# TARGET T0246 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0246.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 478 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.744 0.005 0.001 0.001 0.067 0.182 2 K 0.902 0.003 0.001 0.001 0.016 0.079 3 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 4 A 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 5 V 0.950 0.002 0.001 0.001 0.006 0.041 6 L 0.829 0.005 0.001 0.001 0.055 0.107 7 P 0.479 0.011 0.004 0.001 0.204 0.301 8 G 0.118 0.005 0.009 0.003 0.560 0.305 9 D 0.079 0.019 0.012 0.005 0.587 0.298 10 G 0.109 0.042 0.005 0.018 0.315 0.511 11 I 0.084 0.076 0.009 0.032 0.227 0.571 12 G 0.059 0.027 0.006 0.058 0.126 0.724 13 P 0.012 0.002 0.065 0.786 0.068 0.067 14 E 0.010 0.003 0.084 0.803 0.062 0.039 15 V 0.005 0.002 0.029 0.928 0.023 0.014 16 V 0.001 0.001 0.008 0.967 0.014 0.010 17 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 18 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 23 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 24 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 25 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 26 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 27 E 0.001 0.001 0.007 0.981 0.009 0.002 28 K 0.001 0.001 0.009 0.929 0.041 0.020 29 K 0.001 0.001 0.017 0.779 0.114 0.089 30 T 0.004 0.006 0.013 0.240 0.262 0.475 31 G 0.005 0.003 0.003 0.006 0.208 0.775 32 K 0.051 0.014 0.003 0.003 0.223 0.706 33 T 0.092 0.003 0.002 0.001 0.085 0.817 34 F 0.706 0.008 0.001 0.001 0.031 0.252 35 E 0.904 0.002 0.001 0.001 0.010 0.082 36 K 0.960 0.001 0.001 0.002 0.004 0.033 37 V 0.955 0.001 0.001 0.003 0.006 0.035 38 F 0.936 0.002 0.001 0.003 0.009 0.049 39 G 0.785 0.003 0.002 0.013 0.047 0.149 40 H 0.559 0.013 0.002 0.023 0.101 0.302 41 I 0.321 0.019 0.008 0.098 0.136 0.418 42 G 0.210 0.022 0.019 0.235 0.241 0.273 43 G 0.030 0.001 0.046 0.761 0.111 0.051 44 D 0.041 0.003 0.025 0.843 0.066 0.022 45 A 0.043 0.005 0.016 0.888 0.037 0.010 46 I 0.046 0.002 0.012 0.891 0.034 0.015 47 D 0.032 0.001 0.014 0.892 0.052 0.008 48 R 0.008 0.001 0.010 0.930 0.042 0.009 49 F 0.007 0.002 0.012 0.821 0.092 0.065 50 G 0.005 0.002 0.002 0.030 0.182 0.778 51 E 0.017 0.005 0.002 0.010 0.100 0.866 52 P 0.068 0.054 0.004 0.011 0.134 0.730 53 L 0.043 0.067 0.002 0.012 0.134 0.742 54 P 0.013 0.003 0.002 0.066 0.112 0.805 55 E 0.001 0.001 0.008 0.953 0.019 0.020 56 E 0.001 0.001 0.005 0.970 0.015 0.009 57 T 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.005 58 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 59 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 60 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.005 0.001 61 C 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.001 62 L 0.001 0.001 0.009 0.980 0.009 0.002 63 E 0.002 0.001 0.009 0.919 0.044 0.026 64 A 0.010 0.001 0.009 0.496 0.175 0.309 65 D 0.027 0.001 0.001 0.014 0.134 0.822 66 A 0.598 0.006 0.002 0.006 0.082 0.306 67 I 0.935 0.006 0.001 0.003 0.017 0.038 68 F 0.953 0.006 0.001 0.002 0.012 0.025 69 L 0.881 0.003 0.005 0.004 0.024 0.083 70 G 0.622 0.009 0.012 0.007 0.115 0.234 71 S 0.290 0.018 0.023 0.015 0.311 0.342 72 V 0.181 0.026 0.013 0.013 0.366 0.401 73 G 0.130 0.074 0.015 0.017 0.336 0.429 74 G 0.073 0.035 0.016 0.014 0.528 0.333 75 P 0.071 0.020 0.083 0.036 0.561 0.228 76 K 0.035 0.016 0.099 0.033 0.607 0.209 77 W 0.028 0.015 0.225 0.033 0.593 0.105 78 D 0.035 0.022 0.123 0.040 0.491 0.289 79 D 0.035 0.025 0.076 0.041 0.387 0.436 80 L 0.041 0.041 0.042 0.030 0.397 0.449 81 P 0.031 0.019 0.037 0.033 0.443 0.437 82 P 0.038 0.013 0.140 0.055 0.569 0.185 83 E 0.030 0.007 0.129 0.076 0.576 0.183 84 K 0.077 0.017 0.084 0.053 0.501 0.268 85 R 0.125 0.028 0.036 0.064 0.281 0.465 86 P 0.108 0.032 0.034 0.068 0.264 0.494 87 E 0.084 0.020 0.089 0.226 0.275 0.307 88 I 0.052 0.010 0.048 0.398 0.203 0.289 89 G 0.036 0.007 0.027 0.425 0.204 0.300 90 G 0.018 0.008 0.014 0.668 0.109 0.183 91 L 0.014 0.005 0.012 0.762 0.062 0.145 92 L 0.017 0.002 0.017 0.886 0.042 0.035 93 A 0.016 0.002 0.019 0.921 0.026 0.016 94 L 0.015 0.002 0.021 0.934 0.021 0.008 95 R 0.011 0.001 0.027 0.924 0.028 0.010 96 K 0.009 0.001 0.025 0.910 0.034 0.021 97 M 0.014 0.002 0.024 0.877 0.043 0.039 98 L 0.020 0.005 0.014 0.711 0.085 0.165 99 N 0.032 0.002 0.016 0.114 0.216 0.621 100 L 0.173 0.008 0.024 0.085 0.245 0.466 101 Y 0.516 0.029 0.023 0.067 0.177 0.189 102 A 0.710 0.010 0.013 0.040 0.103 0.124 103 N 0.708 0.006 0.008 0.023 0.083 0.173 104 I 0.590 0.016 0.010 0.022 0.088 0.273 105 R 0.530 0.008 0.007 0.020 0.096 0.339 106 P 0.549 0.010 0.015 0.017 0.094 0.315 107 I 0.587 0.020 0.018 0.020 0.099 0.256 108 K 0.633 0.035 0.014 0.018 0.089 0.210 109 V 0.394 0.035 0.016 0.026 0.136 0.394 110 Y 0.132 0.039 0.035 0.029 0.497 0.268 111 R 0.029 0.006 0.090 0.044 0.671 0.160 112 S 0.011 0.005 0.097 0.038 0.745 0.103 113 L 0.023 0.031 0.152 0.072 0.647 0.075 114 V 0.028 0.023 0.155 0.091 0.480 0.223 115 H 0.028 0.021 0.189 0.115 0.416 0.231 116 V 0.023 0.037 0.157 0.126 0.394 0.261 117 S 0.023 0.032 0.034 0.051 0.460 0.400 118 P 0.044 0.031 0.051 0.027 0.519 0.328 119 L 0.070 0.043 0.035 0.019 0.670 0.164 120 K 0.136 0.023 0.042 0.015 0.633 0.152 121 E 0.118 0.026 0.039 0.023 0.566 0.228 122 K 0.161 0.020 0.045 0.024 0.535 0.215 123 V 0.212 0.035 0.053 0.039 0.440 0.221 124 I 0.229 0.046 0.041 0.034 0.352 0.298 125 G 0.139 0.036 0.049 0.024 0.654 0.098 126 S 0.024 0.004 0.060 0.029 0.785 0.098 127 G 0.034 0.004 0.024 0.005 0.768 0.166 128 V 0.364 0.045 0.003 0.001 0.390 0.197 129 D 0.609 0.002 0.001 0.001 0.053 0.335 130 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 131 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 132 T 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 133 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 134 R 0.881 0.003 0.001 0.001 0.026 0.089 135 E 0.701 0.007 0.006 0.003 0.139 0.144 136 L 0.369 0.013 0.020 0.006 0.344 0.248 137 S 0.207 0.028 0.033 0.017 0.542 0.173 138 Y 0.082 0.009 0.031 0.020 0.676 0.181 139 G 0.196 0.013 0.031 0.025 0.503 0.231 140 V 0.348 0.034 0.034 0.058 0.364 0.163 141 Y 0.464 0.032 0.027 0.065 0.226 0.185 142 Y 0.493 0.018 0.023 0.061 0.223 0.183 143 G 0.313 0.015 0.016 0.035 0.301 0.320 144 Q 0.320 0.032 0.013 0.021 0.321 0.293 145 P 0.230 0.021 0.022 0.019 0.318 0.388 146 R 0.171 0.027 0.026 0.019 0.400 0.359 147 G 0.169 0.023 0.020 0.012 0.414 0.361 148 L 0.136 0.020 0.016 0.012 0.361 0.455 149 D 0.116 0.027 0.018 0.012 0.551 0.276 150 E 0.069 0.007 0.047 0.042 0.649 0.187 151 E 0.131 0.007 0.045 0.060 0.545 0.211 152 K 0.515 0.022 0.026 0.059 0.221 0.156 153 G 0.736 0.018 0.015 0.056 0.072 0.103 154 F 0.836 0.006 0.010 0.045 0.036 0.066 155 D 0.809 0.008 0.015 0.049 0.047 0.073 156 T 0.701 0.008 0.018 0.074 0.073 0.127 157 M 0.618 0.006 0.020 0.093 0.101 0.160 158 I 0.538 0.018 0.028 0.123 0.129 0.163 159 Y 0.231 0.034 0.027 0.146 0.210 0.352 160 D 0.054 0.018 0.008 0.121 0.151 0.648 161 R 0.003 0.001 0.014 0.845 0.060 0.078 162 K 0.001 0.001 0.004 0.980 0.008 0.007 163 T 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 164 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 165 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 167 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 168 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 169 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 170 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 171 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 172 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 173 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.002 174 I 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 175 A 0.001 0.001 0.011 0.971 0.011 0.007 176 K 0.001 0.001 0.013 0.955 0.019 0.011 177 N 0.002 0.001 0.015 0.833 0.080 0.069 178 R 0.004 0.002 0.012 0.090 0.264 0.629 179 R 0.009 0.004 0.011 0.008 0.324 0.645 180 K 0.050 0.008 0.012 0.005 0.386 0.539 181 K 0.356 0.019 0.012 0.004 0.220 0.389 182 V 0.756 0.015 0.004 0.003 0.057 0.165 183 T 0.911 0.004 0.002 0.002 0.020 0.061 184 S 0.918 0.008 0.001 0.002 0.014 0.056 185 V 0.751 0.014 0.002 0.003 0.044 0.186 186 D 0.284 0.017 0.005 0.015 0.328 0.352 187 K 0.034 0.004 0.043 0.111 0.682 0.125 188 A 0.016 0.004 0.069 0.179 0.651 0.082 189 N 0.034 0.015 0.115 0.308 0.471 0.057 190 V 0.096 0.018 0.061 0.399 0.272 0.154 191 L 0.139 0.023 0.081 0.428 0.191 0.138 192 Y 0.115 0.029 0.100 0.385 0.198 0.172 193 S 0.040 0.012 0.076 0.356 0.250 0.265 194 S 0.008 0.003 0.049 0.312 0.245 0.384 195 M 0.002 0.001 0.129 0.715 0.103 0.050 196 L 0.002 0.003 0.127 0.779 0.068 0.020 197 W 0.002 0.001 0.052 0.900 0.034 0.011 198 R 0.002 0.001 0.010 0.957 0.020 0.011 199 K 0.001 0.001 0.006 0.965 0.015 0.012 200 V 0.001 0.002 0.005 0.980 0.006 0.006 201 V 0.002 0.001 0.004 0.974 0.009 0.012 202 N 0.001 0.001 0.004 0.980 0.009 0.007 203 E 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 204 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 205 A 0.001 0.001 0.013 0.973 0.010 0.004 206 R 0.001 0.001 0.012 0.956 0.023 0.009 207 E 0.001 0.001 0.009 0.872 0.058 0.060 208 Y 0.002 0.007 0.014 0.166 0.643 0.168 209 P 0.001 0.001 0.006 0.012 0.743 0.237 210 D 0.012 0.002 0.020 0.013 0.833 0.120 211 V 0.426 0.024 0.008 0.017 0.424 0.100 212 E 0.780 0.014 0.003 0.021 0.064 0.118 213 L 0.905 0.008 0.003 0.014 0.020 0.050 214 T 0.817 0.006 0.011 0.044 0.036 0.087 215 H 0.587 0.005 0.035 0.127 0.081 0.163 216 I 0.363 0.007 0.069 0.258 0.131 0.171 217 Y 0.379 0.039 0.034 0.253 0.094 0.202 218 V 0.070 0.005 0.022 0.792 0.055 0.057 219 D 0.010 0.001 0.013 0.933 0.022 0.020 220 N 0.005 0.001 0.007 0.972 0.009 0.007 221 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 222 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 223 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 224 Q 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 225 L 0.003 0.001 0.004 0.974 0.011 0.005 226 I 0.005 0.008 0.007 0.908 0.058 0.014 227 L 0.006 0.008 0.020 0.658 0.198 0.110 228 K 0.004 0.005 0.040 0.106 0.541 0.304 229 P 0.002 0.002 0.473 0.021 0.409 0.093 230 S 0.006 0.006 0.605 0.015 0.293 0.076 231 Q 0.024 0.009 0.564 0.006 0.313 0.083 232 F 0.178 0.006 0.061 0.004 0.498 0.253 233 D 0.360 0.004 0.012 0.002 0.238 0.384 234 V 0.954 0.002 0.001 0.001 0.014 0.028 235 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 236 L 0.978 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 237 T 0.834 0.003 0.003 0.001 0.043 0.116 238 T 0.309 0.008 0.021 0.002 0.272 0.388 239 N 0.031 0.005 0.042 0.013 0.706 0.204 240 M 0.012 0.014 0.090 0.093 0.630 0.160 241 F 0.030 0.056 0.047 0.305 0.320 0.242 242 G 0.004 0.001 0.014 0.868 0.084 0.029 243 D 0.003 0.001 0.007 0.920 0.046 0.023 244 I 0.003 0.005 0.008 0.953 0.023 0.008 245 L 0.005 0.002 0.011 0.953 0.019 0.010 246 S 0.004 0.001 0.012 0.947 0.022 0.014 247 D 0.001 0.001 0.007 0.972 0.010 0.010 248 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 249 S 0.001 0.001 0.009 0.981 0.007 0.002 250 A 0.001 0.001 0.016 0.949 0.024 0.009 251 A 0.001 0.001 0.029 0.914 0.041 0.014 252 L 0.010 0.005 0.053 0.706 0.157 0.069 253 P 0.018 0.006 0.062 0.464 0.251 0.199 254 G 0.021 0.009 0.065 0.155 0.288 0.462 255 S 0.040 0.007 0.149 0.118 0.356 0.330 256 L 0.071 0.006 0.155 0.087 0.353 0.329 257 G 0.198 0.014 0.125 0.037 0.316 0.310 258 L 0.371 0.030 0.068 0.028 0.256 0.248 259 L 0.293 0.014 0.046 0.023 0.288 0.336 260 P 0.367 0.017 0.038 0.019 0.253 0.307 261 S 0.376 0.023 0.058 0.016 0.277 0.251 262 A 0.520 0.027 0.041 0.017 0.215 0.180 263 S 0.443 0.040 0.034 0.017 0.253 0.212 264 F 0.253 0.042 0.031 0.016 0.373 0.285 265 G 0.077 0.010 0.021 0.012 0.598 0.283 266 D 0.032 0.006 0.058 0.026 0.667 0.210 267 K 0.066 0.032 0.064 0.038 0.553 0.246 268 N 0.170 0.025 0.062 0.038 0.447 0.259 269 L 0.342 0.013 0.036 0.045 0.233 0.331 270 Y 0.556 0.037 0.020 0.044 0.138 0.204 271 E 0.655 0.019 0.013 0.040 0.124 0.149 272 P 0.511 0.026 0.016 0.054 0.152 0.241 273 A 0.257 0.028 0.033 0.074 0.248 0.360 274 G 0.111 0.013 0.036 0.060 0.272 0.507 275 G 0.034 0.006 0.040 0.056 0.253 0.611 276 S 0.044 0.035 0.108 0.138 0.339 0.336 277 A 0.018 0.009 0.220 0.350 0.291 0.113 278 P 0.015 0.008 0.282 0.398 0.221 0.077 279 D 0.013 0.008 0.311 0.420 0.193 0.056 280 I 0.011 0.004 0.257 0.480 0.204 0.045 281 A 0.009 0.013 0.162 0.525 0.230 0.062 282 G 0.017 0.023 0.116 0.318 0.447 0.079 283 K 0.029 0.009 0.054 0.143 0.602 0.163 284 N 0.025 0.015 0.032 0.061 0.566 0.300 285 I 0.046 0.063 0.017 0.058 0.673 0.144 286 A 0.064 0.069 0.012 0.172 0.354 0.329 287 N 0.023 0.023 0.005 0.415 0.268 0.265 288 P 0.001 0.001 0.002 0.983 0.010 0.004 289 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 290 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 291 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 292 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 293 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 294 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 295 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 296 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 297 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 298 M 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.002 299 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.010 0.003 300 E 0.001 0.001 0.004 0.976 0.015 0.004 301 H 0.001 0.001 0.011 0.941 0.030 0.017 302 S 0.001 0.001 0.012 0.922 0.038 0.027 303 F 0.001 0.002 0.009 0.828 0.047 0.113 304 G 0.001 0.001 0.004 0.102 0.116 0.777 305 M 0.001 0.001 0.030 0.786 0.089 0.095 306 V 0.001 0.001 0.023 0.865 0.075 0.036 307 E 0.001 0.001 0.018 0.941 0.030 0.010 308 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.008 0.008 309 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 310 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 311 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 312 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 313 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 314 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 315 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 316 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 317 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 318 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 319 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 320 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 321 E 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.006 322 E 0.001 0.001 0.004 0.919 0.021 0.054 323 G 0.004 0.001 0.001 0.027 0.091 0.876 324 Y 0.047 0.009 0.003 0.013 0.118 0.810 325 R 0.212 0.048 0.007 0.014 0.151 0.568 326 T 0.133 0.047 0.063 0.030 0.204 0.523 327 R 0.119 0.012 0.124 0.039 0.233 0.474 328 D 0.126 0.020 0.200 0.043 0.279 0.331 329 I 0.128 0.016 0.165 0.084 0.333 0.274 330 A 0.121 0.023 0.099 0.108 0.422 0.227 331 E 0.094 0.040 0.085 0.185 0.411 0.185 332 D 0.044 0.015 0.064 0.130 0.581 0.167 333 P 0.023 0.011 0.041 0.112 0.596 0.217 334 E 0.021 0.007 0.036 0.042 0.673 0.221 335 K 0.032 0.014 0.032 0.052 0.551 0.319 336 A 0.061 0.029 0.015 0.052 0.299 0.544 337 V 0.110 0.056 0.011 0.084 0.208 0.531 338 S 0.072 0.035 0.006 0.101 0.130 0.655 339 T 0.010 0.003 0.012 0.840 0.042 0.093 340 S 0.002 0.001 0.007 0.971 0.011 0.009 341 Q 0.002 0.001 0.006 0.976 0.009 0.007 342 M 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 343 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 344 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 345 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 346 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 347 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 348 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 349 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 350 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 351 E 0.001 0.001 0.023 0.948 0.020 0.008 352 E 0.001 0.001 0.021 0.779 0.080 0.119 353 I 0.001 0.001 0.008 0.285 0.091 0.614 354 W 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.968