# TARGET T0245 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0245.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.5039 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.879 0.090 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 2 M 0.566 0.236 0.109 0.061 0.023 0.005 0.001 3 W 0.358 0.170 0.161 0.200 0.092 0.018 0.001 4 E 0.279 0.322 0.247 0.114 0.033 0.005 0.001 5 Q 0.726 0.224 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 6 F 0.305 0.285 0.219 0.139 0.045 0.007 0.001 7 K 0.073 0.088 0.178 0.323 0.283 0.054 0.001 8 K 0.176 0.322 0.300 0.161 0.037 0.004 0.001 9 E 0.463 0.449 0.078 0.010 0.001 0.001 0.001 10 K 0.075 0.126 0.231 0.381 0.168 0.019 0.001 11 L 0.041 0.049 0.123 0.381 0.358 0.048 0.001 12 R 0.338 0.471 0.160 0.029 0.002 0.001 0.001 13 G 0.404 0.419 0.143 0.031 0.003 0.001 0.001 14 Y 0.033 0.077 0.200 0.378 0.265 0.046 0.001 15 L 0.245 0.368 0.241 0.116 0.028 0.003 0.001 16 E 0.708 0.216 0.051 0.019 0.005 0.001 0.001 17 A 0.403 0.296 0.188 0.087 0.022 0.003 0.001 18 K 0.643 0.262 0.068 0.021 0.005 0.001 0.001 19 N 0.593 0.270 0.096 0.033 0.007 0.001 0.001 20 Q 0.397 0.307 0.197 0.078 0.018 0.002 0.001 21 R 0.653 0.232 0.074 0.032 0.009 0.001 0.001 22 K 0.305 0.343 0.222 0.100 0.026 0.004 0.001 23 V 0.041 0.082 0.178 0.349 0.271 0.075 0.003 24 D 0.102 0.278 0.276 0.232 0.091 0.020 0.001 25 F 0.147 0.293 0.276 0.167 0.085 0.029 0.003 26 D 0.089 0.177 0.275 0.274 0.137 0.044 0.004 27 I 0.030 0.028 0.048 0.156 0.384 0.324 0.030 28 V 0.080 0.186 0.285 0.280 0.125 0.040 0.003 29 E 0.114 0.336 0.288 0.181 0.064 0.015 0.001 30 L 0.020 0.021 0.069 0.210 0.374 0.283 0.023 31 L 0.073 0.073 0.089 0.175 0.293 0.270 0.026 32 D 0.200 0.371 0.221 0.123 0.059 0.024 0.002 33 L 0.090 0.181 0.283 0.297 0.119 0.028 0.002 34 I 0.024 0.032 0.048 0.132 0.318 0.394 0.052 35 N 0.082 0.169 0.212 0.274 0.191 0.068 0.005 36 S 0.237 0.377 0.232 0.107 0.037 0.008 0.001 37 F 0.158 0.194 0.278 0.240 0.107 0.020 0.002 38 D 0.507 0.338 0.109 0.037 0.008 0.001 0.001 39 D 0.402 0.324 0.165 0.077 0.026 0.005 0.001 40 F 0.132 0.113 0.163 0.239 0.248 0.096 0.008 41 V 0.041 0.065 0.116 0.215 0.252 0.252 0.058 42 T 0.052 0.062 0.093 0.200 0.256 0.250 0.087 43 L 0.038 0.057 0.074 0.134 0.203 0.309 0.184 44 S 0.039 0.046 0.062 0.108 0.169 0.297 0.279 45 S 0.015 0.025 0.034 0.062 0.122 0.306 0.435 46 C 0.009 0.022 0.036 0.090 0.172 0.279 0.392 47 S 0.005 0.021 0.031 0.065 0.119 0.309 0.450 48 G 0.003 0.014 0.032 0.081 0.158 0.334 0.378 49 R 0.001 0.007 0.026 0.071 0.151 0.340 0.405 50 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.073 0.371 0.541 51 A 0.001 0.001 0.007 0.042 0.166 0.503 0.281 52 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.072 0.458 0.455 53 V 0.001 0.003 0.009 0.046 0.218 0.517 0.206 54 D 0.009 0.065 0.178 0.318 0.277 0.132 0.022 55 L 0.017 0.092 0.196 0.304 0.262 0.112 0.015 56 E 0.189 0.344 0.238 0.145 0.062 0.021 0.002 57 K 0.223 0.275 0.255 0.172 0.063 0.011 0.001 58 P 0.625 0.209 0.093 0.050 0.019 0.005 0.001 59 G 0.588 0.228 0.100 0.052 0.024 0.007 0.001 60 D 0.425 0.342 0.153 0.062 0.015 0.003 0.001 61 K 0.140 0.251 0.259 0.227 0.102 0.020 0.001 62 A 0.146 0.291 0.262 0.181 0.092 0.025 0.003 63 S 0.034 0.155 0.289 0.294 0.160 0.059 0.008 64 S 0.002 0.007 0.022 0.101 0.324 0.458 0.086 65 L 0.003 0.016 0.071 0.225 0.362 0.270 0.053 66 F 0.001 0.005 0.018 0.047 0.145 0.513 0.269 67 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.061 0.436 0.491 68 G 0.001 0.002 0.008 0.034 0.142 0.466 0.348 69 K 0.002 0.009 0.028 0.097 0.258 0.447 0.158 70 W 0.003 0.031 0.105 0.244 0.312 0.271 0.033 71 H 0.004 0.014 0.047 0.172 0.394 0.335 0.035 72 E 0.118 0.251 0.256 0.214 0.116 0.040 0.004 73 G 0.290 0.352 0.206 0.101 0.038 0.012 0.001 74 V 0.071 0.127 0.233 0.308 0.200 0.058 0.003 75 E 0.468 0.373 0.110 0.035 0.012 0.003 0.001 76 V 0.052 0.139 0.298 0.327 0.152 0.031 0.001 77 S 0.587 0.294 0.079 0.027 0.010 0.003 0.001 78 E 0.233 0.375 0.251 0.105 0.030 0.006 0.001 79 V 0.049 0.061 0.122 0.315 0.326 0.121 0.006 80 A 0.075 0.162 0.264 0.292 0.160 0.045 0.003 81 E 0.267 0.421 0.217 0.074 0.017 0.003 0.001 82 A 0.084 0.136 0.231 0.301 0.193 0.051 0.003 83 A 0.042 0.072 0.141 0.284 0.315 0.140 0.007 84 L 0.216 0.318 0.255 0.152 0.048 0.010 0.001 85 R 0.675 0.247 0.057 0.017 0.003 0.001 0.001 86 S 0.692 0.198 0.070 0.030 0.009 0.002 0.001 87 R 0.685 0.216 0.070 0.023 0.005 0.001 0.001 88 K 0.495 0.264 0.141 0.072 0.023 0.004 0.001 89 V 0.185 0.244 0.253 0.198 0.092 0.024 0.002 90 A 0.071 0.126 0.190 0.256 0.231 0.112 0.014 91 W 0.036 0.078 0.142 0.248 0.282 0.185 0.029 92 L 0.034 0.050 0.087 0.177 0.292 0.298 0.063 93 I 0.050 0.097 0.166 0.265 0.253 0.145 0.024 94 Q 0.137 0.205 0.215 0.201 0.140 0.082 0.019 95 Y 0.084 0.147 0.189 0.237 0.197 0.119 0.026 96 P 0.149 0.214 0.216 0.186 0.131 0.077 0.026 97 P 0.034 0.063 0.104 0.184 0.250 0.272 0.093 98 I 0.024 0.055 0.109 0.194 0.255 0.255 0.107 99 I 0.013 0.024 0.036 0.077 0.165 0.437 0.247 100 H 0.027 0.076 0.123 0.196 0.221 0.221 0.136 101 V 0.016 0.033 0.061 0.140 0.238 0.369 0.143 102 A 0.040 0.121 0.187 0.250 0.214 0.146 0.042 103 C 0.046 0.071 0.102 0.201 0.281 0.257 0.041 104 R 0.172 0.284 0.245 0.163 0.081 0.044 0.011 105 N 0.165 0.209 0.185 0.198 0.145 0.084 0.015 106 I 0.115 0.200 0.271 0.247 0.122 0.041 0.003 107 G 0.247 0.323 0.220 0.122 0.067 0.019 0.002 108 A 0.066 0.129 0.220 0.267 0.207 0.100 0.011 109 A 0.024 0.027 0.038 0.120 0.341 0.415 0.036 110 K 0.032 0.168 0.331 0.334 0.117 0.017 0.001 111 L 0.025 0.074 0.236 0.402 0.221 0.041 0.002 112 L 0.019 0.013 0.012 0.027 0.144 0.603 0.183 113 M 0.015 0.034 0.078 0.270 0.364 0.219 0.020 114 N 0.041 0.253 0.335 0.240 0.099 0.027 0.005 115 A 0.015 0.040 0.110 0.305 0.347 0.161 0.023 116 A 0.006 0.010 0.018 0.079 0.243 0.466 0.177 117 N 0.052 0.198 0.252 0.242 0.159 0.077 0.019 118 T 0.178 0.310 0.232 0.160 0.080 0.030 0.010 119 A 0.039 0.071 0.120 0.201 0.235 0.214 0.119 120 G 0.053 0.156 0.201 0.222 0.169 0.140 0.059 121 F 0.029 0.037 0.054 0.129 0.247 0.321 0.183 122 R 0.046 0.101 0.137 0.210 0.216 0.195 0.095 123 R 0.029 0.062 0.110 0.173 0.206 0.278 0.142 124 S 0.025 0.039 0.054 0.105 0.198 0.352 0.228 125 G 0.016 0.028 0.050 0.117 0.209 0.336 0.244 126 V 0.020 0.032 0.045 0.084 0.176 0.376 0.268 127 I 0.044 0.105 0.141 0.214 0.235 0.192 0.069 128 S 0.085 0.186 0.229 0.233 0.171 0.078 0.019 129 L 0.029 0.092 0.160 0.254 0.286 0.152 0.027 130 S 0.076 0.202 0.247 0.239 0.149 0.070 0.016 131 N 0.018 0.073 0.166 0.279 0.297 0.143 0.025 132 Y 0.002 0.005 0.019 0.085 0.250 0.497 0.143 133 V 0.002 0.004 0.008 0.024 0.105 0.455 0.403 134 V 0.001 0.003 0.006 0.020 0.066 0.333 0.570 135 E 0.001 0.005 0.013 0.045 0.134 0.334 0.469 136 I 0.001 0.005 0.009 0.026 0.097 0.400 0.463 137 A 0.004 0.023 0.062 0.164 0.274 0.331 0.143 138 S 0.004 0.028 0.069 0.171 0.289 0.345 0.095 139 L 0.025 0.114 0.202 0.285 0.234 0.109 0.031 140 E 0.056 0.190 0.225 0.217 0.172 0.118 0.022 141 R 0.031 0.158 0.302 0.304 0.141 0.050 0.014 142 I 0.003 0.010 0.028 0.105 0.301 0.477 0.076 143 E 0.013 0.091 0.235 0.307 0.231 0.103 0.021 144 L 0.009 0.020 0.041 0.118 0.286 0.436 0.091 145 P 0.028 0.124 0.198 0.261 0.221 0.137 0.030 146 V 0.027 0.075 0.151 0.302 0.287 0.141 0.017 147 A 0.173 0.313 0.265 0.162 0.066 0.019 0.003 148 E 0.395 0.345 0.171 0.069 0.016 0.002 0.001 149 K 0.613 0.254 0.093 0.031 0.008 0.001 0.001 150 G 0.345 0.286 0.201 0.115 0.043 0.010 0.001 151 L 0.177 0.304 0.265 0.163 0.069 0.021 0.002 152 M 0.105 0.178 0.196 0.238 0.192 0.085 0.006 153 L 0.038 0.108 0.191 0.274 0.244 0.132 0.013 154 V 0.010 0.027 0.079 0.246 0.347 0.264 0.027 155 D 0.172 0.313 0.249 0.154 0.077 0.030 0.004 156 D 0.380 0.388 0.175 0.048 0.008 0.001 0.001 157 A 0.245 0.392 0.246 0.088 0.024 0.005 0.001 158 Y 0.012 0.052 0.144 0.300 0.342 0.146 0.004 159 L 0.009 0.023 0.062 0.241 0.424 0.231 0.009 160 S 0.135 0.384 0.292 0.153 0.033 0.003 0.001 161 Y 0.031 0.048 0.175 0.364 0.287 0.093 0.002 162 V 0.026 0.020 0.014 0.025 0.130 0.665 0.120 163 V 0.018 0.037 0.104 0.293 0.351 0.183 0.014 164 R 0.137 0.341 0.272 0.168 0.064 0.016 0.001 165 W 0.094 0.144 0.241 0.310 0.167 0.042 0.002 166 A 0.082 0.048 0.055 0.153 0.326 0.321 0.015 167 N 0.176 0.213 0.274 0.221 0.100 0.016 0.001 168 E 0.627 0.296 0.058 0.015 0.003 0.001 0.001 169 K 0.269 0.264 0.254 0.170 0.039 0.005 0.001 170 L 0.244 0.145 0.161 0.244 0.172 0.033 0.001 171 L 0.508 0.316 0.124 0.040 0.010 0.002 0.001 172 K 0.631 0.265 0.074 0.024 0.005 0.001 0.001 173 G 0.530 0.179 0.127 0.105 0.049 0.008 0.001 174 K 0.713 0.185 0.068 0.028 0.005 0.001 0.001 175 E 0.621 0.305 0.061 0.011 0.002 0.001 0.001 176 K 0.233 0.300 0.236 0.166 0.058 0.007 0.001 177 L 0.032 0.124 0.252 0.381 0.186 0.025 0.001 178 G 0.447 0.426 0.100 0.022 0.004 0.001 0.001 179 R 0.020 0.150 0.410 0.333 0.079 0.007 0.001 180 L 0.002 0.002 0.007 0.086 0.486 0.405 0.012 181 Q 0.010 0.119 0.393 0.390 0.082 0.006 0.001 182 E 0.147 0.651 0.167 0.031 0.004 0.001 0.001 183 A 0.007 0.041 0.217 0.459 0.248 0.027 0.001 184 L 0.006 0.011 0.056 0.320 0.504 0.102 0.001 185 E 0.231 0.530 0.202 0.033 0.003 0.001 0.001 186 S 0.501 0.380 0.094 0.023 0.003 0.001 0.001 187 L 0.065 0.188 0.347 0.301 0.090 0.009 0.001 188 Q 0.518 0.317 0.119 0.038 0.007 0.001 0.001 189 R 0.806 0.152 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 190 E 0.758 0.168 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 191 N 0.749 0.182 0.048 0.017 0.003 0.001 0.001 192 A 0.561 0.256 0.121 0.051 0.010 0.001 0.001 193 Y 0.580 0.265 0.106 0.040 0.008 0.001 0.001 194 C 0.558 0.228 0.123 0.069 0.020 0.002 0.001 195 S 0.773 0.142 0.052 0.025 0.007 0.001 0.001 196 D 0.813 0.130 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001