# TARGET T0245 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.010 0.002 0.079 0.142 0.749 2 M 0.024 0.020 0.005 0.258 0.093 0.599 3 W 0.006 0.002 0.023 0.816 0.056 0.097 4 E 0.004 0.001 0.035 0.843 0.055 0.062 5 Q 0.002 0.001 0.036 0.881 0.047 0.034 6 F 0.002 0.002 0.024 0.898 0.041 0.033 7 K 0.001 0.002 0.010 0.949 0.021 0.016 8 K 0.001 0.001 0.006 0.938 0.031 0.023 9 E 0.001 0.001 0.006 0.953 0.021 0.020 10 K 0.001 0.001 0.009 0.928 0.030 0.031 11 L 0.001 0.001 0.011 0.918 0.040 0.029 12 R 0.002 0.001 0.012 0.895 0.047 0.044 13 G 0.003 0.001 0.013 0.764 0.081 0.138 14 Y 0.004 0.003 0.030 0.729 0.101 0.133 15 L 0.005 0.005 0.096 0.575 0.178 0.141 16 E 0.007 0.004 0.117 0.509 0.223 0.140 17 A 0.012 0.011 0.097 0.415 0.234 0.232 18 K 0.010 0.015 0.048 0.150 0.498 0.279 19 N 0.009 0.008 0.061 0.080 0.638 0.204 20 Q 0.011 0.006 0.047 0.037 0.651 0.248 21 R 0.031 0.020 0.023 0.023 0.615 0.288 22 K 0.103 0.049 0.011 0.014 0.246 0.578 23 V 0.189 0.102 0.010 0.022 0.138 0.538 24 D 0.110 0.041 0.019 0.037 0.373 0.420 25 F 0.012 0.004 0.129 0.354 0.391 0.110 26 D 0.004 0.003 0.199 0.516 0.237 0.042 27 I 0.005 0.003 0.108 0.729 0.122 0.033 28 V 0.002 0.001 0.028 0.909 0.033 0.027 29 E 0.002 0.001 0.022 0.933 0.019 0.023 30 L 0.001 0.001 0.025 0.965 0.007 0.002 31 L 0.001 0.001 0.025 0.960 0.011 0.003 32 D 0.001 0.001 0.046 0.927 0.022 0.005 33 L 0.001 0.001 0.041 0.925 0.024 0.010 34 I 0.002 0.001 0.034 0.870 0.058 0.035 35 N 0.007 0.012 0.098 0.652 0.151 0.081 36 S 0.020 0.009 0.057 0.176 0.461 0.276 37 F 0.025 0.007 0.107 0.033 0.694 0.134 38 D 0.024 0.002 0.053 0.010 0.776 0.134 39 D 0.050 0.003 0.041 0.008 0.688 0.208 40 F 0.509 0.019 0.008 0.006 0.282 0.176 41 V 0.748 0.021 0.003 0.008 0.078 0.142 42 T 0.794 0.043 0.003 0.010 0.061 0.091 43 L 0.541 0.018 0.009 0.025 0.191 0.216 44 S 0.303 0.022 0.015 0.025 0.280 0.355 45 S 0.206 0.020 0.049 0.033 0.464 0.229 46 C 0.166 0.028 0.046 0.029 0.577 0.154 47 S 0.215 0.019 0.035 0.020 0.512 0.200 48 G 0.321 0.009 0.017 0.009 0.456 0.189 49 R 0.679 0.013 0.005 0.003 0.159 0.142 50 I 0.893 0.006 0.001 0.001 0.027 0.071 51 A 0.962 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 52 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 53 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 54 D 0.927 0.002 0.001 0.001 0.014 0.055 55 L 0.681 0.008 0.001 0.002 0.059 0.249 56 E 0.261 0.015 0.002 0.003 0.220 0.499 57 K 0.129 0.017 0.006 0.005 0.409 0.434 58 P 0.082 0.042 0.020 0.009 0.441 0.406 59 G 0.063 0.023 0.033 0.012 0.558 0.311 60 D 0.041 0.011 0.052 0.009 0.506 0.380 61 K 0.065 0.031 0.051 0.009 0.592 0.252 62 A 0.088 0.024 0.035 0.007 0.574 0.271 63 S 0.118 0.006 0.010 0.003 0.437 0.426 64 S 0.497 0.014 0.004 0.002 0.233 0.250 65 L 0.742 0.019 0.002 0.003 0.073 0.161 66 F 0.844 0.013 0.001 0.004 0.024 0.114 67 L 0.846 0.004 0.001 0.004 0.030 0.114 68 G 0.740 0.015 0.002 0.007 0.058 0.177 69 K 0.585 0.027 0.003 0.006 0.225 0.154 70 W 0.452 0.010 0.004 0.005 0.316 0.212 71 H 0.161 0.006 0.009 0.004 0.513 0.307 72 E 0.218 0.032 0.005 0.003 0.415 0.327 73 G 0.137 0.019 0.008 0.005 0.213 0.618 74 V 0.045 0.047 0.005 0.009 0.223 0.671 75 E 0.018 0.008 0.004 0.017 0.141 0.812 76 V 0.004 0.001 0.101 0.730 0.104 0.060 77 S 0.004 0.001 0.075 0.823 0.065 0.032 78 E 0.004 0.001 0.080 0.871 0.033 0.010 79 V 0.005 0.001 0.015 0.931 0.023 0.025 80 A 0.006 0.001 0.016 0.954 0.016 0.007 81 E 0.003 0.001 0.022 0.943 0.024 0.007 82 A 0.002 0.001 0.028 0.926 0.034 0.011 83 A 0.002 0.002 0.026 0.921 0.036 0.014 84 L 0.005 0.001 0.039 0.871 0.064 0.020 85 R 0.009 0.001 0.034 0.621 0.197 0.138 86 S 0.018 0.006 0.015 0.063 0.395 0.503 87 R 0.030 0.004 0.011 0.013 0.541 0.402 88 K 0.078 0.004 0.015 0.009 0.505 0.389 89 V 0.645 0.010 0.008 0.003 0.181 0.152 90 A 0.958 0.002 0.001 0.001 0.014 0.025 91 W 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 92 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 93 I 0.939 0.002 0.001 0.001 0.010 0.049 94 Q 0.692 0.006 0.001 0.001 0.049 0.251 95 Y 0.317 0.012 0.002 0.001 0.159 0.509 96 P 0.158 0.004 0.005 0.001 0.241 0.591 97 P 0.410 0.006 0.010 0.002 0.208 0.365 98 I 0.830 0.007 0.006 0.002 0.059 0.096 99 I 0.959 0.003 0.001 0.002 0.010 0.026 100 H 0.974 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 101 V 0.966 0.002 0.001 0.002 0.008 0.021 102 A 0.908 0.002 0.002 0.002 0.018 0.068 103 C 0.711 0.006 0.006 0.003 0.082 0.192 104 R 0.172 0.022 0.008 0.004 0.228 0.566 105 N 0.029 0.008 0.002 0.006 0.143 0.811 106 I 0.001 0.001 0.024 0.927 0.041 0.008 107 G 0.001 0.001 0.011 0.975 0.013 0.001 108 A 0.001 0.001 0.012 0.981 0.006 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 112 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 113 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 114 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.004 117 N 0.001 0.001 0.007 0.976 0.011 0.006 118 T 0.001 0.001 0.007 0.966 0.014 0.013 119 A 0.001 0.001 0.004 0.935 0.018 0.042 120 G 0.009 0.004 0.006 0.205 0.133 0.643 121 F 0.058 0.020 0.040 0.201 0.268 0.414 122 R 0.147 0.021 0.121 0.170 0.344 0.197 123 R 0.149 0.010 0.151 0.113 0.431 0.146 124 S 0.148 0.003 0.096 0.071 0.449 0.232 125 G 0.246 0.007 0.021 0.018 0.378 0.330 126 V 0.613 0.022 0.012 0.008 0.151 0.193 127 I 0.811 0.015 0.007 0.005 0.080 0.082 128 S 0.755 0.019 0.008 0.005 0.126 0.087 129 L 0.374 0.022 0.015 0.011 0.479 0.100 130 S 0.100 0.006 0.017 0.010 0.787 0.080 131 N 0.125 0.003 0.010 0.004 0.761 0.098 132 Y 0.712 0.006 0.002 0.001 0.173 0.107 133 V 0.969 0.003 0.001 0.001 0.007 0.021 134 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 135 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 136 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 137 A 0.907 0.002 0.001 0.001 0.030 0.059 138 S 0.510 0.003 0.008 0.002 0.216 0.261 139 L 0.339 0.004 0.013 0.002 0.380 0.262 140 E 0.510 0.018 0.028 0.004 0.250 0.190 141 R 0.758 0.014 0.013 0.003 0.105 0.107 142 I 0.865 0.004 0.005 0.003 0.054 0.068 143 E 0.834 0.005 0.004 0.003 0.055 0.098 144 L 0.849 0.008 0.003 0.005 0.048 0.087 145 P 0.806 0.006 0.006 0.005 0.080 0.097 146 V 0.724 0.014 0.009 0.005 0.115 0.133 147 A 0.545 0.014 0.015 0.008 0.328 0.090 148 E 0.272 0.010 0.025 0.014 0.570 0.107 149 K 0.116 0.003 0.014 0.012 0.721 0.135 150 G 0.248 0.012 0.017 0.010 0.578 0.135 151 L 0.679 0.022 0.005 0.007 0.106 0.181 152 M 0.860 0.013 0.003 0.005 0.037 0.082 153 L 0.838 0.010 0.002 0.003 0.031 0.116 154 V 0.566 0.071 0.001 0.003 0.058 0.300 155 D 0.122 0.007 0.001 0.027 0.108 0.734 156 D 0.001 0.001 0.040 0.905 0.032 0.022 157 A 0.001 0.001 0.034 0.928 0.028 0.009 158 Y 0.001 0.001 0.028 0.957 0.010 0.004 159 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 160 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 162 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.002 165 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.004 166 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 167 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 168 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 169 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 170 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 171 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 172 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.009 0.007 173 G 0.001 0.001 0.001 0.978 0.006 0.015 174 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.005 0.011 175 E 0.001 0.001 0.002 0.981 0.007 0.010 176 K 0.001 0.001 0.003 0.984 0.003 0.010 177 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.007 178 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 179 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 180 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 181 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 182 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.006 0.007 183 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.006 0.008 184 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.010 0.009 185 E 0.001 0.001 0.004 0.947 0.030 0.018 186 S 0.001 0.001 0.005 0.930 0.037 0.028 187 L 0.001 0.001 0.007 0.826 0.075 0.089 188 Q 0.004 0.002 0.021 0.738 0.133 0.102 189 R 0.011 0.005 0.032 0.682 0.156 0.114 190 E 0.012 0.003 0.036 0.648 0.149 0.152 191 N 0.017 0.006 0.057 0.533 0.192 0.194 192 A 0.040 0.005 0.037 0.307 0.231 0.379 193 Y 0.055 0.014 0.040 0.157 0.225 0.509 194 C 0.058 0.032 0.019 0.131 0.153 0.607 195 S 0.028 0.014 0.011 0.086 0.091 0.770 196 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.983