# TARGET T0245 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.205 0.122 0.048 0.182 0.023 0.020 0.122 0.049 0.085 0.053 2 M 0.090 0.297 0.115 0.013 0.158 0.006 0.009 0.187 0.044 0.036 0.044 3 W 0.026 0.047 0.020 0.011 0.043 0.011 0.008 0.657 0.130 0.031 0.015 4 E 0.012 0.017 0.008 0.004 0.015 0.004 0.007 0.839 0.078 0.009 0.006 5 Q 0.003 0.009 0.006 0.003 0.004 0.004 0.006 0.887 0.055 0.021 0.004 6 F 0.005 0.017 0.004 0.002 0.007 0.001 0.003 0.900 0.045 0.012 0.003 7 K 0.002 0.013 0.004 0.002 0.004 0.002 0.003 0.911 0.050 0.009 0.001 8 K 0.001 0.007 0.004 0.002 0.004 0.005 0.006 0.913 0.047 0.008 0.001 9 E 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.003 0.008 0.910 0.050 0.011 0.005 10 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.880 0.084 0.015 0.003 11 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.785 0.168 0.029 0.001 12 R 0.003 0.025 0.005 0.002 0.010 0.006 0.034 0.795 0.111 0.007 0.002 13 G 0.008 0.007 0.002 0.001 0.009 0.004 0.022 0.380 0.152 0.398 0.018 14 Y 0.082 0.058 0.014 0.002 0.128 0.004 0.016 0.365 0.171 0.110 0.050 15 L 0.009 0.014 0.004 0.005 0.015 0.012 0.043 0.598 0.263 0.031 0.006 16 E 0.015 0.024 0.015 0.008 0.033 0.010 0.037 0.409 0.212 0.222 0.013 17 A 0.045 0.082 0.026 0.011 0.104 0.009 0.026 0.271 0.189 0.207 0.029 18 K 0.045 0.202 0.157 0.021 0.117 0.011 0.044 0.259 0.096 0.031 0.016 19 N 0.029 0.053 0.035 0.017 0.054 0.030 0.098 0.394 0.173 0.102 0.017 20 Q 0.024 0.236 0.064 0.036 0.127 0.041 0.109 0.197 0.103 0.051 0.010 21 R 0.012 0.019 0.025 0.066 0.014 0.035 0.025 0.071 0.117 0.535 0.081 22 K 0.047 0.296 0.251 0.015 0.159 0.004 0.021 0.058 0.041 0.079 0.028 23 V 0.048 0.414 0.189 0.012 0.144 0.007 0.011 0.038 0.029 0.071 0.036 24 D 0.051 0.373 0.123 0.014 0.309 0.005 0.010 0.056 0.035 0.010 0.014 25 F 0.001 0.004 0.003 0.005 0.002 0.012 0.014 0.474 0.472 0.014 0.001 26 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.678 0.226 0.065 0.002 27 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.315 0.289 0.004 28 V 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.828 0.153 0.002 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.910 0.070 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.871 0.097 0.015 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.823 0.156 0.015 0.002 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.851 0.131 0.002 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.842 0.079 0.014 0.001 34 I 0.005 0.010 0.003 0.003 0.012 0.009 0.100 0.616 0.192 0.047 0.003 35 N 0.047 0.034 0.008 0.007 0.047 0.008 0.061 0.341 0.215 0.194 0.036 36 S 0.038 0.066 0.024 0.018 0.052 0.018 0.045 0.172 0.148 0.374 0.045 37 F 0.126 0.207 0.063 0.020 0.232 0.016 0.026 0.073 0.076 0.085 0.075 38 D 0.021 0.053 0.016 0.035 0.035 0.116 0.248 0.191 0.210 0.058 0.016 39 D 0.072 0.035 0.022 0.029 0.079 0.015 0.032 0.076 0.125 0.417 0.099 40 F 0.233 0.167 0.020 0.007 0.431 0.007 0.011 0.021 0.022 0.035 0.046 41 V 0.263 0.089 0.014 0.006 0.500 0.004 0.008 0.012 0.009 0.020 0.075 42 T 0.294 0.105 0.024 0.014 0.383 0.012 0.018 0.018 0.014 0.037 0.080 43 L 0.209 0.153 0.030 0.018 0.422 0.012 0.015 0.028 0.031 0.038 0.043 44 S 0.233 0.075 0.021 0.027 0.239 0.042 0.041 0.066 0.092 0.069 0.096 45 S 0.146 0.152 0.054 0.031 0.266 0.018 0.023 0.037 0.052 0.136 0.084 46 C 0.219 0.097 0.041 0.028 0.248 0.022 0.033 0.034 0.033 0.121 0.124 47 S 0.071 0.089 0.064 0.096 0.093 0.116 0.192 0.066 0.075 0.096 0.042 48 G 0.025 0.122 0.210 0.375 0.070 0.036 0.013 0.020 0.019 0.087 0.022 49 R 0.191 0.164 0.018 0.002 0.574 0.002 0.009 0.012 0.006 0.008 0.015 50 I 0.308 0.061 0.006 0.002 0.587 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 51 A 0.168 0.103 0.009 0.001 0.693 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.018 52 V 0.361 0.058 0.005 0.001 0.509 0.002 0.002 0.004 0.002 0.008 0.049 53 V 0.236 0.152 0.028 0.012 0.486 0.008 0.006 0.014 0.006 0.010 0.043 54 D 0.214 0.131 0.050 0.019 0.345 0.022 0.025 0.028 0.019 0.061 0.086 55 L 0.113 0.311 0.178 0.036 0.245 0.008 0.012 0.019 0.015 0.022 0.042 56 E 0.090 0.211 0.118 0.053 0.155 0.039 0.053 0.074 0.073 0.086 0.047 57 K 0.074 0.284 0.225 0.041 0.188 0.020 0.034 0.058 0.029 0.023 0.024 58 P 0.069 0.099 0.045 0.051 0.101 0.103 0.160 0.140 0.096 0.103 0.033 59 G 0.069 0.109 0.202 0.165 0.096 0.045 0.033 0.060 0.047 0.110 0.066 60 D 0.045 0.106 0.073 0.082 0.072 0.085 0.099 0.152 0.123 0.128 0.035 61 K 0.048 0.139 0.237 0.152 0.083 0.054 0.039 0.064 0.042 0.100 0.041 62 A 0.050 0.124 0.083 0.071 0.094 0.101 0.129 0.127 0.086 0.105 0.030 63 S 0.075 0.047 0.050 0.113 0.053 0.044 0.046 0.038 0.062 0.319 0.154 64 S 0.128 0.282 0.121 0.037 0.257 0.006 0.005 0.011 0.012 0.071 0.070 65 L 0.082 0.357 0.069 0.007 0.444 0.005 0.009 0.009 0.004 0.005 0.007 66 F 0.469 0.046 0.004 0.001 0.441 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.031 67 L 0.189 0.124 0.017 0.027 0.458 0.058 0.042 0.016 0.005 0.016 0.049 68 G 0.280 0.138 0.023 0.003 0.478 0.002 0.003 0.008 0.004 0.010 0.051 69 K 0.243 0.147 0.026 0.010 0.408 0.013 0.013 0.024 0.015 0.031 0.071 70 W 0.255 0.090 0.028 0.022 0.375 0.014 0.019 0.026 0.018 0.050 0.104 71 H 0.083 0.176 0.068 0.067 0.175 0.034 0.042 0.071 0.104 0.142 0.039 72 E 0.045 0.245 0.217 0.040 0.162 0.021 0.054 0.083 0.076 0.038 0.019 73 G 0.157 0.236 0.081 0.004 0.223 0.005 0.010 0.027 0.056 0.124 0.079 74 V 0.075 0.383 0.128 0.011 0.259 0.012 0.030 0.023 0.021 0.031 0.026 75 E 0.018 0.598 0.294 0.004 0.071 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 76 V 0.020 0.014 0.005 0.004 0.046 0.006 0.007 0.530 0.341 0.019 0.008 77 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.812 0.160 0.007 0.001 78 E 0.003 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.011 0.810 0.084 0.074 0.003 79 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.874 0.090 0.018 0.002 80 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.844 0.128 0.007 0.002 81 E 0.002 0.006 0.003 0.002 0.006 0.003 0.014 0.824 0.123 0.016 0.002 82 A 0.008 0.008 0.005 0.003 0.010 0.003 0.046 0.755 0.115 0.042 0.004 83 A 0.030 0.021 0.004 0.002 0.035 0.007 0.043 0.547 0.206 0.085 0.020 84 L 0.022 0.077 0.022 0.023 0.052 0.031 0.075 0.457 0.166 0.064 0.012 85 R 0.026 0.098 0.053 0.041 0.050 0.056 0.127 0.213 0.124 0.182 0.028 86 S 0.131 0.051 0.036 0.023 0.091 0.021 0.035 0.098 0.102 0.266 0.146 87 R 0.085 0.164 0.051 0.058 0.136 0.048 0.063 0.093 0.129 0.118 0.055 88 K 0.031 0.085 0.078 0.186 0.072 0.075 0.087 0.106 0.105 0.147 0.027 89 V 0.265 0.147 0.024 0.005 0.426 0.004 0.006 0.015 0.022 0.036 0.050 90 A 0.237 0.083 0.006 0.002 0.641 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.023 91 W 0.318 0.042 0.005 0.002 0.582 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.037 92 L 0.195 0.182 0.013 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 93 I 0.412 0.056 0.009 0.002 0.409 0.003 0.003 0.003 0.002 0.011 0.090 94 Q 0.167 0.237 0.118 0.033 0.351 0.011 0.012 0.008 0.007 0.016 0.039 95 Y 0.047 0.234 0.191 0.112 0.124 0.069 0.101 0.039 0.037 0.028 0.019 96 P 0.105 0.289 0.170 0.016 0.322 0.009 0.016 0.013 0.014 0.018 0.027 97 P 0.170 0.193 0.035 0.006 0.516 0.003 0.006 0.008 0.009 0.017 0.038 98 I 0.249 0.099 0.008 0.003 0.587 0.004 0.008 0.007 0.003 0.005 0.027 99 I 0.186 0.079 0.004 0.003 0.666 0.005 0.008 0.008 0.003 0.010 0.028 100 H 0.293 0.055 0.007 0.002 0.588 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.043 101 V 0.208 0.199 0.012 0.003 0.519 0.006 0.004 0.012 0.007 0.005 0.025 102 A 0.205 0.091 0.020 0.002 0.364 0.003 0.007 0.008 0.011 0.088 0.200 103 C 0.275 0.210 0.029 0.002 0.361 0.001 0.003 0.006 0.007 0.021 0.084 104 R 0.017 0.063 0.029 0.027 0.073 0.199 0.266 0.146 0.088 0.078 0.015 105 N 0.057 0.503 0.317 0.005 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 106 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.597 0.364 0.025 0.002 107 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.899 0.085 0.003 0.001 108 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.832 0.118 0.045 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.066 0.003 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.945 0.049 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.035 0.002 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.060 0.002 0.001 113 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.061 0.001 0.001 114 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.956 0.032 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.032 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.072 0.004 0.001 117 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.831 0.146 0.004 0.001 118 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.109 0.807 0.057 0.012 0.001 119 A 0.004 0.612 0.287 0.011 0.043 0.003 0.005 0.012 0.007 0.015 0.002 120 G 0.102 0.039 0.024 0.033 0.037 0.012 0.018 0.058 0.030 0.329 0.320 121 F 0.100 0.211 0.043 0.009 0.229 0.015 0.022 0.173 0.104 0.058 0.035 122 R 0.067 0.140 0.059 0.055 0.131 0.065 0.087 0.197 0.107 0.054 0.038 123 R 0.265 0.076 0.042 0.014 0.212 0.025 0.048 0.114 0.071 0.075 0.058 124 S 0.062 0.244 0.100 0.050 0.160 0.023 0.039 0.092 0.093 0.103 0.034 125 G 0.078 0.117 0.147 0.119 0.129 0.031 0.015 0.058 0.048 0.177 0.081 126 V 0.241 0.134 0.021 0.003 0.383 0.005 0.012 0.084 0.048 0.030 0.037 127 I 0.160 0.147 0.032 0.016 0.254 0.033 0.065 0.146 0.063 0.038 0.046 128 S 0.238 0.114 0.065 0.028 0.246 0.015 0.016 0.059 0.043 0.091 0.085 129 L 0.056 0.082 0.109 0.174 0.089 0.088 0.044 0.124 0.093 0.108 0.033 130 S 0.005 0.036 0.029 0.112 0.012 0.207 0.389 0.126 0.056 0.025 0.003 131 N 0.052 0.047 0.038 0.034 0.065 0.010 0.016 0.062 0.093 0.455 0.128 132 Y 0.105 0.311 0.035 0.002 0.512 0.001 0.003 0.007 0.005 0.009 0.010 133 V 0.381 0.037 0.004 0.001 0.530 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.039 134 V 0.208 0.135 0.009 0.005 0.602 0.005 0.004 0.003 0.001 0.003 0.025 135 E 0.314 0.064 0.006 0.001 0.582 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.025 136 I 0.384 0.087 0.010 0.003 0.452 0.007 0.005 0.007 0.002 0.003 0.039 137 A 0.269 0.090 0.022 0.036 0.269 0.036 0.019 0.013 0.009 0.052 0.185 138 S 0.066 0.278 0.183 0.142 0.169 0.028 0.022 0.029 0.020 0.034 0.028 139 L 0.115 0.171 0.078 0.041 0.177 0.021 0.031 0.070 0.089 0.145 0.063 140 E 0.092 0.185 0.071 0.047 0.233 0.047 0.081 0.095 0.085 0.035 0.029 141 R 0.298 0.100 0.026 0.008 0.308 0.010 0.013 0.019 0.028 0.069 0.122 142 I 0.219 0.186 0.015 0.002 0.516 0.002 0.003 0.006 0.006 0.011 0.033 143 E 0.368 0.032 0.008 0.006 0.277 0.012 0.034 0.027 0.029 0.090 0.116 144 L 0.041 0.382 0.320 0.041 0.193 0.003 0.002 0.004 0.003 0.005 0.007 145 P 0.181 0.298 0.084 0.007 0.360 0.005 0.006 0.020 0.006 0.006 0.027 146 V 0.121 0.114 0.027 0.028 0.201 0.066 0.092 0.099 0.082 0.106 0.064 147 A 0.113 0.171 0.196 0.123 0.142 0.030 0.028 0.048 0.035 0.057 0.056 148 E 0.060 0.086 0.084 0.098 0.074 0.129 0.096 0.157 0.091 0.091 0.034 149 K 0.027 0.140 0.078 0.188 0.067 0.091 0.101 0.097 0.082 0.099 0.031 150 G 0.033 0.028 0.033 0.082 0.038 0.019 0.015 0.043 0.084 0.513 0.110 151 L 0.064 0.427 0.061 0.007 0.316 0.007 0.017 0.034 0.035 0.021 0.011 152 M 0.206 0.156 0.032 0.004 0.481 0.005 0.008 0.017 0.014 0.017 0.059 153 L 0.279 0.133 0.030 0.003 0.327 0.004 0.013 0.015 0.013 0.065 0.118 154 V 0.053 0.384 0.176 0.016 0.237 0.010 0.013 0.014 0.011 0.051 0.035 155 D 0.005 0.504 0.446 0.011 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.637 0.350 0.004 0.001 157 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.885 0.108 0.002 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.845 0.118 0.035 0.001 159 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.060 0.001 0.001 160 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.046 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.031 0.001 0.001 162 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.054 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.044 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.028 0.001 0.001 165 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.958 0.022 0.003 0.001 166 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.916 0.066 0.006 0.001 167 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.916 0.065 0.006 0.001 168 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.937 0.038 0.005 0.002 169 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.896 0.066 0.020 0.001 170 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.901 0.074 0.008 0.001 171 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.906 0.066 0.005 0.001 172 K 0.001 0.013 0.008 0.004 0.005 0.011 0.090 0.791 0.056 0.019 0.002 173 G 0.016 0.007 0.006 0.003 0.007 0.002 0.008 0.707 0.080 0.126 0.037 174 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.819 0.147 0.010 0.002 175 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.907 0.069 0.003 0.001 176 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.819 0.119 0.051 0.001 177 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.888 0.091 0.008 0.001 178 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.931 0.056 0.001 0.001 179 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.057 0.009 0.001 180 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.069 0.005 0.001 181 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.050 0.001 0.001 182 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.960 0.028 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.938 0.043 0.009 0.001 184 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.089 0.010 0.001 185 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.927 0.054 0.003 0.001 186 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.865 0.073 0.047 0.002 187 L 0.004 0.006 0.003 0.001 0.007 0.003 0.010 0.843 0.097 0.022 0.004 188 Q 0.005 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.811 0.127 0.018 0.005 189 R 0.002 0.006 0.003 0.003 0.005 0.005 0.029 0.770 0.134 0.041 0.002 190 E 0.017 0.125 0.043 0.012 0.066 0.014 0.074 0.484 0.106 0.050 0.010 191 N 0.069 0.070 0.019 0.009 0.085 0.011 0.048 0.280 0.132 0.203 0.076 192 A 0.054 0.057 0.022 0.014 0.090 0.028 0.076 0.305 0.148 0.147 0.059 193 Y 0.072 0.077 0.019 0.012 0.164 0.021 0.062 0.270 0.127 0.133 0.042 194 C 0.102 0.127 0.048 0.019 0.197 0.020 0.041 0.171 0.102 0.128 0.044 195 S 0.049 0.161 0.075 0.032 0.136 0.028 0.063 0.216 0.112 0.098 0.029 196 D 0.084 0.110 0.065 0.025 0.165 0.017 0.034 0.173 0.127 0.151 0.047