# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8596 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.267 0.231 0.252 0.093 0.062 0.028 0.029 0.008 0.022 0.007 0.001 2 M 0.351 0.144 0.274 0.037 0.037 0.077 0.031 0.005 0.032 0.010 0.001 3 W 0.891 0.017 0.029 0.033 0.005 0.011 0.003 0.001 0.005 0.004 0.001 4 E 0.978 0.003 0.005 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 F 0.978 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.964 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.976 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.913 0.001 0.003 0.052 0.002 0.001 0.004 0.024 0.001 0.002 0.001 14 Y 0.907 0.004 0.029 0.050 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 L 0.909 0.009 0.022 0.046 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 16 E 0.943 0.007 0.022 0.022 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.863 0.006 0.029 0.086 0.001 0.007 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 18 K 0.707 0.033 0.104 0.106 0.009 0.010 0.015 0.003 0.009 0.004 0.001 19 N 0.602 0.031 0.087 0.133 0.009 0.040 0.072 0.010 0.013 0.003 0.001 20 Q 0.295 0.047 0.079 0.524 0.010 0.009 0.028 0.003 0.005 0.001 0.001 21 R 0.061 0.020 0.042 0.085 0.039 0.014 0.474 0.236 0.010 0.018 0.001 22 K 0.167 0.370 0.266 0.071 0.052 0.038 0.014 0.001 0.020 0.002 0.001 23 V 0.091 0.318 0.435 0.049 0.013 0.075 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 24 D 0.054 0.128 0.502 0.007 0.031 0.150 0.001 0.001 0.123 0.003 0.001 25 F 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.904 0.001 0.002 0.083 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 I 0.936 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.988 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.959 0.003 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.890 0.007 0.004 0.095 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 N 0.322 0.052 0.050 0.375 0.011 0.063 0.047 0.004 0.075 0.001 0.001 36 S 0.185 0.065 0.119 0.465 0.036 0.022 0.051 0.029 0.011 0.016 0.001 37 F 0.321 0.103 0.304 0.082 0.042 0.040 0.036 0.007 0.050 0.014 0.001 38 D 0.717 0.003 0.032 0.224 0.001 0.006 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 39 D 0.126 0.109 0.051 0.429 0.066 0.017 0.171 0.017 0.015 0.001 0.001 40 F 0.046 0.453 0.251 0.082 0.085 0.031 0.017 0.006 0.026 0.003 0.001 41 V 0.014 0.749 0.135 0.011 0.041 0.018 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 42 T 0.020 0.463 0.347 0.008 0.042 0.070 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 43 L 0.098 0.214 0.473 0.066 0.016 0.102 0.004 0.001 0.023 0.001 0.003 44 S 0.092 0.254 0.155 0.051 0.306 0.031 0.028 0.012 0.031 0.038 0.001 45 S 0.156 0.169 0.236 0.121 0.205 0.026 0.020 0.027 0.012 0.024 0.002 46 C 0.168 0.176 0.219 0.131 0.164 0.035 0.036 0.016 0.032 0.022 0.002 47 S 0.141 0.173 0.332 0.223 0.078 0.014 0.017 0.009 0.007 0.005 0.002 48 G 0.054 0.022 0.075 0.021 0.186 0.002 0.048 0.322 0.002 0.268 0.001 49 R 0.047 0.384 0.396 0.037 0.083 0.037 0.004 0.001 0.008 0.001 0.004 50 I 0.014 0.812 0.121 0.005 0.020 0.010 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 51 A 0.008 0.759 0.180 0.001 0.013 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 52 V 0.016 0.680 0.238 0.002 0.004 0.039 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 53 V 0.027 0.760 0.085 0.011 0.060 0.024 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 54 D 0.045 0.349 0.352 0.029 0.039 0.126 0.008 0.001 0.049 0.001 0.001 55 L 0.091 0.455 0.214 0.087 0.076 0.025 0.014 0.001 0.036 0.002 0.001 56 E 0.143 0.094 0.576 0.066 0.027 0.045 0.012 0.005 0.014 0.010 0.008 57 K 0.011 0.379 0.408 0.002 0.024 0.016 0.006 0.001 0.151 0.001 0.001 58 P 0.061 0.006 0.818 0.014 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 59 G 0.032 0.024 0.078 0.016 0.102 0.005 0.054 0.449 0.005 0.235 0.001 60 D 0.185 0.076 0.182 0.264 0.024 0.111 0.111 0.006 0.032 0.004 0.004 61 K 0.160 0.100 0.269 0.248 0.059 0.028 0.067 0.038 0.019 0.012 0.001 62 A 0.382 0.109 0.256 0.163 0.027 0.020 0.021 0.009 0.007 0.005 0.001 63 S 0.171 0.092 0.134 0.332 0.068 0.018 0.103 0.047 0.017 0.018 0.001 64 S 0.055 0.212 0.371 0.061 0.191 0.017 0.026 0.039 0.008 0.021 0.001 65 L 0.040 0.671 0.198 0.016 0.046 0.011 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 66 F 0.055 0.415 0.420 0.006 0.015 0.062 0.002 0.001 0.024 0.001 0.002 67 L 0.099 0.569 0.153 0.078 0.030 0.033 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 68 G 0.037 0.226 0.149 0.015 0.474 0.015 0.031 0.028 0.007 0.017 0.001 69 K 0.043 0.755 0.103 0.019 0.050 0.012 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 70 W 0.129 0.348 0.342 0.044 0.052 0.048 0.008 0.002 0.021 0.006 0.001 71 H 0.171 0.347 0.124 0.152 0.055 0.060 0.021 0.004 0.063 0.002 0.001 72 E 0.124 0.160 0.213 0.262 0.084 0.018 0.096 0.008 0.025 0.010 0.001 73 G 0.057 0.032 0.159 0.049 0.135 0.009 0.076 0.285 0.003 0.191 0.004 74 V 0.043 0.459 0.399 0.023 0.044 0.018 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 75 E 0.012 0.192 0.682 0.003 0.014 0.068 0.002 0.001 0.023 0.002 0.001 76 V 0.904 0.026 0.033 0.016 0.003 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 77 S 0.977 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.943 0.003 0.007 0.035 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 79 V 0.979 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.986 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.983 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.963 0.002 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.916 0.005 0.011 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.775 0.022 0.048 0.122 0.005 0.011 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 85 R 0.530 0.030 0.090 0.252 0.018 0.008 0.039 0.018 0.006 0.010 0.001 86 S 0.323 0.057 0.104 0.244 0.034 0.030 0.139 0.041 0.016 0.011 0.001 87 R 0.186 0.198 0.208 0.214 0.052 0.035 0.061 0.012 0.030 0.004 0.001 88 K 0.151 0.214 0.197 0.192 0.083 0.038 0.083 0.014 0.020 0.006 0.001 89 V 0.026 0.673 0.190 0.026 0.044 0.020 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 90 A 0.009 0.731 0.168 0.005 0.051 0.018 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 91 W 0.005 0.795 0.117 0.003 0.021 0.023 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 92 L 0.005 0.641 0.269 0.003 0.028 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 93 I 0.010 0.786 0.128 0.007 0.032 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 94 Q 0.013 0.543 0.267 0.019 0.107 0.025 0.007 0.001 0.015 0.003 0.001 95 Y 0.001 0.636 0.143 0.001 0.042 0.005 0.003 0.001 0.169 0.001 0.001 96 P 0.004 0.004 0.841 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.133 97 P 0.015 0.021 0.877 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 98 I 0.009 0.695 0.234 0.002 0.018 0.022 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 99 I 0.009 0.710 0.216 0.003 0.014 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 100 H 0.008 0.648 0.228 0.002 0.016 0.072 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 101 V 0.013 0.775 0.076 0.004 0.055 0.038 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 102 A 0.040 0.581 0.224 0.020 0.029 0.073 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 103 C 0.050 0.440 0.234 0.018 0.146 0.072 0.009 0.002 0.025 0.003 0.001 104 R 0.484 0.114 0.089 0.234 0.039 0.025 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 105 N 0.021 0.213 0.224 0.023 0.251 0.100 0.008 0.001 0.148 0.010 0.001 106 I 0.964 0.003 0.004 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 G 0.984 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 108 A 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.966 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 N 0.952 0.002 0.004 0.037 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.816 0.020 0.015 0.135 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 119 A 0.333 0.031 0.059 0.514 0.025 0.004 0.018 0.007 0.007 0.003 0.001 120 G 0.095 0.010 0.033 0.025 0.055 0.004 0.158 0.499 0.004 0.117 0.001 121 F 0.321 0.169 0.231 0.113 0.041 0.087 0.010 0.003 0.021 0.004 0.001 122 R 0.551 0.181 0.105 0.095 0.025 0.024 0.006 0.002 0.008 0.003 0.001 123 R 0.396 0.184 0.116 0.139 0.044 0.042 0.045 0.003 0.029 0.001 0.001 124 S 0.221 0.206 0.183 0.208 0.151 0.004 0.009 0.007 0.006 0.003 0.001 125 G 0.081 0.050 0.097 0.055 0.234 0.006 0.087 0.246 0.007 0.135 0.001 126 V 0.068 0.430 0.381 0.019 0.041 0.041 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 127 I 0.167 0.502 0.126 0.108 0.031 0.035 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 128 S 0.051 0.402 0.273 0.048 0.129 0.043 0.017 0.003 0.030 0.003 0.001 129 L 0.232 0.261 0.199 0.115 0.067 0.045 0.024 0.006 0.045 0.004 0.002 130 S 0.345 0.156 0.123 0.186 0.095 0.009 0.026 0.018 0.008 0.034 0.001 131 N 0.067 0.209 0.103 0.212 0.213 0.011 0.132 0.025 0.018 0.009 0.001 132 Y 0.011 0.524 0.349 0.011 0.070 0.015 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 133 V 0.006 0.778 0.172 0.001 0.017 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 134 V 0.007 0.811 0.118 0.004 0.019 0.022 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 135 E 0.005 0.746 0.168 0.001 0.042 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 136 I 0.021 0.769 0.100 0.005 0.026 0.047 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 137 A 0.035 0.526 0.259 0.021 0.059 0.055 0.007 0.001 0.036 0.001 0.001 138 S 0.063 0.254 0.162 0.070 0.351 0.032 0.023 0.010 0.019 0.014 0.001 139 L 0.174 0.268 0.202 0.124 0.156 0.024 0.016 0.010 0.017 0.009 0.001 140 E 0.213 0.305 0.213 0.134 0.082 0.017 0.015 0.004 0.012 0.005 0.001 141 R 0.118 0.419 0.215 0.092 0.064 0.031 0.023 0.004 0.032 0.001 0.001 142 I 0.026 0.610 0.218 0.024 0.049 0.028 0.006 0.001 0.038 0.001 0.001 143 E 0.041 0.328 0.520 0.016 0.016 0.052 0.006 0.001 0.017 0.001 0.003 144 L 0.014 0.632 0.203 0.002 0.022 0.023 0.003 0.001 0.100 0.001 0.001 145 P 0.031 0.040 0.859 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 146 V 0.144 0.381 0.291 0.056 0.025 0.069 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 147 A 0.156 0.300 0.274 0.045 0.152 0.023 0.011 0.009 0.011 0.019 0.001 148 E 0.284 0.309 0.165 0.114 0.046 0.028 0.011 0.004 0.034 0.005 0.001 149 K 0.092 0.087 0.204 0.354 0.030 0.012 0.181 0.009 0.023 0.007 0.001 150 G 0.008 0.004 0.029 0.013 0.026 0.003 0.217 0.650 0.001 0.048 0.001 151 L 0.040 0.517 0.343 0.025 0.038 0.019 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 152 M 0.028 0.408 0.407 0.010 0.013 0.073 0.007 0.001 0.053 0.001 0.001 153 L 0.031 0.361 0.518 0.010 0.013 0.055 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 154 V 0.050 0.542 0.243 0.060 0.045 0.040 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 155 D 0.005 0.176 0.545 0.001 0.151 0.059 0.001 0.001 0.052 0.011 0.001 156 D 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 A 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 Y 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 W 0.986 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 A 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 N 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 K 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 L 0.950 0.004 0.006 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 171 L 0.948 0.008 0.008 0.025 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 172 K 0.839 0.005 0.025 0.120 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 173 G 0.389 0.004 0.023 0.198 0.009 0.012 0.199 0.146 0.008 0.011 0.001 174 K 0.915 0.009 0.017 0.033 0.001 0.011 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 175 E 0.851 0.024 0.043 0.059 0.004 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 176 K 0.859 0.009 0.020 0.074 0.003 0.016 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 177 L 0.981 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 G 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 R 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.988 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 S 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 L 0.924 0.002 0.012 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 Q 0.940 0.007 0.011 0.025 0.001 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 189 R 0.901 0.027 0.026 0.033 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 190 E 0.848 0.015 0.027 0.096 0.002 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 191 N 0.442 0.033 0.055 0.262 0.018 0.027 0.119 0.019 0.023 0.002 0.001 192 A 0.556 0.096 0.143 0.120 0.031 0.017 0.019 0.005 0.009 0.002 0.001 193 Y 0.420 0.177 0.161 0.161 0.036 0.026 0.004 0.002 0.010 0.002 0.001 194 C 0.245 0.272 0.210 0.152 0.037 0.038 0.005 0.001 0.038 0.002 0.001 195 S 0.260 0.173 0.266 0.107 0.086 0.035 0.016 0.008 0.026 0.024 0.001 196 D 0.339 0.092 0.144 0.205 0.040 0.062 0.062 0.010 0.039 0.007 0.001