# TARGET T0245 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.855 0.124 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 2 M 0.709 0.210 0.058 0.018 0.004 0.001 0.001 3 W 0.438 0.238 0.156 0.122 0.041 0.005 0.001 4 E 0.649 0.254 0.074 0.020 0.003 0.001 0.001 5 Q 0.818 0.159 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 6 F 0.350 0.331 0.192 0.096 0.027 0.004 0.001 7 K 0.252 0.187 0.200 0.232 0.112 0.017 0.001 8 K 0.290 0.418 0.225 0.059 0.007 0.001 0.001 9 E 0.353 0.500 0.125 0.020 0.002 0.001 0.001 10 K 0.149 0.220 0.261 0.275 0.089 0.007 0.001 11 L 0.101 0.131 0.196 0.362 0.189 0.020 0.001 12 R 0.450 0.422 0.107 0.020 0.002 0.001 0.001 13 G 0.474 0.388 0.115 0.021 0.003 0.001 0.001 14 Y 0.099 0.166 0.227 0.313 0.170 0.025 0.001 15 L 0.271 0.301 0.246 0.148 0.033 0.002 0.001 16 E 0.649 0.278 0.058 0.013 0.002 0.001 0.001 17 A 0.590 0.262 0.099 0.040 0.007 0.001 0.001 18 K 0.611 0.229 0.102 0.044 0.011 0.001 0.001 19 N 0.707 0.215 0.056 0.018 0.003 0.001 0.001 20 Q 0.595 0.291 0.083 0.026 0.004 0.001 0.001 21 R 0.388 0.328 0.171 0.087 0.022 0.003 0.001 22 K 0.245 0.395 0.232 0.100 0.024 0.003 0.001 23 V 0.050 0.086 0.142 0.309 0.304 0.105 0.005 24 D 0.053 0.175 0.283 0.311 0.153 0.024 0.001 25 F 0.214 0.380 0.244 0.118 0.036 0.007 0.001 26 D 0.080 0.223 0.284 0.284 0.110 0.018 0.001 27 I 0.023 0.042 0.059 0.161 0.364 0.322 0.029 28 V 0.029 0.168 0.283 0.311 0.170 0.036 0.002 29 E 0.080 0.398 0.329 0.152 0.034 0.006 0.001 30 L 0.008 0.023 0.071 0.212 0.401 0.267 0.018 31 L 0.007 0.021 0.042 0.144 0.343 0.388 0.054 32 D 0.053 0.245 0.306 0.247 0.108 0.036 0.005 33 L 0.051 0.151 0.241 0.298 0.184 0.070 0.006 34 I 0.011 0.029 0.048 0.142 0.319 0.397 0.054 35 N 0.036 0.102 0.190 0.273 0.274 0.112 0.011 36 S 0.095 0.272 0.312 0.225 0.080 0.016 0.001 37 F 0.116 0.189 0.211 0.286 0.162 0.033 0.002 38 D 0.236 0.400 0.221 0.104 0.031 0.008 0.001 39 D 0.178 0.342 0.219 0.155 0.080 0.024 0.003 40 F 0.023 0.078 0.143 0.274 0.304 0.152 0.026 41 V 0.023 0.038 0.058 0.139 0.266 0.356 0.120 42 T 0.041 0.066 0.083 0.127 0.178 0.277 0.227 43 L 0.032 0.057 0.082 0.128 0.151 0.263 0.287 44 S 0.020 0.041 0.053 0.098 0.171 0.289 0.327 45 S 0.022 0.051 0.054 0.109 0.195 0.273 0.298 46 C 0.013 0.036 0.067 0.123 0.165 0.291 0.304 47 S 0.010 0.030 0.059 0.123 0.203 0.268 0.307 48 G 0.009 0.023 0.043 0.085 0.128 0.305 0.408 49 R 0.008 0.018 0.034 0.085 0.187 0.295 0.373 50 I 0.002 0.004 0.016 0.034 0.084 0.322 0.537 51 A 0.002 0.008 0.017 0.053 0.119 0.349 0.451 52 V 0.002 0.003 0.011 0.030 0.090 0.396 0.468 53 V 0.004 0.010 0.019 0.073 0.226 0.501 0.168 54 D 0.022 0.077 0.188 0.299 0.276 0.118 0.019 55 L 0.040 0.113 0.169 0.240 0.277 0.148 0.014 56 E 0.121 0.242 0.266 0.238 0.105 0.027 0.002 57 K 0.275 0.297 0.209 0.144 0.061 0.013 0.001 58 P 0.470 0.297 0.146 0.065 0.019 0.004 0.001 59 G 0.457 0.263 0.146 0.097 0.032 0.006 0.001 60 D 0.634 0.248 0.084 0.028 0.006 0.001 0.001 61 K 0.537 0.247 0.126 0.068 0.020 0.002 0.001 62 A 0.506 0.291 0.126 0.061 0.014 0.002 0.001 63 S 0.323 0.438 0.172 0.055 0.011 0.001 0.001 64 S 0.018 0.065 0.141 0.321 0.330 0.118 0.007 65 L 0.012 0.083 0.191 0.321 0.266 0.119 0.008 66 F 0.004 0.010 0.028 0.099 0.269 0.473 0.116 67 L 0.004 0.011 0.034 0.100 0.253 0.480 0.119 68 G 0.003 0.014 0.047 0.132 0.285 0.428 0.091 69 K 0.012 0.061 0.155 0.255 0.278 0.196 0.042 70 W 0.028 0.101 0.168 0.244 0.278 0.159 0.023 71 H 0.031 0.112 0.219 0.294 0.238 0.096 0.009 72 E 0.116 0.257 0.251 0.239 0.109 0.027 0.002 73 G 0.339 0.347 0.188 0.090 0.029 0.007 0.001 74 V 0.170 0.214 0.233 0.227 0.123 0.031 0.002 75 E 0.381 0.389 0.148 0.060 0.019 0.004 0.001 76 V 0.151 0.267 0.296 0.212 0.064 0.010 0.001 77 S 0.716 0.237 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 78 E 0.209 0.429 0.250 0.090 0.020 0.003 0.001 79 V 0.026 0.051 0.119 0.308 0.386 0.107 0.003 80 A 0.056 0.209 0.334 0.288 0.099 0.013 0.001 81 E 0.328 0.469 0.147 0.043 0.011 0.002 0.001 82 A 0.052 0.179 0.299 0.315 0.131 0.023 0.001 83 A 0.034 0.061 0.139 0.342 0.327 0.094 0.002 84 L 0.303 0.382 0.199 0.090 0.022 0.003 0.001 85 R 0.618 0.268 0.082 0.027 0.005 0.001 0.001 86 S 0.637 0.250 0.080 0.028 0.005 0.001 0.001 87 R 0.458 0.331 0.139 0.055 0.015 0.002 0.001 88 K 0.279 0.404 0.203 0.093 0.018 0.002 0.001 89 V 0.034 0.203 0.326 0.311 0.109 0.016 0.001 90 A 0.004 0.011 0.032 0.132 0.414 0.378 0.028 91 W 0.004 0.033 0.112 0.275 0.343 0.213 0.020 92 L 0.001 0.003 0.008 0.042 0.155 0.530 0.261 93 I 0.006 0.035 0.075 0.158 0.280 0.306 0.139 94 Q 0.007 0.024 0.041 0.094 0.179 0.391 0.265 95 Y 0.004 0.018 0.045 0.104 0.228 0.387 0.215 96 P 0.004 0.021 0.057 0.147 0.211 0.367 0.193 97 P 0.011 0.034 0.063 0.103 0.201 0.352 0.235 98 I 0.007 0.019 0.051 0.121 0.210 0.337 0.254 99 I 0.002 0.007 0.020 0.049 0.132 0.476 0.313 100 H 0.008 0.042 0.089 0.253 0.313 0.236 0.058 101 V 0.002 0.008 0.019 0.052 0.191 0.572 0.156 102 A 0.002 0.024 0.109 0.408 0.341 0.108 0.008 103 C 0.006 0.028 0.062 0.140 0.378 0.350 0.036 104 R 0.048 0.229 0.270 0.303 0.114 0.033 0.003 105 N 0.070 0.299 0.257 0.224 0.114 0.033 0.004 106 I 0.011 0.088 0.271 0.316 0.237 0.074 0.003 107 G 0.096 0.393 0.275 0.169 0.055 0.012 0.001 108 A 0.021 0.120 0.266 0.288 0.221 0.076 0.009 109 A 0.001 0.011 0.039 0.149 0.438 0.336 0.026 110 K 0.005 0.115 0.314 0.384 0.153 0.029 0.002 111 L 0.012 0.095 0.254 0.365 0.199 0.064 0.012 112 L 0.002 0.004 0.005 0.017 0.117 0.554 0.302 113 M 0.001 0.002 0.018 0.150 0.411 0.361 0.058 114 N 0.005 0.091 0.282 0.345 0.196 0.065 0.016 115 A 0.004 0.012 0.024 0.082 0.281 0.427 0.170 116 A 0.001 0.002 0.003 0.014 0.080 0.468 0.433 117 N 0.011 0.074 0.173 0.262 0.178 0.173 0.129 118 T 0.029 0.092 0.123 0.202 0.180 0.191 0.184 119 A 0.002 0.006 0.013 0.055 0.196 0.376 0.352 120 G 0.005 0.019 0.041 0.086 0.195 0.311 0.342 121 F 0.006 0.015 0.034 0.072 0.118 0.281 0.473 122 R 0.016 0.036 0.055 0.117 0.195 0.281 0.300 123 R 0.030 0.029 0.051 0.100 0.191 0.289 0.312 124 S 0.023 0.029 0.057 0.101 0.148 0.276 0.365 125 G 0.047 0.075 0.092 0.159 0.203 0.237 0.186 126 V 0.045 0.057 0.069 0.124 0.178 0.269 0.258 127 I 0.098 0.132 0.129 0.171 0.196 0.190 0.085 128 S 0.113 0.139 0.156 0.194 0.189 0.155 0.053 129 L 0.139 0.158 0.145 0.189 0.189 0.144 0.038 130 S 0.218 0.318 0.244 0.146 0.055 0.017 0.002 131 N 0.124 0.261 0.239 0.193 0.128 0.048 0.007 132 Y 0.013 0.038 0.088 0.221 0.338 0.257 0.045 133 V 0.007 0.022 0.057 0.136 0.263 0.386 0.128 134 V 0.001 0.001 0.003 0.015 0.054 0.326 0.601 135 E 0.003 0.008 0.020 0.071 0.165 0.321 0.412 136 I 0.002 0.003 0.006 0.015 0.064 0.302 0.607 137 A 0.004 0.010 0.021 0.061 0.140 0.375 0.389 138 S 0.006 0.024 0.051 0.116 0.184 0.362 0.257 139 L 0.008 0.030 0.069 0.146 0.227 0.338 0.183 140 E 0.010 0.036 0.063 0.139 0.288 0.337 0.127 141 R 0.012 0.043 0.093 0.169 0.266 0.273 0.144 142 I 0.008 0.019 0.038 0.089 0.161 0.395 0.291 143 E 0.024 0.046 0.083 0.168 0.260 0.323 0.097 144 L 0.014 0.024 0.043 0.093 0.194 0.443 0.189 145 P 0.026 0.050 0.093 0.185 0.265 0.302 0.079 146 V 0.022 0.041 0.080 0.199 0.336 0.281 0.041 147 A 0.079 0.244 0.280 0.240 0.122 0.032 0.004 148 E 0.189 0.258 0.263 0.201 0.071 0.016 0.002 149 K 0.482 0.327 0.122 0.046 0.017 0.005 0.001 150 G 0.178 0.230 0.231 0.223 0.112 0.025 0.002 151 L 0.240 0.313 0.233 0.137 0.057 0.018 0.002 152 M 0.047 0.110 0.158 0.286 0.247 0.140 0.010 153 L 0.020 0.050 0.100 0.190 0.321 0.295 0.024 154 V 0.017 0.054 0.130 0.296 0.351 0.140 0.012 155 D 0.108 0.361 0.316 0.164 0.043 0.008 0.001 156 D 0.200 0.400 0.257 0.110 0.028 0.004 0.001 157 A 0.310 0.508 0.144 0.032 0.006 0.001 0.001 158 Y 0.005 0.031 0.138 0.327 0.373 0.120 0.007 159 L 0.003 0.017 0.050 0.152 0.370 0.377 0.031 160 S 0.013 0.174 0.346 0.318 0.123 0.025 0.001 161 Y 0.012 0.076 0.243 0.377 0.220 0.070 0.003 162 V 0.002 0.004 0.005 0.022 0.160 0.650 0.158 163 V 0.001 0.005 0.027 0.139 0.360 0.401 0.067 164 R 0.019 0.219 0.416 0.259 0.072 0.014 0.001 165 W 0.014 0.060 0.177 0.398 0.288 0.060 0.002 166 A 0.007 0.012 0.013 0.044 0.213 0.600 0.111 167 N 0.025 0.102 0.199 0.352 0.252 0.067 0.003 168 E 0.147 0.508 0.247 0.079 0.017 0.002 0.001 169 K 0.065 0.163 0.288 0.335 0.128 0.021 0.001 170 L 0.043 0.104 0.165 0.319 0.294 0.073 0.002 171 L 0.326 0.388 0.190 0.075 0.019 0.003 0.001 172 K 0.505 0.387 0.084 0.020 0.003 0.001 0.001 173 G 0.151 0.275 0.309 0.203 0.056 0.006 0.001 174 K 0.277 0.326 0.233 0.125 0.036 0.004 0.001 175 E 0.422 0.431 0.115 0.027 0.004 0.001 0.001 176 K 0.028 0.092 0.183 0.336 0.283 0.075 0.002 177 L 0.013 0.065 0.173 0.305 0.324 0.116 0.004 178 G 0.151 0.510 0.260 0.068 0.010 0.001 0.001 179 R 0.027 0.163 0.343 0.364 0.093 0.009 0.001 180 L 0.007 0.008 0.012 0.063 0.347 0.527 0.036 181 Q 0.012 0.091 0.271 0.394 0.203 0.027 0.001 182 E 0.071 0.531 0.318 0.070 0.009 0.001 0.001 183 A 0.005 0.028 0.154 0.455 0.309 0.048 0.001 184 L 0.021 0.045 0.063 0.218 0.446 0.200 0.006 185 E 0.249 0.531 0.181 0.034 0.005 0.001 0.001 186 S 0.378 0.444 0.148 0.027 0.003 0.001 0.001 187 L 0.113 0.185 0.272 0.312 0.109 0.008 0.001 188 Q 0.461 0.318 0.167 0.048 0.006 0.001 0.001 189 R 0.820 0.151 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 190 E 0.545 0.280 0.118 0.044 0.011 0.001 0.001 191 N 0.649 0.210 0.095 0.038 0.007 0.001 0.001 192 A 0.703 0.197 0.069 0.024 0.006 0.001 0.001 193 Y 0.646 0.230 0.079 0.035 0.009 0.001 0.001 194 C 0.519 0.227 0.138 0.088 0.025 0.003 0.001 195 S 0.778 0.161 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 196 D 0.849 0.112 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001