# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.5039 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.552 0.078 0.170 0.071 0.031 0.016 0.034 0.025 0.007 0.015 0.001 2 M 0.773 0.048 0.077 0.028 0.019 0.014 0.016 0.006 0.009 0.010 0.001 3 W 0.950 0.006 0.012 0.021 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 4 E 0.985 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 F 0.980 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.966 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.974 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.908 0.001 0.004 0.057 0.002 0.001 0.004 0.023 0.001 0.002 0.001 14 Y 0.892 0.004 0.035 0.057 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 L 0.900 0.010 0.025 0.050 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 16 E 0.937 0.008 0.024 0.023 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.860 0.007 0.031 0.085 0.001 0.007 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 18 K 0.711 0.034 0.105 0.101 0.010 0.010 0.014 0.003 0.009 0.004 0.001 19 N 0.625 0.032 0.089 0.126 0.009 0.036 0.060 0.008 0.011 0.002 0.001 20 Q 0.288 0.046 0.079 0.535 0.009 0.009 0.026 0.003 0.005 0.001 0.001 21 R 0.057 0.018 0.041 0.078 0.039 0.013 0.469 0.255 0.010 0.020 0.001 22 K 0.163 0.366 0.274 0.070 0.053 0.038 0.013 0.001 0.019 0.002 0.001 23 V 0.088 0.313 0.443 0.048 0.012 0.075 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 24 D 0.051 0.126 0.511 0.007 0.032 0.147 0.001 0.001 0.122 0.003 0.001 25 F 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.900 0.001 0.002 0.087 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 I 0.934 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.988 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.962 0.003 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.894 0.006 0.004 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 N 0.334 0.050 0.049 0.368 0.011 0.063 0.047 0.004 0.073 0.001 0.001 36 S 0.190 0.064 0.114 0.481 0.033 0.021 0.046 0.025 0.010 0.014 0.001 37 F 0.306 0.107 0.316 0.076 0.044 0.039 0.036 0.007 0.053 0.015 0.001 38 D 0.721 0.003 0.034 0.217 0.001 0.007 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 39 D 0.122 0.108 0.050 0.423 0.067 0.017 0.179 0.018 0.015 0.001 0.001 40 F 0.046 0.458 0.249 0.081 0.084 0.030 0.016 0.006 0.026 0.003 0.001 41 V 0.014 0.748 0.136 0.011 0.041 0.019 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 42 T 0.020 0.465 0.345 0.009 0.042 0.070 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 43 L 0.095 0.219 0.470 0.065 0.017 0.102 0.004 0.001 0.024 0.001 0.003 44 S 0.087 0.256 0.157 0.050 0.311 0.032 0.028 0.012 0.030 0.038 0.001 45 S 0.150 0.179 0.239 0.115 0.207 0.026 0.020 0.026 0.012 0.023 0.002 46 C 0.164 0.180 0.221 0.129 0.167 0.033 0.036 0.017 0.030 0.022 0.001 47 S 0.129 0.186 0.329 0.219 0.085 0.013 0.016 0.009 0.007 0.005 0.001 48 G 0.048 0.024 0.082 0.023 0.198 0.002 0.049 0.318 0.002 0.254 0.001 49 R 0.041 0.403 0.380 0.036 0.087 0.036 0.004 0.001 0.009 0.001 0.003 50 I 0.012 0.832 0.098 0.005 0.024 0.009 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 51 A 0.008 0.745 0.197 0.001 0.011 0.022 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 52 V 0.019 0.614 0.265 0.004 0.004 0.059 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 53 V 0.036 0.668 0.112 0.017 0.082 0.035 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 54 D 0.050 0.229 0.380 0.049 0.046 0.163 0.018 0.001 0.060 0.002 0.002 55 L 0.192 0.322 0.235 0.120 0.069 0.023 0.012 0.003 0.021 0.004 0.001 56 E 0.180 0.111 0.476 0.102 0.017 0.067 0.014 0.004 0.019 0.003 0.005 57 K 0.020 0.375 0.356 0.005 0.024 0.021 0.011 0.001 0.186 0.001 0.001 58 P 0.100 0.010 0.776 0.028 0.001 0.038 0.002 0.001 0.003 0.001 0.041 59 G 0.040 0.016 0.057 0.019 0.083 0.004 0.040 0.429 0.003 0.308 0.001 60 D 0.174 0.073 0.212 0.307 0.026 0.078 0.087 0.008 0.025 0.004 0.005 61 K 0.145 0.092 0.329 0.184 0.055 0.026 0.081 0.052 0.018 0.018 0.001 62 A 0.417 0.094 0.251 0.148 0.025 0.018 0.024 0.010 0.006 0.005 0.001 63 S 0.173 0.063 0.118 0.364 0.058 0.016 0.117 0.053 0.018 0.019 0.001 64 S 0.053 0.159 0.467 0.048 0.173 0.016 0.018 0.037 0.006 0.022 0.001 65 L 0.060 0.653 0.189 0.023 0.049 0.009 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 66 F 0.048 0.479 0.376 0.005 0.023 0.043 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 67 L 0.083 0.613 0.148 0.058 0.029 0.032 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 68 G 0.034 0.273 0.153 0.015 0.436 0.018 0.025 0.022 0.010 0.014 0.001 69 K 0.035 0.764 0.099 0.016 0.051 0.013 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 70 W 0.132 0.341 0.349 0.040 0.049 0.050 0.008 0.003 0.021 0.007 0.001 71 H 0.178 0.292 0.123 0.160 0.057 0.074 0.039 0.005 0.069 0.003 0.001 72 E 0.135 0.169 0.193 0.259 0.083 0.021 0.095 0.008 0.029 0.008 0.001 73 G 0.070 0.040 0.195 0.065 0.150 0.013 0.074 0.224 0.004 0.161 0.005 74 V 0.048 0.435 0.389 0.036 0.055 0.021 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 75 E 0.008 0.187 0.673 0.003 0.021 0.076 0.002 0.001 0.028 0.002 0.001 76 V 0.936 0.014 0.018 0.017 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 77 S 0.975 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.929 0.002 0.005 0.051 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 79 V 0.974 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.982 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.980 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.955 0.003 0.006 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.898 0.007 0.015 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.740 0.030 0.063 0.129 0.007 0.010 0.008 0.003 0.007 0.002 0.001 85 R 0.530 0.027 0.103 0.228 0.014 0.011 0.050 0.019 0.007 0.010 0.001 86 S 0.362 0.060 0.152 0.199 0.041 0.027 0.097 0.032 0.015 0.014 0.001 87 R 0.337 0.109 0.140 0.262 0.032 0.029 0.054 0.013 0.018 0.005 0.001 88 K 0.223 0.205 0.192 0.144 0.078 0.028 0.075 0.024 0.019 0.010 0.001 89 V 0.164 0.375 0.274 0.080 0.034 0.038 0.010 0.002 0.023 0.001 0.001 90 A 0.115 0.501 0.222 0.037 0.077 0.023 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 91 W 0.083 0.632 0.167 0.017 0.059 0.017 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 92 L 0.063 0.524 0.311 0.014 0.032 0.034 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 93 I 0.056 0.745 0.108 0.013 0.050 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 94 Q 0.032 0.570 0.277 0.027 0.037 0.031 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 95 Y 0.003 0.542 0.153 0.001 0.033 0.005 0.004 0.001 0.258 0.001 0.001 96 P 0.009 0.004 0.858 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.111 97 P 0.029 0.015 0.860 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 98 I 0.026 0.632 0.263 0.005 0.024 0.026 0.002 0.001 0.020 0.001 0.002 99 I 0.016 0.622 0.286 0.005 0.017 0.032 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 100 H 0.012 0.658 0.217 0.003 0.018 0.064 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 101 V 0.015 0.803 0.064 0.003 0.055 0.027 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 102 A 0.042 0.617 0.187 0.021 0.030 0.069 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 103 C 0.044 0.462 0.221 0.017 0.151 0.069 0.008 0.002 0.024 0.002 0.001 104 R 0.438 0.143 0.099 0.223 0.050 0.028 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 105 N 0.019 0.213 0.240 0.019 0.246 0.101 0.007 0.001 0.145 0.010 0.001 106 I 0.966 0.003 0.004 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 G 0.985 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 108 A 0.969 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.986 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.969 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 N 0.955 0.001 0.003 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.821 0.019 0.014 0.132 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 119 A 0.333 0.031 0.058 0.515 0.025 0.004 0.018 0.007 0.007 0.003 0.001 120 G 0.095 0.010 0.034 0.025 0.057 0.004 0.159 0.492 0.004 0.119 0.001 121 F 0.333 0.167 0.224 0.113 0.041 0.084 0.010 0.003 0.021 0.004 0.001 122 R 0.563 0.178 0.100 0.094 0.023 0.023 0.006 0.002 0.008 0.003 0.001 123 R 0.405 0.176 0.110 0.144 0.037 0.047 0.048 0.003 0.029 0.001 0.001 124 S 0.234 0.206 0.170 0.195 0.163 0.005 0.010 0.008 0.007 0.003 0.001 125 G 0.083 0.047 0.090 0.051 0.243 0.006 0.087 0.249 0.006 0.138 0.001 126 V 0.119 0.401 0.322 0.044 0.046 0.046 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 127 I 0.226 0.384 0.094 0.184 0.060 0.027 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 128 S 0.027 0.413 0.292 0.023 0.155 0.045 0.010 0.001 0.031 0.002 0.001 129 L 0.479 0.170 0.095 0.144 0.022 0.036 0.013 0.003 0.036 0.001 0.001 130 S 0.402 0.117 0.089 0.261 0.058 0.007 0.026 0.012 0.010 0.017 0.001 131 N 0.098 0.108 0.097 0.283 0.129 0.014 0.210 0.033 0.018 0.008 0.001 132 Y 0.018 0.482 0.397 0.015 0.059 0.014 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 133 V 0.009 0.760 0.188 0.002 0.017 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 134 V 0.008 0.811 0.122 0.003 0.019 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 135 E 0.006 0.758 0.155 0.001 0.041 0.024 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 136 I 0.021 0.775 0.097 0.005 0.026 0.043 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 137 A 0.033 0.522 0.261 0.021 0.059 0.057 0.007 0.001 0.038 0.001 0.001 138 S 0.060 0.253 0.165 0.070 0.349 0.032 0.024 0.011 0.019 0.015 0.001 139 L 0.169 0.268 0.206 0.119 0.162 0.023 0.016 0.011 0.017 0.010 0.001 140 E 0.222 0.301 0.210 0.136 0.080 0.017 0.014 0.004 0.012 0.005 0.001 141 R 0.115 0.425 0.218 0.088 0.065 0.031 0.021 0.004 0.032 0.001 0.001 142 I 0.027 0.611 0.211 0.026 0.051 0.027 0.006 0.001 0.040 0.001 0.001 143 E 0.040 0.335 0.515 0.015 0.017 0.052 0.006 0.001 0.017 0.001 0.003 144 L 0.016 0.622 0.211 0.003 0.022 0.026 0.003 0.001 0.097 0.001 0.001 145 P 0.038 0.047 0.842 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 146 V 0.182 0.325 0.297 0.061 0.020 0.077 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 147 A 0.290 0.222 0.239 0.060 0.114 0.017 0.010 0.011 0.008 0.029 0.001 148 E 0.341 0.235 0.151 0.131 0.048 0.026 0.019 0.007 0.034 0.007 0.001 149 K 0.098 0.063 0.170 0.418 0.024 0.010 0.184 0.009 0.018 0.006 0.001 150 G 0.007 0.003 0.022 0.012 0.017 0.003 0.233 0.667 0.001 0.035 0.001 151 L 0.034 0.500 0.367 0.025 0.035 0.021 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 152 M 0.023 0.442 0.383 0.009 0.014 0.069 0.007 0.001 0.051 0.001 0.001 153 L 0.027 0.390 0.497 0.009 0.013 0.052 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 154 V 0.047 0.545 0.239 0.061 0.047 0.041 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 155 D 0.004 0.182 0.536 0.001 0.165 0.051 0.001 0.001 0.048 0.011 0.001 156 D 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 A 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 Y 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 W 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 N 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 K 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 L 0.952 0.004 0.005 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.952 0.007 0.007 0.023 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 172 K 0.850 0.005 0.022 0.114 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 173 G 0.413 0.004 0.023 0.207 0.008 0.012 0.183 0.130 0.008 0.010 0.001 174 K 0.919 0.009 0.016 0.031 0.001 0.010 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 175 E 0.860 0.023 0.040 0.056 0.003 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 176 K 0.873 0.008 0.019 0.066 0.002 0.014 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 177 L 0.982 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 G 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 R 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 S 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 L 0.881 0.002 0.010 0.101 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 Q 0.842 0.018 0.031 0.081 0.003 0.008 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 189 R 0.683 0.036 0.063 0.149 0.009 0.017 0.024 0.006 0.008 0.003 0.001 190 E 0.610 0.043 0.071 0.240 0.009 0.008 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 191 N 0.184 0.032 0.080 0.277 0.019 0.060 0.274 0.027 0.044 0.002 0.001 192 A 0.367 0.140 0.283 0.126 0.030 0.024 0.010 0.004 0.012 0.003 0.001 193 Y 0.262 0.190 0.299 0.139 0.032 0.047 0.007 0.003 0.018 0.002 0.001 194 C 0.237 0.226 0.260 0.179 0.036 0.029 0.005 0.002 0.022 0.003 0.001 195 S 0.250 0.175 0.246 0.142 0.074 0.034 0.022 0.011 0.027 0.019 0.001 196 D 0.273 0.119 0.178 0.212 0.051 0.044 0.061 0.016 0.034 0.011 0.001