# TARGET T0245 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 M 0.010 0.035 0.002 0.076 0.002 0.012 0.864 3 W 0.001 0.001 0.013 0.754 0.041 0.027 0.163 4 E 0.001 0.001 0.008 0.926 0.012 0.019 0.034 5 Q 0.001 0.001 0.006 0.950 0.011 0.018 0.014 6 F 0.001 0.001 0.004 0.955 0.008 0.021 0.012 7 K 0.001 0.001 0.002 0.963 0.006 0.017 0.011 8 K 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.012 0.004 9 E 0.001 0.001 0.003 0.964 0.007 0.016 0.010 10 K 0.001 0.001 0.006 0.958 0.003 0.024 0.008 11 L 0.001 0.003 0.009 0.923 0.007 0.042 0.016 12 R 0.001 0.001 0.019 0.828 0.012 0.126 0.014 13 G 0.001 0.001 0.027 0.676 0.020 0.246 0.030 14 Y 0.002 0.005 0.053 0.601 0.091 0.098 0.149 15 L 0.005 0.003 0.127 0.559 0.048 0.130 0.128 16 E 0.005 0.004 0.135 0.430 0.055 0.227 0.144 17 A 0.006 0.011 0.111 0.402 0.142 0.195 0.133 18 K 0.015 0.007 0.078 0.280 0.174 0.180 0.265 19 N 0.012 0.013 0.082 0.243 0.081 0.279 0.289 20 Q 0.014 0.011 0.083 0.155 0.137 0.475 0.123 21 R 0.028 0.003 0.034 0.071 0.369 0.336 0.160 22 K 0.044 0.020 0.028 0.024 0.254 0.051 0.580 23 V 0.096 0.170 0.024 0.051 0.115 0.011 0.534 24 D 0.022 0.004 0.020 0.022 0.038 0.015 0.878 25 F 0.001 0.001 0.441 0.247 0.023 0.268 0.020 26 D 0.002 0.004 0.369 0.311 0.029 0.250 0.035 27 I 0.002 0.002 0.225 0.662 0.025 0.032 0.053 28 V 0.003 0.002 0.025 0.892 0.012 0.009 0.057 29 E 0.003 0.002 0.019 0.929 0.010 0.020 0.017 30 L 0.002 0.001 0.008 0.967 0.003 0.014 0.005 31 L 0.001 0.001 0.005 0.979 0.002 0.009 0.003 32 D 0.001 0.001 0.009 0.963 0.002 0.022 0.002 33 L 0.001 0.001 0.013 0.939 0.003 0.042 0.002 34 I 0.002 0.003 0.019 0.891 0.012 0.063 0.010 35 N 0.005 0.004 0.022 0.637 0.030 0.270 0.031 36 S 0.007 0.004 0.022 0.327 0.095 0.395 0.150 37 F 0.010 0.008 0.065 0.105 0.197 0.162 0.454 38 D 0.008 0.005 0.124 0.042 0.153 0.559 0.110 39 D 0.018 0.003 0.109 0.020 0.148 0.609 0.093 40 F 0.281 0.053 0.076 0.026 0.113 0.125 0.327 41 V 0.629 0.033 0.010 0.012 0.035 0.036 0.245 42 T 0.692 0.022 0.008 0.009 0.076 0.035 0.159 43 L 0.472 0.022 0.010 0.014 0.134 0.035 0.313 44 S 0.295 0.014 0.019 0.010 0.142 0.080 0.441 45 S 0.232 0.028 0.045 0.017 0.208 0.210 0.260 46 C 0.150 0.037 0.065 0.020 0.184 0.257 0.287 47 S 0.126 0.010 0.039 0.019 0.234 0.361 0.211 48 G 0.248 0.027 0.022 0.010 0.262 0.252 0.179 49 R 0.446 0.018 0.015 0.008 0.079 0.055 0.379 50 I 0.753 0.007 0.008 0.006 0.050 0.022 0.154 51 A 0.916 0.005 0.003 0.004 0.019 0.004 0.048 52 V 0.924 0.006 0.003 0.003 0.007 0.003 0.054 53 V 0.914 0.008 0.002 0.004 0.007 0.002 0.062 54 D 0.841 0.013 0.002 0.005 0.016 0.005 0.118 55 L 0.501 0.008 0.007 0.009 0.086 0.030 0.359 56 E 0.215 0.011 0.016 0.008 0.173 0.070 0.508 57 K 0.111 0.028 0.054 0.022 0.182 0.107 0.496 58 P 0.039 0.011 0.086 0.026 0.173 0.231 0.434 59 G 0.026 0.006 0.106 0.024 0.175 0.359 0.304 60 D 0.030 0.011 0.126 0.023 0.196 0.321 0.293 61 K 0.042 0.015 0.096 0.022 0.290 0.239 0.296 62 A 0.079 0.022 0.075 0.021 0.225 0.347 0.231 63 S 0.144 0.009 0.032 0.008 0.224 0.321 0.262 64 S 0.439 0.017 0.007 0.003 0.105 0.024 0.405 65 L 0.778 0.011 0.003 0.002 0.051 0.007 0.148 66 F 0.946 0.008 0.002 0.002 0.006 0.003 0.033 67 L 0.956 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.031 68 G 0.945 0.003 0.002 0.003 0.008 0.004 0.035 69 K 0.895 0.004 0.003 0.004 0.014 0.006 0.073 70 W 0.727 0.015 0.007 0.007 0.050 0.023 0.171 71 H 0.414 0.013 0.017 0.012 0.173 0.049 0.323 72 E 0.192 0.011 0.027 0.009 0.246 0.122 0.394 73 G 0.114 0.017 0.030 0.015 0.216 0.166 0.441 74 V 0.099 0.048 0.017 0.015 0.209 0.044 0.568 75 E 0.055 0.033 0.005 0.022 0.133 0.014 0.738 76 V 0.005 0.001 0.060 0.817 0.030 0.037 0.050 77 S 0.003 0.001 0.046 0.881 0.013 0.042 0.014 78 E 0.002 0.001 0.041 0.914 0.007 0.023 0.011 79 V 0.005 0.002 0.012 0.944 0.008 0.016 0.012 80 A 0.008 0.001 0.011 0.935 0.008 0.026 0.012 81 E 0.013 0.001 0.019 0.905 0.006 0.044 0.013 82 A 0.009 0.001 0.027 0.879 0.012 0.052 0.019 83 A 0.032 0.010 0.048 0.785 0.020 0.070 0.035 84 L 0.039 0.004 0.076 0.566 0.052 0.195 0.068 85 R 0.020 0.002 0.044 0.355 0.101 0.414 0.064 86 S 0.040 0.005 0.031 0.101 0.209 0.310 0.306 87 R 0.077 0.006 0.021 0.015 0.322 0.166 0.392 88 K 0.104 0.004 0.015 0.005 0.423 0.213 0.237 89 V 0.553 0.015 0.013 0.003 0.065 0.042 0.309 90 A 0.907 0.003 0.002 0.001 0.007 0.003 0.078 91 W 0.969 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 92 L 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 93 I 0.913 0.003 0.001 0.001 0.009 0.005 0.069 94 Q 0.814 0.011 0.003 0.002 0.041 0.010 0.119 95 Y 0.494 0.005 0.002 0.001 0.179 0.009 0.308 96 P 0.291 0.005 0.014 0.003 0.296 0.036 0.355 97 P 0.614 0.007 0.008 0.002 0.074 0.012 0.284 98 I 0.930 0.002 0.002 0.001 0.018 0.003 0.044 99 I 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 100 H 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 101 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 102 A 0.896 0.005 0.001 0.001 0.011 0.004 0.082 103 C 0.455 0.018 0.003 0.001 0.074 0.020 0.429 104 R 0.058 0.026 0.003 0.001 0.474 0.030 0.408 105 N 0.018 0.016 0.001 0.004 0.610 0.009 0.342 106 I 0.001 0.003 0.040 0.801 0.047 0.050 0.057 107 G 0.001 0.001 0.025 0.913 0.019 0.036 0.007 108 A 0.001 0.001 0.022 0.951 0.003 0.019 0.004 109 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 0.002 110 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 113 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 114 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 117 N 0.001 0.001 0.006 0.963 0.002 0.026 0.002 118 T 0.001 0.001 0.008 0.885 0.009 0.093 0.004 119 A 0.001 0.001 0.011 0.541 0.029 0.398 0.020 120 G 0.002 0.004 0.008 0.091 0.059 0.750 0.086 121 F 0.027 0.015 0.021 0.051 0.154 0.084 0.648 122 R 0.159 0.025 0.089 0.089 0.181 0.048 0.409 123 R 0.230 0.037 0.135 0.140 0.100 0.108 0.251 124 S 0.253 0.019 0.100 0.096 0.114 0.181 0.238 125 G 0.311 0.016 0.040 0.030 0.156 0.154 0.292 126 V 0.498 0.026 0.020 0.016 0.096 0.057 0.287 127 I 0.554 0.048 0.015 0.014 0.063 0.033 0.274 128 S 0.289 0.022 0.020 0.016 0.104 0.087 0.462 129 L 0.148 0.030 0.021 0.014 0.267 0.103 0.417 130 S 0.097 0.009 0.022 0.008 0.327 0.218 0.319 131 N 0.180 0.012 0.012 0.004 0.322 0.124 0.346 132 Y 0.527 0.016 0.005 0.002 0.068 0.012 0.370 133 V 0.896 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.088 134 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 135 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 136 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 137 A 0.947 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.037 138 S 0.635 0.004 0.009 0.004 0.076 0.046 0.226 139 L 0.334 0.008 0.016 0.004 0.294 0.100 0.244 140 E 0.454 0.015 0.018 0.009 0.213 0.063 0.229 141 R 0.603 0.047 0.009 0.009 0.069 0.022 0.242 142 I 0.669 0.018 0.007 0.009 0.034 0.019 0.244 143 E 0.652 0.009 0.007 0.012 0.077 0.031 0.211 144 L 0.584 0.021 0.007 0.026 0.128 0.014 0.219 145 P 0.560 0.023 0.005 0.020 0.033 0.015 0.344 146 V 0.420 0.039 0.014 0.028 0.040 0.045 0.413 147 A 0.361 0.024 0.034 0.022 0.101 0.142 0.315 148 E 0.149 0.012 0.061 0.025 0.199 0.397 0.157 149 K 0.098 0.011 0.046 0.020 0.260 0.404 0.160 150 G 0.138 0.009 0.036 0.034 0.299 0.205 0.279 151 L 0.373 0.026 0.028 0.025 0.163 0.071 0.314 152 M 0.670 0.019 0.020 0.022 0.070 0.040 0.159 153 L 0.706 0.022 0.015 0.014 0.062 0.030 0.151 154 V 0.518 0.085 0.005 0.014 0.088 0.013 0.277 155 D 0.090 0.003 0.001 0.013 0.069 0.008 0.816 156 D 0.001 0.001 0.050 0.876 0.014 0.049 0.010 157 A 0.001 0.001 0.024 0.931 0.014 0.026 0.004 158 Y 0.001 0.001 0.014 0.963 0.002 0.017 0.003 159 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.003 160 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 162 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 165 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 166 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.017 0.001 167 N 0.001 0.001 0.001 0.975 0.003 0.019 0.003 168 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.008 0.004 169 K 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.008 0.004 170 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 171 L 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.012 0.002 172 K 0.001 0.001 0.001 0.963 0.002 0.032 0.002 173 G 0.001 0.001 0.002 0.933 0.004 0.056 0.006 174 K 0.001 0.001 0.003 0.937 0.009 0.041 0.009 175 E 0.001 0.001 0.007 0.926 0.013 0.039 0.014 176 K 0.001 0.001 0.007 0.920 0.008 0.052 0.013 177 L 0.001 0.001 0.003 0.965 0.007 0.016 0.009 178 G 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.002 179 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.009 0.002 180 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 181 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 182 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 184 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.008 0.002 185 E 0.001 0.001 0.002 0.953 0.004 0.038 0.003 186 S 0.001 0.001 0.003 0.905 0.006 0.077 0.009 187 L 0.001 0.002 0.005 0.881 0.025 0.040 0.046 188 Q 0.005 0.004 0.010 0.861 0.028 0.049 0.044 189 R 0.009 0.003 0.018 0.785 0.034 0.089 0.062 190 E 0.010 0.003 0.027 0.640 0.052 0.161 0.108 191 N 0.015 0.005 0.036 0.557 0.066 0.221 0.101 192 A 0.029 0.005 0.067 0.480 0.092 0.146 0.181 193 Y 0.050 0.019 0.082 0.370 0.126 0.144 0.210 194 C 0.055 0.019 0.033 0.209 0.155 0.132 0.398 195 S 0.038 0.016 0.019 0.131 0.020 0.144 0.631 196 D 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.982