# TARGET T0248 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0248.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.727 0.165 0.066 0.033 0.008 0.001 0.001 2 I 0.630 0.182 0.093 0.063 0.026 0.006 0.001 3 N 0.711 0.176 0.066 0.028 0.013 0.004 0.001 4 K 0.460 0.274 0.130 0.081 0.039 0.014 0.002 5 P 0.283 0.195 0.214 0.191 0.085 0.028 0.003 6 N 0.543 0.265 0.122 0.051 0.015 0.003 0.001 7 Q 0.441 0.363 0.136 0.045 0.013 0.002 0.001 8 F 0.222 0.158 0.153 0.219 0.185 0.060 0.002 9 V 0.124 0.125 0.191 0.331 0.186 0.043 0.001 10 N 0.407 0.405 0.133 0.042 0.011 0.002 0.001 11 H 0.247 0.253 0.254 0.174 0.062 0.010 0.001 12 L 0.182 0.121 0.141 0.256 0.224 0.073 0.002 13 S 0.350 0.332 0.193 0.090 0.028 0.006 0.001 14 A 0.440 0.336 0.148 0.059 0.015 0.002 0.001 15 L 0.234 0.274 0.238 0.172 0.067 0.013 0.001 16 K 0.429 0.311 0.157 0.076 0.023 0.004 0.001 17 K 0.455 0.341 0.131 0.054 0.016 0.003 0.001 18 H 0.138 0.252 0.254 0.223 0.104 0.027 0.001 19 F 0.047 0.091 0.189 0.319 0.263 0.088 0.005 20 A 0.252 0.363 0.207 0.113 0.049 0.014 0.001 21 S 0.165 0.334 0.262 0.170 0.058 0.011 0.001 22 Y 0.031 0.084 0.179 0.335 0.284 0.082 0.004 23 K 0.378 0.415 0.153 0.042 0.010 0.002 0.001 24 E 0.168 0.434 0.287 0.092 0.016 0.002 0.001 25 L 0.020 0.036 0.087 0.264 0.434 0.156 0.004 26 R 0.053 0.230 0.359 0.264 0.083 0.011 0.001 27 E 0.484 0.420 0.077 0.016 0.003 0.001 0.001 28 A 0.147 0.293 0.322 0.187 0.046 0.005 0.001 29 F 0.048 0.066 0.165 0.361 0.298 0.060 0.001 30 N 0.433 0.388 0.127 0.041 0.010 0.001 0.001 31 D 0.536 0.331 0.101 0.027 0.005 0.001 0.001 32 Y 0.220 0.229 0.228 0.217 0.088 0.017 0.001 33 H 0.242 0.280 0.233 0.158 0.072 0.015 0.001 34 K 0.612 0.244 0.087 0.042 0.012 0.002 0.001 35 H 0.512 0.259 0.131 0.070 0.024 0.004 0.001 36 N 0.542 0.233 0.116 0.075 0.028 0.006 0.001 37 G 0.484 0.295 0.130 0.065 0.021 0.005 0.001 38 D 0.482 0.277 0.132 0.073 0.028 0.007 0.001 39 E 0.212 0.246 0.218 0.180 0.101 0.036 0.005 40 L 0.074 0.091 0.124 0.229 0.278 0.180 0.024 41 T 0.078 0.165 0.221 0.249 0.189 0.088 0.010 42 T 0.137 0.208 0.208 0.209 0.153 0.076 0.010 43 F 0.051 0.081 0.117 0.234 0.279 0.201 0.038 44 F 0.035 0.042 0.051 0.130 0.255 0.394 0.092 45 L 0.059 0.141 0.213 0.278 0.202 0.092 0.014 46 H 0.115 0.260 0.249 0.195 0.120 0.054 0.007 47 Q 0.030 0.062 0.112 0.248 0.311 0.212 0.026 48 F 0.017 0.037 0.069 0.184 0.344 0.319 0.030 49 D 0.092 0.339 0.306 0.173 0.070 0.017 0.001 50 K 0.077 0.243 0.332 0.242 0.087 0.019 0.001 51 V 0.017 0.027 0.054 0.180 0.427 0.281 0.014 52 M 0.051 0.178 0.303 0.307 0.134 0.025 0.001 53 E 0.388 0.418 0.137 0.042 0.012 0.003 0.001 54 L 0.141 0.246 0.265 0.224 0.104 0.020 0.001 55 V 0.063 0.080 0.191 0.369 0.247 0.050 0.001 56 K 0.576 0.320 0.080 0.021 0.003 0.001 0.001 57 Q 0.614 0.293 0.072 0.017 0.003 0.001 0.001 58 K 0.635 0.225 0.095 0.035 0.008 0.001 0.001 59 D 0.511 0.342 0.106 0.033 0.008 0.001 0.001 60 F 0.111 0.188 0.284 0.308 0.100 0.008 0.001 61 K 0.585 0.330 0.072 0.011 0.001 0.001 0.001 62 T 0.383 0.452 0.131 0.030 0.004 0.001 0.001 63 A 0.068 0.106 0.170 0.328 0.272 0.055 0.001 64 Q 0.092 0.220 0.312 0.266 0.097 0.012 0.001 65 S 0.408 0.460 0.108 0.020 0.003 0.001 0.001 66 R 0.122 0.269 0.339 0.210 0.052 0.007 0.001 67 C 0.049 0.057 0.096 0.270 0.372 0.149 0.007 68 E 0.245 0.392 0.238 0.099 0.023 0.004 0.001 69 E 0.573 0.304 0.086 0.028 0.008 0.001 0.001 70 E 0.177 0.210 0.233 0.226 0.114 0.037 0.003 71 L 0.150 0.135 0.166 0.251 0.220 0.074 0.005 72 A 0.506 0.283 0.119 0.060 0.024 0.007 0.001 73 A 0.430 0.250 0.149 0.100 0.046 0.020 0.004 74 P 0.399 0.243 0.153 0.120 0.059 0.023 0.003 75 Y 0.209 0.205 0.189 0.182 0.152 0.059 0.005 76 L 0.153 0.153 0.175 0.258 0.186 0.069 0.006 77 P 0.188 0.251 0.208 0.195 0.110 0.043 0.005 78 K 0.286 0.308 0.209 0.126 0.054 0.015 0.002 79 P 0.124 0.229 0.256 0.243 0.112 0.032 0.004 80 L 0.036 0.040 0.052 0.142 0.324 0.363 0.044 81 V 0.031 0.125 0.274 0.327 0.188 0.051 0.003 82 S 0.080 0.294 0.304 0.215 0.080 0.024 0.002 83 F 0.008 0.022 0.066 0.220 0.394 0.270 0.021 84 F 0.006 0.012 0.025 0.094 0.303 0.486 0.075 85 Q 0.043 0.212 0.308 0.274 0.123 0.037 0.003 86 S 0.061 0.173 0.249 0.266 0.172 0.070 0.008 87 L 0.018 0.022 0.030 0.097 0.276 0.471 0.086 88 L 0.042 0.097 0.174 0.296 0.258 0.123 0.011 89 Q 0.142 0.293 0.260 0.177 0.091 0.034 0.003 90 L 0.118 0.145 0.177 0.245 0.210 0.096 0.009 91 V 0.078 0.090 0.145 0.272 0.274 0.131 0.010 92 N 0.287 0.326 0.199 0.120 0.050 0.015 0.002 93 H 0.311 0.326 0.189 0.112 0.048 0.012 0.001 94 D 0.306 0.328 0.204 0.109 0.039 0.012 0.001 95 L 0.108 0.126 0.184 0.263 0.230 0.083 0.005 96 L 0.170 0.196 0.211 0.240 0.143 0.038 0.002 97 E 0.404 0.315 0.161 0.081 0.030 0.009 0.001 98 Q 0.440 0.283 0.152 0.084 0.032 0.008 0.001 99 Q 0.297 0.253 0.196 0.148 0.077 0.026 0.002 100 N 0.245 0.266 0.219 0.172 0.076 0.020 0.001 101 A 0.316 0.357 0.193 0.089 0.034 0.009 0.001 102 A 0.177 0.325 0.250 0.166 0.065 0.016 0.001 103 L 0.032 0.053 0.142 0.347 0.332 0.091 0.004 104 A 0.322 0.415 0.178 0.069 0.015 0.002 0.001 105 S 0.389 0.411 0.144 0.046 0.009 0.001 0.001 106 L 0.062 0.113 0.230 0.350 0.199 0.044 0.002 107 P 0.312 0.399 0.184 0.076 0.024 0.004 0.001 108 A 0.058 0.200 0.270 0.299 0.147 0.026 0.001 109 A 0.178 0.415 0.282 0.100 0.021 0.003 0.001 110 K 0.123 0.445 0.298 0.104 0.025 0.004 0.001 111 I 0.005 0.030 0.094 0.263 0.426 0.173 0.009 112 I 0.007 0.025 0.072 0.229 0.413 0.241 0.013 113 E 0.041 0.273 0.348 0.241 0.076 0.019 0.001 114 L 0.032 0.159 0.302 0.306 0.159 0.040 0.002 115 V 0.009 0.020 0.038 0.134 0.348 0.404 0.047 116 L 0.014 0.030 0.095 0.276 0.368 0.197 0.020 117 Q 0.202 0.410 0.243 0.106 0.031 0.007 0.001 118 D 0.226 0.339 0.230 0.143 0.049 0.011 0.001 119 Y 0.085 0.158 0.226 0.282 0.179 0.064 0.007 120 P 0.302 0.245 0.172 0.139 0.098 0.040 0.004 121 N 0.334 0.285 0.169 0.132 0.061 0.016 0.002 122 K 0.270 0.260 0.200 0.155 0.080 0.032 0.004 123 L 0.091 0.121 0.163 0.218 0.241 0.144 0.022 124 N 0.094 0.138 0.169 0.229 0.215 0.130 0.024 125 M 0.046 0.069 0.101 0.192 0.250 0.267 0.075 126 I 0.028 0.033 0.045 0.105 0.225 0.408 0.155 127 H 0.033 0.082 0.151 0.236 0.246 0.201 0.051 128 Y 0.030 0.068 0.107 0.173 0.235 0.310 0.076 129 L 0.015 0.022 0.040 0.123 0.284 0.409 0.107 130 L 0.025 0.054 0.092 0.197 0.300 0.286 0.046 131 P 0.081 0.236 0.268 0.239 0.127 0.044 0.005 132 K 0.084 0.193 0.234 0.257 0.171 0.056 0.006 133 T 0.149 0.206 0.203 0.234 0.148 0.055 0.005 134 K 0.392 0.317 0.164 0.088 0.031 0.008 0.001 135 A 0.448 0.351 0.129 0.052 0.015 0.004 0.001 136 F 0.198 0.280 0.240 0.176 0.083 0.021 0.001 137 V 0.076 0.108 0.189 0.309 0.248 0.067 0.003 138 K 0.288 0.390 0.207 0.089 0.022 0.003 0.001 139 P 0.156 0.196 0.240 0.262 0.121 0.024 0.001 140 H 0.399 0.381 0.138 0.057 0.019 0.004 0.001 141 L 0.088 0.262 0.285 0.244 0.098 0.021 0.001 142 L 0.018 0.052 0.131 0.280 0.362 0.149 0.008 143 Q 0.094 0.331 0.309 0.179 0.069 0.017 0.001 144 R 0.035 0.161 0.286 0.310 0.154 0.050 0.004 145 L 0.007 0.012 0.027 0.097 0.336 0.460 0.061 146 Q 0.013 0.065 0.154 0.286 0.296 0.163 0.023 147 F 0.046 0.160 0.212 0.223 0.191 0.144 0.024 148 V 0.014 0.030 0.072 0.182 0.295 0.350 0.057 149 L 0.011 0.022 0.049 0.144 0.304 0.401 0.069 150 T 0.079 0.168 0.214 0.238 0.198 0.089 0.014 151 D 0.199 0.304 0.248 0.161 0.066 0.019 0.002 152 S 0.310 0.297 0.193 0.133 0.051 0.014 0.002 153 E 0.419 0.356 0.141 0.059 0.020 0.005 0.001 154 L 0.103 0.128 0.209 0.303 0.199 0.054 0.003 155 L 0.168 0.249 0.241 0.209 0.104 0.028 0.002 156 E 0.343 0.330 0.169 0.099 0.043 0.013 0.001 157 L 0.070 0.118 0.187 0.275 0.240 0.099 0.011 158 K 0.118 0.293 0.249 0.195 0.100 0.040 0.006 159 R 0.027 0.125 0.220 0.267 0.233 0.113 0.016 160 F 0.057 0.150 0.219 0.243 0.199 0.120 0.012 161 S 0.018 0.113 0.228 0.312 0.224 0.092 0.012 162 F 0.006 0.014 0.027 0.097 0.295 0.467 0.093 163 F 0.013 0.057 0.140 0.285 0.308 0.183 0.014 164 Q 0.035 0.226 0.323 0.273 0.107 0.034 0.003 165 A 0.006 0.023 0.072 0.222 0.417 0.246 0.014 166 L 0.004 0.015 0.047 0.188 0.411 0.316 0.020 167 N 0.055 0.322 0.342 0.204 0.062 0.014 0.002 168 Q 0.158 0.432 0.262 0.112 0.030 0.005 0.001 169 I 0.024 0.091 0.209 0.350 0.255 0.068 0.003 170 P 0.227 0.372 0.238 0.117 0.038 0.008 0.001 171 G 0.323 0.304 0.192 0.120 0.049 0.011 0.001 172 F 0.203 0.220 0.200 0.212 0.129 0.034 0.002 173 Q 0.314 0.303 0.206 0.128 0.041 0.007 0.001 174 G 0.486 0.323 0.127 0.048 0.014 0.003 0.001 175 E 0.226 0.241 0.220 0.203 0.089 0.019 0.002 176 Q 0.310 0.366 0.205 0.088 0.025 0.005 0.001 177 V 0.053 0.092 0.149 0.295 0.296 0.108 0.008 178 E 0.154 0.292 0.259 0.184 0.083 0.024 0.002 179 Y 0.096 0.156 0.176 0.224 0.219 0.117 0.011 180 F 0.059 0.109 0.165 0.279 0.248 0.129 0.011 181 N 0.133 0.211 0.195 0.228 0.151 0.075 0.007 182 S 0.247 0.313 0.196 0.131 0.081 0.028 0.004 183 K 0.131 0.309 0.261 0.190 0.074 0.030 0.003 184 L 0.033 0.066 0.126 0.288 0.326 0.147 0.014 185 K 0.098 0.342 0.288 0.179 0.070 0.022 0.002 186 Q 0.060 0.183 0.192 0.223 0.227 0.107 0.008 187 K 0.011 0.113 0.332 0.374 0.135 0.032 0.002 188 F 0.002 0.010 0.025 0.108 0.371 0.444 0.040 189 T 0.007 0.099 0.318 0.379 0.157 0.037 0.002 190 L 0.003 0.010 0.024 0.096 0.316 0.507 0.044 191 T 0.007 0.104 0.331 0.382 0.147 0.028 0.001 192 L 0.007 0.028 0.070 0.217 0.421 0.248 0.009 193 G 0.062 0.296 0.366 0.215 0.054 0.008 0.001 194 E 0.175 0.371 0.240 0.153 0.052 0.008 0.001 195 F 0.085 0.221 0.279 0.259 0.127 0.028 0.001 196 E 0.157 0.344 0.248 0.169 0.068 0.015 0.001 197 I 0.084 0.108 0.170 0.259 0.249 0.123 0.006 198 A 0.161 0.271 0.241 0.202 0.101 0.023 0.001 199 Q 0.282 0.287 0.221 0.150 0.051 0.008 0.001 200 Q 0.456 0.307 0.144 0.069 0.019 0.004 0.001 201 P 0.688 0.222 0.062 0.022 0.005 0.001 0.001 202 D 0.595 0.294 0.082 0.024 0.005 0.001 0.001 203 A 0.187 0.248 0.258 0.207 0.084 0.015 0.001 204 K 0.207 0.422 0.238 0.103 0.026 0.003 0.001 205 A 0.116 0.364 0.284 0.173 0.055 0.008 0.001 206 Y 0.011 0.069 0.224 0.423 0.237 0.036 0.001 207 F 0.011 0.042 0.078 0.209 0.397 0.250 0.012 208 E 0.115 0.378 0.301 0.160 0.040 0.006 0.001 209 Q 0.061 0.299 0.371 0.208 0.051 0.008 0.001 210 L 0.008 0.017 0.036 0.152 0.430 0.342 0.017 211 I 0.007 0.053 0.161 0.345 0.323 0.106 0.006 212 T 0.153 0.509 0.249 0.070 0.016 0.003 0.001 213 Q 0.025 0.126 0.325 0.370 0.131 0.021 0.001 214 I 0.013 0.024 0.041 0.149 0.398 0.348 0.027 215 Q 0.117 0.282 0.285 0.210 0.084 0.020 0.002 216 Q 0.343 0.374 0.171 0.075 0.027 0.009 0.001 217 L 0.043 0.093 0.202 0.310 0.237 0.101 0.014 218 F 0.110 0.107 0.120 0.203 0.261 0.171 0.029 219 L 0.183 0.150 0.153 0.194 0.170 0.119 0.030 220 K 0.205 0.231 0.173 0.165 0.121 0.080 0.025 221 E 0.149 0.175 0.186 0.208 0.164 0.095 0.022 222 P 0.149 0.153 0.149 0.191 0.199 0.138 0.021 223 V 0.162 0.174 0.178 0.240 0.170 0.066 0.009 224 N 0.269 0.311 0.183 0.129 0.068 0.032 0.008 225 A 0.090 0.194 0.234 0.244 0.175 0.057 0.007 226 E 0.136 0.244 0.244 0.216 0.121 0.034 0.004 227 F 0.041 0.071 0.112 0.200 0.282 0.248 0.046 228 A 0.021 0.035 0.041 0.112 0.228 0.446 0.117 229 N 0.017 0.092 0.202 0.327 0.247 0.105 0.009 230 E 0.031 0.093 0.202 0.330 0.246 0.091 0.007 231 I 0.017 0.021 0.024 0.066 0.221 0.486 0.165 232 I 0.005 0.008 0.019 0.083 0.220 0.479 0.187 233 D 0.018 0.140 0.297 0.307 0.173 0.058 0.006 234 A 0.017 0.070 0.163 0.332 0.281 0.122 0.015 235 F 0.003 0.010 0.021 0.066 0.219 0.520 0.162 236 L 0.013 0.026 0.058 0.156 0.325 0.349 0.074 237 V 0.052 0.180 0.232 0.264 0.174 0.082 0.016 238 S 0.071 0.139 0.189 0.244 0.226 0.115 0.017 239 Y 0.060 0.092 0.126 0.210 0.255 0.216 0.040 240 F 0.123 0.147 0.187 0.263 0.206 0.066 0.008 241 P 0.326 0.281 0.175 0.123 0.064 0.026 0.005 242 L 0.439 0.288 0.137 0.087 0.036 0.012 0.001 243 H 0.340 0.256 0.174 0.145 0.066 0.018 0.002 244 P 0.387 0.264 0.181 0.118 0.042 0.008 0.001 245 P 0.522 0.325 0.102 0.039 0.010 0.002 0.001 246 V 0.274 0.284 0.219 0.148 0.061 0.013 0.001 247 P 0.256 0.406 0.215 0.095 0.024 0.004 0.001 248 L 0.029 0.090 0.163 0.305 0.304 0.103 0.007 249 A 0.100 0.346 0.327 0.173 0.047 0.006 0.001 250 Q 0.089 0.384 0.321 0.161 0.039 0.006 0.001 251 L 0.004 0.015 0.051 0.185 0.420 0.312 0.014 252 A 0.001 0.010 0.038 0.153 0.383 0.384 0.031 253 A 0.010 0.145 0.308 0.336 0.156 0.043 0.002 254 K 0.002 0.026 0.134 0.374 0.339 0.119 0.006 255 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.080 0.647 0.265 256 Y 0.001 0.007 0.047 0.225 0.438 0.263 0.021 257 E 0.005 0.112 0.368 0.360 0.129 0.026 0.001 258 Y 0.001 0.003 0.021 0.147 0.440 0.360 0.028 259 V 0.001 0.002 0.004 0.021 0.160 0.663 0.149 260 S 0.020 0.130 0.257 0.359 0.179 0.051 0.004 261 Q 0.081 0.339 0.289 0.200 0.073 0.016 0.001 262 I 0.018 0.058 0.135 0.283 0.304 0.184 0.017 263 V 0.047 0.076 0.133 0.275 0.325 0.137 0.008 264 L 0.231 0.364 0.225 0.125 0.044 0.009 0.001 265 N 0.351 0.324 0.176 0.104 0.035 0.008 0.001 266 E 0.413 0.321 0.159 0.075 0.025 0.006 0.001 267 A 0.209 0.243 0.236 0.188 0.096 0.026 0.002 268 V 0.300 0.275 0.189 0.151 0.068 0.017 0.001 269 N 0.360 0.264 0.171 0.123 0.062 0.019 0.002 270 L 0.332 0.197 0.142 0.149 0.113 0.059 0.009 271 K 0.289 0.217 0.197 0.176 0.090 0.027 0.003 272 D 0.433 0.244 0.150 0.098 0.053 0.019 0.003 273 E 0.432 0.225 0.147 0.116 0.055 0.021 0.003 274 L 0.436 0.225 0.137 0.111 0.057 0.029 0.005 275 I 0.129 0.139 0.150 0.210 0.216 0.132 0.023 276 K 0.118 0.175 0.203 0.221 0.186 0.081 0.016 277 L 0.111 0.098 0.101 0.148 0.211 0.252 0.078 278 I 0.079 0.066 0.081 0.164 0.205 0.305 0.100 279 V 0.099 0.092 0.106 0.163 0.208 0.247 0.086 280 H 0.180 0.150 0.146 0.164 0.183 0.140 0.037 281 T 0.172 0.160 0.169 0.203 0.165 0.106 0.025 282 L 0.189 0.098 0.093 0.185 0.192 0.194 0.048 283 Y 0.172 0.178 0.190 0.198 0.164 0.083 0.016 284 E 0.449 0.272 0.136 0.080 0.045 0.016 0.002 285 Q 0.336 0.199 0.162 0.155 0.099 0.044 0.005 286 L 0.361 0.179 0.148 0.162 0.103 0.043 0.004 287 D 0.541 0.222 0.112 0.073 0.037 0.013 0.002 288 R 0.575 0.204 0.123 0.065 0.027 0.007 0.001 289 P 0.634 0.178 0.095 0.060 0.026 0.006 0.001 290 V 0.645 0.196 0.090 0.047 0.018 0.004 0.001 291 G 0.689 0.195 0.074 0.033 0.008 0.001 0.001 292 D 0.798 0.148 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 293 E 0.811 0.128 0.040 0.016 0.004 0.001 0.001 294 N 0.811 0.117 0.041 0.021 0.008 0.002 0.001