# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.5039 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.164 0.073 0.011 0.119 0.010 0.031 0.398 0.084 0.043 0.024 2 M 0.034 0.118 0.045 0.004 0.059 0.004 0.013 0.607 0.067 0.033 0.015 3 W 0.017 0.017 0.004 0.001 0.019 0.002 0.004 0.825 0.086 0.016 0.008 4 E 0.003 0.009 0.003 0.001 0.008 0.003 0.006 0.892 0.065 0.007 0.002 5 Q 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.010 0.939 0.029 0.005 0.002 6 F 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.928 0.038 0.013 0.001 7 K 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.883 0.083 0.016 0.002 8 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.914 0.065 0.002 0.001 9 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.897 0.061 0.004 0.001 10 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.874 0.068 0.030 0.002 11 L 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.787 0.140 0.044 0.004 12 R 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.012 0.029 0.824 0.119 0.004 0.001 13 G 0.003 0.004 0.004 0.004 0.003 0.003 0.028 0.757 0.110 0.076 0.006 14 Y 0.004 0.006 0.004 0.002 0.006 0.004 0.025 0.735 0.151 0.059 0.003 15 L 0.018 0.036 0.005 0.002 0.034 0.004 0.014 0.683 0.166 0.028 0.010 16 E 0.019 0.021 0.007 0.003 0.022 0.005 0.047 0.672 0.154 0.041 0.010 17 A 0.019 0.047 0.034 0.007 0.044 0.018 0.107 0.499 0.124 0.090 0.011 18 K 0.053 0.308 0.071 0.010 0.153 0.007 0.028 0.258 0.065 0.029 0.017 19 N 0.037 0.030 0.022 0.019 0.027 0.026 0.054 0.308 0.197 0.230 0.050 20 Q 0.037 0.180 0.049 0.021 0.120 0.025 0.070 0.153 0.117 0.190 0.038 21 R 0.047 0.114 0.051 0.030 0.086 0.015 0.026 0.119 0.141 0.282 0.088 22 K 0.080 0.246 0.083 0.006 0.235 0.008 0.045 0.131 0.071 0.057 0.038 23 V 0.088 0.235 0.067 0.017 0.175 0.012 0.028 0.156 0.096 0.083 0.044 24 D 0.098 0.203 0.116 0.018 0.178 0.009 0.014 0.227 0.067 0.036 0.033 25 F 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.009 0.011 0.719 0.244 0.006 0.001 26 D 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.792 0.133 0.048 0.003 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.615 0.306 0.071 0.001 28 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.052 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.024 0.002 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.084 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.912 0.081 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.832 0.088 0.027 0.001 34 I 0.003 0.010 0.002 0.003 0.006 0.026 0.255 0.539 0.110 0.042 0.003 35 N 0.040 0.081 0.012 0.007 0.063 0.010 0.045 0.158 0.162 0.345 0.076 36 S 0.103 0.054 0.018 0.007 0.094 0.015 0.067 0.087 0.126 0.346 0.083 37 F 0.093 0.177 0.135 0.036 0.210 0.011 0.013 0.044 0.102 0.102 0.078 38 D 0.006 0.019 0.012 0.034 0.013 0.119 0.336 0.281 0.151 0.025 0.006 39 D 0.053 0.045 0.019 0.014 0.072 0.008 0.034 0.074 0.154 0.447 0.079 40 F 0.189 0.174 0.025 0.004 0.473 0.004 0.005 0.015 0.019 0.032 0.058 41 V 0.143 0.189 0.034 0.005 0.522 0.003 0.006 0.013 0.014 0.021 0.051 42 T 0.284 0.136 0.049 0.006 0.392 0.004 0.008 0.014 0.010 0.021 0.076 43 L 0.103 0.171 0.077 0.038 0.177 0.032 0.050 0.070 0.072 0.143 0.066 44 S 0.118 0.214 0.144 0.038 0.230 0.022 0.021 0.053 0.055 0.050 0.055 45 S 0.098 0.058 0.041 0.032 0.080 0.059 0.106 0.227 0.168 0.078 0.051 46 C 0.104 0.094 0.073 0.061 0.125 0.043 0.062 0.081 0.082 0.212 0.064 47 S 0.103 0.184 0.090 0.095 0.143 0.039 0.051 0.061 0.059 0.111 0.064 48 G 0.053 0.174 0.113 0.154 0.114 0.085 0.025 0.053 0.046 0.135 0.047 49 R 0.264 0.121 0.017 0.006 0.497 0.004 0.011 0.017 0.012 0.019 0.033 50 I 0.288 0.087 0.008 0.004 0.569 0.006 0.006 0.005 0.003 0.003 0.022 51 A 0.163 0.134 0.013 0.003 0.662 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.012 52 V 0.452 0.052 0.007 0.001 0.391 0.002 0.005 0.009 0.004 0.012 0.064 53 V 0.118 0.286 0.058 0.017 0.375 0.018 0.022 0.025 0.015 0.026 0.039 54 D 0.322 0.120 0.032 0.002 0.372 0.002 0.006 0.014 0.009 0.031 0.090 55 L 0.092 0.276 0.082 0.019 0.231 0.017 0.021 0.104 0.091 0.042 0.025 56 E 0.069 0.167 0.129 0.092 0.136 0.087 0.100 0.086 0.056 0.051 0.025 57 K 0.068 0.213 0.330 0.074 0.143 0.022 0.036 0.052 0.021 0.018 0.022 58 P 0.017 0.122 0.101 0.109 0.044 0.150 0.229 0.131 0.054 0.031 0.013 59 G 0.021 0.067 0.104 0.196 0.031 0.077 0.028 0.031 0.053 0.331 0.060 60 D 0.128 0.170 0.090 0.038 0.186 0.042 0.048 0.067 0.053 0.103 0.075 61 K 0.080 0.143 0.102 0.045 0.132 0.027 0.029 0.114 0.110 0.158 0.062 62 A 0.068 0.105 0.051 0.038 0.107 0.052 0.104 0.216 0.123 0.099 0.037 63 S 0.091 0.117 0.045 0.030 0.133 0.023 0.035 0.156 0.099 0.212 0.058 64 S 0.236 0.109 0.025 0.008 0.322 0.008 0.011 0.074 0.039 0.092 0.074 65 L 0.120 0.224 0.034 0.007 0.445 0.011 0.020 0.084 0.022 0.015 0.017 66 F 0.358 0.086 0.020 0.005 0.380 0.004 0.009 0.059 0.010 0.017 0.052 67 L 0.170 0.109 0.024 0.033 0.258 0.032 0.049 0.158 0.049 0.060 0.058 68 G 0.102 0.179 0.086 0.074 0.221 0.040 0.024 0.114 0.056 0.067 0.038 69 K 0.140 0.174 0.081 0.014 0.256 0.017 0.056 0.162 0.040 0.030 0.030 70 W 0.093 0.130 0.074 0.054 0.135 0.043 0.096 0.140 0.064 0.110 0.060 71 H 0.098 0.147 0.139 0.103 0.130 0.058 0.046 0.080 0.063 0.088 0.049 72 E 0.016 0.178 0.139 0.095 0.064 0.098 0.142 0.142 0.067 0.042 0.017 73 G 0.097 0.050 0.055 0.022 0.064 0.017 0.011 0.032 0.054 0.394 0.204 74 V 0.039 0.502 0.166 0.007 0.235 0.004 0.007 0.011 0.007 0.011 0.011 75 E 0.017 0.712 0.171 0.001 0.091 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 76 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.637 0.331 0.011 0.004 77 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.925 0.062 0.003 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.045 0.026 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.034 0.007 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.047 0.005 0.001 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.036 0.005 0.001 82 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.927 0.049 0.009 0.001 83 A 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 0.878 0.074 0.020 0.001 84 L 0.010 0.029 0.010 0.006 0.015 0.009 0.037 0.713 0.115 0.050 0.005 85 R 0.016 0.050 0.035 0.017 0.025 0.025 0.091 0.440 0.137 0.143 0.020 86 S 0.040 0.148 0.055 0.021 0.094 0.022 0.062 0.248 0.132 0.143 0.035 87 R 0.077 0.136 0.050 0.017 0.104 0.013 0.036 0.172 0.152 0.188 0.054 88 K 0.085 0.115 0.035 0.024 0.135 0.026 0.059 0.198 0.100 0.169 0.054 89 V 0.231 0.150 0.022 0.008 0.337 0.007 0.015 0.050 0.033 0.076 0.070 90 A 0.159 0.220 0.053 0.009 0.467 0.010 0.010 0.029 0.011 0.011 0.020 91 W 0.215 0.157 0.016 0.002 0.542 0.002 0.004 0.029 0.007 0.006 0.021 92 L 0.338 0.097 0.013 0.004 0.413 0.006 0.010 0.038 0.012 0.016 0.053 93 I 0.167 0.173 0.025 0.007 0.453 0.017 0.031 0.061 0.016 0.017 0.032 94 Q 0.310 0.079 0.032 0.007 0.344 0.009 0.023 0.047 0.021 0.048 0.079 95 Y 0.082 0.226 0.355 0.067 0.157 0.018 0.021 0.028 0.011 0.018 0.019 96 P 0.027 0.305 0.265 0.119 0.092 0.043 0.053 0.063 0.013 0.010 0.008 97 P 0.115 0.330 0.073 0.013 0.344 0.013 0.016 0.032 0.017 0.018 0.031 98 I 0.200 0.108 0.012 0.004 0.617 0.008 0.013 0.008 0.004 0.005 0.022 99 I 0.169 0.080 0.004 0.003 0.718 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 100 H 0.277 0.042 0.002 0.001 0.639 0.002 0.005 0.004 0.001 0.003 0.024 101 V 0.299 0.071 0.004 0.002 0.547 0.004 0.005 0.006 0.002 0.010 0.050 102 A 0.239 0.118 0.012 0.003 0.463 0.002 0.006 0.011 0.005 0.027 0.115 103 C 0.196 0.158 0.050 0.017 0.278 0.018 0.011 0.035 0.030 0.067 0.141 104 R 0.013 0.073 0.049 0.079 0.027 0.151 0.228 0.190 0.105 0.067 0.018 105 N 0.066 0.447 0.217 0.010 0.128 0.002 0.003 0.046 0.015 0.043 0.024 106 I 0.002 0.012 0.005 0.002 0.005 0.005 0.004 0.595 0.345 0.023 0.003 107 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.878 0.099 0.007 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.062 0.023 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.002 0.001 113 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.034 0.001 0.001 114 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.012 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.967 0.023 0.004 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.904 0.080 0.008 0.001 117 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.789 0.161 0.006 0.001 118 T 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.007 0.148 0.690 0.095 0.045 0.002 119 A 0.015 0.561 0.226 0.012 0.104 0.005 0.012 0.023 0.012 0.022 0.007 120 G 0.076 0.042 0.035 0.049 0.034 0.024 0.018 0.092 0.059 0.345 0.228 121 F 0.207 0.123 0.033 0.014 0.252 0.012 0.016 0.092 0.068 0.090 0.094 122 R 0.031 0.043 0.021 0.030 0.065 0.106 0.192 0.364 0.106 0.025 0.018 123 R 0.220 0.088 0.036 0.017 0.201 0.013 0.044 0.084 0.064 0.146 0.087 124 S 0.116 0.243 0.115 0.059 0.238 0.032 0.034 0.036 0.031 0.055 0.042 125 G 0.098 0.161 0.113 0.084 0.203 0.032 0.016 0.056 0.040 0.124 0.075 126 V 0.367 0.059 0.009 0.005 0.280 0.009 0.019 0.035 0.040 0.062 0.116 127 I 0.078 0.238 0.064 0.055 0.233 0.069 0.063 0.089 0.044 0.037 0.029 128 S 0.281 0.157 0.049 0.005 0.357 0.004 0.012 0.036 0.017 0.026 0.057 129 L 0.133 0.057 0.021 0.039 0.095 0.068 0.052 0.150 0.171 0.133 0.081 130 S 0.017 0.056 0.061 0.157 0.036 0.107 0.113 0.214 0.154 0.070 0.013 131 N 0.082 0.125 0.076 0.041 0.124 0.023 0.049 0.194 0.105 0.140 0.041 132 Y 0.116 0.269 0.036 0.010 0.392 0.007 0.018 0.063 0.028 0.039 0.023 133 V 0.403 0.042 0.003 0.002 0.475 0.003 0.006 0.015 0.005 0.004 0.042 134 V 0.248 0.071 0.006 0.010 0.579 0.019 0.015 0.024 0.005 0.004 0.018 135 E 0.262 0.065 0.005 0.003 0.620 0.003 0.006 0.014 0.002 0.004 0.018 136 I 0.376 0.077 0.010 0.006 0.420 0.011 0.014 0.024 0.004 0.009 0.050 137 A 0.248 0.106 0.021 0.021 0.289 0.019 0.034 0.039 0.014 0.073 0.134 138 S 0.127 0.273 0.102 0.048 0.200 0.021 0.018 0.038 0.029 0.080 0.064 139 L 0.055 0.107 0.036 0.040 0.097 0.063 0.050 0.168 0.204 0.148 0.034 140 E 0.088 0.244 0.076 0.021 0.267 0.016 0.038 0.110 0.070 0.046 0.024 141 R 0.221 0.113 0.026 0.009 0.292 0.013 0.036 0.068 0.048 0.094 0.079 142 I 0.163 0.195 0.040 0.004 0.534 0.003 0.005 0.011 0.007 0.010 0.028 143 E 0.371 0.050 0.014 0.004 0.314 0.006 0.019 0.022 0.019 0.046 0.134 144 L 0.072 0.440 0.169 0.004 0.286 0.002 0.004 0.009 0.003 0.004 0.009 145 P 0.105 0.393 0.067 0.002 0.391 0.002 0.004 0.008 0.003 0.006 0.018 146 V 0.164 0.197 0.043 0.016 0.272 0.025 0.031 0.071 0.061 0.062 0.059 147 A 0.051 0.152 0.228 0.113 0.090 0.067 0.046 0.124 0.069 0.036 0.023 148 E 0.037 0.058 0.090 0.137 0.041 0.094 0.131 0.170 0.101 0.121 0.020 149 K 0.010 0.292 0.177 0.241 0.034 0.062 0.099 0.029 0.014 0.031 0.012 150 G 0.024 0.027 0.036 0.081 0.019 0.023 0.004 0.010 0.031 0.542 0.203 151 L 0.078 0.352 0.084 0.003 0.385 0.003 0.014 0.023 0.031 0.017 0.010 152 M 0.185 0.210 0.028 0.001 0.521 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.031 153 L 0.237 0.223 0.068 0.003 0.335 0.003 0.009 0.009 0.006 0.031 0.075 154 V 0.093 0.342 0.162 0.047 0.187 0.025 0.023 0.017 0.010 0.041 0.053 155 D 0.014 0.490 0.400 0.011 0.071 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 156 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.535 0.439 0.012 0.001 157 A 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.002 0.012 0.841 0.118 0.015 0.001 158 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.819 0.098 0.074 0.001 159 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.064 0.003 0.001 160 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.023 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.023 0.002 0.001 162 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 164 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 165 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.012 0.001 0.001 166 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.018 0.001 0.001 167 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.913 0.068 0.007 0.001 168 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.959 0.025 0.003 0.001 169 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.939 0.033 0.010 0.001 170 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.886 0.074 0.014 0.002 171 L 0.003 0.007 0.004 0.003 0.004 0.006 0.025 0.858 0.077 0.010 0.003 172 K 0.003 0.099 0.059 0.016 0.016 0.029 0.109 0.607 0.046 0.015 0.002 173 G 0.023 0.032 0.030 0.011 0.015 0.005 0.012 0.256 0.060 0.472 0.083 174 K 0.017 0.033 0.008 0.003 0.032 0.005 0.012 0.691 0.126 0.052 0.019 175 E 0.008 0.046 0.014 0.003 0.020 0.009 0.018 0.771 0.094 0.013 0.005 176 K 0.006 0.010 0.007 0.003 0.006 0.002 0.007 0.850 0.061 0.042 0.005 177 L 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.926 0.048 0.007 0.001 178 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.950 0.035 0.002 0.001 179 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.021 0.004 0.001 180 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.041 0.014 0.001 181 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 182 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.020 0.005 0.001 184 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.052 0.005 0.001 185 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.067 0.001 0.001 186 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.938 0.037 0.012 0.001 187 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.858 0.089 0.031 0.001 188 Q 0.008 0.015 0.003 0.002 0.008 0.004 0.016 0.761 0.153 0.027 0.005 189 R 0.008 0.011 0.007 0.007 0.010 0.009 0.060 0.617 0.177 0.085 0.008 190 E 0.008 0.179 0.118 0.029 0.053 0.052 0.153 0.280 0.074 0.046 0.007 191 N 0.117 0.049 0.018 0.009 0.078 0.004 0.014 0.109 0.096 0.355 0.151 192 A 0.061 0.187 0.066 0.013 0.153 0.019 0.049 0.206 0.138 0.086 0.022 193 Y 0.113 0.160 0.055 0.011 0.193 0.012 0.031 0.138 0.077 0.133 0.078 194 C 0.124 0.172 0.065 0.015 0.197 0.012 0.027 0.134 0.098 0.099 0.058 195 S 0.045 0.157 0.101 0.031 0.107 0.031 0.051 0.219 0.137 0.095 0.026 196 D 0.092 0.133 0.075 0.017 0.154 0.014 0.044 0.202 0.113 0.111 0.044