.325 0.404 0.093 135 A 0.023 0.003 0.102 0.216 0.497 0.160 136 F 0.042 0.009 0.057 0.080 0.554 0.259 137 V 0.093 0.062 0.014 0.039 0.330 0.462 138 K 0.067 0.026 0.007 0.041 0.278 0.579 139 P 0.010 0.002 0.268 0.384 0.262 0.075 140 H 0.013 0.003 0.336 0.374 0.226 0.048 141 L 0.012 0.002 0.348 0.527 0.092 0.018 142 L 0.047 0.003 0.083 0.754 0.059 0.053 143 Q 0.071 0.003 0.043 0.791 0.049 0.044 144 R 0.104 0.006 0.038 0.789 0.032 0.030 145 L 0.129 0.002 0.046 0.765 0.030 0.027 146 Q 0.232 0.002 0.078 0.597 0.043 0.048 147 F 0.434 0.002 0.054 0.438 0.030 0.042 148 V 0.669 0.009 0.017 0.231 0.033 0.041 149 L 0.712 0.011 0.006 0.184 0.031 0.056 150 T 0.482 0.008 0.007 0.174 0.085 0.244 151 D 0.053 0.004 0.045 0.430 0.197 0.272 152 S 0.017 0.003 0.118 0.588 0.190 0.085 153 E 0.015 0.003 0.159 0.487 0.259 0.077 154 L 0.011 0.007 0.204 0.421 0.286 0.072 155 L 0.010 0.003 0.155 0.439 0.286 0.107 156 E 0.011 0.002 0.140 0.430 0.312 0.104 157 L 0.008 0.002 0.112 0.451 0.321 0.106 158 K 0.013 0.006 0.088 0.325 0.326 0.242 159 R 0.030 0.004 0.059 0.617 0.163 0.127 160 F 0.060 0.003 0.025 0.721 0.093 0.098 161 S 0.076 0.006 0.019 0.774 0.045 0.080 162 F 0.028 0.001 0.009 0.933 0.010 0.018 163 F 0.014 0.001 0.011 0.950 0.010 0.014 164 Q 0.009 0.001 0.016 0.949 0.012 0.013 165 A 0.004 0.001 0.013 0.967 0.008 0.007 166 L 0.005 0.001 0.023 0.949 0.015 0.009 167 N 0.004 0.001 0.042 0.894 0.036 0.023 168 Q 0.005 0.001 0.049 0.680 0.145 0.119 169 I 0.009 0.008 0.020 0.167 0.291 0.505 170 P 0.010 0.004 0.113 0.056 0.451 0.366 171 G 0.040 0.020 0.225 0.050 0.452 0.212 172 F 0.043 0.013 0.275 0.047 0.519 0.102 173 Q 0.068 0.009 0.122 0.124 0.554 0.122 174 G 0.067 0.001 0.024 0.063 0.542 0.301 175 E 0.224 0.026 0.012 0.128 0.342 0.268 176 Q 0.394 0.032 0.011 0.196 0.119 0.247 177 V 0.564 0.009 0.012 0.256 0.045 0.115 178 E 0.771 0.005 0.014 0.113 0.038 0.059 179 Y 0.687 0.010 0.016 0.105 0.057 0.126 180 F 0.636 0.017 0.015 0.125 0.082 0.125 181 N 0.469 0.007 0.066 0.149 0.209 0.099 182 S 0.253 0.005 0.155 0.138 0.352 0.097 183 K 0.267 0.017 0.187 0.115 0.326 0.089 184 L 0.347 0.030 0.150 0.111 0.238 0.123 185 K 0.352 0.003 0.021 0.023 0.229 0.373 186 Q 0.645 0.003 0.009 0.008 0.101 0.233 187 K 0.919 0.010 0.001 0.002 0.018 0.050 188 F 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 189 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 190 L 0.961 0.003 0.001 0.001 0.005 0.030 191 T 0.903 0.005 0.001 0.003 0.033 0.055 192 L 0.605 0.004 0.008 0.010 0.191 0.182 193 G 0.320 0.005 0.017 0.017 0.395 0.246 194 E 0.361 0.029 0.069 0.059 0.335 0.148 195 F 0.555 0.018 0.042 0.079 0.150 0.156 196 E 0.587 0.026 0.059 0.085 0.128 0.115 197 I 0.431 0.015 0.057 0.126 0.155 0.215 198 A 0.341 0.024 0.058 0.219 0.163 0.195 199 Q 0.245 0.014 0.064 0.283 0.194 0.200 200 Q 0.084 0.007 0.051 0.270 0.371 0.215 201 P 0.028 0.005 0.054 0.248 0.464 0.201 202 D 0.010 0.006 0.039 0.296 0.440 0.208 203 A 0.008 0.009 0.024 0.658 0.167 0.134 204 K 0.005 0.002 0.010 0.847 0.052 0.084 205 A 0.003 0.001 0.011 0.935 0.020 0.029 206 Y 0.003 0.002 0.016 0.956 0.010 0.013 207 F 0.001 0.001 0.007 0.983 0.003 0.004 208 E 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.003 209 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 210 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 211 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 212 T 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.008 213 Q 0.001 0.001 0.004 0.979 0.009 0.008 214 I 0.001 0.001 0.007 0.969 0.015 0.008 215 Q 0.002 0.001 0.031 0.910 0.043 0.013 216 Q 0.002 0.001 0.032 0.882 0.057 0.027 217 L 0.004 0.001 0.034 0.805 0.086 0.070 218 F 0.022 0.014 0.023 0.642 0.142 0.158 219 L 0.033 0.017 0.018 0.475 0.207 0.250 220 K 0.020 0.003 0.015 0.428 0.200 0.335 221 E 0.012 0.004 0.015 0.387 0.192 0.389 222 P 0.007 0.004 0.020 0.420 0.167 0.382 223 V 0.005 0.006 0.028 0.554 0.118 0.289 224 N 0.005 0.005 0.037 0.731 0.073 0.150 225 A 0.002 0.001 0.027 0.909 0.027 0.035 226 E 0.002 0.001 0.023 0.941 0.018 0.016 227 F 0.002 0.001 0.020 0.955 0.014 0.008 228 A 0.002 0.001 0.011 0.963 0.012 0.011 229 N 0.002 0.001 0.007 0.959 0.015 0.018 230 E 0.001 0.001 0.007 0.951 0.019 0.022 231 I 0.001 0.001 0.009 0.974 0.008 0.008 232 I 0.001 0.001 0.013 0.959 0.013 0.013 233 D 0.001 0.001 0.009 0.970 0.010 0.010 234 A 0.001 0.001 0.006 0.965 0.015 0.013 235 F 0.001 0.001 0.005 0.976 0.010 0.008 236 L 0.003 0.003 0.022 0.917 0.031 0.025 237 V 0.002 0.001 0.071 0.882 0.029 0.014 238 S 0.002 0.001 0.079 0.854 0.039 0.025 239 Y 0.003 0.004 0.047 0.786 0.061 0.100 240 F 0.005 0.025 0.093 0.172 0.411 0.295 241 P 0.004 0.003 0.090 0.075 0.684 0.145 242 L 0.003 0.006 0.127 0.085 0.697 0.083 243 H 0.004 0.011 0.033 0.014 0.895 0.042 244 P 0.009 0.003 0.017 0.035 0.730 0.205 245 P 0.013 0.005 0.012 0.035 0.475 0.460 246 V 0.051 0.044 0.008 0.083 0.478 0.336 247 P 0.052 0.067 0.004 0.077 0.056 0.744 248 L 0.027 0.003 0.017 0.899 0.020 0.033 249 A 0.002 0.001 0.014 0.974 0.007 0.003 250 Q 0.001 0.001 0.016 0.973 0.006 0.003 251 L 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.002 252 A 0.002 0.001 0.002 0.983 0.006 0.008 253 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.006 0.005 254 K 0.001 0.001 0.001 0.974 0.008 0.016 255 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.007 256 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 257 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 258 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 259 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 260 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 261 Q 0.001 0.001 0.002 0.980 0.010 0.008 262 I 0.001 0.001 0.003 0.956 0.016 0.023 263 V 0.005 0.005 0.011 0.822 0.064 0.093 264 L 0.007 0.003 0.023 0.713 0.140 0.114 265 N 0.012 0.002 0.024 0.382 0.262 0.318 266 E 0.025 0.010 0.039 0.143 0.375 0.409 267 A 0.066 0.034 0.083 0.173 0.354 0.291 268 V 0.039 0.019 0.177 0.121 0.423 0.221 269 N 0.021 0.014 0.186 0.105 0.448 0.226 270 L 0.027 0.039 0.059 0.064 0.526 0.284 271 K 0.024 0.046 0.013 0.120 0.381 0.417 272 D 0.011 0.018 0.003 0.068 0.755 0.145 273 E 0.007 0.002 0.012 0.405 0.532 0.043 274 L 0.031 0.010 0.036 0.471 0.425 0.027 275 I 0.091 0.008 0.043 0.656 0.185 0.017 276 K 0.180 0.007 0.026 0.702 0.045 0.039 277 L 0.182 0.016 0.033 0.703 0.032 0.035 278 I 0.264 0.012 0.020 0.660 0.020 0.024 279 V 0.217 0.003 0.020 0.679 0.035 0.045 280 H 0.069 0.002 0.034 0.756 0.058 0.080 281 T 0.073 0.007 0.032 0.746 0.062 0.079 282 L 0.068 0.005 0.024 0.794 0.064 0.046 283 Y 0.119 0.005 0.038 0.689 0.098 0.050 284 E 0.057 0.005 0.047 0.672 0.151 0.069 285 Q 0.024 0.003 0.052 0.634 0.193 0.094 286 L 0.013 0.005 0.027 0.677 0.142 0.136 287 D 0.008 0.006 0.025 0.315 0.280 0.366 288 R 0.015 0.010 0.034 0.371 0.293 0.277 289 P 0.027 0.020 0.031 0.131 0.377 0.414 290 V 0.033 0.011 0.025 0.086 0.444 0.401 291 G 0.038 0.013 0.031 0.059 0.414 0.445 292 D 0.045 0.034 0.042 0.065 0.356 0.457 293 E 0.027 0.013 0.027 0.074 0.197 0.661 294 N 0.001 0.003 0.003 0.011 0.066 0.916