# TARGET T0248 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0248.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.028 0.037 0.064 0.327 0.469 2 I 0.080 0.031 0.027 0.115 0.304 0.444 3 N 0.041 0.023 0.019 0.093 0.358 0.467 4 K 0.029 0.019 0.022 0.093 0.469 0.369 5 P 0.016 0.008 0.116 0.349 0.291 0.220 6 N 0.011 0.006 0.117 0.577 0.179 0.110 7 Q 0.016 0.006 0.050 0.776 0.080 0.072 8 F 0.010 0.002 0.008 0.945 0.012 0.023 9 V 0.017 0.002 0.012 0.924 0.023 0.022 10 N 0.023 0.003 0.012 0.889 0.038 0.035 11 H 0.011 0.002 0.004 0.940 0.013 0.030 12 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 13 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 17 K 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.006 18 H 0.001 0.001 0.005 0.927 0.023 0.045 19 F 0.002 0.001 0.016 0.747 0.091 0.143 20 A 0.006 0.003 0.021 0.736 0.101 0.133 21 S 0.007 0.003 0.009 0.783 0.047 0.153 22 Y 0.003 0.001 0.006 0.952 0.012 0.027 23 K 0.003 0.001 0.008 0.966 0.011 0.012 24 E 0.008 0.001 0.011 0.955 0.014 0.012 25 L 0.006 0.001 0.005 0.955 0.011 0.021 26 R 0.003 0.001 0.004 0.970 0.007 0.015 27 E 0.001 0.001 0.004 0.980 0.007 0.007 28 A 0.002 0.001 0.004 0.965 0.012 0.016 29 F 0.002 0.001 0.006 0.970 0.011 0.010 30 N 0.005 0.001 0.019 0.923 0.028 0.024 31 D 0.006 0.001 0.026 0.869 0.048 0.050 32 Y 0.022 0.005 0.039 0.713 0.101 0.120 33 H 0.029 0.012 0.042 0.594 0.172 0.150 34 K 0.024 0.011 0.050 0.385 0.348 0.182 35 H 0.014 0.008 0.041 0.263 0.478 0.196 36 N 0.009 0.007 0.013 0.167 0.532 0.272 37 G 0.009 0.006 0.011 0.214 0.439 0.321 38 D 0.016 0.009 0.011 0.637 0.153 0.174 39 E 0.022 0.008 0.013 0.868 0.044 0.045 40 L 0.017 0.004 0.012 0.914 0.024 0.030 41 T 0.023 0.002 0.010 0.922 0.016 0.027 42 T 0.014 0.001 0.007 0.958 0.010 0.011 43 F 0.006 0.001 0.004 0.974 0.007 0.009 44 F 0.002 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 45 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 46 H 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 48 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 49 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 50 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.004 56 K 0.001 0.001 0.004 0.980 0.009 0.005 57 Q 0.001 0.001 0.008 0.951 0.022 0.019 58 K 0.001 0.001 0.009 0.656 0.083 0.250 59 D 0.001 0.002 0.009 0.271 0.093 0.623 60 F 0.002 0.001 0.009 0.928 0.025 0.035 61 K 0.002 0.001 0.008 0.967 0.014 0.008 62 T 0.004 0.001 0.007 0.970 0.013 0.006 63 A 0.006 0.001 0.008 0.969 0.010 0.007 64 Q 0.006 0.001 0.013 0.958 0.012 0.011 65 S 0.003 0.001 0.011 0.945 0.014 0.026 66 R 0.003 0.001 0.010 0.904 0.017 0.064 67 C 0.002 0.002 0.007 0.966 0.007 0.016 68 E 0.004 0.002 0.023 0.911 0.030 0.031 69 E 0.003 0.001 0.030 0.921 0.027 0.020 70 E 0.004 0.001 0.018 0.942 0.023 0.012 71 L 0.002 0.002 0.009 0.909 0.037 0.040 72 A 0.002 0.003 0.015 0.336 0.146 0.498 73 A 0.004 0.005 0.010 0.012 0.244 0.726 74 P 0.010 0.004 0.039 0.010 0.279 0.659 75 Y 0.033 0.030 0.061 0.008 0.210 0.660 76 L 0.021 0.023 0.006 0.005 0.127 0.819 77 P 0.011 0.004 0.002 0.018 0.057 0.908 78 K 0.001 0.001 0.018 0.963 0.007 0.011 79 P 0.001 0.001 0.020 0.972 0.005 0.003 80 L 0.001 0.001 0.022 0.972 0.004 0.002 81 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.005 82 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 83 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 85 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 86 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 89 Q 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 90 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 91 V 0.001 0.001 0.003 0.982 0.004 0.010 92 N 0.001 0.001 0.008 0.897 0.017 0.075 93 H 0.001 0.001 0.009 0.959 0.011 0.021 94 D 0.001 0.001 0.005 0.978 0.007 0.009 95 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.005 96 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 97 E 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.003 98 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.004 99 Q 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.008 100 N 0.001 0.001 0.009 0.931 0.021 0.037 101 A 0.002 0.001 0.028 0.917 0.034 0.019 102 A 0.005 0.002 0.029 0.896 0.039 0.029 103 L 0.004 0.002 0.047 0.857 0.068 0.021 104 A 0.005 0.002 0.053 0.744 0.131 0.065 105 S 0.004 0.003 0.039 0.347 0.237 0.371 106 L 0.005 0.014 0.005 0.040 0.268 0.669 107 P 0.002 0.003 0.002 0.023 0.082 0.889 108 A 0.001 0.001 0.042 0.936 0.011 0.011 109 A 0.001 0.001 0.011 0.985 0.003 0.001 110 K 0.001 0.001 0.008 0.987 0.003 0.001 111 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 114 L 0.002 0.001 0.002 0.992 0.002 0.001 115 V 0.002 0.001 0.002 0.989 0.004 0.003 116 L 0.006 0.001 0.007 0.962 0.020 0.004 117 Q 0.014 0.003 0.007 0.884 0.063 0.029 118 D 0.016 0.009 0.007 0.326 0.294 0.349 119 Y 0.003 0.006 0.027 0.079 0.777 0.107 120 P 0.003 0.004 0.104 0.074 0.754 0.061 121 N 0.004 0.004 0.115 0.107 0.732 0.039 122 K 0.032 0.010 0.062 0.108 0.603 0.184 123 L 0.141 0.028 0.017 0.470 0.124 0.221 124 N 0.357 0.036 0.013 0.357 0.093 0.144 125 M 0.351 0.011 0.025 0.498 0.049 0.065 126 I 0.235 0.003 0.044 0.669 0.024 0.025 127 H 0.091 0.001 0.091 0.779 0.023 0.015 128 Y 0.065 0.002 0.052 0.850 0.017 0.015 129 L 0.048 0.003 0.027 0.874 0.020 0.028 130 L 0.041 0.003 0.028 0.802 0.055 0.072 131 P 0.026 0.004 0.057 0.759 0.100 0.054 132 K 0.033 0.008 0.105 0.591 0.192 0.071 133 T 0.015 0.008 0.126 0.609 0.153 0.089 134 K 0.005 0.003 0.250 0.542 0.142 0.057 135 A 0.007 0.003 0.180 0.548 0.153 0.110 136 F 0.008 0.007 0.059 0.109 0.243 0.575 137 V 0.011 0.033 0.005 0.030 0.176 0.746 138 K 0.013 0.014 0.005 0.022 0.160 0.786 139 P 0.001 0.001 0.413 0.485 0.077 0.024 140 H 0.002 0.001 0.411 0.497 0.071 0.018 141 L 0.002 0.001 0.414 0.544 0.031 0.007 142 L 0.004 0.003 0.034 0.893 0.032 0.034 143 Q 0.004 0.001 0.031 0.900 0.034 0.030 144 R 0.003 0.001 0.017 0.956 0.015 0.008 145 L 0.005 0.001 0.006 0.967 0.015 0.007 146 Q 0.003 0.001 0.009 0.946 0.024 0.016 147 F 0.010 0.001 0.015 0.933 0.024 0.017 148 V 0.024 0.002 0.013 0.900 0.035 0.027 149 L 0.023 0.004 0.010 0.869 0.037 0.057 150 T 0.015 0.005 0.005 0.703 0.053 0.218 151 D 0.007 0.002 0.006 0.383 0.099 0.501 152 S 0.002 0.001 0.045 0.853 0.060 0.039 153 E 0.008 0.002 0.070 0.807 0.085 0.028 154 L 0.004 0.002 0.068 0.828 0.082 0.015 155 L 0.005 0.002 0.048 0.803 0.088 0.054 156 E 0.004 0.002 0.046 0.747 0.111 0.091 157 L 0.004 0.003 0.030 0.827 0.071 0.066 158 K 0.003 0.002 0.018 0.878 0.025 0.076 159 R 0.003 0.001 0.012 0.951 0.009 0.024 160 F 0.003 0.001 0.006 0.948 0.013 0.029 161 S 0.005 0.001 0.005 0.966 0.008 0.015 162 F 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.002 163 F 0.002 0.001 0.005 0.986 0.005 0.002 164 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 165 A 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 166 L 0.001 0.001 0.006 0.975 0.008 0.010 167 N 0.001 0.001 0.019 0.827 0.042 0.111 168 Q 0.003 0.008 0.025 0.494 0.144 0.326 169 I 0.010 0.018 0.022 0.159 0.335 0.456 170 P 0.010 0.005 0.034 0.035 0.454 0.461 171 G 0.016 0.008 0.098 0.024 0.543 0.310 172 F 0.044 0.029 0.090 0.023 0.767 0.047 173 Q 0.085 0.036 0.050 0.037 0.690 0.101 174 G 0.030 0.012 0.017 0.055 0.772 0.115 175 E 0.116 0.015 0.009 0.055 0.675 0.131 176 Q 0.295 0.007 0.006 0.163 0.252 0.277 177 V 0.642 0.009 0.010 0.220 0.070 0.049 178 E 0.726 0.004 0.006 0.212 0.027 0.024 179 Y 0.757 0.006 0.005 0.174 0.035 0.022 180 F 0.699 0.008 0.007 0.105 0.111 0.069 181 N 0.260 0.006 0.019 0.159 0.354 0.202 182 S 0.102 0.003 0.081 0.253 0.452 0.108 183 K 0.218 0.010 0.111 0.161 0.344 0.156 184 L 0.467 0.015 0.067 0.118 0.227 0.104 185 K 0.540 0.003 0.033 0.062 0.169 0.192 186 Q 0.824 0.004 0.010 0.035 0.050 0.077 187 K 0.873 0.002 0.003 0.027 0.035 0.060 188 F 0.863 0.002 0.002 0.016 0.027 0.090 189 T 0.900 0.003 0.001 0.008 0.016 0.071 190 L 0.881 0.008 0.001 0.004 0.014 0.092 191 T 0.700 0.012 0.002 0.006 0.135 0.144 192 L 0.245 0.010 0.027 0.025 0.416 0.277 193 G 0.088 0.003 0.054 0.031 0.627 0.197 194 E 0.120 0.009 0.115 0.091 0.557 0.108 195 F 0.163 0.024 0.090 0.185 0.256 0.283 196 E 0.307 0.040 0.085 0.210 0.186 0.172 197 I 0.230 0.015 0.124 0.283 0.191 0.156 198 A 0.245 0.015 0.083 0.220 0.226 0.212 199 Q 0.167 0.019 0.077 0.197 0.275 0.265 200 Q 0.065 0.015 0.019 0.058 0.409 0.435 201 P 0.017 0.008 0.056 0.112 0.360 0.446 202 D 0.017 0.011 0.030 0.141 0.278 0.523 203 A 0.007 0.003 0.018 0.768 0.080 0.123 204 K 0.001 0.001 0.003 0.981 0.006 0.009 205 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 206 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 207 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 208 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 209 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 210 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 211 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 212 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 213 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 214 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 215 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 216 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 217 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.007 0.012 218 F 0.001 0.001 0.013 0.934 0.028 0.023 219 L 0.005 0.003 0.018 0.735 0.145 0.095 220 K 0.005 0.004 0.014 0.594 0.175 0.208 221 E 0.004 0.004 0.007 0.088 0.315 0.583 222 P 0.001 0.001 0.116 0.341 0.330 0.211 223 V 0.007 0.007 0.098 0.318 0.305 0.266 224 N 0.006 0.003 0.038 0.771 0.082 0.101 225 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 226 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 227 F 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 229 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 230 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 231 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 232 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 233 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 234 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.004 235 F 0.003 0.001 0.005 0.972 0.009 0.011 236 L 0.008 0.001 0.014 0.952 0.015 0.010 237 V 0.019 0.001 0.033 0.908 0.025 0.013 238 S 0.029 0.002 0.024 0.883 0.026 0.035 239 Y 0.042 0.010 0.031 0.670 0.063 0.184 240 F 0.050 0.016 0.031 0.085 0.315 0.503 241 P 0.076 0.016 0.042 0.054 0.471 0.341 242 L 0.057 0.023 0.029 0.046 0.474 0.370 243 H 0.031 0.028 0.016 0.013 0.478 0.433 244 P 0.018 0.015 0.014 0.019 0.451 0.483 245 P 0.012 0.015 0.063 0.052 0.436 0.423 246 V 0.014 0.025 0.010 0.019 0.292 0.641 247 P 0.011 0.011 0.007 0.046 0.127 0.798 248 L 0.001 0.001 0.037 0.925 0.015 0.022 249 A 0.001 0.001 0.013 0.980 0.004 0.002 250 Q 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 251 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 252 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 253 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 254 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 255 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 256 Y 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 257 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 258 Y 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 259 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 260 S 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.005 261 Q 0.001 0.001 0.008 0.980 0.007 0.004 262 I 0.004 0.001 0.009 0.955 0.017 0.013 263 V 0.004 0.002 0.009 0.940 0.035 0.011 264 L 0.008 0.002 0.007 0.899 0.052 0.032 265 N 0.006 0.001 0.008 0.619 0.145 0.221 266 E 0.027 0.007 0.019 0.553 0.176 0.218 267 A 0.073 0.013 0.033 0.535 0.125 0.220 268 V 0.126 0.019 0.089 0.437 0.158 0.171 269 N 0.113 0.013 0.113 0.306 0.257 0.197 270 L 0.090 0.019 0.077 0.202 0.332 0.280 271 K 0.066 0.012 0.018 0.111 0.257 0.535 272 D 0.025 0.005 0.005 0.118 0.299 0.547 273 E 0.001 0.001 0.019 0.920 0.046 0.014 274 L 0.006 0.001 0.029 0.884 0.057 0.023 275 I 0.013 0.001 0.021 0.944 0.016 0.005 276 K 0.012 0.001 0.003 0.973 0.006 0.006 277 L 0.033 0.001 0.003 0.955 0.004 0.004 278 I 0.022 0.001 0.002 0.969 0.003 0.004 279 V 0.028 0.001 0.003 0.959 0.004 0.006 280 H 0.025 0.001 0.005 0.953 0.009 0.008 281 T 0.045 0.001 0.021 0.883 0.027 0.023 282 L 0.016 0.003 0.030 0.851 0.039 0.061 283 Y 0.008 0.003 0.082 0.809 0.064 0.033 284 E 0.006 0.001 0.040 0.891 0.044 0.018 285 Q 0.009 0.003 0.039 0.811 0.073 0.065 286 L 0.005 0.007 0.023 0.793 0.073 0.099 287 D 0.008 0.005 0.038 0.507 0.168 0.275 288 R 0.009 0.005 0.053 0.253 0.289 0.391 289 P 0.010 0.010 0.084 0.266 0.322 0.309 290 V 0.010 0.015 0.160 0.350 0.301 0.163 291 G 0.014 0.009 0.143 0.186 0.452 0.196 292 D 0.007 0.008 0.151 0.234 0.366 0.235 293 E 0.011 0.014 0.040 0.154 0.276 0.505 294 N 0.005 0.003 0.001 0.003 0.079 0.909