# TARGET T0248 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0248.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.007 0.063 0.306 0.056 0.103 0.387 2 I 0.114 0.038 0.036 0.337 0.052 0.137 0.286 3 N 0.062 0.019 0.029 0.317 0.119 0.142 0.311 4 K 0.039 0.005 0.017 0.168 0.234 0.057 0.481 5 P 0.013 0.003 0.044 0.606 0.040 0.166 0.128 6 N 0.018 0.004 0.063 0.576 0.083 0.177 0.080 7 Q 0.039 0.010 0.049 0.746 0.047 0.047 0.062 8 F 0.054 0.006 0.019 0.855 0.015 0.023 0.027 9 V 0.029 0.004 0.033 0.881 0.009 0.033 0.010 10 N 0.025 0.008 0.050 0.778 0.020 0.075 0.044 11 H 0.005 0.001 0.052 0.822 0.013 0.064 0.042 12 L 0.001 0.001 0.026 0.939 0.006 0.012 0.015 13 S 0.001 0.001 0.024 0.961 0.002 0.009 0.003 14 A 0.001 0.001 0.020 0.965 0.001 0.011 0.002 15 L 0.001 0.001 0.008 0.978 0.001 0.011 0.001 16 K 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.006 0.001 17 K 0.001 0.001 0.006 0.970 0.001 0.023 0.001 18 H 0.001 0.001 0.005 0.951 0.002 0.038 0.004 19 F 0.001 0.001 0.008 0.948 0.006 0.026 0.011 20 A 0.003 0.002 0.018 0.885 0.011 0.057 0.024 21 S 0.003 0.001 0.012 0.894 0.016 0.048 0.026 22 Y 0.001 0.001 0.006 0.965 0.003 0.014 0.010 23 K 0.001 0.001 0.007 0.972 0.003 0.012 0.005 24 E 0.001 0.001 0.010 0.968 0.002 0.012 0.006 25 L 0.004 0.001 0.009 0.959 0.003 0.013 0.011 26 R 0.007 0.002 0.012 0.944 0.004 0.012 0.019 27 E 0.004 0.001 0.024 0.925 0.007 0.024 0.016 28 A 0.002 0.001 0.019 0.914 0.005 0.045 0.015 29 F 0.003 0.002 0.023 0.865 0.008 0.080 0.019 30 N 0.005 0.001 0.048 0.709 0.026 0.158 0.052 31 D 0.007 0.001 0.092 0.638 0.030 0.165 0.067 32 Y 0.018 0.008 0.109 0.574 0.039 0.161 0.091 33 H 0.037 0.029 0.091 0.421 0.071 0.222 0.129 34 K 0.026 0.007 0.086 0.209 0.106 0.300 0.264 35 H 0.017 0.008 0.042 0.111 0.248 0.302 0.273 36 N 0.010 0.010 0.030 0.082 0.183 0.373 0.310 37 G 0.006 0.003 0.051 0.092 0.217 0.324 0.308 38 D 0.009 0.006 0.059 0.352 0.160 0.219 0.195 39 E 0.019 0.027 0.052 0.701 0.029 0.067 0.106 40 L 0.013 0.005 0.017 0.885 0.008 0.014 0.058 41 T 0.012 0.002 0.012 0.906 0.010 0.020 0.039 42 T 0.007 0.001 0.012 0.940 0.012 0.020 0.009 43 F 0.006 0.002 0.010 0.945 0.006 0.020 0.010 44 F 0.002 0.001 0.006 0.969 0.003 0.015 0.006 45 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.002 0.004 0.001 46 H 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.006 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.006 0.001 48 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 50 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 55 V 0.001 0.001 0.004 0.969 0.002 0.022 0.003 56 K 0.001 0.001 0.018 0.818 0.008 0.140 0.013 57 Q 0.001 0.001 0.032 0.600 0.045 0.279 0.042 58 K 0.001 0.002 0.014 0.372 0.106 0.397 0.107 59 D 0.002 0.011 0.015 0.147 0.153 0.232 0.441 60 F 0.002 0.002 0.030 0.753 0.025 0.040 0.149 61 K 0.002 0.001 0.042 0.909 0.010 0.013 0.022 62 T 0.002 0.002 0.040 0.935 0.003 0.007 0.010 63 A 0.001 0.001 0.020 0.960 0.002 0.010 0.007 64 Q 0.001 0.001 0.009 0.974 0.002 0.010 0.004 65 S 0.001 0.001 0.007 0.964 0.002 0.022 0.005 66 R 0.001 0.001 0.004 0.958 0.003 0.021 0.012 67 C 0.001 0.002 0.003 0.962 0.006 0.015 0.012 68 E 0.001 0.001 0.009 0.965 0.003 0.016 0.006 69 E 0.001 0.001 0.025 0.921 0.004 0.045 0.004 70 E 0.002 0.003 0.083 0.779 0.013 0.092 0.028 71 L 0.003 0.009 0.162 0.555 0.042 0.180 0.049 72 A 0.003 0.007 0.110 0.353 0.103 0.360 0.063 73 A 0.004 0.003 0.026 0.008 0.631 0.030 0.297 74 P 0.006 0.005 0.054 0.018 0.167 0.495 0.255 75 Y 0.015 0.041 0.064 0.013 0.201 0.464 0.202 76 L 0.029 0.027 0.003 0.004 0.583 0.013 0.341 77 P 0.012 0.009 0.002 0.006 0.045 0.004 0.921 78 K 0.007 0.013 0.059 0.637 0.144 0.048 0.091 79 P 0.002 0.006 0.073 0.801 0.023 0.065 0.029 80 L 0.001 0.001 0.038 0.940 0.001 0.013 0.007 81 V 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.004 0.002 82 S 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.005 0.001 83 F 0.001 0.001 0.007 0.975 0.001 0.014 0.002 84 F 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 85 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 86 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 87 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.005 0.001 88 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.006 0.001 89 Q 0.001 0.001 0.004 0.959 0.001 0.036 0.001 90 L 0.001 0.001 0.004 0.919 0.002 0.068 0.007 91 V 0.001 0.003 0.004 0.838 0.019 0.074 0.061 92 N 0.001 0.003 0.012 0.609 0.020 0.111 0.244 93 H 0.001 0.001 0.027 0.755 0.023 0.155 0.038 94 D 0.001 0.001 0.028 0.757 0.013 0.154 0.046 95 L 0.003 0.005 0.033 0.731 0.028 0.073 0.127 96 L 0.008 0.004 0.014 0.810 0.018 0.043 0.102 97 E 0.004 0.002 0.012 0.912 0.014 0.034 0.021 98 Q 0.004 0.003 0.018 0.841 0.013 0.076 0.046 99 Q 0.003 0.002 0.013 0.797 0.028 0.070 0.086 100 N 0.002 0.002 0.021 0.808 0.025 0.044 0.097 101 A 0.003 0.002 0.078 0.818 0.025 0.037 0.037 102 A 0.004 0.002 0.107 0.807 0.013 0.047 0.020 103 L 0.002 0.004 0.297 0.624 0.008 0.056 0.008 104 A 0.001 0.001 0.216 0.474 0.012 0.291 0.004 105 S 0.001 0.001 0.075 0.145 0.055 0.701 0.021 106 L 0.003 0.015 0.002 0.018 0.606 0.019 0.337 107 P 0.002 0.008 0.004 0.005 0.022 0.006 0.952 108 A 0.001 0.001 0.259 0.675 0.003 0.050 0.012 109 A 0.001 0.001 0.200 0.771 0.002 0.023 0.003 110 K 0.001 0.001 0.139 0.840 0.002 0.011 0.006 111 I 0.002 0.001 0.017 0.960 0.002 0.012 0.006 112 I 0.002 0.001 0.007 0.979 0.002 0.007 0.003 113 E 0.003 0.001 0.006 0.984 0.001 0.004 0.001 114 L 0.003 0.001 0.008 0.974 0.002 0.012 0.001 115 V 0.006 0.002 0.011 0.944 0.002 0.032 0.003 116 L 0.011 0.003 0.032 0.872 0.008 0.061 0.013 117 Q 0.011 0.003 0.045 0.606 0.027 0.280 0.028 118 D 0.016 0.007 0.038 0.270 0.184 0.338 0.148 119 Y 0.012 0.007 0.021 0.087 0.386 0.045 0.444 120 P 0.007 0.005 0.169 0.180 0.116 0.339 0.185 121 N 0.011 0.009 0.163 0.184 0.138 0.377 0.119 122 K 0.050 0.016 0.148 0.329 0.064 0.214 0.180 123 L 0.124 0.027 0.045 0.429 0.107 0.062 0.205 124 N 0.175 0.021 0.030 0.398 0.104 0.050 0.221 125 M 0.053 0.003 0.032 0.855 0.012 0.022 0.023 126 I 0.062 0.004 0.050 0.848 0.007 0.015 0.013 127 H 0.073 0.003 0.138 0.725 0.014 0.031 0.015 128 Y 0.052 0.004 0.175 0.652 0.019 0.080 0.018 129 L 0.050 0.012 0.114 0.666 0.025 0.096 0.038 130 L 0.017 0.003 0.084 0.666 0.101 0.037 0.091 131 P 0.008 0.002 0.165 0.593 0.046 0.107 0.078 132 K 0.005 0.006 0.159 0.576 0.031 0.146 0.077 133 T 0.009 0.009 0.244 0.446 0.039 0.126 0.127 134 K 0.012 0.004 0.330 0.320 0.065 0.181 0.088 135 A 0.019 0.002 0.212 0.297 0.080 0.319 0.072 136 F 0.037 0.028 0.181 0.151 0.163 0.281 0.158 137 V 0.041 0.084 0.045 0.058 0.308 0.090 0.375 138 K 0.022 0.015 0.015 0.013 0.071 0.024 0.840 139 P 0.001 0.002 0.600 0.222 0.011 0.097 0.066 140 H 0.001 0.001 0.660 0.202 0.008 0.114 0.014 141 L 0.001 0.002 0.701 0.189 0.007 0.078 0.022 142 L 0.002 0.005 0.424 0.409 0.019 0.063 0.078 143 Q 0.004 0.002 0.270 0.458 0.032 0.177 0.057 144 R 0.013 0.005 0.167 0.548 0.034 0.194 0.039 145 L 0.064 0.020 0.093 0.564 0.052 0.063 0.143 146 Q 0.072 0.007 0.114 0.460 0.117 0.059 0.172 147 F 0.169 0.005 0.152 0.417 0.066 0.141 0.050 148 V 0.271 0.032 0.069 0.371 0.050 0.107 0.100 149 L 0.293 0.038 0.025 0.185 0.080 0.090 0.288 150 T 0.118 0.018 0.004 0.045 0.156 0.050 0.609 151 D 0.038 0.008 0.018 0.218 0.211 0.051 0.456 152 S 0.006 0.001 0.079 0.806 0.024 0.065 0.020 153 E 0.008 0.002 0.125 0.783 0.012 0.055 0.016 154 L 0.015 0.010 0.192 0.695 0.016 0.040 0.032 155 L 0.019 0.005 0.125 0.654 0.023 0.120 0.054 156 E 0.016 0.003 0.069 0.573 0.032 0.264 0.043 157 L 0.016 0.005 0.032 0.630 0.103 0.132 0.082 158 K 0.024 0.009 0.027 0.482 0.104 0.145 0.208 159 R 0.006 0.001 0.010 0.914 0.007 0.025 0.037 160 F 0.006 0.001 0.008 0.965 0.004 0.003 0.013 161 S 0.004 0.001 0.006 0.980 0.002 0.002 0.005 162 F 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.002 163 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.001 164 Q 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.003 0.001 165 A 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.015 0.001 166 L 0.001 0.001 0.024 0.898 0.003 0.071 0.002 167 N 0.002 0.003 0.055 0.539 0.019 0.367 0.016 168 Q 0.007 0.006 0.054 0.254 0.165 0.395 0.118 169 I 0.007 0.008 0.006 0.017 0.410 0.013 0.539 170 P 0.011 0.013 0.100 0.040 0.102 0.312 0.422 171 G 0.017 0.026 0.160 0.027 0.095 0.417 0.259 172 F 0.040 0.021 0.190 0.029 0.106 0.309 0.304 173 Q 0.050 0.021 0.075 0.032 0.191 0.445 0.187 174 G 0.048 0.007 0.054 0.032 0.320 0.389 0.150 175 E 0.151 0.018 0.033 0.045 0.139 0.084 0.529 176 Q 0.440 0.059 0.030 0.064 0.050 0.051 0.306 177 V 0.669 0.027 0.015 0.054 0.028 0.014 0.193 178 E 0.691 0.009 0.019 0.092 0.051 0.023 0.116 179 Y 0.664 0.024 0.031 0.118 0.031 0.029 0.103 180 F 0.514 0.022 0.023 0.247 0.040 0.046 0.107 181 N 0.253 0.005 0.059 0.359 0.081 0.059 0.185 182 S 0.040 0.002 0.089 0.588 0.085 0.139 0.058 183 K 0.039 0.006 0.078 0.596 0.038 0.197 0.046 184 L 0.125 0.013 0.051 0.555 0.028 0.148 0.079 185 K 0.295 0.007 0.039 0.323 0.076 0.088 0.172 186 Q 0.509 0.003 0.026 0.268 0.059 0.043 0.092 187 K 0.506 0.009 0.019 0.316 0.027 0.058 0.063 188 F 0.651 0.013 0.005 0.209 0.018 0.042 0.062 189 T 0.794 0.010 0.001 0.062 0.011 0.015 0.107 190 L 0.736 0.016 0.001 0.030 0.023 0.008 0.185 191 T 0.332 0.020 0.001 0.022 0.020 0.017 0.588 192 L 0.083 0.009 0.039 0.152 0.119 0.444 0.154 193 G 0.066 0.004 0.061 0.068 0.195 0.420 0.187 194 E 0.084 0.016 0.117 0.139 0.215 0.125 0.304 195 F 0.220 0.020 0.055 0.190 0.105 0.072 0.337 196 E 0.408 0.033 0.061 0.157 0.046 0.064 0.231 197 I 0.481 0.030 0.074 0.139 0.041 0.053 0.182 198 A 0.312 0.022 0.058 0.132 0.060 0.115 0.300 199 Q 0.139 0.014 0.075 0.100 0.166 0.177 0.328 200 Q 0.049 0.008 0.018 0.068 0.379 0.040 0.438 201 P 0.011 0.003 0.058 0.402 0.143 0.245 0.138 202 D 0.008 0.009 0.051 0.360 0.080 0.249 0.243 203 A 0.007 0.006 0.031 0.740 0.018 0.060 0.138 204 K 0.002 0.001 0.009 0.956 0.006 0.008 0.017 205 A 0.001 0.001 0.008 0.976 0.003 0.005 0.006 206 Y 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.007 0.004 207 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 208 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 209 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 210 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 211 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 212 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 213 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 214 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 215 Q 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.011 0.002 216 Q 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.016 0.001 217 L 0.001 0.001 0.007 0.938 0.003 0.048 0.004 218 F 0.004 0.002 0.023 0.787 0.018 0.144 0.021 219 L 0.022 0.010 0.041 0.486 0.069 0.247 0.124 220 K 0.014 0.006 0.036 0.465 0.177 0.167 0.136 221 E 0.012 0.006 0.005 0.087 0.479 0.019 0.393 222 P 0.009 0.005 0.037 0.265 0.054 0.186 0.445 223 V 0.016 0.026 0.054 0.360 0.129 0.157 0.259 224 N 0.011 0.013 0.032 0.642 0.083 0.074 0.145 225 A 0.001 0.001 0.010 0.916 0.013 0.032 0.026 226 E 0.001 0.001 0.006 0.934 0.009 0.026 0.023 227 F 0.001 0.001 0.006 0.956 0.005 0.008 0.022 228 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 229 N 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.005 0.001 230 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 231 I 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.013 0.001 232 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.001 233 D 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.008 0.001 234 A 0.001 0.001 0.011 0.957 0.001 0.029 0.001 235 F 0.001 0.001 0.017 0.883 0.002 0.094 0.003 236 L 0.006 0.003 0.041 0.851 0.008 0.076 0.016 237 V 0.033 0.004 0.093 0.739 0.026 0.071 0.034 238 S 0.038 0.007 0.082 0.609 0.030 0.184 0.050 239 Y 0.049 0.022 0.102 0.435 0.066 0.196 0.129 240 F 0.059 0.028 0.066 0.065 0.283 0.055 0.444 241 P 0.038 0.013 0.097 0.030 0.165 0.322 0.334 242 L 0.026 0.025 0.059 0.015 0.347 0.318 0.210 243 H 0.016 0.018 0.010 0.001 0.619 0.020 0.316 244 P 0.016 0.011 0.015 0.002 0.206 0.120 0.630 245 P 0.019 0.030 0.016 0.003 0.214 0.121 0.597 246 V 0.033 0.048 0.004 0.007 0.432 0.007 0.470 247 P 0.023 0.046 0.005 0.013 0.041 0.004 0.868 248 L 0.001 0.001 0.047 0.935 0.001 0.010 0.007 249 A 0.001 0.001 0.020 0.976 0.001 0.003 0.001 250 Q 0.001 0.001 0.014 0.984 0.001 0.001 0.001 251 L 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.002 0.001 252 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 253 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 254 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 255 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 256 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 257 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 258 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 259 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 260 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 261 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 262 I 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.018 0.002 263 V 0.001 0.001 0.005 0.939 0.004 0.043 0.007 264 L 0.004 0.001 0.008 0.810 0.007 0.159 0.011 265 N 0.004 0.001 0.014 0.637 0.023 0.287 0.034 266 E 0.016 0.004 0.025 0.575 0.083 0.120 0.176 267 A 0.037 0.012 0.056 0.516 0.053 0.120 0.206 268 V 0.085 0.016 0.082 0.408 0.068 0.106 0.235 269 N 0.049 0.009 0.065 0.439 0.062 0.177 0.199 270 L 0.044 0.012 0.057 0.408 0.073 0.183 0.222 271 K 0.043 0.007 0.027 0.407 0.152 0.122 0.242 272 D 0.022 0.003 0.035 0.545 0.147 0.062 0.186 273 E 0.005 0.001 0.031 0.837 0.028 0.078 0.021 274 L 0.005 0.002 0.018 0.905 0.006 0.048 0.015 275 I 0.018 0.003 0.007 0.936 0.004 0.012 0.021 276 K 0.065 0.003 0.003 0.894 0.010 0.006 0.019 277 L 0.082 0.002 0.003 0.889 0.008 0.008 0.008 278 I 0.054 0.004 0.002 0.915 0.003 0.013 0.010 279 V 0.011 0.001 0.004 0.973 0.001 0.006 0.004 280 H 0.011 0.001 0.008 0.963 0.005 0.009 0.004 281 T 0.004 0.001 0.008 0.969 0.002 0.011 0.005 282 L 0.003 0.001 0.010 0.959 0.003 0.014 0.009 283 Y 0.005 0.001 0.028 0.937 0.005 0.014 0.009 284 E 0.009 0.001 0.035 0.903 0.007 0.039 0.007 285 Q 0.008 0.002 0.043 0.834 0.010 0.089 0.015 286 L 0.027 0.012 0.024 0.661 0.060 0.129 0.087 287 D 0.039 0.012 0.048 0.361 0.067 0.172 0.300 288 R 0.048 0.008 0.096 0.326 0.218 0.081 0.222 289 P 0.065 0.014 0.127 0.284 0.076 0.152 0.283 290 V 0.035 0.022 0.201 0.277 0.039 0.272 0.153 291 G 0.036 0.014 0.130 0.103 0.141 0.305 0.270 292 D 0.027 0.009 0.103 0.045 0.229 0.214 0.373 293 E 0.038 0.034 0.049 0.048 0.143 0.251 0.437 294 N 0.010 0.004 0.011 0.008 0.062 0.031 0.874