# TARGET T0248 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0248.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.281 0.203 0.166 0.163 0.107 0.067 0.013 2 I 0.186 0.135 0.151 0.189 0.195 0.123 0.020 3 N 0.450 0.255 0.131 0.085 0.049 0.023 0.008 4 K 0.318 0.314 0.203 0.114 0.037 0.012 0.003 5 P 0.297 0.235 0.189 0.144 0.097 0.034 0.004 6 N 0.489 0.247 0.148 0.077 0.030 0.008 0.001 7 Q 0.314 0.409 0.181 0.064 0.023 0.008 0.001 8 F 0.144 0.063 0.098 0.240 0.311 0.132 0.012 9 V 0.220 0.252 0.248 0.188 0.069 0.022 0.002 10 N 0.230 0.273 0.204 0.166 0.090 0.033 0.004 11 H 0.141 0.156 0.182 0.201 0.188 0.114 0.018 12 L 0.104 0.073 0.115 0.223 0.296 0.175 0.015 13 S 0.256 0.424 0.223 0.079 0.015 0.003 0.001 14 A 0.172 0.241 0.262 0.224 0.086 0.014 0.001 15 L 0.068 0.041 0.062 0.188 0.389 0.235 0.018 16 K 0.214 0.318 0.262 0.162 0.039 0.005 0.001 17 K 0.445 0.402 0.116 0.031 0.005 0.001 0.001 18 H 0.120 0.212 0.286 0.256 0.106 0.019 0.001 19 F 0.190 0.209 0.238 0.220 0.113 0.029 0.001 20 A 0.531 0.277 0.113 0.052 0.021 0.005 0.001 21 S 0.421 0.274 0.171 0.095 0.031 0.007 0.001 22 Y 0.181 0.175 0.209 0.247 0.143 0.043 0.002 23 K 0.560 0.284 0.105 0.038 0.011 0.002 0.001 24 E 0.479 0.338 0.128 0.044 0.010 0.001 0.001 25 L 0.114 0.139 0.237 0.307 0.177 0.026 0.001 26 R 0.391 0.357 0.174 0.062 0.014 0.002 0.001 27 E 0.645 0.276 0.062 0.014 0.002 0.001 0.001 28 A 0.376 0.246 0.185 0.141 0.045 0.006 0.001 29 F 0.179 0.180 0.226 0.271 0.122 0.021 0.001 30 N 0.410 0.333 0.178 0.063 0.014 0.002 0.001 31 D 0.610 0.286 0.078 0.021 0.004 0.001 0.001 32 Y 0.167 0.206 0.261 0.236 0.109 0.019 0.001 33 H 0.317 0.280 0.206 0.135 0.052 0.010 0.001 34 K 0.708 0.207 0.060 0.020 0.005 0.001 0.001 35 H 0.706 0.193 0.064 0.028 0.007 0.001 0.001 36 N 0.657 0.219 0.082 0.034 0.008 0.001 0.001 37 G 0.551 0.288 0.113 0.038 0.008 0.001 0.001 38 D 0.672 0.225 0.071 0.024 0.006 0.001 0.001 39 E 0.179 0.274 0.271 0.189 0.073 0.014 0.001 40 L 0.101 0.069 0.104 0.277 0.303 0.137 0.009 41 T 0.146 0.344 0.309 0.159 0.036 0.005 0.001 42 T 0.194 0.340 0.261 0.142 0.051 0.011 0.001 43 F 0.043 0.061 0.115 0.235 0.314 0.212 0.020 44 F 0.030 0.036 0.063 0.144 0.294 0.373 0.059 45 L 0.086 0.168 0.251 0.280 0.152 0.058 0.005 46 H 0.115 0.272 0.288 0.200 0.095 0.028 0.003 47 Q 0.017 0.038 0.074 0.146 0.289 0.376 0.060 48 F 0.010 0.021 0.043 0.158 0.358 0.373 0.037 49 D 0.105 0.345 0.322 0.174 0.046 0.008 0.001 50 K 0.052 0.155 0.324 0.340 0.114 0.014 0.001 51 V 0.009 0.010 0.019 0.088 0.376 0.475 0.023 52 M 0.024 0.109 0.293 0.392 0.160 0.021 0.001 53 E 0.245 0.526 0.167 0.049 0.011 0.002 0.001 54 L 0.038 0.146 0.351 0.371 0.086 0.008 0.001 55 V 0.019 0.031 0.080 0.302 0.451 0.114 0.003 56 K 0.273 0.501 0.188 0.033 0.004 0.001 0.001 57 Q 0.629 0.311 0.050 0.009 0.001 0.001 0.001 58 K 0.549 0.242 0.135 0.057 0.016 0.002 0.001 59 D 0.604 0.305 0.068 0.020 0.003 0.001 0.001 60 F 0.168 0.128 0.205 0.304 0.172 0.023 0.001 61 K 0.557 0.305 0.103 0.029 0.005 0.001 0.001 62 T 0.306 0.459 0.178 0.049 0.008 0.001 0.001 63 A 0.046 0.039 0.093 0.292 0.415 0.111 0.003 64 Q 0.035 0.117 0.220 0.371 0.210 0.046 0.001 65 S 0.193 0.487 0.226 0.077 0.014 0.003 0.001 66 R 0.072 0.118 0.333 0.348 0.118 0.011 0.001 67 C 0.054 0.026 0.039 0.098 0.351 0.412 0.020 68 E 0.225 0.288 0.279 0.164 0.039 0.005 0.001 69 E 0.205 0.450 0.219 0.096 0.026 0.004 0.001 70 E 0.067 0.107 0.200 0.375 0.214 0.036 0.001 71 L 0.127 0.111 0.134 0.280 0.253 0.087 0.007 72 A 0.521 0.361 0.092 0.021 0.005 0.001 0.001 73 A 0.360 0.290 0.187 0.114 0.041 0.008 0.001 74 P 0.258 0.268 0.205 0.152 0.080 0.033 0.004 75 Y 0.165 0.188 0.200 0.220 0.157 0.063 0.007 76 L 0.139 0.164 0.216 0.243 0.183 0.051 0.003 77 P 0.254 0.368 0.219 0.107 0.041 0.010 0.001 78 K 0.669 0.220 0.074 0.028 0.008 0.002 0.001 79 P 0.496 0.357 0.108 0.031 0.007 0.001 0.001 80 L 0.038 0.041 0.085 0.295 0.401 0.134 0.006 81 V 0.052 0.207 0.317 0.291 0.107 0.025 0.001 82 S 0.149 0.503 0.258 0.073 0.015 0.002 0.001 83 F 0.006 0.026 0.127 0.334 0.376 0.128 0.004 84 F 0.002 0.003 0.008 0.049 0.306 0.593 0.040 85 Q 0.043 0.249 0.407 0.250 0.046 0.005 0.001 86 S 0.045 0.260 0.394 0.242 0.055 0.004 0.001 87 L 0.003 0.007 0.019 0.099 0.379 0.466 0.026 88 L 0.007 0.040 0.146 0.395 0.329 0.081 0.002 89 Q 0.134 0.486 0.257 0.093 0.026 0.004 0.001 90 L 0.025 0.128 0.343 0.375 0.113 0.015 0.001 91 V 0.010 0.013 0.031 0.137 0.431 0.362 0.016 92 N 0.046 0.210 0.367 0.276 0.089 0.013 0.001 93 H 0.381 0.428 0.138 0.039 0.011 0.002 0.001 94 D 0.131 0.266 0.320 0.215 0.060 0.008 0.001 95 L 0.033 0.055 0.115 0.356 0.352 0.088 0.002 96 L 0.112 0.281 0.307 0.203 0.080 0.016 0.001 97 E 0.508 0.377 0.089 0.021 0.004 0.001 0.001 98 Q 0.283 0.322 0.220 0.130 0.038 0.006 0.001 99 Q 0.199 0.169 0.176 0.231 0.176 0.047 0.002 100 N 0.212 0.252 0.253 0.185 0.079 0.018 0.001 101 A 0.563 0.333 0.084 0.018 0.003 0.001 0.001 102 A 0.245 0.276 0.264 0.169 0.041 0.005 0.001 103 L 0.103 0.086 0.141 0.289 0.281 0.097 0.003 104 A 0.320 0.360 0.215 0.085 0.019 0.002 0.001 105 S 0.475 0.364 0.121 0.034 0.005 0.001 0.001 106 L 0.032 0.079 0.205 0.336 0.272 0.074 0.002 107 P 0.219 0.371 0.211 0.118 0.057 0.022 0.002 108 A 0.163 0.228 0.248 0.229 0.114 0.017 0.001 109 A 0.267 0.378 0.236 0.090 0.023 0.004 0.001 110 K 0.110 0.347 0.305 0.178 0.049 0.010 0.001 111 I 0.017 0.033 0.074 0.231 0.382 0.248 0.015 112 I 0.021 0.051 0.112 0.268 0.339 0.193 0.017 113 E 0.077 0.233 0.247 0.234 0.136 0.066 0.007 114 L 0.061 0.133 0.214 0.274 0.204 0.104 0.011 115 V 0.026 0.065 0.140 0.241 0.305 0.204 0.019 116 L 0.049 0.059 0.104 0.219 0.328 0.224 0.016 117 Q 0.155 0.297 0.253 0.175 0.089 0.028 0.003 118 D 0.250 0.303 0.231 0.145 0.055 0.015 0.002 119 Y 0.243 0.284 0.241 0.160 0.058 0.013 0.001 120 P 0.540 0.274 0.108 0.051 0.020 0.005 0.001 121 N 0.246 0.294 0.224 0.146 0.071 0.017 0.002 122 K 0.105 0.245 0.233 0.227 0.133 0.051 0.007 123 L 0.011 0.052 0.142 0.312 0.311 0.156 0.017 124 N 0.008 0.064 0.191 0.316 0.299 0.114 0.010 125 M 0.001 0.002 0.013 0.060 0.232 0.544 0.148 126 I 0.001 0.002 0.003 0.015 0.107 0.573 0.299 127 H 0.002 0.024 0.117 0.289 0.325 0.206 0.036 128 Y 0.001 0.005 0.033 0.172 0.398 0.345 0.047 129 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.540 0.401 130 L 0.004 0.026 0.089 0.317 0.365 0.189 0.011 131 P 0.060 0.360 0.350 0.163 0.052 0.012 0.002 132 K 0.026 0.114 0.241 0.360 0.199 0.055 0.005 133 T 0.124 0.135 0.133 0.204 0.233 0.154 0.017 134 K 0.140 0.242 0.271 0.208 0.109 0.028 0.002 135 A 0.188 0.327 0.274 0.147 0.050 0.012 0.001 136 F 0.045 0.121 0.189 0.270 0.223 0.139 0.013 137 V 0.023 0.036 0.084 0.219 0.351 0.260 0.028 138 K 0.100 0.252 0.254 0.195 0.115 0.071 0.012 139 P 0.070 0.098 0.168 0.275 0.271 0.113 0.006 140 H 0.118 0.249 0.257 0.195 0.126 0.049 0.005 141 L 0.054 0.117 0.171 0.231 0.235 0.168 0.024 142 L 0.020 0.039 0.095 0.261 0.361 0.209 0.015 143 Q 0.191 0.370 0.240 0.129 0.053 0.015 0.002 144 R 0.053 0.153 0.297 0.317 0.133 0.043 0.004 145 L 0.009 0.009 0.021 0.099 0.365 0.456 0.041 146 Q 0.069 0.231 0.346 0.245 0.089 0.020 0.001 147 F 0.215 0.342 0.208 0.136 0.069 0.028 0.002 148 V 0.076 0.113 0.185 0.270 0.248 0.102 0.007 149 L 0.060 0.072 0.125 0.292 0.284 0.157 0.011 150 T 0.318 0.285 0.190 0.127 0.060 0.018 0.002 151 D 0.358 0.369 0.183 0.068 0.018 0.003 0.001 152 S 0.591 0.260 0.101 0.037 0.009 0.002 0.001 153 E 0.367 0.379 0.167 0.065 0.018 0.004 0.001 154 L 0.072 0.083 0.149 0.288 0.300 0.103 0.005 155 L 0.193 0.298 0.263 0.170 0.063 0.011 0.001 156 E 0.475 0.356 0.119 0.040 0.008 0.002 0.001 157 L 0.138 0.168 0.231 0.262 0.156 0.041 0.003 158 K 0.154 0.304 0.256 0.165 0.080 0.037 0.004 159 R 0.022 0.062 0.118 0.240 0.331 0.201 0.026 160 F 0.027 0.102 0.232 0.306 0.233 0.093 0.006 161 S 0.021 0.115 0.228 0.285 0.242 0.102 0.008 162 F 0.004 0.008 0.018 0.069 0.247 0.551 0.103 163 F 0.010 0.030 0.068 0.210 0.349 0.300 0.034 164 Q 0.063 0.338 0.315 0.199 0.066 0.017 0.002 165 A 0.005 0.039 0.187 0.438 0.264 0.063 0.003 166 L 0.007 0.010 0.024 0.108 0.430 0.396 0.025 167 N 0.091 0.290 0.341 0.218 0.055 0.005 0.001 168 Q 0.392 0.442 0.127 0.032 0.006 0.001 0.001 169 I 0.098 0.197 0.363 0.252 0.080 0.009 0.001 170 P 0.480 0.327 0.129 0.051 0.012 0.002 0.001 171 G 0.376 0.285 0.164 0.108 0.051 0.014 0.001 172 F 0.131 0.126 0.161 0.248 0.228 0.099 0.007 173 Q 0.241 0.320 0.229 0.143 0.051 0.014 0.001 174 G 0.201 0.314 0.256 0.164 0.055 0.010 0.001 175 E 0.229 0.286 0.246 0.147 0.070 0.021 0.002 176 Q 0.096 0.288 0.305 0.205 0.082 0.022 0.002 177 V 0.010 0.020 0.066 0.230 0.409 0.250 0.016 178 E 0.073 0.292 0.320 0.215 0.081 0.017 0.001 179 Y 0.015 0.053 0.117 0.252 0.321 0.225 0.018 180 F 0.005 0.022 0.063 0.189 0.387 0.314 0.020 181 N 0.036 0.135 0.283 0.340 0.167 0.037 0.003 182 S 0.251 0.483 0.196 0.056 0.011 0.002 0.001 183 K 0.050 0.203 0.317 0.287 0.115 0.026 0.002 184 L 0.015 0.018 0.046 0.194 0.411 0.298 0.019 185 K 0.070 0.327 0.350 0.187 0.055 0.010 0.001 186 Q 0.133 0.304 0.256 0.178 0.090 0.035 0.004 187 K 0.056 0.217 0.298 0.241 0.129 0.052 0.006 188 F 0.018 0.042 0.119 0.269 0.335 0.195 0.022 189 T 0.078 0.227 0.285 0.231 0.121 0.051 0.007 190 L 0.027 0.046 0.084 0.201 0.341 0.266 0.034 191 T 0.098 0.222 0.248 0.225 0.135 0.063 0.009 192 L 0.025 0.059 0.147 0.297 0.315 0.145 0.012 193 G 0.244 0.344 0.242 0.116 0.040 0.011 0.002 194 E 0.174 0.386 0.264 0.127 0.040 0.008 0.001 195 F 0.017 0.036 0.122 0.326 0.370 0.124 0.004 196 E 0.179 0.482 0.242 0.074 0.019 0.004 0.001 197 I 0.043 0.076 0.181 0.349 0.279 0.069 0.002 198 A 0.115 0.257 0.256 0.226 0.117 0.028 0.001 199 Q 0.162 0.315 0.295 0.166 0.051 0.010 0.001 200 Q 0.546 0.296 0.105 0.039 0.011 0.003 0.001 201 P 0.656 0.208 0.077 0.038 0.017 0.003 0.001 202 D 0.539 0.242 0.121 0.071 0.022 0.005 0.001 203 A 0.228 0.184 0.218 0.225 0.114 0.030 0.001 204 K 0.363 0.387 0.186 0.053 0.010 0.001 0.001 205 A 0.236 0.344 0.245 0.124 0.044 0.007 0.001 206 Y 0.033 0.062 0.130 0.229 0.329 0.205 0.011 207 F 0.027 0.043 0.080 0.262 0.372 0.206 0.009 208 E 0.107 0.380 0.344 0.145 0.021 0.002 0.001 209 Q 0.073 0.138 0.289 0.312 0.161 0.026 0.001 210 L 0.022 0.016 0.021 0.060 0.283 0.558 0.040 211 I 0.017 0.046 0.156 0.386 0.294 0.098 0.003 212 T 0.139 0.418 0.268 0.126 0.042 0.006 0.001 213 Q 0.060 0.163 0.325 0.336 0.100 0.016 0.001 214 I 0.028 0.016 0.024 0.116 0.411 0.377 0.028 215 Q 0.101 0.271 0.351 0.208 0.059 0.009 0.001 216 Q 0.439 0.446 0.088 0.021 0.005 0.001 0.001 217 L 0.166 0.135 0.218 0.300 0.150 0.028 0.003 218 F 0.211 0.182 0.173 0.218 0.140 0.069 0.007 219 L 0.196 0.207 0.185 0.196 0.137 0.066 0.013 220 K 0.253 0.265 0.198 0.157 0.083 0.034 0.010 221 E 0.148 0.213 0.201 0.185 0.139 0.092 0.021 222 P 0.166 0.147 0.148 0.190 0.183 0.132 0.034 223 V 0.157 0.163 0.157 0.166 0.162 0.144 0.051 224 N 0.178 0.178 0.160 0.185 0.152 0.106 0.041 225 A 0.095 0.218 0.245 0.240 0.133 0.058 0.010 226 E 0.089 0.191 0.233 0.224 0.178 0.074 0.011 227 F 0.018 0.041 0.094 0.179 0.291 0.311 0.066 228 A 0.011 0.014 0.020 0.069 0.240 0.526 0.120 229 N 0.013 0.078 0.222 0.400 0.226 0.058 0.004 230 E 0.015 0.063 0.200 0.364 0.263 0.088 0.007 231 I 0.006 0.007 0.009 0.022 0.109 0.554 0.293 232 I 0.004 0.007 0.015 0.062 0.220 0.537 0.155 233 D 0.012 0.086 0.244 0.320 0.221 0.093 0.024 234 A 0.014 0.040 0.106 0.278 0.334 0.192 0.037 235 F 0.008 0.011 0.016 0.050 0.178 0.482 0.254 236 L 0.024 0.051 0.078 0.133 0.201 0.355 0.158 237 V 0.077 0.141 0.229 0.259 0.164 0.090 0.040 238 S 0.054 0.087 0.141 0.226 0.237 0.189 0.067 239 Y 0.033 0.041 0.056 0.129 0.254 0.374 0.113 240 F 0.050 0.087 0.111 0.177 0.247 0.267 0.061 241 P 0.115 0.144 0.154 0.199 0.229 0.137 0.022 242 L 0.101 0.180 0.219 0.237 0.172 0.081 0.009 243 H 0.112 0.214 0.263 0.250 0.127 0.032 0.003 244 P 0.251 0.290 0.219 0.152 0.068 0.017 0.002 245 P 0.472 0.333 0.125 0.047 0.017 0.005 0.001 246 V 0.136 0.157 0.219 0.252 0.176 0.055 0.005 247 P 0.275 0.398 0.194 0.090 0.032 0.010 0.001 248 L 0.024 0.066 0.162 0.348 0.306 0.088 0.005 249 A 0.243 0.416 0.240 0.081 0.017 0.003 0.001 250 Q 0.134 0.374 0.319 0.130 0.038 0.005 0.001 251 L 0.012 0.018 0.055 0.224 0.407 0.273 0.011 252 A 0.009 0.040 0.092 0.259 0.365 0.225 0.010 253 A 0.054 0.308 0.345 0.221 0.062 0.010 0.001 254 K 0.012 0.037 0.180 0.418 0.279 0.073 0.002 255 I 0.003 0.004 0.005 0.011 0.109 0.710 0.159 256 Y 0.005 0.027 0.100 0.312 0.344 0.204 0.009 257 E 0.015 0.176 0.345 0.296 0.139 0.029 0.001 258 Y 0.008 0.014 0.075 0.326 0.441 0.129 0.007 259 V 0.016 0.010 0.009 0.037 0.187 0.637 0.103 260 S 0.029 0.114 0.239 0.333 0.218 0.063 0.003 261 Q 0.116 0.368 0.287 0.166 0.053 0.009 0.001 262 I 0.037 0.106 0.194 0.305 0.239 0.107 0.012 263 V 0.034 0.035 0.053 0.190 0.382 0.283 0.023 264 L 0.124 0.292 0.309 0.191 0.070 0.014 0.001 265 N 0.390 0.350 0.156 0.070 0.026 0.006 0.001 266 E 0.136 0.284 0.281 0.205 0.073 0.019 0.002 267 A 0.119 0.210 0.246 0.251 0.142 0.030 0.002 268 V 0.133 0.207 0.223 0.233 0.160 0.040 0.003 269 N 0.336 0.375 0.169 0.078 0.030 0.011 0.002 270 L 0.088 0.204 0.253 0.271 0.132 0.047 0.005 271 K 0.247 0.308 0.229 0.154 0.052 0.010 0.001 272 D 0.505 0.283 0.133 0.057 0.018 0.003 0.001 273 E 0.675 0.262 0.052 0.009 0.001 0.001 0.001 274 L 0.094 0.249 0.300 0.241 0.097 0.018 0.001 275 I 0.011 0.045 0.115 0.312 0.383 0.130 0.005 276 K 0.055 0.268 0.377 0.238 0.057 0.006 0.001 277 L 0.008 0.012 0.047 0.167 0.355 0.389 0.022 278 I 0.003 0.009 0.013 0.027 0.134 0.619 0.195 279 V 0.001 0.003 0.012 0.068 0.249 0.484 0.183 280 H 0.007 0.059 0.180 0.337 0.263 0.120 0.034 281 T 0.007 0.037 0.096 0.231 0.338 0.254 0.037 282 L 0.005 0.010 0.018 0.057 0.199 0.554 0.158 283 Y 0.025 0.068 0.171 0.307 0.281 0.131 0.017 284 E 0.199 0.358 0.227 0.130 0.060 0.023 0.004 285 Q 0.095 0.131 0.185 0.296 0.205 0.076 0.011 286 L 0.057 0.068 0.099 0.211 0.294 0.237 0.034 287 D 0.298 0.262 0.194 0.144 0.072 0.027 0.003 288 R 0.431 0.304 0.152 0.077 0.027 0.007 0.001 289 P 0.450 0.253 0.148 0.098 0.040 0.010 0.001 290 V 0.343 0.223 0.189 0.154 0.072 0.018 0.001 291 G 0.578 0.260 0.106 0.041 0.012 0.002 0.001 292 D 0.783 0.167 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 293 E 0.779 0.156 0.046 0.016 0.004 0.001 0.001 294 N 0.655 0.206 0.090 0.038 0.010 0.001 0.001