# TARGET T0246 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0246.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55.4439 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.002 0.001 0.001 0.091 0.839 2 K 0.548 0.005 0.001 0.001 0.060 0.386 3 I 0.927 0.005 0.001 0.001 0.010 0.058 4 A 0.972 0.004 0.001 0.001 0.005 0.019 5 V 0.953 0.004 0.001 0.001 0.008 0.035 6 L 0.639 0.008 0.001 0.001 0.065 0.285 7 P 0.144 0.007 0.003 0.002 0.269 0.575 8 G 0.047 0.013 0.007 0.004 0.425 0.504 9 D 0.026 0.019 0.013 0.029 0.577 0.336 10 G 0.027 0.030 0.032 0.209 0.471 0.231 11 I 0.030 0.043 0.019 0.472 0.215 0.222 12 G 0.016 0.009 0.015 0.731 0.076 0.153 13 P 0.002 0.001 0.006 0.975 0.007 0.009 14 E 0.002 0.001 0.009 0.982 0.003 0.003 15 V 0.001 0.001 0.008 0.985 0.003 0.002 16 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 17 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 25 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.005 27 E 0.001 0.001 0.008 0.973 0.009 0.009 28 K 0.001 0.001 0.008 0.952 0.015 0.023 29 K 0.002 0.002 0.012 0.739 0.073 0.172 30 T 0.002 0.003 0.019 0.444 0.175 0.357 31 G 0.005 0.002 0.007 0.025 0.219 0.742 32 K 0.044 0.009 0.011 0.028 0.240 0.669 33 T 0.140 0.018 0.010 0.027 0.132 0.673 34 F 0.415 0.015 0.032 0.095 0.114 0.328 35 E 0.657 0.004 0.020 0.074 0.081 0.163 36 K 0.764 0.003 0.015 0.086 0.057 0.075 37 V 0.783 0.009 0.006 0.095 0.040 0.066 38 F 0.776 0.005 0.009 0.091 0.046 0.073 39 G 0.643 0.007 0.019 0.124 0.075 0.131 40 H 0.467 0.020 0.041 0.131 0.181 0.160 41 I 0.181 0.026 0.039 0.212 0.293 0.249 42 G 0.064 0.012 0.020 0.137 0.365 0.402 43 G 0.025 0.003 0.079 0.508 0.248 0.138 44 D 0.037 0.009 0.094 0.642 0.126 0.092 45 A 0.020 0.010 0.182 0.683 0.078 0.027 46 I 0.018 0.008 0.103 0.780 0.056 0.034 47 D 0.013 0.002 0.099 0.788 0.070 0.027 48 R 0.012 0.005 0.047 0.778 0.098 0.061 49 F 0.005 0.004 0.019 0.728 0.118 0.125 50 G 0.005 0.004 0.008 0.027 0.264 0.692 51 E 0.008 0.004 0.010 0.010 0.195 0.772 52 P 0.030 0.030 0.019 0.011 0.153 0.757 53 L 0.014 0.022 0.004 0.008 0.120 0.833 54 P 0.005 0.005 0.006 0.073 0.116 0.794 55 E 0.001 0.001 0.034 0.943 0.014 0.009 56 E 0.001 0.001 0.033 0.954 0.011 0.002 57 T 0.001 0.001 0.022 0.965 0.008 0.004 58 K 0.001 0.001 0.007 0.983 0.004 0.005 59 K 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.003 60 I 0.001 0.001 0.008 0.978 0.008 0.004 61 C 0.002 0.001 0.006 0.975 0.012 0.005 62 L 0.001 0.001 0.010 0.974 0.011 0.003 63 E 0.002 0.001 0.009 0.951 0.024 0.014 64 A 0.005 0.001 0.012 0.728 0.113 0.140 65 D 0.024 0.001 0.007 0.036 0.218 0.714 66 A 0.560 0.010 0.016 0.036 0.127 0.250 67 I 0.920 0.006 0.003 0.013 0.029 0.028 68 F 0.912 0.006 0.003 0.009 0.031 0.039 69 L 0.769 0.008 0.003 0.020 0.069 0.132 70 G 0.272 0.006 0.010 0.007 0.187 0.518 71 S 0.264 0.017 0.037 0.014 0.292 0.376 72 V 0.236 0.069 0.060 0.013 0.301 0.322 73 G 0.158 0.049 0.033 0.016 0.389 0.355 74 G 0.060 0.024 0.010 0.012 0.357 0.537 75 P 0.055 0.030 0.018 0.013 0.372 0.512 76 K 0.058 0.063 0.037 0.019 0.417 0.406 77 W 0.021 0.027 0.287 0.046 0.521 0.098 78 D 0.023 0.012 0.242 0.049 0.556 0.118 79 D 0.017 0.015 0.101 0.025 0.587 0.255 80 L 0.036 0.083 0.014 0.009 0.379 0.479 81 P 0.032 0.033 0.015 0.006 0.418 0.497 82 P 0.009 0.006 0.389 0.033 0.437 0.126 83 E 0.017 0.009 0.385 0.044 0.404 0.140 84 K 0.039 0.041 0.360 0.065 0.357 0.138 85 R 0.039 0.033 0.052 0.090 0.389 0.397 86 P 0.042 0.028 0.108 0.191 0.370 0.261 87 E 0.060 0.029 0.129 0.211 0.379 0.192 88 I 0.058 0.021 0.071 0.361 0.303 0.185 89 G 0.030 0.013 0.025 0.385 0.221 0.326 90 G 0.014 0.005 0.008 0.770 0.063 0.141 91 L 0.008 0.002 0.003 0.945 0.013 0.029 92 L 0.004 0.001 0.002 0.982 0.006 0.005 93 A 0.006 0.001 0.004 0.976 0.008 0.005 94 L 0.006 0.001 0.008 0.972 0.009 0.005 95 R 0.003 0.001 0.010 0.971 0.010 0.005 96 K 0.004 0.001 0.015 0.949 0.019 0.012 97 M 0.006 0.001 0.014 0.921 0.026 0.032 98 L 0.014 0.005 0.017 0.754 0.081 0.129 99 N 0.044 0.005 0.030 0.170 0.233 0.518 100 L 0.173 0.008 0.081 0.245 0.220 0.273 101 Y 0.402 0.009 0.066 0.214 0.151 0.157 102 A 0.524 0.010 0.069 0.177 0.099 0.122 103 N 0.479 0.007 0.032 0.187 0.106 0.190 104 I 0.411 0.011 0.014 0.091 0.087 0.386 105 R 0.371 0.012 0.012 0.071 0.114 0.420 106 P 0.519 0.009 0.026 0.065 0.124 0.257 107 I 0.530 0.014 0.053 0.082 0.132 0.189 108 K 0.695 0.013 0.044 0.056 0.086 0.106 109 V 0.593 0.028 0.051 0.070 0.108 0.150 110 Y 0.268 0.026 0.069 0.066 0.496 0.075 111 R 0.102 0.009 0.063 0.068 0.673 0.086 112 S 0.038 0.006 0.055 0.045 0.767 0.088 113 L 0.111 0.060 0.039 0.030 0.663 0.097 114 V 0.212 0.050 0.037 0.054 0.308 0.339 115 H 0.213 0.042 0.045 0.047 0.369 0.283 116 V 0.135 0.028 0.034 0.045 0.328 0.431 117 S 0.110 0.035 0.023 0.027 0.304 0.502 118 P 0.081 0.022 0.033 0.028 0.388 0.447 119 L 0.071 0.031 0.041 0.032 0.422 0.404 120 K 0.106 0.027 0.076 0.085 0.418 0.288 121 E 0.104 0.015 0.123 0.125 0.396 0.236 122 K 0.125 0.014 0.126 0.165 0.377 0.194 123 V 0.240 0.032 0.085 0.126 0.307 0.211 124 I 0.188 0.066 0.055 0.140 0.297 0.254 125 G 0.083 0.020 0.034 0.054 0.630 0.179 126 S 0.024 0.004 0.054 0.034 0.640 0.244 127 G 0.038 0.007 0.020 0.007 0.585 0.343 128 V 0.221 0.013 0.005 0.001 0.413 0.346 129 D 0.545 0.005 0.001 0.001 0.072 0.377 130 L 0.981 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 131 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 132 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 133 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 R 0.970 0.001 0.001 0.003 0.006 0.021 135 E 0.897 0.002 0.001 0.005 0.024 0.071 136 L 0.444 0.013 0.009 0.015 0.157 0.361 137 S 0.183 0.018 0.031 0.041 0.453 0.274 138 Y 0.060 0.008 0.073 0.062 0.609 0.188 139 G 0.076 0.007 0.093 0.039 0.585 0.199 140 V 0.269 0.035 0.099 0.071 0.365 0.162 141 Y 0.321 0.043 0.067 0.056 0.289 0.223 142 Y 0.216 0.026 0.040 0.051 0.380 0.287 143 G 0.183 0.012 0.021 0.010 0.397 0.377 144 Q 0.287 0.033 0.015 0.009 0.321 0.335 145 P 0.245 0.024 0.021 0.009 0.324 0.377 146 R 0.250 0.026 0.027 0.008 0.308 0.381 147 G 0.240 0.039 0.020 0.006 0.277 0.417 148 L 0.217 0.087 0.013 0.006 0.196 0.482 149 D 0.129 0.028 0.007 0.005 0.419 0.412 150 E 0.067 0.006 0.073 0.047 0.601 0.206 151 E 0.098 0.005 0.073 0.060 0.617 0.147 152 K 0.249 0.012 0.064 0.049 0.502 0.124 153 G 0.517 0.016 0.021 0.027 0.178 0.240 154 F 0.745 0.019 0.014 0.025 0.084 0.113 155 D 0.790 0.006 0.009 0.022 0.060 0.114 156 T 0.849 0.006 0.005 0.011 0.035 0.095 157 M 0.863 0.004 0.003 0.005 0.035 0.090 158 I 0.842 0.007 0.005 0.005 0.041 0.101 159 Y 0.605 0.021 0.004 0.010 0.081 0.279 160 D 0.190 0.008 0.002 0.014 0.099 0.688 161 R 0.012 0.001 0.023 0.831 0.053 0.081 162 K 0.002 0.001 0.009 0.976 0.009 0.004 163 T 0.001 0.001 0.008 0.984 0.004 0.002 164 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 165 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 171 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 172 F 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 173 E 0.001 0.001 0.006 0.992 0.002 0.001 174 I 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 175 A 0.001 0.001 0.007 0.972 0.007 0.014 176 K 0.001 0.001 0.020 0.910 0.032 0.036 177 N 0.002 0.002 0.041 0.621 0.162 0.173 178 R 0.004 0.003 0.041 0.152 0.345 0.455 179 R 0.010 0.004 0.012 0.015 0.356 0.603 180 K 0.088 0.005 0.007 0.005 0.259 0.635 181 K 0.578 0.014 0.005 0.004 0.097 0.304 182 V 0.905 0.007 0.002 0.001 0.021 0.063 183 T 0.954 0.004 0.002 0.001 0.009 0.030 184 S 0.912 0.004 0.003 0.003 0.021 0.057 185 V 0.651 0.012 0.005 0.005 0.067 0.261 186 D 0.319 0.010 0.008 0.008 0.193 0.462 187 K 0.120 0.011 0.075 0.095 0.401 0.299 188 A 0.074 0.010 0.170 0.225 0.363 0.157 189 N 0.073 0.015 0.231 0.277 0.305 0.099 190 V 0.115 0.024 0.161 0.317 0.261 0.123 191 L 0.073 0.025 0.075 0.439 0.224 0.164 192 Y 0.054 0.015 0.062 0.423 0.246 0.200 193 S 0.026 0.008 0.020 0.442 0.206 0.298 194 S 0.011 0.003 0.015 0.610 0.137 0.223 195 M 0.002 0.001 0.010 0.943 0.026 0.018 196 L 0.003 0.001 0.008 0.964 0.012 0.012 197 W 0.002 0.001 0.004 0.988 0.003 0.003 198 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 199 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 200 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 201 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 202 N 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 203 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 204 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 205 A 0.001 0.001 0.032 0.944 0.017 0.007 206 R 0.001 0.001 0.042 0.911 0.031 0.014 207 E 0.003 0.003 0.027 0.835 0.051 0.081 208 Y 0.005 0.007 0.012 0.059 0.857 0.061 209 P 0.002 0.001 0.017 0.012 0.912 0.056 210 D 0.009 0.001 0.017 0.004 0.912 0.058 211 V 0.484 0.049 0.012 0.006 0.387 0.063 212 E 0.784 0.035 0.002 0.009 0.055 0.115 213 L 0.776 0.020 0.002 0.026 0.132 0.044 214 T 0.366 0.006 0.004 0.066 0.426 0.132 215 H 0.264 0.007 0.011 0.243 0.355 0.120 216 I 0.386 0.014 0.012 0.406 0.092 0.091 217 Y 0.270 0.016 0.014 0.579 0.028 0.093 218 V 0.144 0.009 0.015 0.708 0.036 0.088 219 D 0.023 0.001 0.016 0.875 0.033 0.051 220 N 0.005 0.001 0.012 0.968 0.009 0.006 221 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 222 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 223 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 224 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 225 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 226 I 0.003 0.001 0.004 0.964 0.019 0.009 227 L 0.005 0.003 0.004 0.826 0.043 0.118 228 K 0.005 0.010 0.006 0.034 0.329 0.615 229 P 0.001 0.001 0.556 0.026 0.379 0.038 230 S 0.003 0.001 0.552 0.009 0.415 0.021 231 Q 0.065 0.009 0.529 0.011 0.360 0.027 232 F 0.424 0.022 0.021 0.017 0.186 0.330 233 D 0.638 0.004 0.004 0.004 0.090 0.258 234 V 0.967 0.005 0.001 0.002 0.007 0.018 235 I 0.982 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 236 L 0.945 0.007 0.001 0.001 0.011 0.034 237 T 0.639 0.011 0.014 0.007 0.226 0.103 238 T 0.161 0.005 0.049 0.008 0.596 0.181 239 N 0.019 0.006 0.061 0.019 0.765 0.131 240 M 0.022 0.058 0.041 0.030 0.772 0.077 241 F 0.029 0.021 0.026 0.170 0.503 0.250 242 G 0.013 0.010 0.032 0.446 0.317 0.183 243 D 0.024 0.007 0.056 0.526 0.221 0.165 244 I 0.069 0.014 0.068 0.677 0.087 0.086 245 L 0.121 0.018 0.048 0.650 0.096 0.068 246 S 0.117 0.011 0.043 0.647 0.110 0.072 247 D 0.046 0.007 0.051 0.696 0.134 0.066 248 E 0.029 0.005 0.116 0.669 0.130 0.050 249 S 0.019 0.004 0.191 0.642 0.106 0.037 250 A 0.028 0.004 0.278 0.506 0.118 0.065 251 A 0.045 0.023 0.236 0.350 0.174 0.172 252 L 0.089 0.066 0.147 0.180 0.310 0.208 253 P 0.088 0.048 0.045 0.090 0.524 0.205 254 G 0.073 0.028 0.043 0.080 0.604 0.173 255 S 0.069 0.040 0.074 0.062 0.620 0.134 256 L 0.065 0.024 0.129 0.051 0.589 0.141 257 G 0.075 0.028 0.176 0.026 0.509 0.186 258 L 0.205 0.035 0.126 0.035 0.413 0.186 259 L 0.146 0.043 0.047 0.023 0.431 0.309 260 P 0.139 0.034 0.042 0.019 0.436 0.330 261 S 0.187 0.034 0.045 0.017 0.401 0.315 262 A 0.316 0.052 0.112 0.030 0.273 0.216 263 S 0.378 0.073 0.072 0.030 0.259 0.188 264 F 0.358 0.076 0.052 0.026 0.256 0.232 265 G 0.109 0.024 0.016 0.008 0.719 0.125 266 D 0.019 0.004 0.075 0.012 0.834 0.055 267 K 0.026 0.006 0.095 0.011 0.788 0.075 268 N 0.079 0.033 0.087 0.010 0.705 0.086 269 L 0.226 0.064 0.024 0.008 0.315 0.362 270 Y 0.500 0.140 0.012 0.009 0.107 0.232 271 E 0.469 0.074 0.012 0.009 0.201 0.235 272 P 0.283 0.055 0.015 0.011 0.327 0.309 273 A 0.122 0.030 0.026 0.014 0.500 0.308 274 G 0.094 0.051 0.063 0.035 0.525 0.232 275 G 0.051 0.025 0.090 0.045 0.551 0.238 276 S 0.042 0.031 0.087 0.061 0.496 0.283 277 A 0.035 0.038 0.123 0.138 0.427 0.239 278 P 0.041 0.036 0.188 0.152 0.356 0.227 279 D 0.027 0.020 0.283 0.172 0.360 0.138 280 I 0.016 0.019 0.268 0.206 0.415 0.076 281 A 0.009 0.012 0.081 0.287 0.456 0.155 282 G 0.004 0.003 0.015 0.040 0.511 0.427 283 K 0.009 0.008 0.017 0.053 0.438 0.475 284 N 0.034 0.024 0.017 0.062 0.307 0.556 285 I 0.069 0.061 0.048 0.216 0.257 0.350 286 A 0.080 0.032 0.026 0.206 0.164 0.493 287 N 0.040 0.015 0.014 0.339 0.125 0.467 288 P 0.003 0.001 0.009 0.928 0.015 0.044 289 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 290 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 291 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 292 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 293 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 294 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 295 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 296 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 297 M 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 298 M 0.001 0.001 0.007 0.982 0.005 0.005 299 L 0.001 0.001 0.012 0.958 0.015 0.013 300 E 0.001 0.001 0.018 0.906 0.031 0.042 301 H 0.002 0.003 0.018 0.834 0.048 0.094 302 S 0.003 0.007 0.013 0.661 0.109 0.208 303 F 0.003 0.006 0.009 0.243 0.181 0.558 304 G 0.001 0.002 0.002 0.045 0.105 0.845 305 M 0.002 0.001 0.010 0.874 0.040 0.073 306 V 0.001 0.001 0.008 0.956 0.014 0.020 307 E 0.001 0.001 0.020 0.938 0.024 0.015 308 E 0.001 0.001 0.026 0.954 0.011 0.008 309 A 0.001 0.001 0.017 0.966 0.009 0.007 310 R 0.001 0.001 0.009 0.980 0.007 0.004 311 K 0.001 0.001 0.008 0.973 0.007 0.012 312 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 313 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 314 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 315 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 316 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 317 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 318 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 319 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 320 I 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.001 321 E 0.001 0.001 0.004 0.963 0.030 0.001 322 E 0.001 0.001 0.003 0.908 0.072 0.016 323 G 0.003 0.004 0.004 0.125 0.390 0.474 324 Y 0.051 0.068 0.004 0.024 0.208 0.645 325 R 0.327 0.103 0.007 0.033 0.131 0.400 326 T 0.275 0.040 0.034 0.064 0.235 0.352 327 R 0.127 0.013 0.178 0.097 0.298 0.287 328 D 0.089 0.012 0.356 0.083 0.326 0.134 329 I 0.074 0.027 0.251 0.096 0.454 0.098 330 A 0.061 0.030 0.094 0.085 0.545 0.184 331 E 0.042 0.030 0.032 0.051 0.515 0.329 332 D 0.017 0.012 0.008 0.008 0.620 0.334 333 P 0.007 0.008 0.075 0.039 0.737 0.135 334 E 0.011 0.007 0.142 0.067 0.692 0.082 335 K 0.023 0.007 0.153 0.097 0.638 0.082 336 A 0.109 0.024 0.059 0.171 0.426 0.210 337 V 0.159 0.081 0.029 0.241 0.180 0.311 338 S 0.102 0.035 0.016 0.272 0.170 0.406 339 T 0.037 0.006 0.022 0.564 0.075 0.296 340 S 0.002 0.001 0.010 0.968 0.008 0.011 341 Q 0.002 0.001 0.014 0.975 0.005 0.004 342 M 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.002 343 G 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 344 D 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 345 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 346 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 347 C 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 348 K 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 349 K 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 350 L 0.001 0.001 0.013 0.965 0.008 0.013 351 E 0.001 0.001 0.055 0.883 0.037 0.023 352 E 0.002 0.001 0.038 0.863 0.050 0.047 353 I 0.003 0.003 0.016 0.733 0.059 0.185 354 W 0.003 0.004 0.004 0.177 0.092 0.720