# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8596 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.182 0.120 0.102 0.116 0.082 0.080 0.107 0.079 0.066 0.043 0.024 2 M 0.174 0.289 0.099 0.170 0.107 0.067 0.050 0.022 0.012 0.007 0.003 3 W 0.041 0.039 0.043 0.063 0.066 0.099 0.171 0.152 0.160 0.110 0.057 4 E 0.134 0.122 0.140 0.197 0.158 0.106 0.099 0.027 0.012 0.004 0.001 5 Q 0.099 0.077 0.478 0.239 0.066 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 6 F 0.023 0.029 0.154 0.123 0.131 0.161 0.184 0.093 0.056 0.032 0.014 7 K 0.001 0.004 0.072 0.026 0.034 0.101 0.290 0.210 0.150 0.078 0.033 8 K 0.001 0.011 0.316 0.260 0.227 0.112 0.057 0.012 0.004 0.001 0.001 9 E 0.086 0.063 0.745 0.072 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.003 0.008 0.129 0.081 0.102 0.160 0.308 0.108 0.065 0.027 0.009 11 L 0.001 0.001 0.020 0.004 0.007 0.019 0.151 0.188 0.226 0.217 0.166 12 R 0.001 0.011 0.521 0.262 0.147 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 13 G 0.056 0.083 0.727 0.075 0.038 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.001 0.002 0.007 0.009 0.018 0.050 0.242 0.207 0.219 0.161 0.084 15 L 0.054 0.068 0.067 0.080 0.108 0.140 0.243 0.113 0.072 0.037 0.018 16 E 0.091 0.149 0.482 0.175 0.064 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 17 A 0.069 0.058 0.100 0.073 0.088 0.123 0.222 0.101 0.080 0.051 0.036 18 K 0.230 0.150 0.105 0.171 0.112 0.079 0.070 0.035 0.024 0.014 0.009 19 N 0.383 0.205 0.095 0.112 0.082 0.058 0.041 0.012 0.007 0.003 0.002 20 Q 0.103 0.134 0.189 0.240 0.139 0.081 0.064 0.027 0.012 0.006 0.003 21 R 0.424 0.150 0.065 0.126 0.091 0.069 0.050 0.013 0.006 0.003 0.001 22 K 0.068 0.185 0.135 0.316 0.174 0.077 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 23 V 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.014 0.061 0.114 0.223 0.286 0.289 24 D 0.005 0.046 0.056 0.173 0.225 0.230 0.177 0.051 0.025 0.008 0.005 25 F 0.207 0.126 0.107 0.155 0.118 0.087 0.105 0.048 0.028 0.013 0.006 26 D 0.019 0.059 0.061 0.201 0.196 0.207 0.164 0.055 0.023 0.010 0.006 27 I 0.001 0.002 0.005 0.008 0.012 0.023 0.115 0.171 0.270 0.239 0.156 28 V 0.010 0.018 0.065 0.144 0.189 0.214 0.202 0.081 0.046 0.022 0.009 29 E 0.019 0.052 0.357 0.342 0.135 0.060 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.013 0.007 0.008 0.014 0.093 0.162 0.258 0.277 0.169 31 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.020 0.146 0.183 0.223 0.228 0.188 32 D 0.001 0.008 0.414 0.260 0.173 0.082 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 33 L 0.001 0.003 0.028 0.040 0.111 0.285 0.368 0.102 0.038 0.018 0.006 34 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.029 0.087 0.255 0.328 0.287 35 N 0.002 0.003 0.007 0.021 0.058 0.133 0.334 0.188 0.122 0.079 0.054 36 S 0.038 0.169 0.482 0.184 0.073 0.029 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 37 F 0.037 0.042 0.036 0.083 0.124 0.167 0.265 0.120 0.071 0.037 0.018 38 D 0.749 0.148 0.032 0.044 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.158 0.188 0.076 0.223 0.158 0.099 0.061 0.022 0.009 0.004 0.002 40 F 0.005 0.011 0.007 0.038 0.072 0.139 0.229 0.191 0.155 0.100 0.053 41 V 0.003 0.006 0.007 0.023 0.041 0.081 0.195 0.190 0.190 0.148 0.116 42 T 0.006 0.016 0.017 0.066 0.085 0.098 0.181 0.175 0.154 0.118 0.084 43 L 0.015 0.016 0.008 0.036 0.040 0.053 0.127 0.171 0.201 0.185 0.147 44 S 0.032 0.033 0.012 0.071 0.094 0.113 0.159 0.149 0.145 0.107 0.087 45 S 0.027 0.038 0.015 0.078 0.085 0.093 0.157 0.150 0.150 0.123 0.084 46 C 0.037 0.034 0.019 0.083 0.098 0.112 0.179 0.142 0.133 0.097 0.066 47 S 0.038 0.044 0.034 0.098 0.088 0.090 0.153 0.133 0.130 0.105 0.088 48 G 0.113 0.072 0.034 0.132 0.119 0.119 0.141 0.109 0.084 0.053 0.026 49 R 0.013 0.035 0.027 0.117 0.136 0.172 0.199 0.125 0.087 0.057 0.032 50 I 0.003 0.003 0.005 0.011 0.011 0.018 0.056 0.114 0.207 0.270 0.301 51 A 0.004 0.007 0.009 0.034 0.052 0.087 0.207 0.198 0.192 0.126 0.083 52 V 0.002 0.008 0.012 0.029 0.032 0.046 0.114 0.161 0.221 0.218 0.157 53 V 0.001 0.002 0.003 0.012 0.023 0.040 0.111 0.159 0.232 0.216 0.201 54 D 0.032 0.101 0.086 0.235 0.209 0.128 0.121 0.047 0.025 0.011 0.005 55 L 0.024 0.037 0.026 0.105 0.112 0.121 0.202 0.148 0.110 0.079 0.036 56 E 0.274 0.205 0.064 0.193 0.127 0.061 0.039 0.018 0.010 0.005 0.003 57 K 0.210 0.183 0.056 0.137 0.112 0.091 0.102 0.049 0.030 0.020 0.010 58 P 0.245 0.159 0.041 0.124 0.098 0.082 0.102 0.056 0.044 0.031 0.018 59 G 0.480 0.145 0.026 0.077 0.063 0.060 0.056 0.034 0.029 0.020 0.011 60 D 0.445 0.230 0.059 0.124 0.056 0.031 0.024 0.012 0.009 0.007 0.005 61 K 0.239 0.140 0.059 0.157 0.113 0.092 0.085 0.044 0.035 0.023 0.013 62 A 0.314 0.141 0.057 0.131 0.104 0.089 0.073 0.040 0.028 0.016 0.007 63 S 0.109 0.151 0.101 0.242 0.164 0.096 0.072 0.031 0.019 0.009 0.005 64 S 0.035 0.029 0.025 0.061 0.069 0.096 0.161 0.158 0.163 0.125 0.080 65 L 0.023 0.061 0.064 0.233 0.221 0.162 0.127 0.057 0.031 0.015 0.006 66 F 0.004 0.008 0.015 0.031 0.040 0.063 0.146 0.176 0.214 0.180 0.122 67 L 0.005 0.010 0.015 0.052 0.070 0.087 0.178 0.186 0.184 0.133 0.081 68 G 0.021 0.032 0.029 0.090 0.106 0.114 0.190 0.148 0.138 0.085 0.047 69 K 0.019 0.028 0.035 0.091 0.109 0.125 0.176 0.146 0.136 0.088 0.046 70 W 0.062 0.096 0.049 0.173 0.163 0.130 0.151 0.080 0.053 0.028 0.014 71 H 0.011 0.015 0.010 0.031 0.053 0.067 0.162 0.171 0.211 0.160 0.108 72 E 0.320 0.244 0.088 0.157 0.087 0.045 0.034 0.013 0.006 0.003 0.002 73 G 0.513 0.147 0.045 0.124 0.072 0.042 0.034 0.012 0.006 0.003 0.001 74 V 0.064 0.044 0.017 0.052 0.075 0.100 0.195 0.173 0.134 0.096 0.050 75 E 0.140 0.625 0.092 0.099 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.035 0.036 0.027 0.089 0.152 0.222 0.214 0.111 0.069 0.033 0.012 77 S 0.733 0.160 0.046 0.036 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.065 0.111 0.206 0.383 0.146 0.055 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 79 V 0.018 0.011 0.022 0.021 0.028 0.053 0.144 0.165 0.204 0.206 0.128 80 A 0.008 0.009 0.105 0.100 0.125 0.233 0.252 0.093 0.049 0.019 0.007 81 E 0.006 0.025 0.669 0.199 0.060 0.023 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 82 A 0.006 0.015 0.121 0.070 0.091 0.177 0.261 0.116 0.073 0.045 0.024 83 A 0.010 0.009 0.062 0.031 0.028 0.045 0.146 0.149 0.212 0.188 0.119 84 L 0.010 0.025 0.154 0.089 0.110 0.145 0.216 0.104 0.074 0.046 0.027 85 R 0.041 0.105 0.450 0.188 0.102 0.059 0.032 0.011 0.007 0.003 0.001 86 S 0.262 0.156 0.132 0.121 0.090 0.074 0.083 0.034 0.025 0.015 0.008 87 R 0.126 0.108 0.074 0.162 0.146 0.125 0.129 0.059 0.039 0.021 0.012 88 K 0.124 0.143 0.094 0.195 0.150 0.115 0.100 0.041 0.023 0.011 0.004 89 V 0.012 0.044 0.042 0.200 0.213 0.211 0.156 0.061 0.036 0.018 0.008 90 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.067 0.153 0.254 0.283 0.216 91 W 0.001 0.008 0.012 0.088 0.145 0.201 0.260 0.146 0.086 0.035 0.018 92 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.011 0.057 0.121 0.234 0.298 0.262 93 I 0.004 0.007 0.007 0.082 0.132 0.164 0.229 0.161 0.123 0.062 0.029 94 Q 0.011 0.022 0.014 0.054 0.069 0.085 0.199 0.184 0.204 0.112 0.046 95 Y 0.027 0.056 0.032 0.214 0.182 0.131 0.150 0.099 0.063 0.034 0.013 96 P 0.012 0.033 0.020 0.092 0.131 0.185 0.250 0.142 0.085 0.038 0.012 97 P 0.008 0.010 0.007 0.040 0.057 0.071 0.187 0.211 0.196 0.142 0.070 98 I 0.003 0.006 0.007 0.032 0.042 0.070 0.152 0.187 0.199 0.176 0.126 99 I 0.002 0.006 0.008 0.020 0.020 0.030 0.123 0.219 0.284 0.205 0.083 100 H 0.006 0.016 0.022 0.078 0.088 0.130 0.202 0.184 0.143 0.087 0.045 101 V 0.002 0.003 0.007 0.008 0.008 0.011 0.048 0.118 0.247 0.317 0.231 102 A 0.005 0.022 0.032 0.159 0.226 0.174 0.210 0.095 0.053 0.017 0.006 103 C 0.007 0.011 0.023 0.022 0.017 0.025 0.101 0.145 0.239 0.239 0.172 104 R 0.016 0.035 0.037 0.216 0.283 0.192 0.117 0.056 0.031 0.013 0.004 105 N 0.022 0.282 0.095 0.135 0.088 0.098 0.119 0.074 0.051 0.025 0.011 106 I 0.060 0.045 0.050 0.135 0.188 0.171 0.169 0.082 0.061 0.028 0.012 107 G 0.681 0.150 0.046 0.054 0.026 0.018 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 108 A 0.002 0.015 0.037 0.123 0.114 0.153 0.247 0.150 0.091 0.047 0.021 109 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.015 0.083 0.127 0.229 0.270 0.260 110 K 0.006 0.009 0.193 0.275 0.218 0.163 0.085 0.030 0.013 0.006 0.002 111 L 0.001 0.007 0.133 0.178 0.233 0.203 0.147 0.057 0.026 0.012 0.003 112 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.036 0.068 0.185 0.290 0.412 113 M 0.001 0.001 0.025 0.025 0.044 0.097 0.358 0.203 0.147 0.073 0.027 114 N 0.002 0.018 0.505 0.239 0.136 0.060 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 115 A 0.001 0.004 0.031 0.015 0.025 0.054 0.228 0.198 0.200 0.148 0.096 116 A 0.007 0.003 0.016 0.012 0.010 0.015 0.073 0.131 0.242 0.263 0.227 117 N 0.013 0.027 0.131 0.154 0.185 0.197 0.166 0.062 0.035 0.018 0.011 118 T 0.021 0.066 0.166 0.197 0.171 0.174 0.120 0.044 0.024 0.012 0.005 119 A 0.017 0.013 0.009 0.014 0.017 0.030 0.099 0.138 0.213 0.249 0.200 120 G 0.197 0.088 0.034 0.079 0.070 0.085 0.144 0.092 0.087 0.067 0.058 121 F 0.037 0.042 0.026 0.070 0.078 0.079 0.130 0.136 0.149 0.137 0.118 122 R 0.043 0.056 0.042 0.117 0.134 0.131 0.156 0.114 0.094 0.064 0.050 123 R 0.114 0.092 0.075 0.189 0.153 0.130 0.101 0.057 0.042 0.026 0.022 124 S 0.023 0.022 0.013 0.039 0.049 0.078 0.152 0.173 0.189 0.166 0.097 125 G 0.079 0.069 0.039 0.106 0.096 0.099 0.148 0.117 0.106 0.079 0.061 126 V 0.009 0.009 0.008 0.017 0.014 0.020 0.063 0.094 0.164 0.244 0.360 127 I 0.021 0.040 0.037 0.124 0.114 0.125 0.161 0.114 0.113 0.079 0.073 128 S 0.066 0.078 0.034 0.117 0.103 0.116 0.161 0.111 0.100 0.064 0.049 129 L 0.071 0.048 0.024 0.080 0.086 0.095 0.136 0.117 0.135 0.118 0.089 130 S 0.157 0.178 0.049 0.206 0.174 0.097 0.068 0.032 0.023 0.011 0.006 131 N 0.041 0.068 0.031 0.138 0.167 0.166 0.166 0.100 0.067 0.038 0.018 132 Y 0.007 0.012 0.010 0.051 0.096 0.149 0.254 0.177 0.123 0.077 0.043 133 V 0.004 0.007 0.008 0.026 0.033 0.054 0.127 0.165 0.196 0.200 0.180 134 V 0.002 0.002 0.003 0.009 0.011 0.019 0.083 0.173 0.250 0.270 0.178 135 E 0.005 0.010 0.016 0.042 0.042 0.067 0.158 0.177 0.198 0.158 0.127 136 I 0.004 0.005 0.012 0.015 0.014 0.024 0.080 0.129 0.219 0.258 0.239 137 A 0.010 0.021 0.017 0.101 0.141 0.148 0.199 0.138 0.106 0.071 0.048 138 S 0.011 0.036 0.023 0.058 0.060 0.058 0.126 0.148 0.192 0.173 0.116 139 L 0.073 0.076 0.058 0.168 0.211 0.158 0.123 0.062 0.042 0.018 0.011 140 E 0.137 0.086 0.057 0.151 0.129 0.134 0.146 0.071 0.045 0.027 0.017 141 R 0.057 0.075 0.052 0.150 0.157 0.143 0.154 0.090 0.063 0.040 0.019 142 I 0.017 0.010 0.010 0.015 0.013 0.019 0.062 0.106 0.213 0.259 0.276 143 E 0.065 0.098 0.075 0.175 0.154 0.141 0.130 0.070 0.047 0.028 0.017 144 L 0.010 0.029 0.027 0.053 0.053 0.089 0.176 0.172 0.175 0.138 0.080 145 P 0.030 0.034 0.024 0.071 0.086 0.094 0.165 0.152 0.144 0.117 0.082 146 V 0.018 0.014 0.009 0.025 0.028 0.039 0.103 0.124 0.192 0.214 0.234 147 A 0.049 0.076 0.055 0.155 0.151 0.124 0.140 0.092 0.080 0.048 0.030 148 E 0.141 0.118 0.058 0.172 0.146 0.128 0.113 0.059 0.038 0.018 0.010 149 K 0.334 0.178 0.079 0.158 0.095 0.062 0.049 0.023 0.012 0.007 0.003 150 G 0.301 0.117 0.057 0.130 0.106 0.082 0.084 0.047 0.038 0.024 0.015 151 L 0.044 0.098 0.060 0.193 0.164 0.132 0.144 0.077 0.047 0.028 0.014 152 M 0.019 0.033 0.021 0.070 0.094 0.125 0.196 0.143 0.136 0.101 0.062 153 L 0.019 0.031 0.030 0.081 0.109 0.134 0.213 0.150 0.117 0.072 0.043 154 V 0.004 0.009 0.005 0.015 0.031 0.050 0.136 0.158 0.205 0.209 0.180 155 D 0.025 0.198 0.092 0.244 0.170 0.102 0.088 0.040 0.024 0.011 0.006 156 D 0.361 0.183 0.063 0.188 0.126 0.051 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 157 A 0.742 0.088 0.059 0.065 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 158 Y 0.001 0.004 0.009 0.030 0.045 0.120 0.315 0.196 0.160 0.087 0.035 159 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.024 0.154 0.210 0.234 0.205 0.158 160 S 0.005 0.025 0.437 0.307 0.148 0.059 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 161 Y 0.002 0.012 0.101 0.101 0.170 0.261 0.251 0.066 0.024 0.009 0.003 162 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.058 0.183 0.314 0.421 163 V 0.001 0.001 0.006 0.007 0.022 0.079 0.422 0.221 0.131 0.077 0.033 164 R 0.006 0.022 0.785 0.143 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 165 W 0.001 0.004 0.030 0.031 0.069 0.191 0.459 0.128 0.055 0.022 0.009 166 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.033 0.096 0.240 0.334 0.286 167 N 0.001 0.002 0.054 0.061 0.124 0.263 0.337 0.092 0.042 0.017 0.007 168 E 0.011 0.021 0.734 0.146 0.051 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 169 K 0.001 0.003 0.022 0.029 0.068 0.189 0.421 0.158 0.069 0.030 0.009 170 L 0.001 0.001 0.040 0.007 0.004 0.007 0.060 0.109 0.236 0.295 0.239 171 L 0.002 0.006 0.272 0.162 0.196 0.161 0.132 0.044 0.016 0.007 0.002 172 K 0.012 0.043 0.689 0.142 0.072 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 173 G 0.024 0.043 0.108 0.062 0.070 0.130 0.286 0.131 0.085 0.045 0.015 174 K 0.050 0.054 0.162 0.126 0.114 0.122 0.214 0.080 0.050 0.020 0.007 175 E 0.169 0.133 0.512 0.110 0.046 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 176 K 0.005 0.054 0.190 0.161 0.123 0.174 0.176 0.066 0.032 0.014 0.004 177 L 0.005 0.008 0.060 0.025 0.040 0.084 0.278 0.191 0.166 0.094 0.048 178 G 0.164 0.104 0.477 0.165 0.054 0.022 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 179 R 0.002 0.020 0.178 0.277 0.260 0.161 0.077 0.018 0.005 0.001 0.001 180 L 0.001 0.001 0.019 0.003 0.003 0.007 0.064 0.118 0.245 0.287 0.254 181 Q 0.001 0.001 0.071 0.113 0.186 0.267 0.280 0.058 0.018 0.005 0.001 182 E 0.002 0.014 0.822 0.119 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.013 0.012 0.028 0.134 0.471 0.189 0.095 0.044 0.014 184 L 0.001 0.001 0.029 0.003 0.004 0.009 0.131 0.183 0.267 0.238 0.137 185 E 0.001 0.005 0.698 0.169 0.082 0.029 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 186 S 0.002 0.016 0.548 0.212 0.145 0.059 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 187 L 0.001 0.001 0.021 0.004 0.007 0.024 0.178 0.178 0.285 0.204 0.099 188 Q 0.004 0.007 0.069 0.076 0.120 0.163 0.349 0.132 0.056 0.018 0.005 189 R 0.006 0.029 0.827 0.084 0.037 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 190 E 0.025 0.059 0.241 0.174 0.165 0.160 0.121 0.034 0.013 0.006 0.002 191 N 0.218 0.134 0.188 0.098 0.073 0.062 0.105 0.055 0.038 0.019 0.008 192 A 0.121 0.135 0.214 0.156 0.123 0.088 0.084 0.039 0.021 0.013 0.006 193 Y 0.108 0.191 0.236 0.177 0.115 0.067 0.060 0.023 0.014 0.007 0.003 194 C 0.064 0.049 0.057 0.064 0.070 0.085 0.160 0.129 0.137 0.108 0.077 195 S 0.241 0.217 0.126 0.151 0.099 0.060 0.052 0.023 0.017 0.009 0.005 196 D 0.471 0.176 0.073 0.111 0.065 0.040 0.030 0.015 0.011 0.006 0.003