# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.5039 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.487 0.159 0.094 0.098 0.050 0.036 0.034 0.019 0.013 0.007 0.004 2 M 0.263 0.281 0.081 0.141 0.089 0.057 0.048 0.021 0.011 0.006 0.003 3 W 0.062 0.063 0.047 0.076 0.073 0.101 0.161 0.142 0.136 0.092 0.045 4 E 0.149 0.132 0.126 0.195 0.162 0.108 0.090 0.024 0.011 0.003 0.001 5 Q 0.138 0.080 0.524 0.185 0.048 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 6 F 0.026 0.036 0.140 0.149 0.153 0.181 0.180 0.074 0.036 0.018 0.007 7 K 0.002 0.007 0.087 0.033 0.039 0.104 0.268 0.204 0.149 0.078 0.031 8 K 0.002 0.015 0.328 0.260 0.219 0.110 0.053 0.010 0.003 0.001 0.001 9 E 0.081 0.061 0.775 0.061 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.003 0.010 0.152 0.089 0.110 0.163 0.290 0.095 0.056 0.023 0.008 11 L 0.001 0.001 0.025 0.006 0.009 0.023 0.163 0.192 0.225 0.206 0.150 12 R 0.001 0.012 0.544 0.249 0.138 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 13 G 0.063 0.087 0.707 0.080 0.040 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.001 0.002 0.008 0.010 0.019 0.053 0.244 0.207 0.216 0.158 0.081 15 L 0.054 0.069 0.070 0.082 0.109 0.141 0.239 0.111 0.071 0.037 0.018 16 E 0.095 0.152 0.482 0.171 0.063 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 17 A 0.067 0.058 0.096 0.073 0.087 0.121 0.220 0.103 0.083 0.055 0.039 18 K 0.239 0.154 0.106 0.170 0.110 0.076 0.067 0.033 0.023 0.013 0.008 19 N 0.391 0.208 0.092 0.110 0.081 0.056 0.038 0.012 0.006 0.003 0.002 20 Q 0.105 0.137 0.181 0.239 0.140 0.082 0.066 0.028 0.013 0.006 0.003 21 R 0.449 0.149 0.060 0.120 0.087 0.065 0.047 0.013 0.006 0.003 0.001 22 K 0.069 0.188 0.133 0.316 0.173 0.077 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 23 V 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.013 0.059 0.113 0.221 0.287 0.294 24 D 0.005 0.046 0.055 0.172 0.225 0.231 0.178 0.051 0.025 0.008 0.005 25 F 0.223 0.131 0.106 0.155 0.115 0.084 0.099 0.045 0.026 0.012 0.005 26 D 0.020 0.061 0.061 0.205 0.197 0.206 0.161 0.053 0.022 0.009 0.005 27 I 0.001 0.002 0.005 0.008 0.012 0.023 0.115 0.171 0.269 0.238 0.157 28 V 0.011 0.018 0.065 0.144 0.189 0.214 0.203 0.080 0.045 0.021 0.009 29 E 0.018 0.052 0.362 0.341 0.133 0.059 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.013 0.007 0.008 0.014 0.095 0.163 0.257 0.275 0.168 31 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.020 0.146 0.184 0.223 0.227 0.187 32 D 0.001 0.008 0.416 0.260 0.172 0.081 0.038 0.013 0.006 0.003 0.001 33 L 0.001 0.003 0.029 0.042 0.113 0.286 0.365 0.101 0.038 0.018 0.006 34 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.029 0.086 0.255 0.328 0.286 35 N 0.002 0.003 0.007 0.021 0.058 0.133 0.334 0.188 0.123 0.078 0.053 36 S 0.036 0.164 0.486 0.183 0.074 0.030 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 37 F 0.039 0.044 0.039 0.087 0.127 0.168 0.262 0.115 0.067 0.035 0.017 38 D 0.753 0.146 0.031 0.043 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.165 0.191 0.077 0.222 0.155 0.096 0.058 0.021 0.009 0.004 0.002 40 F 0.005 0.012 0.008 0.040 0.074 0.142 0.230 0.190 0.152 0.097 0.050 41 V 0.003 0.007 0.007 0.024 0.043 0.083 0.197 0.189 0.188 0.146 0.114 42 T 0.006 0.017 0.017 0.068 0.087 0.099 0.181 0.174 0.153 0.117 0.082 43 L 0.015 0.017 0.008 0.037 0.041 0.053 0.127 0.171 0.201 0.184 0.146 44 S 0.031 0.033 0.011 0.070 0.093 0.111 0.158 0.148 0.145 0.109 0.090 45 S 0.027 0.039 0.015 0.079 0.086 0.093 0.158 0.150 0.148 0.121 0.084 46 C 0.034 0.033 0.018 0.081 0.097 0.111 0.180 0.144 0.135 0.100 0.068 47 S 0.035 0.040 0.031 0.092 0.085 0.088 0.150 0.134 0.136 0.113 0.095 48 G 0.119 0.071 0.034 0.129 0.119 0.116 0.138 0.110 0.086 0.053 0.026 49 R 0.013 0.034 0.026 0.108 0.127 0.167 0.202 0.134 0.093 0.061 0.035 50 I 0.003 0.003 0.004 0.010 0.011 0.018 0.055 0.116 0.210 0.274 0.295 51 A 0.005 0.007 0.007 0.028 0.045 0.077 0.194 0.196 0.200 0.141 0.100 52 V 0.002 0.007 0.009 0.023 0.026 0.041 0.107 0.154 0.220 0.231 0.181 53 V 0.001 0.003 0.003 0.013 0.027 0.050 0.129 0.169 0.224 0.206 0.175 54 D 0.043 0.133 0.078 0.247 0.194 0.112 0.105 0.046 0.024 0.012 0.006 55 L 0.012 0.018 0.013 0.060 0.089 0.108 0.197 0.170 0.146 0.123 0.064 56 E 0.265 0.245 0.070 0.219 0.115 0.044 0.023 0.009 0.005 0.003 0.002 57 K 0.147 0.140 0.046 0.140 0.138 0.122 0.136 0.060 0.037 0.023 0.012 58 P 0.236 0.125 0.038 0.113 0.087 0.082 0.111 0.066 0.057 0.048 0.037 59 G 0.533 0.169 0.028 0.076 0.053 0.041 0.038 0.020 0.019 0.014 0.008 60 D 0.421 0.237 0.063 0.128 0.057 0.034 0.026 0.013 0.010 0.007 0.005 61 K 0.186 0.126 0.050 0.164 0.132 0.110 0.100 0.049 0.039 0.026 0.017 62 A 0.274 0.167 0.061 0.145 0.109 0.093 0.072 0.034 0.025 0.013 0.006 63 S 0.066 0.109 0.066 0.245 0.197 0.131 0.100 0.043 0.027 0.012 0.005 64 S 0.021 0.012 0.009 0.023 0.028 0.043 0.100 0.144 0.209 0.212 0.199 65 L 0.020 0.044 0.050 0.209 0.210 0.168 0.149 0.077 0.042 0.021 0.009 66 F 0.003 0.011 0.021 0.055 0.079 0.124 0.212 0.182 0.159 0.104 0.051 67 L 0.003 0.004 0.005 0.016 0.021 0.033 0.105 0.170 0.228 0.233 0.183 68 G 0.010 0.014 0.013 0.053 0.076 0.090 0.182 0.176 0.184 0.127 0.075 69 K 0.012 0.023 0.030 0.080 0.094 0.113 0.170 0.153 0.159 0.108 0.058 70 W 0.034 0.065 0.039 0.156 0.160 0.148 0.182 0.102 0.065 0.033 0.015 71 H 0.010 0.013 0.008 0.027 0.047 0.063 0.160 0.179 0.214 0.168 0.110 72 E 0.272 0.224 0.084 0.171 0.107 0.057 0.047 0.019 0.011 0.006 0.003 73 G 0.434 0.146 0.045 0.135 0.085 0.057 0.055 0.021 0.013 0.006 0.002 74 V 0.056 0.039 0.015 0.050 0.076 0.102 0.196 0.177 0.137 0.101 0.052 75 E 0.136 0.646 0.082 0.094 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.033 0.031 0.020 0.079 0.145 0.220 0.214 0.120 0.083 0.041 0.016 77 S 0.754 0.155 0.037 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.052 0.103 0.175 0.370 0.166 0.075 0.042 0.010 0.005 0.002 0.001 79 V 0.017 0.010 0.018 0.020 0.025 0.045 0.125 0.155 0.208 0.224 0.152 80 A 0.009 0.009 0.087 0.100 0.128 0.235 0.251 0.098 0.054 0.022 0.008 81 E 0.007 0.030 0.653 0.206 0.062 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 82 A 0.006 0.013 0.087 0.055 0.076 0.164 0.281 0.133 0.089 0.060 0.034 83 A 0.012 0.011 0.052 0.035 0.034 0.053 0.156 0.158 0.208 0.177 0.104 84 L 0.012 0.032 0.152 0.098 0.121 0.147 0.203 0.101 0.070 0.043 0.021 85 R 0.052 0.119 0.411 0.197 0.104 0.060 0.033 0.012 0.007 0.003 0.001 86 S 0.251 0.133 0.112 0.105 0.093 0.079 0.101 0.050 0.039 0.024 0.012 87 R 0.253 0.158 0.077 0.153 0.103 0.087 0.083 0.038 0.026 0.014 0.008 88 K 0.232 0.187 0.096 0.166 0.112 0.082 0.063 0.026 0.019 0.010 0.005 89 V 0.046 0.049 0.036 0.120 0.113 0.134 0.175 0.114 0.103 0.069 0.039 90 A 0.021 0.030 0.032 0.083 0.091 0.125 0.200 0.151 0.133 0.086 0.049 91 W 0.005 0.015 0.022 0.083 0.102 0.139 0.225 0.172 0.131 0.070 0.035 92 L 0.003 0.007 0.016 0.036 0.043 0.068 0.158 0.182 0.203 0.168 0.115 93 I 0.005 0.009 0.020 0.078 0.110 0.127 0.186 0.158 0.154 0.098 0.053 94 Q 0.024 0.058 0.054 0.167 0.174 0.155 0.179 0.087 0.066 0.026 0.009 95 Y 0.009 0.023 0.017 0.092 0.108 0.119 0.211 0.178 0.135 0.077 0.030 96 P 0.117 0.175 0.072 0.228 0.165 0.109 0.078 0.032 0.016 0.007 0.002 97 P 0.004 0.009 0.006 0.047 0.080 0.118 0.267 0.203 0.146 0.086 0.034 98 I 0.002 0.004 0.004 0.020 0.030 0.048 0.120 0.185 0.219 0.204 0.165 99 I 0.002 0.005 0.005 0.018 0.022 0.037 0.155 0.226 0.268 0.182 0.080 100 H 0.004 0.015 0.023 0.079 0.090 0.125 0.192 0.178 0.147 0.095 0.052 101 V 0.002 0.002 0.003 0.006 0.006 0.010 0.047 0.123 0.250 0.316 0.235 102 A 0.006 0.023 0.029 0.156 0.220 0.166 0.209 0.105 0.059 0.019 0.007 103 C 0.006 0.010 0.019 0.020 0.016 0.023 0.095 0.141 0.236 0.246 0.187 104 R 0.016 0.036 0.038 0.227 0.286 0.186 0.111 0.054 0.030 0.012 0.004 105 N 0.020 0.271 0.094 0.140 0.095 0.102 0.119 0.074 0.050 0.024 0.010 106 I 0.060 0.044 0.047 0.134 0.188 0.173 0.172 0.083 0.061 0.028 0.011 107 G 0.679 0.149 0.046 0.054 0.027 0.019 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 108 A 0.002 0.015 0.038 0.124 0.113 0.153 0.248 0.148 0.090 0.048 0.021 109 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.015 0.083 0.126 0.227 0.271 0.262 110 K 0.006 0.009 0.193 0.274 0.217 0.164 0.086 0.030 0.013 0.006 0.002 111 L 0.001 0.007 0.134 0.179 0.233 0.204 0.147 0.056 0.026 0.012 0.003 112 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.036 0.069 0.187 0.292 0.407 113 M 0.001 0.002 0.025 0.025 0.043 0.096 0.357 0.203 0.148 0.074 0.027 114 N 0.002 0.019 0.508 0.237 0.135 0.060 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 115 A 0.001 0.004 0.033 0.016 0.026 0.055 0.228 0.198 0.200 0.147 0.094 116 A 0.008 0.003 0.018 0.013 0.011 0.016 0.075 0.133 0.244 0.261 0.220 117 N 0.013 0.027 0.133 0.154 0.185 0.198 0.165 0.062 0.034 0.018 0.010 118 T 0.022 0.068 0.169 0.200 0.171 0.171 0.117 0.043 0.023 0.011 0.005 119 A 0.019 0.014 0.010 0.016 0.019 0.032 0.102 0.142 0.215 0.243 0.189 120 G 0.206 0.092 0.035 0.079 0.071 0.084 0.140 0.090 0.084 0.064 0.054 121 F 0.036 0.041 0.025 0.068 0.077 0.079 0.129 0.137 0.149 0.138 0.120 122 R 0.050 0.062 0.046 0.119 0.135 0.131 0.153 0.110 0.090 0.060 0.045 123 R 0.137 0.091 0.074 0.179 0.141 0.124 0.104 0.057 0.043 0.027 0.022 124 S 0.021 0.022 0.013 0.041 0.048 0.075 0.141 0.159 0.183 0.180 0.116 125 G 0.078 0.079 0.038 0.105 0.094 0.095 0.141 0.114 0.108 0.084 0.064 126 V 0.013 0.013 0.010 0.023 0.019 0.027 0.076 0.102 0.162 0.225 0.331 127 I 0.026 0.042 0.035 0.113 0.108 0.123 0.163 0.112 0.114 0.083 0.080 128 S 0.118 0.137 0.055 0.194 0.143 0.117 0.109 0.053 0.039 0.021 0.014 129 L 0.083 0.058 0.032 0.097 0.097 0.106 0.144 0.109 0.117 0.096 0.062 130 S 0.182 0.203 0.066 0.223 0.161 0.078 0.046 0.019 0.013 0.006 0.003 131 N 0.020 0.056 0.030 0.138 0.172 0.174 0.187 0.110 0.065 0.033 0.014 132 Y 0.003 0.007 0.007 0.040 0.091 0.157 0.271 0.187 0.123 0.074 0.041 133 V 0.002 0.003 0.004 0.013 0.019 0.034 0.100 0.164 0.215 0.231 0.215 134 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.017 0.086 0.182 0.257 0.268 0.168 135 E 0.003 0.007 0.010 0.026 0.026 0.045 0.128 0.172 0.224 0.194 0.165 136 I 0.002 0.003 0.006 0.011 0.011 0.020 0.073 0.126 0.223 0.273 0.252 137 A 0.007 0.018 0.014 0.091 0.134 0.144 0.206 0.152 0.113 0.074 0.047 138 S 0.010 0.033 0.020 0.059 0.063 0.060 0.127 0.152 0.192 0.169 0.113 139 L 0.066 0.072 0.053 0.171 0.218 0.162 0.124 0.064 0.042 0.018 0.011 140 E 0.125 0.081 0.050 0.148 0.134 0.143 0.150 0.075 0.048 0.028 0.018 141 R 0.059 0.073 0.048 0.149 0.158 0.144 0.156 0.092 0.063 0.040 0.019 142 I 0.016 0.009 0.008 0.013 0.012 0.019 0.063 0.106 0.215 0.261 0.278 143 E 0.067 0.105 0.078 0.180 0.154 0.139 0.126 0.065 0.044 0.026 0.016 144 L 0.009 0.024 0.021 0.045 0.048 0.081 0.167 0.174 0.185 0.153 0.092 145 P 0.033 0.038 0.024 0.078 0.098 0.103 0.172 0.148 0.131 0.105 0.072 146 V 0.017 0.014 0.008 0.025 0.028 0.038 0.105 0.124 0.190 0.213 0.238 147 A 0.045 0.076 0.050 0.155 0.157 0.130 0.145 0.091 0.077 0.045 0.028 148 E 0.245 0.163 0.066 0.174 0.123 0.092 0.069 0.033 0.020 0.010 0.006 149 K 0.386 0.181 0.079 0.149 0.083 0.052 0.039 0.017 0.009 0.005 0.002 150 G 0.356 0.121 0.053 0.119 0.096 0.073 0.076 0.041 0.033 0.021 0.013 151 L 0.043 0.109 0.066 0.218 0.175 0.132 0.129 0.062 0.036 0.020 0.010 152 M 0.014 0.028 0.019 0.063 0.089 0.126 0.202 0.147 0.140 0.106 0.065 153 L 0.016 0.027 0.030 0.081 0.112 0.138 0.217 0.150 0.116 0.071 0.042 154 V 0.003 0.007 0.004 0.015 0.032 0.053 0.146 0.166 0.206 0.203 0.165 155 D 0.021 0.190 0.090 0.248 0.173 0.105 0.090 0.041 0.025 0.011 0.006 156 D 0.367 0.179 0.060 0.188 0.127 0.052 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 157 A 0.740 0.089 0.057 0.067 0.025 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 158 Y 0.001 0.003 0.008 0.029 0.044 0.120 0.318 0.199 0.159 0.085 0.034 159 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.022 0.148 0.208 0.235 0.209 0.163 160 S 0.005 0.024 0.438 0.306 0.148 0.059 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.011 0.102 0.101 0.171 0.263 0.250 0.065 0.023 0.009 0.003 162 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.058 0.182 0.314 0.423 163 V 0.001 0.001 0.005 0.007 0.022 0.078 0.420 0.224 0.133 0.077 0.033 164 R 0.007 0.022 0.786 0.141 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 165 W 0.001 0.004 0.030 0.032 0.069 0.192 0.459 0.127 0.055 0.022 0.009 166 A 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.033 0.097 0.239 0.333 0.285 167 N 0.001 0.002 0.055 0.061 0.124 0.264 0.336 0.091 0.041 0.017 0.007 168 E 0.011 0.021 0.740 0.142 0.050 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 169 K 0.001 0.004 0.023 0.031 0.071 0.193 0.419 0.154 0.067 0.028 0.009 170 L 0.001 0.001 0.044 0.007 0.004 0.007 0.061 0.109 0.237 0.293 0.235 171 L 0.002 0.006 0.276 0.164 0.195 0.159 0.129 0.043 0.016 0.007 0.002 172 K 0.011 0.042 0.695 0.139 0.072 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 173 G 0.023 0.041 0.109 0.061 0.069 0.130 0.288 0.132 0.086 0.045 0.016 174 K 0.050 0.053 0.166 0.126 0.114 0.121 0.214 0.079 0.049 0.020 0.007 175 E 0.162 0.130 0.519 0.111 0.046 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 176 K 0.005 0.053 0.186 0.160 0.124 0.174 0.177 0.068 0.034 0.015 0.005 177 L 0.005 0.008 0.058 0.024 0.040 0.084 0.277 0.191 0.167 0.096 0.050 178 G 0.161 0.102 0.486 0.162 0.053 0.022 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 179 R 0.002 0.021 0.185 0.278 0.260 0.156 0.074 0.017 0.005 0.001 0.001 180 L 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.006 0.058 0.112 0.244 0.296 0.264 181 Q 0.001 0.001 0.048 0.095 0.185 0.280 0.296 0.065 0.022 0.006 0.001 182 E 0.003 0.013 0.844 0.102 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.011 0.014 0.036 0.161 0.468 0.176 0.084 0.038 0.012 184 L 0.001 0.001 0.020 0.002 0.003 0.007 0.098 0.165 0.279 0.266 0.160 185 E 0.002 0.008 0.645 0.193 0.103 0.033 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 186 S 0.005 0.028 0.698 0.149 0.081 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 187 L 0.001 0.002 0.018 0.007 0.013 0.045 0.239 0.197 0.244 0.163 0.073 188 Q 0.013 0.017 0.057 0.078 0.114 0.159 0.318 0.141 0.069 0.026 0.009 189 R 0.026 0.070 0.754 0.090 0.039 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 190 E 0.064 0.094 0.202 0.171 0.149 0.138 0.115 0.038 0.017 0.009 0.003 191 N 0.336 0.160 0.113 0.091 0.064 0.052 0.079 0.044 0.033 0.020 0.010 192 A 0.163 0.123 0.134 0.137 0.118 0.101 0.107 0.054 0.033 0.020 0.010 193 Y 0.172 0.203 0.188 0.176 0.102 0.060 0.053 0.022 0.014 0.008 0.003 194 C 0.101 0.058 0.059 0.069 0.071 0.087 0.149 0.122 0.123 0.096 0.064 195 S 0.284 0.216 0.109 0.144 0.090 0.054 0.047 0.023 0.018 0.010 0.005 196 D 0.529 0.165 0.064 0.094 0.054 0.034 0.026 0.014 0.010 0.006 0.003