# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.5039 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.067 0.006 0.003 0.922 2 M 0.009 0.023 0.003 0.585 0.009 0.010 0.360 3 W 0.002 0.002 0.006 0.936 0.006 0.012 0.037 4 E 0.001 0.001 0.007 0.958 0.005 0.012 0.016 5 Q 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.006 0.005 6 F 0.001 0.001 0.009 0.961 0.004 0.010 0.014 7 K 0.001 0.001 0.006 0.977 0.001 0.012 0.004 8 K 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.006 0.001 9 E 0.001 0.001 0.012 0.968 0.001 0.019 0.001 10 K 0.001 0.001 0.014 0.958 0.001 0.025 0.003 11 L 0.001 0.001 0.029 0.896 0.014 0.047 0.013 12 R 0.001 0.001 0.045 0.785 0.007 0.156 0.005 13 G 0.001 0.001 0.043 0.504 0.009 0.429 0.014 14 Y 0.002 0.004 0.066 0.543 0.042 0.123 0.220 15 L 0.004 0.005 0.174 0.429 0.046 0.115 0.226 16 E 0.009 0.006 0.191 0.427 0.042 0.200 0.125 17 A 0.014 0.009 0.179 0.412 0.058 0.154 0.174 18 K 0.019 0.007 0.087 0.231 0.157 0.164 0.334 19 N 0.017 0.007 0.082 0.190 0.118 0.373 0.212 20 Q 0.016 0.005 0.094 0.089 0.133 0.547 0.115 21 R 0.051 0.007 0.043 0.033 0.310 0.363 0.193 22 K 0.112 0.050 0.026 0.021 0.147 0.067 0.578 23 V 0.128 0.192 0.007 0.022 0.155 0.017 0.479 24 D 0.032 0.019 0.003 0.012 0.052 0.004 0.878 25 F 0.002 0.002 0.109 0.693 0.016 0.158 0.020 26 D 0.002 0.001 0.110 0.732 0.009 0.133 0.013 27 I 0.001 0.001 0.065 0.902 0.002 0.017 0.011 28 V 0.001 0.001 0.015 0.971 0.002 0.006 0.004 29 E 0.001 0.001 0.017 0.958 0.002 0.017 0.003 30 L 0.001 0.001 0.013 0.962 0.002 0.018 0.003 31 L 0.002 0.001 0.009 0.978 0.002 0.006 0.002 32 D 0.003 0.001 0.023 0.951 0.002 0.018 0.003 33 L 0.003 0.001 0.035 0.899 0.003 0.056 0.003 34 I 0.009 0.004 0.050 0.787 0.013 0.126 0.011 35 N 0.023 0.015 0.073 0.532 0.048 0.242 0.068 36 S 0.046 0.009 0.059 0.182 0.189 0.207 0.307 37 F 0.020 0.009 0.107 0.119 0.272 0.197 0.275 38 D 0.006 0.002 0.201 0.049 0.075 0.615 0.052 39 D 0.029 0.004 0.204 0.022 0.138 0.512 0.090 40 F 0.367 0.060 0.070 0.029 0.096 0.091 0.286 41 V 0.738 0.036 0.009 0.014 0.045 0.021 0.138 42 T 0.739 0.030 0.009 0.014 0.039 0.032 0.139 43 L 0.594 0.027 0.013 0.021 0.105 0.062 0.179 44 S 0.388 0.030 0.046 0.022 0.139 0.122 0.252 45 S 0.178 0.022 0.103 0.024 0.144 0.266 0.262 46 C 0.141 0.015 0.106 0.017 0.196 0.323 0.203 47 S 0.132 0.025 0.059 0.008 0.285 0.288 0.203 48 G 0.216 0.009 0.018 0.001 0.396 0.124 0.236 49 R 0.431 0.007 0.006 0.001 0.204 0.012 0.339 50 I 0.934 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.053 51 A 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 52 V 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 53 V 0.948 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 54 D 0.700 0.008 0.001 0.001 0.020 0.009 0.262 55 L 0.291 0.014 0.014 0.004 0.188 0.143 0.347 56 E 0.130 0.028 0.025 0.006 0.275 0.131 0.405 57 K 0.043 0.018 0.024 0.004 0.303 0.050 0.558 58 P 0.021 0.017 0.052 0.012 0.172 0.386 0.340 59 G 0.016 0.009 0.068 0.010 0.178 0.530 0.189 60 D 0.034 0.019 0.100 0.018 0.213 0.231 0.384 61 K 0.059 0.023 0.130 0.034 0.238 0.212 0.305 62 A 0.082 0.022 0.157 0.036 0.195 0.321 0.186 63 S 0.170 0.013 0.110 0.028 0.176 0.228 0.275 64 S 0.450 0.032 0.038 0.022 0.090 0.052 0.315 65 L 0.770 0.012 0.015 0.016 0.040 0.019 0.127 66 F 0.912 0.009 0.007 0.013 0.014 0.008 0.037 67 L 0.906 0.008 0.006 0.012 0.007 0.011 0.050 68 G 0.865 0.004 0.006 0.007 0.032 0.021 0.063 69 K 0.806 0.014 0.004 0.006 0.040 0.010 0.121 70 W 0.632 0.028 0.004 0.006 0.041 0.020 0.269 71 H 0.185 0.037 0.011 0.004 0.157 0.050 0.556 72 E 0.049 0.009 0.016 0.004 0.229 0.523 0.169 73 G 0.021 0.004 0.018 0.003 0.241 0.456 0.258 74 V 0.048 0.059 0.003 0.007 0.171 0.012 0.699 75 E 0.046 0.048 0.003 0.012 0.032 0.004 0.856 76 V 0.006 0.002 0.074 0.872 0.004 0.016 0.026 77 S 0.002 0.001 0.043 0.933 0.003 0.013 0.006 78 E 0.001 0.001 0.027 0.958 0.001 0.005 0.007 79 V 0.001 0.001 0.007 0.979 0.001 0.005 0.005 80 A 0.002 0.001 0.006 0.976 0.002 0.008 0.005 81 E 0.003 0.001 0.007 0.971 0.002 0.009 0.007 82 A 0.006 0.001 0.010 0.948 0.004 0.019 0.012 83 A 0.009 0.003 0.013 0.870 0.010 0.075 0.020 84 L 0.007 0.003 0.019 0.731 0.016 0.179 0.046 85 R 0.008 0.001 0.021 0.534 0.038 0.319 0.080 86 S 0.010 0.002 0.029 0.224 0.111 0.433 0.190 87 R 0.021 0.005 0.040 0.076 0.211 0.308 0.339 88 K 0.098 0.016 0.039 0.042 0.193 0.141 0.471 89 V 0.328 0.022 0.029 0.046 0.110 0.042 0.423 90 A 0.553 0.016 0.032 0.043 0.063 0.027 0.267 91 W 0.746 0.012 0.033 0.060 0.031 0.024 0.094 92 L 0.801 0.011 0.032 0.056 0.015 0.020 0.066 93 I 0.754 0.010 0.024 0.048 0.032 0.041 0.091 94 Q 0.600 0.006 0.014 0.027 0.095 0.094 0.163 95 Y 0.297 0.012 0.003 0.009 0.307 0.021 0.352 96 P 0.149 0.005 0.002 0.006 0.108 0.014 0.716 97 P 0.197 0.004 0.006 0.007 0.242 0.033 0.511 98 I 0.868 0.006 0.006 0.008 0.035 0.014 0.063 99 I 0.962 0.002 0.002 0.014 0.002 0.001 0.016 100 H 0.975 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.008 101 V 0.927 0.002 0.003 0.014 0.007 0.004 0.042 102 A 0.846 0.004 0.005 0.011 0.024 0.014 0.096 103 C 0.374 0.014 0.054 0.056 0.078 0.065 0.358 104 R 0.108 0.022 0.041 0.035 0.515 0.066 0.213 105 N 0.050 0.035 0.023 0.054 0.306 0.042 0.490 106 I 0.001 0.001 0.052 0.908 0.004 0.022 0.013 107 G 0.001 0.001 0.047 0.923 0.004 0.022 0.004 108 A 0.001 0.001 0.039 0.930 0.002 0.015 0.012 109 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.003 0.002 110 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 113 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 114 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.013 0.001 117 N 0.001 0.001 0.007 0.951 0.003 0.036 0.003 118 T 0.001 0.001 0.011 0.858 0.011 0.112 0.007 119 A 0.002 0.001 0.011 0.598 0.038 0.324 0.026 120 G 0.013 0.007 0.020 0.245 0.134 0.409 0.171 121 F 0.102 0.036 0.064 0.110 0.149 0.097 0.442 122 R 0.217 0.019 0.146 0.114 0.189 0.131 0.184 123 R 0.332 0.027 0.138 0.082 0.118 0.110 0.194 124 S 0.337 0.019 0.079 0.028 0.117 0.144 0.277 125 G 0.413 0.020 0.037 0.011 0.125 0.132 0.262 126 V 0.489 0.011 0.048 0.021 0.087 0.062 0.283 127 I 0.605 0.030 0.045 0.021 0.051 0.030 0.219 128 S 0.624 0.021 0.027 0.016 0.039 0.034 0.238 129 L 0.413 0.024 0.044 0.025 0.093 0.153 0.247 130 S 0.162 0.006 0.016 0.008 0.187 0.400 0.220 131 N 0.183 0.002 0.005 0.001 0.206 0.124 0.478 132 Y 0.639 0.005 0.001 0.001 0.087 0.013 0.254 133 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 134 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 135 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 136 I 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.031 137 A 0.724 0.002 0.002 0.001 0.037 0.007 0.227 138 S 0.437 0.007 0.009 0.006 0.108 0.039 0.394 139 L 0.321 0.010 0.043 0.020 0.235 0.129 0.242 140 E 0.433 0.012 0.044 0.027 0.206 0.108 0.171 141 R 0.604 0.008 0.049 0.040 0.074 0.099 0.126 142 I 0.769 0.013 0.013 0.033 0.030 0.018 0.124 143 E 0.750 0.007 0.009 0.027 0.031 0.025 0.151 144 L 0.737 0.009 0.012 0.041 0.053 0.012 0.136 145 P 0.767 0.011 0.008 0.034 0.018 0.010 0.153 146 V 0.416 0.026 0.122 0.173 0.035 0.121 0.108 147 A 0.208 0.006 0.154 0.159 0.040 0.272 0.159 148 E 0.111 0.013 0.220 0.097 0.071 0.394 0.095 149 K 0.031 0.004 0.044 0.016 0.068 0.797 0.040 150 G 0.039 0.001 0.034 0.004 0.215 0.614 0.093 151 L 0.386 0.045 0.026 0.009 0.149 0.068 0.317 152 M 0.783 0.039 0.012 0.006 0.028 0.013 0.119 153 L 0.716 0.033 0.011 0.003 0.039 0.015 0.183 154 V 0.434 0.068 0.004 0.003 0.113 0.014 0.364 155 D 0.089 0.013 0.001 0.003 0.113 0.002 0.779 156 D 0.001 0.001 0.087 0.882 0.003 0.023 0.003 157 A 0.001 0.001 0.056 0.923 0.001 0.019 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.031 0.962 0.001 0.006 0.001 159 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 160 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 162 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 165 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 166 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 167 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 168 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 169 K 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 170 L 0.001 0.001 0.003 0.971 0.003 0.020 0.003 171 L 0.001 0.001 0.003 0.908 0.004 0.076 0.007 172 K 0.001 0.001 0.003 0.606 0.006 0.379 0.004 173 G 0.001 0.001 0.004 0.252 0.018 0.696 0.029 174 K 0.003 0.003 0.026 0.360 0.149 0.110 0.349 175 E 0.012 0.025 0.100 0.478 0.078 0.102 0.205 176 K 0.004 0.006 0.084 0.762 0.021 0.040 0.083 177 L 0.001 0.001 0.027 0.937 0.004 0.007 0.023 178 G 0.001 0.001 0.015 0.972 0.002 0.006 0.003 179 R 0.001 0.001 0.009 0.978 0.002 0.008 0.002 180 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 181 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 182 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 184 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 185 E 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.016 0.001 186 S 0.001 0.001 0.006 0.961 0.001 0.029 0.003 187 L 0.001 0.001 0.006 0.945 0.003 0.033 0.011 188 Q 0.001 0.001 0.011 0.907 0.010 0.057 0.014 189 R 0.003 0.001 0.021 0.815 0.019 0.117 0.026 190 E 0.004 0.001 0.023 0.561 0.036 0.325 0.050 191 N 0.008 0.002 0.034 0.233 0.088 0.403 0.232 192 A 0.032 0.010 0.050 0.196 0.104 0.170 0.438 193 Y 0.072 0.027 0.063 0.135 0.146 0.132 0.425 194 C 0.078 0.028 0.058 0.091 0.189 0.147 0.409 195 S 0.046 0.022 0.010 0.038 0.072 0.054 0.758 196 D 0.008 0.002 0.004 0.006 0.014 0.009 0.957