; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/18/04_06:53:54 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA H...Av11fvN.....V.....N.....T.....P.....E.....E.....L.....A..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-f21wq-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA S...H.....H.....H.....H.....H.....H.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA S...H.....H.....H.....H.....H.....H.....-.....-.....-.....-..... 1e5kA 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T...R.....T.....I.....H.....Q.....E.....N.....T.....-.....-..... 1i52A -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1i52A -...-.....T.....R.....T.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1i52A -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1i52A T...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1i52A -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1i52A -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1i52A -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1i52A T...R.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1iinA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1iinA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1iinA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1iinA G...T.....H.....Q.....S.....L.....Ie....A.....S.....N.....F..... 1iinA I...E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V.....S.....C..... 1iinA I...E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V.....S.....C..... 1iinA I...E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V.....S.....C..... 1iinA I...E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V.....S.....C..... 1iinA A...T.....I.....E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V..... 1iinA A...T.....I.....E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V..... 1iinA A...T.....I.....E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V..... 1iinA A...T.....I.....E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....V..... 1jykA K...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1jykA K...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1jykA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1jykA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1jykA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1jykA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1jykA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1jykA 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L...K.....L.....T.....Q.....P.....Q.....D.....A.....Y.....I..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....A.....Y.....I.....V..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....A.....Y.....I.....V..... 1vgwA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgwA D...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgzA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgzA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vgzA D...A.....V.....E.....G.....G.....S.....H.....H.....H.....H..... 1vgzA D...A.....V.....E.....G.....G.....S.....H.....H.....H.....H..... 1vgzA 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-...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vh1A -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA A...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....K.....V..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....H.....H.....H.....H.....H.....H..... 1vicA A...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA -...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....E.....K.....V..... 1vicA A...A.....N.....G.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1vicA A...A.....N.....G.....S.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 0 300 | | T0244 K.....AW.....L.....E.....E.....E.....M.....G.....I.....K.....K.. 1e5kA -.....FM.....R.....L.....A.....G.....G.....H.....A.....V.....Df3 1e5kA R.....WQ.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-e1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-e1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-e1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-e1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-e1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-e1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-q1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-kr 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-kr 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-a1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-m1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1e5kA -.....--.....-.....-.....A.....R.....W.....Q.....E.....K.....-rs 1e5kA -.....--.....-.....-.....E.....L.....A.....R.....W.....Qe....Krs 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....R.....W.....Qe....Krs 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-i6 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-e1 1e5kA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-a1 1e5kA -.....--.....-.....-.....E.....L.....A.....R.....W.....Qe....-kr 1e5kA 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-.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-ke 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-ke 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-hk 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-hk 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-nh 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-nh 1eziA L.....YI.....M.....S.....H.....Q.....D.....S.....I.....D.....-i1 1eziA L.....YI.....M.....S.....H.....Q.....D.....S.....I.....Di14ilNhk 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-nh 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-nh 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l1 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-d1 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1eziA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1eziA 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G.....VM.....L.....R.....D.....P.....A.....R.....F.....D.....Lr6 1fxjA G.....VM.....L.....R.....D.....P.....A.....R.....F.....D.....Lr6 1fxjA G.....VM.....L.....R.....D.....P.....A.....R.....Fd69pf-.....-ar 1fxjA G.....VM.....L.....Rd74pf-.....-.....-.....-.....-.....-.....-ar 1fxjA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-y2 1fxjA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-a1 1fxjA L.....AG.....V.....M.....L.....R.....D.....P.....A.....Rf....Dl7 1fxjA L.....AG.....V.....M.....L.....R.....D.....P.....Arfd..-.....-l7 1fxjA L.....AG.....V.....M.....L.....R.....D.....P.....Ar11hg-.....-r6 1fxjA A.....EK.....L.....L.....L.....A.....Gv70la-.....-aa6igP.....Far 1fxjA Q.....AE.....K.....L.....L.....L.....A.....G.....Vml...R.....Dp7 1fxjA L.....AG.....V.....M.....L.....R.....D.....P.....-.....-.....-a7 1fxjA L.....AG.....V.....M.....L.....R.....D.....Pa....-.....-.....-r7 1fxjA L.....AG.....V.....M.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l7 1fxjA 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G.....QY.....L.....Y.....K.....M.....T.....K.....D.....S.....N.. 1h5rA G.....QY.....L.....Y.....K.....M.....T.....K.....D.....S.....N.. 1h5rA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-s4 1h5rA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-s4 1h5rA -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-l4 1h5rA G.....QY.....L.....Y.....K.....M.....-.....T.....K.....D.....-sn 1h5rA P.....EE.....I.....A.....F.....R.....K.....G.....F.....I.....Dv2 1h5rA S.....CP.....E.....E.....I.....A.....F.....R.....K.....G.....Fi2 1h5rB -.....--.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-g7 1h5rB I.....AT.....I.....E.....E.....R.....Q.....G.....L.....K.....-v4 1h5rB P.....EE.....I.....A.....F.....R.....K.....G.....F.....I.....Dv2 1h5rB P.....EE.....I.....A.....F.....R.....K.....G.....F.....I.....Dv2 1h5rB P.....EE.....I.....A.....F.....R.....K.....G.....F.....I.....-d2 1h5rB P.....EE.....I.....A.....F.....R.....K.....Gfi...-.....-.....-d2 1h5rB 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