# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.5039 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.003 0.003 0.119 0.083 0.785 2 M 0.012 0.008 0.006 0.634 0.057 0.283 3 W 0.007 0.003 0.004 0.862 0.030 0.094 4 E 0.002 0.001 0.003 0.969 0.009 0.015 5 Q 0.002 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 6 F 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.004 7 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 8 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 9 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 10 K 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 11 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.002 12 R 0.001 0.001 0.015 0.966 0.012 0.006 13 G 0.001 0.001 0.033 0.846 0.047 0.072 14 Y 0.004 0.004 0.079 0.710 0.106 0.097 15 L 0.009 0.004 0.092 0.704 0.102 0.089 16 E 0.012 0.005 0.082 0.722 0.117 0.062 17 A 0.003 0.001 0.076 0.801 0.091 0.027 18 K 0.001 0.001 0.094 0.791 0.080 0.034 19 N 0.002 0.004 0.087 0.667 0.148 0.092 20 Q 0.006 0.006 0.082 0.372 0.289 0.245 21 R 0.018 0.007 0.021 0.081 0.264 0.609 22 K 0.089 0.071 0.020 0.075 0.250 0.494 23 V 0.100 0.091 0.014 0.112 0.229 0.453 24 D 0.041 0.016 0.015 0.192 0.288 0.449 25 F 0.002 0.001 0.073 0.828 0.069 0.027 26 D 0.002 0.001 0.118 0.797 0.055 0.028 27 I 0.002 0.002 0.068 0.903 0.017 0.008 28 V 0.004 0.004 0.022 0.919 0.023 0.028 29 E 0.005 0.002 0.013 0.928 0.027 0.025 30 L 0.004 0.001 0.013 0.956 0.018 0.009 31 L 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 32 D 0.001 0.001 0.010 0.982 0.007 0.001 33 L 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.002 34 I 0.002 0.001 0.005 0.963 0.014 0.016 35 N 0.009 0.008 0.012 0.559 0.157 0.255 36 S 0.008 0.004 0.024 0.132 0.355 0.478 37 F 0.011 0.007 0.080 0.043 0.611 0.248 38 D 0.019 0.004 0.068 0.015 0.749 0.145 39 D 0.051 0.002 0.044 0.011 0.687 0.204 40 F 0.567 0.019 0.012 0.013 0.195 0.194 41 V 0.834 0.020 0.002 0.009 0.036 0.098 42 T 0.852 0.026 0.001 0.005 0.024 0.091 43 L 0.649 0.018 0.003 0.009 0.073 0.248 44 S 0.321 0.011 0.009 0.009 0.255 0.395 45 S 0.217 0.010 0.020 0.008 0.471 0.274 46 C 0.207 0.024 0.026 0.005 0.499 0.239 47 S 0.312 0.016 0.016 0.004 0.450 0.201 48 G 0.515 0.007 0.013 0.003 0.260 0.202 49 R 0.879 0.007 0.004 0.002 0.050 0.058 50 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 51 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 52 V 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 53 V 0.945 0.002 0.001 0.003 0.011 0.038 54 D 0.894 0.003 0.001 0.003 0.036 0.063 55 L 0.663 0.009 0.003 0.005 0.113 0.207 56 E 0.389 0.024 0.009 0.006 0.240 0.332 57 K 0.161 0.031 0.014 0.005 0.570 0.219 58 P 0.042 0.017 0.034 0.010 0.662 0.236 59 G 0.025 0.014 0.045 0.012 0.700 0.204 60 D 0.038 0.023 0.059 0.020 0.656 0.205 61 K 0.064 0.032 0.087 0.046 0.529 0.242 62 A 0.069 0.033 0.081 0.043 0.558 0.216 63 S 0.092 0.013 0.063 0.047 0.534 0.251 64 S 0.334 0.017 0.036 0.056 0.291 0.267 65 L 0.681 0.011 0.020 0.057 0.091 0.141 66 F 0.844 0.007 0.010 0.054 0.034 0.051 67 L 0.867 0.006 0.009 0.070 0.019 0.030 68 G 0.841 0.004 0.008 0.083 0.028 0.037 69 K 0.825 0.005 0.011 0.068 0.049 0.042 70 W 0.625 0.009 0.016 0.084 0.137 0.129 71 H 0.273 0.013 0.034 0.123 0.337 0.220 72 E 0.086 0.008 0.024 0.074 0.451 0.356 73 G 0.038 0.005 0.024 0.081 0.379 0.473 74 V 0.061 0.043 0.008 0.054 0.228 0.605 75 E 0.060 0.021 0.004 0.066 0.092 0.758 76 V 0.001 0.001 0.036 0.941 0.009 0.012 77 S 0.002 0.001 0.026 0.960 0.007 0.004 78 E 0.003 0.001 0.036 0.950 0.009 0.002 79 V 0.007 0.001 0.005 0.971 0.008 0.008 80 A 0.007 0.001 0.003 0.980 0.005 0.005 81 E 0.005 0.001 0.003 0.985 0.004 0.003 82 A 0.005 0.001 0.004 0.977 0.008 0.007 83 A 0.005 0.001 0.006 0.963 0.013 0.012 84 L 0.004 0.001 0.008 0.952 0.021 0.013 85 R 0.006 0.001 0.013 0.868 0.052 0.060 86 S 0.008 0.002 0.020 0.596 0.128 0.246 87 R 0.029 0.007 0.024 0.128 0.249 0.564 88 K 0.092 0.009 0.019 0.048 0.232 0.599 89 V 0.273 0.006 0.013 0.032 0.196 0.480 90 A 0.652 0.004 0.008 0.026 0.085 0.225 91 W 0.899 0.003 0.003 0.019 0.024 0.052 92 L 0.964 0.002 0.001 0.010 0.008 0.014 93 I 0.973 0.001 0.001 0.005 0.008 0.013 94 Q 0.925 0.002 0.001 0.005 0.031 0.036 95 Y 0.665 0.006 0.001 0.002 0.175 0.150 96 P 0.285 0.003 0.002 0.001 0.373 0.336 97 P 0.515 0.007 0.004 0.001 0.255 0.218 98 I 0.939 0.004 0.001 0.001 0.020 0.035 99 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 100 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 101 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 102 A 0.871 0.003 0.001 0.002 0.037 0.086 103 C 0.490 0.008 0.007 0.004 0.143 0.347 104 R 0.133 0.017 0.011 0.005 0.240 0.594 105 N 0.041 0.008 0.005 0.012 0.137 0.797 106 I 0.001 0.001 0.050 0.923 0.019 0.008 107 G 0.001 0.001 0.042 0.949 0.007 0.002 108 A 0.001 0.001 0.026 0.968 0.004 0.001 109 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 110 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.002 117 N 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.002 118 T 0.001 0.001 0.008 0.976 0.009 0.006 119 A 0.003 0.001 0.012 0.891 0.027 0.068 120 G 0.015 0.005 0.031 0.193 0.121 0.634 121 F 0.130 0.032 0.119 0.159 0.277 0.283 122 R 0.382 0.018 0.090 0.133 0.249 0.127 123 R 0.365 0.012 0.045 0.145 0.248 0.185 124 S 0.239 0.008 0.031 0.097 0.362 0.264 125 G 0.510 0.008 0.013 0.023 0.206 0.240 126 V 0.766 0.026 0.011 0.030 0.055 0.112 127 I 0.840 0.017 0.009 0.022 0.045 0.067 128 S 0.735 0.014 0.020 0.018 0.139 0.075 129 L 0.413 0.016 0.049 0.017 0.418 0.087 130 S 0.164 0.007 0.030 0.008 0.671 0.120 131 N 0.253 0.003 0.007 0.002 0.506 0.229 132 Y 0.847 0.005 0.001 0.001 0.051 0.095 133 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 134 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 135 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 136 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 137 A 0.889 0.001 0.001 0.003 0.050 0.055 138 S 0.427 0.008 0.004 0.006 0.277 0.279 139 L 0.291 0.008 0.017 0.006 0.465 0.215 140 E 0.541 0.008 0.031 0.009 0.232 0.179 141 R 0.779 0.009 0.026 0.007 0.084 0.094 142 I 0.863 0.005 0.011 0.005 0.051 0.066 143 E 0.846 0.005 0.005 0.006 0.042 0.096 144 L 0.716 0.007 0.005 0.006 0.064 0.201 145 P 0.621 0.009 0.007 0.005 0.102 0.256 146 V 0.521 0.048 0.017 0.005 0.147 0.260 147 A 0.217 0.034 0.064 0.005 0.637 0.042 148 E 0.135 0.009 0.109 0.009 0.705 0.033 149 K 0.034 0.001 0.075 0.012 0.838 0.039 150 G 0.174 0.012 0.018 0.005 0.693 0.098 151 L 0.474 0.016 0.003 0.002 0.108 0.397 152 M 0.903 0.019 0.002 0.001 0.025 0.050 153 L 0.899 0.018 0.002 0.001 0.024 0.056 154 V 0.690 0.026 0.002 0.002 0.064 0.216 155 D 0.173 0.004 0.002 0.004 0.116 0.701 156 D 0.001 0.001 0.095 0.881 0.016 0.006 157 A 0.001 0.001 0.063 0.932 0.004 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.041 0.958 0.001 0.001 159 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 160 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 162 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 165 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 166 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 167 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 168 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 169 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 170 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 171 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 172 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.006 173 G 0.001 0.001 0.005 0.819 0.023 0.151 174 K 0.001 0.001 0.006 0.980 0.006 0.007 175 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 176 K 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 177 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 178 G 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 179 R 0.001 0.001 0.009 0.978 0.007 0.006 180 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 181 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 182 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 183 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 184 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 185 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 186 S 0.001 0.001 0.005 0.981 0.007 0.007 187 L 0.001 0.001 0.013 0.908 0.027 0.050 188 Q 0.004 0.002 0.022 0.882 0.049 0.042 189 R 0.008 0.002 0.028 0.819 0.079 0.064 190 E 0.007 0.002 0.027 0.755 0.075 0.133 191 N 0.014 0.006 0.025 0.343 0.158 0.454 192 A 0.020 0.005 0.042 0.147 0.260 0.526 193 Y 0.050 0.014 0.029 0.069 0.260 0.577 194 C 0.047 0.029 0.020 0.061 0.189 0.654 195 S 0.034 0.021 0.005 0.034 0.113 0.793 196 D 0.011 0.002 0.001 0.007 0.035 0.944