# TARGET T0248 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0248.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 2 I 0.022 0.033 0.008 0.102 0.004 0.029 0.802 3 N 0.014 0.025 0.019 0.159 0.252 0.121 0.410 4 K 0.010 0.011 0.022 0.242 0.239 0.126 0.349 5 P 0.003 0.003 0.061 0.687 0.026 0.112 0.109 6 N 0.002 0.001 0.081 0.796 0.027 0.056 0.037 7 Q 0.003 0.003 0.080 0.836 0.012 0.046 0.020 8 F 0.002 0.002 0.037 0.920 0.007 0.021 0.011 9 V 0.002 0.002 0.037 0.915 0.006 0.025 0.013 10 N 0.002 0.001 0.038 0.869 0.009 0.073 0.009 11 H 0.002 0.001 0.040 0.832 0.008 0.107 0.010 12 L 0.003 0.006 0.038 0.842 0.023 0.066 0.022 13 S 0.003 0.002 0.043 0.782 0.022 0.118 0.029 14 A 0.005 0.002 0.058 0.690 0.047 0.143 0.056 15 L 0.006 0.005 0.075 0.628 0.051 0.165 0.070 16 K 0.010 0.007 0.061 0.529 0.084 0.217 0.092 17 K 0.014 0.006 0.083 0.443 0.114 0.168 0.171 18 H 0.027 0.009 0.063 0.419 0.097 0.146 0.239 19 F 0.021 0.008 0.071 0.531 0.071 0.125 0.172 20 A 0.022 0.010 0.066 0.529 0.098 0.147 0.128 21 S 0.012 0.011 0.035 0.569 0.084 0.091 0.199 22 Y 0.002 0.001 0.016 0.924 0.013 0.017 0.027 23 K 0.001 0.001 0.012 0.959 0.004 0.019 0.004 24 E 0.001 0.001 0.017 0.947 0.003 0.028 0.004 25 L 0.001 0.001 0.014 0.953 0.005 0.022 0.005 26 R 0.001 0.001 0.010 0.962 0.005 0.017 0.005 27 E 0.001 0.001 0.016 0.918 0.005 0.053 0.007 28 A 0.001 0.001 0.022 0.862 0.012 0.084 0.018 29 F 0.003 0.007 0.043 0.785 0.025 0.092 0.046 30 N 0.003 0.002 0.085 0.690 0.029 0.163 0.028 31 D 0.003 0.001 0.091 0.610 0.037 0.219 0.039 32 Y 0.006 0.004 0.106 0.568 0.060 0.161 0.095 33 H 0.019 0.015 0.092 0.417 0.093 0.200 0.163 34 K 0.023 0.016 0.097 0.301 0.129 0.207 0.228 35 H 0.017 0.011 0.059 0.221 0.206 0.167 0.319 36 N 0.007 0.005 0.057 0.169 0.131 0.304 0.326 37 G 0.005 0.004 0.063 0.158 0.175 0.412 0.183 38 D 0.008 0.007 0.064 0.214 0.217 0.243 0.247 39 E 0.018 0.013 0.056 0.508 0.101 0.137 0.166 40 L 0.022 0.011 0.046 0.671 0.038 0.094 0.119 41 T 0.032 0.005 0.020 0.762 0.054 0.032 0.095 42 T 0.027 0.003 0.025 0.883 0.013 0.018 0.031 43 F 0.012 0.003 0.036 0.878 0.012 0.032 0.026 44 F 0.008 0.002 0.034 0.900 0.006 0.036 0.015 45 L 0.002 0.001 0.036 0.919 0.009 0.024 0.009 46 H 0.002 0.001 0.018 0.939 0.008 0.025 0.007 47 Q 0.001 0.001 0.015 0.952 0.003 0.020 0.008 48 F 0.001 0.001 0.005 0.972 0.003 0.015 0.004 49 D 0.001 0.001 0.006 0.959 0.004 0.026 0.003 50 K 0.001 0.001 0.008 0.952 0.005 0.030 0.004 51 V 0.002 0.001 0.008 0.960 0.004 0.018 0.007 52 M 0.003 0.001 0.018 0.940 0.005 0.026 0.007 53 E 0.008 0.001 0.037 0.845 0.011 0.088 0.011 54 L 0.008 0.003 0.051 0.752 0.014 0.156 0.016 55 V 0.014 0.011 0.040 0.615 0.098 0.120 0.102 56 K 0.012 0.003 0.036 0.529 0.089 0.143 0.189 57 Q 0.006 0.002 0.038 0.522 0.105 0.182 0.145 58 K 0.007 0.006 0.055 0.613 0.066 0.163 0.090 59 D 0.009 0.012 0.033 0.590 0.084 0.104 0.168 60 F 0.005 0.003 0.017 0.808 0.049 0.028 0.089 61 K 0.004 0.001 0.011 0.914 0.019 0.026 0.026 62 T 0.002 0.001 0.014 0.932 0.008 0.029 0.015 63 A 0.001 0.001 0.011 0.948 0.005 0.021 0.012 64 Q 0.001 0.001 0.006 0.968 0.004 0.016 0.005 65 S 0.001 0.001 0.005 0.940 0.004 0.044 0.006 66 R 0.001 0.001 0.005 0.920 0.006 0.055 0.013 67 C 0.002 0.004 0.006 0.923 0.011 0.026 0.028 68 E 0.002 0.001 0.030 0.900 0.008 0.048 0.012 69 E 0.002 0.001 0.034 0.867 0.016 0.070 0.010 70 E 0.002 0.002 0.072 0.790 0.016 0.104 0.014 71 L 0.006 0.004 0.085 0.632 0.048 0.187 0.040 72 A 0.003 0.002 0.151 0.548 0.059 0.179 0.058 73 A 0.004 0.002 0.098 0.259 0.373 0.146 0.118 74 P 0.007 0.002 0.080 0.120 0.103 0.479 0.209 75 Y 0.030 0.066 0.139 0.077 0.118 0.341 0.228 76 L 0.046 0.084 0.034 0.026 0.296 0.048 0.466 77 P 0.033 0.007 0.014 0.028 0.096 0.021 0.801 78 K 0.002 0.001 0.193 0.710 0.025 0.040 0.029 79 P 0.002 0.006 0.194 0.731 0.009 0.041 0.018 80 L 0.001 0.001 0.101 0.861 0.004 0.023 0.009 81 V 0.001 0.001 0.023 0.947 0.007 0.013 0.008 82 S 0.002 0.001 0.012 0.950 0.004 0.025 0.006 83 F 0.001 0.001 0.011 0.952 0.003 0.027 0.006 84 F 0.001 0.001 0.005 0.963 0.006 0.018 0.006 85 Q 0.001 0.001 0.006 0.952 0.008 0.028 0.005 86 S 0.001 0.001 0.005 0.948 0.005 0.037 0.004 87 L 0.001 0.001 0.005 0.968 0.004 0.016 0.006 88 L 0.002 0.001 0.007 0.967 0.003 0.015 0.004 89 Q 0.004 0.001 0.013 0.930 0.006 0.039 0.008 90 L 0.005 0.002 0.013 0.904 0.009 0.054 0.012 91 V 0.015 0.004 0.009 0.846 0.030 0.050 0.045 92 N 0.017 0.002 0.014 0.777 0.032 0.083 0.075 93 H 0.008 0.001 0.028 0.847 0.023 0.059 0.032 94 D 0.010 0.002 0.051 0.832 0.018 0.062 0.025 95 L 0.018 0.004 0.040 0.820 0.026 0.056 0.037 96 L 0.019 0.004 0.024 0.810 0.029 0.052 0.063 97 E 0.017 0.002 0.015 0.785 0.045 0.081 0.055 98 Q 0.015 0.003 0.021 0.726 0.046 0.106 0.082 99 Q 0.012 0.004 0.024 0.718 0.055 0.089 0.098 100 N 0.015 0.003 0.038 0.703 0.054 0.095 0.092 101 A 0.015 0.003 0.056 0.720 0.047 0.096 0.063 102 A 0.010 0.004 0.074 0.698 0.040 0.100 0.074 103 L 0.006 0.006 0.226 0.527 0.040 0.106 0.089 104 A 0.004 0.001 0.258 0.373 0.034 0.296 0.034 105 S 0.004 0.002 0.201 0.249 0.047 0.433 0.063 106 L 0.007 0.016 0.048 0.151 0.301 0.103 0.373 107 P 0.009 0.012 0.011 0.084 0.146 0.082 0.656 108 A 0.003 0.002 0.038 0.773 0.037 0.065 0.082 109 A 0.002 0.001 0.023 0.893 0.013 0.045 0.024 110 K 0.003 0.001 0.015 0.927 0.008 0.030 0.016 111 I 0.006 0.001 0.007 0.943 0.012 0.014 0.016 112 I 0.009 0.001 0.004 0.959 0.008 0.009 0.011 113 E 0.009 0.001 0.004 0.969 0.003 0.008 0.007 114 L 0.004 0.001 0.007 0.968 0.004 0.011 0.006 115 V 0.003 0.001 0.008 0.963 0.003 0.018 0.004 116 L 0.003 0.001 0.012 0.924 0.007 0.046 0.007 117 Q 0.001 0.001 0.010 0.621 0.024 0.333 0.010 118 D 0.002 0.001 0.007 0.215 0.131 0.553 0.091 119 Y 0.005 0.009 0.007 0.086 0.279 0.043 0.571 120 P 0.005 0.008 0.104 0.160 0.146 0.159 0.418 121 N 0.003 0.003 0.248 0.194 0.084 0.401 0.066 122 K 0.010 0.003 0.258 0.264 0.060 0.290 0.115 123 L 0.046 0.009 0.088 0.517 0.051 0.080 0.210 124 N 0.138 0.018 0.037 0.577 0.032 0.060 0.138 125 M 0.115 0.009 0.032 0.714 0.036 0.034 0.059 126 I 0.135 0.004 0.021 0.776 0.014 0.016 0.034 127 H 0.090 0.002 0.022 0.826 0.013 0.020 0.028 128 Y 0.067 0.003 0.032 0.819 0.015 0.039 0.024 129 L 0.032 0.004 0.033 0.843 0.017 0.047 0.025 130 L 0.030 0.003 0.030 0.804 0.030 0.059 0.044 131 P 0.017 0.003 0.044 0.752 0.027 0.098 0.059 132 K 0.012 0.004 0.057 0.607 0.085 0.112 0.124 133 T 0.008 0.008 0.173 0.506 0.046 0.139 0.120 134 K 0.004 0.003 0.357 0.305 0.055 0.224 0.052 135 A 0.002 0.001 0.348 0.177 0.047 0.384 0.041 136 F 0.005 0.007 0.211 0.104 0.092 0.466 0.115 137 V 0.022 0.031 0.012 0.029 0.280 0.044 0.582 138 K 0.016 0.008 0.002 0.006 0.052 0.010 0.906 139 P 0.004 0.004 0.186 0.567 0.055 0.102 0.082 140 H 0.007 0.003 0.226 0.541 0.040 0.116 0.066 141 L 0.007 0.002 0.228 0.653 0.018 0.048 0.045 142 L 0.029 0.004 0.038 0.840 0.011 0.029 0.050 143 Q 0.100 0.005 0.033 0.733 0.022 0.049 0.057 144 R 0.171 0.006 0.035 0.683 0.022 0.048 0.035 145 L 0.137 0.004 0.026 0.737 0.020 0.025 0.050 146 Q 0.166 0.002 0.036 0.700 0.037 0.025 0.033 147 F 0.304 0.002 0.032 0.583 0.019 0.033 0.027 148 V 0.301 0.008 0.026 0.569 0.015 0.048 0.032 149 L 0.362 0.012 0.014 0.457 0.041 0.055 0.059 150 T 0.224 0.007 0.013 0.273 0.120 0.092 0.271 151 D 0.063 0.005 0.035 0.329 0.161 0.161 0.247 152 S 0.033 0.007 0.163 0.429 0.099 0.176 0.092 153 E 0.036 0.014 0.157 0.436 0.112 0.118 0.127 154 L 0.014 0.006 0.222 0.492 0.062 0.078 0.126 155 L 0.014 0.004 0.133 0.530 0.069 0.147 0.104 156 E 0.014 0.004 0.103 0.472 0.065 0.205 0.138 157 L 0.009 0.004 0.072 0.514 0.102 0.130 0.170 158 K 0.024 0.005 0.032 0.530 0.085 0.152 0.174 159 R 0.029 0.006 0.017 0.656 0.063 0.079 0.151 160 F 0.032 0.006 0.009 0.785 0.029 0.036 0.103 161 S 0.025 0.005 0.010 0.840 0.021 0.043 0.056 162 F 0.027 0.002 0.009 0.897 0.022 0.021 0.023 163 F 0.026 0.001 0.016 0.913 0.011 0.014 0.019 164 Q 0.007 0.001 0.024 0.925 0.009 0.023 0.011 165 A 0.004 0.001 0.039 0.882 0.008 0.051 0.015 166 L 0.002 0.002 0.102 0.772 0.010 0.097 0.015 167 N 0.006 0.001 0.103 0.552 0.029 0.286 0.023 168 Q 0.007 0.004 0.108 0.465 0.065 0.229 0.121 169 I 0.015 0.036 0.035 0.137 0.300 0.067 0.411 170 P 0.031 0.013 0.054 0.053 0.161 0.170 0.519 171 G 0.029 0.016 0.108 0.048 0.173 0.349 0.276 172 F 0.047 0.016 0.140 0.044 0.147 0.204 0.402 173 Q 0.077 0.012 0.094 0.048 0.220 0.276 0.271 174 G 0.100 0.005 0.047 0.032 0.207 0.343 0.264 175 E 0.179 0.021 0.017 0.030 0.303 0.057 0.392 176 Q 0.429 0.035 0.006 0.023 0.074 0.024 0.408 177 V 0.725 0.013 0.003 0.017 0.019 0.007 0.215 178 E 0.857 0.008 0.003 0.014 0.036 0.006 0.076 179 Y 0.885 0.013 0.005 0.011 0.009 0.006 0.072 180 F 0.825 0.007 0.012 0.020 0.024 0.043 0.070 181 N 0.622 0.010 0.031 0.030 0.074 0.059 0.174 182 S 0.249 0.005 0.089 0.023 0.200 0.131 0.303 183 K 0.267 0.009 0.126 0.027 0.208 0.208 0.154 184 L 0.399 0.025 0.115 0.014 0.103 0.136 0.207 185 K 0.484 0.009 0.029 0.006 0.162 0.049 0.261 186 Q 0.726 0.004 0.008 0.004 0.129 0.015 0.113 187 K 0.908 0.004 0.003 0.003 0.016 0.007 0.058 188 F 0.971 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.020 189 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 190 L 0.955 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 191 T 0.918 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.071 192 L 0.675 0.010 0.017 0.007 0.047 0.061 0.182 193 G 0.221 0.008 0.053 0.009 0.258 0.319 0.132 194 E 0.289 0.007 0.062 0.014 0.221 0.198 0.208 195 F 0.481 0.021 0.033 0.019 0.081 0.075 0.289 196 E 0.623 0.026 0.017 0.016 0.051 0.043 0.224 197 I 0.687 0.020 0.019 0.023 0.058 0.028 0.165 198 A 0.547 0.019 0.024 0.041 0.076 0.052 0.241 199 Q 0.241 0.028 0.035 0.052 0.172 0.063 0.410 200 Q 0.090 0.011 0.032 0.069 0.200 0.070 0.528 201 P 0.019 0.005 0.088 0.190 0.189 0.357 0.152 202 D 0.007 0.008 0.094 0.228 0.116 0.401 0.146 203 A 0.007 0.009 0.064 0.489 0.112 0.105 0.214 204 K 0.004 0.003 0.026 0.780 0.052 0.053 0.083 205 A 0.002 0.001 0.023 0.904 0.013 0.039 0.017 206 Y 0.001 0.001 0.020 0.923 0.008 0.034 0.013 207 F 0.001 0.001 0.005 0.973 0.005 0.011 0.005 208 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.007 0.002 209 Q 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.010 0.001 210 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.010 0.001 211 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 212 T 0.001 0.001 0.004 0.968 0.002 0.025 0.002 213 Q 0.001 0.001 0.006 0.936 0.004 0.049 0.005 214 I 0.006 0.004 0.010 0.920 0.013 0.028 0.019 215 Q 0.011 0.002 0.045 0.849 0.013 0.052 0.028 216 Q 0.012 0.001 0.053 0.774 0.020 0.119 0.021 217 L 0.010 0.002 0.052 0.719 0.028 0.161 0.028 218 F 0.031 0.014 0.034 0.597 0.065 0.200 0.058 219 L 0.039 0.007 0.035 0.274 0.119 0.177 0.350 220 K 0.031 0.010 0.030 0.187 0.315 0.132 0.294 221 E 0.018 0.007 0.009 0.101 0.433 0.053 0.379 222 P 0.007 0.009 0.028 0.147 0.199 0.137 0.472 223 V 0.009 0.014 0.058 0.208 0.147 0.137 0.428 224 N 0.007 0.003 0.094 0.411 0.080 0.116 0.288 225 A 0.002 0.001 0.070 0.779 0.037 0.059 0.052 226 E 0.002 0.002 0.034 0.823 0.046 0.043 0.048 227 F 0.002 0.005 0.012 0.882 0.026 0.029 0.044 228 A 0.001 0.001 0.004 0.962 0.005 0.016 0.012 229 N 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.013 0.002 230 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.009 0.002 231 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 232 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 233 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 234 A 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.014 0.001 235 F 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.019 0.001 236 L 0.001 0.001 0.005 0.963 0.004 0.022 0.005 237 V 0.001 0.001 0.030 0.895 0.007 0.060 0.007 238 S 0.001 0.001 0.044 0.734 0.025 0.180 0.016 239 Y 0.003 0.012 0.043 0.630 0.072 0.166 0.074 240 F 0.004 0.014 0.018 0.049 0.212 0.070 0.633 241 P 0.004 0.007 0.060 0.029 0.151 0.505 0.245 242 L 0.003 0.010 0.085 0.023 0.247 0.436 0.198 243 H 0.002 0.012 0.045 0.011 0.481 0.054 0.396 244 P 0.004 0.004 0.051 0.020 0.125 0.634 0.162 245 P 0.015 0.009 0.027 0.008 0.144 0.584 0.213 246 V 0.074 0.110 0.010 0.014 0.266 0.016 0.510 247 P 0.128 0.235 0.002 0.021 0.020 0.005 0.589 248 L 0.006 0.002 0.095 0.815 0.013 0.024 0.046 249 A 0.003 0.001 0.082 0.865 0.011 0.025 0.014 250 Q 0.002 0.001 0.055 0.898 0.007 0.029 0.008 251 L 0.001 0.001 0.020 0.940 0.007 0.021 0.011 252 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.005 0.011 0.006 253 A 0.001 0.001 0.002 0.976 0.004 0.014 0.003 254 K 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.010 0.002 255 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 256 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 257 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 258 Y 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.014 0.001 259 V 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.002 260 S 0.001 0.001 0.008 0.974 0.002 0.015 0.001 261 Q 0.001 0.001 0.011 0.946 0.007 0.032 0.004 262 I 0.001 0.001 0.023 0.918 0.003 0.050 0.005 263 V 0.003 0.009 0.015 0.832 0.024 0.091 0.025 264 L 0.005 0.003 0.033 0.636 0.033 0.228 0.062 265 N 0.007 0.001 0.024 0.351 0.081 0.458 0.076 266 E 0.018 0.009 0.037 0.220 0.187 0.220 0.309 267 A 0.022 0.026 0.037 0.091 0.151 0.064 0.609 268 V 0.041 0.014 0.101 0.116 0.170 0.229 0.329 269 N 0.041 0.014 0.088 0.071 0.146 0.305 0.335 270 L 0.035 0.030 0.066 0.073 0.155 0.143 0.498 271 K 0.033 0.024 0.016 0.076 0.389 0.100 0.362 272 D 0.010 0.006 0.005 0.043 0.315 0.029 0.590 273 E 0.002 0.002 0.074 0.425 0.066 0.375 0.057 274 L 0.006 0.003 0.064 0.482 0.050 0.347 0.048 275 I 0.020 0.004 0.027 0.847 0.027 0.025 0.050 276 K 0.031 0.002 0.004 0.917 0.007 0.006 0.033 277 L 0.055 0.004 0.008 0.892 0.007 0.009 0.024 278 I 0.047 0.002 0.014 0.910 0.003 0.014 0.010 279 V 0.017 0.001 0.010 0.942 0.006 0.012 0.011 280 H 0.017 0.001 0.010 0.940 0.013 0.010 0.010 281 T 0.019 0.001 0.008 0.926 0.007 0.020 0.019 282 L 0.010 0.002 0.008 0.943 0.007 0.017 0.013 283 Y 0.011 0.001 0.016 0.919 0.009 0.032 0.012 284 E 0.006 0.001 0.021 0.890 0.014 0.057 0.011 285 Q 0.005 0.001 0.028 0.879 0.012 0.055 0.020 286 L 0.010 0.005 0.029 0.778 0.035 0.084 0.058 287 D 0.017 0.006 0.053 0.520 0.074 0.170 0.161 288 R 0.025 0.005 0.104 0.429 0.134 0.115 0.188 289 P 0.025 0.008 0.079 0.503 0.073 0.129 0.184 290 V 0.022 0.008 0.057 0.363 0.098 0.241 0.212 291 G 0.027 0.007 0.041 0.213 0.173 0.314 0.224 292 D 0.038 0.019 0.030 0.156 0.284 0.130 0.344 293 E 0.035 0.021 0.019 0.149 0.015 0.086 0.675 294 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997