; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/27/04_17:12:31 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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L.....L.....R....T.....G.....M.....G.....A.....L....P.....D..... 0 100 | | T0245 A.....W.....L.....I.....Q.....Y.....P.....P.....I.....I.....H... 1b65A V.....L.....A.....T.....D.....L.....P.....L.....M.....P.....H... 1b65A -m375a-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A E.....F.....G.....G.....R.....S.....F.....T.....I.....G.....A... 1b65A E.....F.....G.....G.....R.....S.....F.....T.....I.....G.....A... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A E.....F.....G.....G.....R.....S.....F.....T.....I.....G.....A... 1b65A E.....F.....G.....G.....R.....S.....F.....T.....I.....G.....A... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A G.....A.....L.....V.....Q.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A S.....Q.....L.....Q.....E.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A S.....Q.....L.....Q.....E.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A S.....R.....V.....V.....E.....Fg44erG.....S.....I.....I.....V... 1b65A A.....L.....V.....Q.....A.....Nh30erG.....S.....I.....I.....V... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1b65A S.....Q.....L.....Q.....E.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A -.....-.....-.....-.....-.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A -.....-.....-.....-.....E.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A -.....-.....-.....-.....E.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A S.....Q.....L.....Q.....E.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A S.....Q.....L.....Q.....E.....R.....G.....S.....I.....I.....V... 1b65A V.....V.....L.....A.....T.....D.....L.....P.....L.....M.....-... 1b65A V.....L.....A.....T.....D.....L.....P.....L.....-.....-.....-... 1b65A 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