# TARGET T0244 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0244.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.461 0.032 0.038 0.050 0.051 0.029 0.339 2 A 0.581 0.014 0.026 0.054 0.039 0.042 0.245 3 I 0.620 0.018 0.020 0.066 0.043 0.046 0.188 4 N 0.630 0.016 0.015 0.061 0.034 0.029 0.216 5 T 0.465 0.008 0.025 0.111 0.063 0.060 0.268 6 K 0.498 0.014 0.030 0.098 0.101 0.055 0.204 7 V 0.598 0.021 0.028 0.061 0.065 0.043 0.184 8 K 0.670 0.006 0.008 0.031 0.053 0.015 0.218 9 K 0.829 0.001 0.003 0.026 0.081 0.007 0.052 10 A 0.945 0.002 0.001 0.029 0.005 0.003 0.014 11 V 0.926 0.001 0.002 0.052 0.003 0.003 0.014 12 I 0.916 0.001 0.003 0.048 0.006 0.004 0.023 13 P 0.823 0.003 0.010 0.066 0.015 0.013 0.070 14 V 0.597 0.014 0.024 0.069 0.070 0.041 0.186 15 A 0.258 0.011 0.024 0.058 0.209 0.093 0.347 16 G 0.116 0.017 0.029 0.034 0.287 0.142 0.376 17 L 0.068 0.015 0.072 0.074 0.259 0.224 0.287 18 G 0.069 0.008 0.132 0.149 0.201 0.217 0.224 19 T 0.092 0.017 0.152 0.213 0.172 0.138 0.217 20 R 0.126 0.041 0.113 0.241 0.121 0.130 0.229 21 M 0.133 0.034 0.067 0.250 0.087 0.078 0.350 22 L 0.101 0.017 0.121 0.166 0.096 0.071 0.428 23 P 0.088 0.011 0.237 0.208 0.092 0.190 0.174 24 A 0.061 0.019 0.252 0.197 0.122 0.179 0.171 25 T 0.041 0.020 0.210 0.163 0.160 0.122 0.284 26 K 0.023 0.007 0.168 0.173 0.142 0.302 0.185 27 A 0.030 0.009 0.143 0.177 0.178 0.309 0.155 28 I 0.061 0.028 0.041 0.109 0.261 0.103 0.397 29 P 0.036 0.013 0.034 0.048 0.116 0.071 0.683 30 K 0.057 0.015 0.262 0.074 0.089 0.112 0.390 31 E 0.092 0.009 0.349 0.066 0.110 0.122 0.253 32 M 0.104 0.012 0.383 0.071 0.072 0.074 0.284 33 L 0.256 0.096 0.116 0.056 0.109 0.029 0.339 34 P 0.254 0.058 0.066 0.044 0.062 0.061 0.454 35 L 0.154 0.018 0.071 0.073 0.128 0.233 0.323 36 V 0.040 0.014 0.028 0.080 0.175 0.536 0.128 37 D 0.020 0.002 0.005 0.019 0.341 0.355 0.257 38 K 0.060 0.008 0.002 0.092 0.363 0.018 0.457 39 P 0.149 0.084 0.005 0.269 0.050 0.020 0.423 40 L 0.083 0.011 0.020 0.749 0.020 0.028 0.090 41 I 0.058 0.002 0.009 0.870 0.010 0.013 0.038 42 Q 0.010 0.001 0.005 0.962 0.005 0.007 0.010 43 Y 0.005 0.001 0.003 0.968 0.007 0.009 0.007 44 V 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.003 45 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 46 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 48 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 49 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.011 0.001 50 A 0.001 0.001 0.014 0.799 0.005 0.177 0.004 51 A 0.001 0.001 0.007 0.074 0.012 0.905 0.002 52 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.966 0.018 53 I 0.034 0.002 0.001 0.001 0.036 0.006 0.921 54 T 0.479 0.002 0.001 0.001 0.218 0.003 0.298 55 E 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 56 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 59 V 0.927 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.063 60 T 0.513 0.003 0.001 0.001 0.077 0.006 0.400 61 H 0.133 0.019 0.012 0.005 0.292 0.039 0.500 62 S 0.045 0.020 0.043 0.019 0.365 0.141 0.366 63 S 0.021 0.011 0.047 0.054 0.272 0.116 0.478 64 K 0.003 0.001 0.116 0.721 0.044 0.064 0.051 65 N 0.001 0.001 0.056 0.890 0.010 0.035 0.007 66 S 0.001 0.001 0.047 0.909 0.007 0.027 0.007 67 I 0.002 0.001 0.020 0.951 0.004 0.015 0.006 68 E 0.002 0.001 0.016 0.959 0.005 0.014 0.005 69 N 0.004 0.001 0.025 0.932 0.005 0.029 0.006 70 H 0.002 0.001 0.024 0.910 0.006 0.048 0.009 71 F 0.003 0.006 0.025 0.831 0.018 0.092 0.024 72 D 0.003 0.001 0.033 0.699 0.037 0.185 0.042 73 T 0.003 0.002 0.032 0.644 0.062 0.185 0.073 74 S 0.005 0.005 0.034 0.566 0.113 0.099 0.178 75 F 0.007 0.007 0.045 0.593 0.066 0.158 0.123 76 E 0.010 0.006 0.051 0.618 0.069 0.119 0.128 77 L 0.013 0.006 0.049 0.609 0.070 0.111 0.142 78 E 0.020 0.006 0.033 0.678 0.061 0.078 0.125 79 A 0.030 0.004 0.029 0.720 0.044 0.050 0.123 80 M 0.034 0.009 0.033 0.711 0.038 0.052 0.122 81 L 0.025 0.007 0.028 0.716 0.048 0.066 0.110 82 E 0.015 0.005 0.025 0.751 0.038 0.086 0.080 83 K 0.007 0.002 0.016 0.718 0.041 0.150 0.065 84 R 0.006 0.002 0.015 0.606 0.047 0.254 0.070 85 V 0.013 0.006 0.020 0.470 0.113 0.178 0.200 86 K 0.023 0.009 0.024 0.541 0.096 0.066 0.239 87 R 0.025 0.006 0.031 0.756 0.042 0.048 0.092 88 Q 0.019 0.005 0.036 0.764 0.032 0.067 0.077 89 L 0.018 0.006 0.026 0.760 0.034 0.063 0.093 90 L 0.012 0.002 0.028 0.815 0.027 0.039 0.077 91 D 0.014 0.002 0.038 0.826 0.021 0.048 0.052 92 E 0.012 0.003 0.049 0.787 0.031 0.066 0.051 93 V 0.016 0.009 0.055 0.695 0.054 0.095 0.078 94 Q 0.021 0.008 0.056 0.555 0.064 0.188 0.107 95 S 0.016 0.005 0.057 0.347 0.093 0.347 0.135 96 I 0.016 0.005 0.070 0.230 0.151 0.353 0.175 97 C 0.026 0.019 0.095 0.092 0.164 0.171 0.433 98 P 0.038 0.016 0.122 0.070 0.196 0.196 0.363 99 P 0.048 0.014 0.076 0.056 0.204 0.404 0.199 100 H 0.100 0.007 0.028 0.015 0.233 0.281 0.336 101 V 0.285 0.016 0.004 0.006 0.138 0.014 0.537 102 T 0.688 0.013 0.002 0.002 0.049 0.005 0.241 103 I 0.920 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.065 104 M 0.960 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 105 Q 0.945 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.042 106 V 0.890 0.006 0.002 0.003 0.012 0.004 0.083 107 R 0.645 0.010 0.006 0.008 0.043 0.016 0.273 108 Q 0.321 0.010 0.020 0.022 0.147 0.078 0.402 109 G 0.168 0.019 0.037 0.033 0.264 0.130 0.349 110 L 0.088 0.014 0.046 0.046 0.307 0.106 0.393 111 A 0.042 0.013 0.054 0.053 0.162 0.216 0.459 112 K 0.026 0.011 0.048 0.086 0.227 0.349 0.253 113 G 0.028 0.011 0.023 0.117 0.291 0.181 0.349 114 L 0.036 0.013 0.011 0.417 0.148 0.041 0.334 115 G 0.017 0.003 0.006 0.861 0.030 0.021 0.063 116 H 0.019 0.002 0.010 0.916 0.014 0.013 0.025 117 A 0.011 0.001 0.014 0.950 0.004 0.009 0.010 118 V 0.006 0.001 0.008 0.972 0.003 0.006 0.004 119 L 0.015 0.001 0.012 0.945 0.003 0.017 0.007 120 C 0.005 0.001 0.018 0.891 0.004 0.072 0.009 121 A 0.007 0.002 0.027 0.863 0.018 0.042 0.041 122 H 0.003 0.001 0.093 0.853 0.007 0.026 0.017 123 P 0.003 0.001 0.074 0.831 0.010 0.075 0.007 124 V 0.002 0.002 0.073 0.745 0.022 0.140 0.016 125 V 0.010 0.013 0.043 0.400 0.177 0.226 0.130 126 G 0.008 0.005 0.022 0.066 0.140 0.585 0.174 127 D 0.019 0.005 0.015 0.014 0.337 0.394 0.215 128 E 0.097 0.002 0.004 0.005 0.473 0.040 0.380 129 P 0.440 0.008 0.002 0.002 0.095 0.016 0.437 130 V 0.928 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.057 131 A 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 132 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 133 I 0.918 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.067 134 L 0.612 0.006 0.004 0.003 0.055 0.020 0.302 135 P 0.291 0.008 0.030 0.010 0.267 0.163 0.231 136 D 0.161 0.010 0.054 0.011 0.280 0.184 0.300 137 V 0.327 0.020 0.059 0.020 0.201 0.096 0.278 138 I 0.450 0.051 0.031 0.023 0.089 0.046 0.309 139 L 0.441 0.050 0.021 0.027 0.102 0.038 0.322 140 D 0.353 0.074 0.020 0.036 0.097 0.051 0.368 141 E 0.110 0.027 0.044 0.040 0.092 0.099 0.588 142 Y 0.031 0.011 0.124 0.074 0.192 0.361 0.208 143 E 0.027 0.012 0.145 0.082 0.149 0.451 0.136 144 S 0.020 0.015 0.116 0.076 0.325 0.161 0.286 145 D 0.015 0.015 0.083 0.045 0.183 0.131 0.526 146 L 0.014 0.007 0.180 0.102 0.103 0.416 0.178 147 S 0.013 0.004 0.127 0.105 0.139 0.232 0.379 148 Q 0.015 0.023 0.073 0.129 0.260 0.120 0.380 149 D 0.018 0.071 0.014 0.223 0.124 0.058 0.492 150 N 0.001 0.001 0.016 0.919 0.013 0.020 0.029 151 L 0.001 0.001 0.007 0.968 0.005 0.011 0.009 152 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.003 0.007 0.004 153 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.006 0.003 154 M 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.010 0.004 155 I 0.001 0.001 0.003 0.959 0.003 0.028 0.005 156 R 0.001 0.001 0.005 0.941 0.005 0.040 0.009 157 R 0.003 0.002 0.012 0.896 0.012 0.050 0.025 158 F 0.005 0.003 0.029 0.793 0.023 0.108 0.039 159 D 0.006 0.003 0.056 0.598 0.049 0.230 0.058 160 E 0.004 0.002 0.039 0.187 0.127 0.573 0.069 161 T 0.009 0.002 0.015 0.021 0.220 0.562 0.171 162 G 0.048 0.007 0.006 0.003 0.277 0.074 0.584 163 H 0.263 0.007 0.006 0.001 0.197 0.033 0.492 164 S 0.808 0.006 0.003 0.001 0.037 0.005 0.142 165 Q 0.964 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 166 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 167 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 168 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 169 E 0.902 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.086 170 P 0.785 0.015 0.001 0.001 0.026 0.003 0.169 171 V 0.506 0.019 0.002 0.001 0.074 0.012 0.386 172 A 0.222 0.017 0.005 0.001 0.315 0.051 0.389 173 D 0.084 0.019 0.007 0.002 0.267 0.049 0.572 174 V 0.040 0.011 0.130 0.018 0.223 0.299 0.279 175 T 0.037 0.008 0.161 0.012 0.253 0.395 0.135 176 A 0.081 0.016 0.226 0.017 0.192 0.326 0.142 177 Y 0.222 0.021 0.065 0.018 0.132 0.202 0.340 178 G 0.512 0.017 0.022 0.009 0.104 0.113 0.223 179 V 0.820 0.012 0.005 0.004 0.030 0.012 0.117 180 V 0.916 0.015 0.002 0.004 0.008 0.002 0.053 181 D 0.892 0.011 0.001 0.004 0.006 0.002 0.083 182 C 0.706 0.014 0.003 0.007 0.023 0.017 0.230 183 K 0.435 0.014 0.009 0.014 0.132 0.075 0.322 184 G 0.227 0.012 0.033 0.049 0.241 0.099 0.338 185 V 0.237 0.018 0.080 0.104 0.123 0.121 0.317 186 E 0.326 0.023 0.099 0.100 0.108 0.118 0.225 187 L 0.380 0.019 0.077 0.129 0.103 0.114 0.178 188 A 0.326 0.014 0.058 0.120 0.125 0.163 0.195 189 P 0.179 0.013 0.083 0.061 0.192 0.286 0.187 190 G 0.066 0.004 0.057 0.028 0.249 0.451 0.145 191 E 0.110 0.008 0.041 0.018 0.260 0.344 0.219 192 S 0.324 0.008 0.016 0.009 0.188 0.130 0.325 193 V 0.504 0.013 0.007 0.004 0.107 0.032 0.334 194 P 0.755 0.020 0.004 0.002 0.028 0.004 0.187 195 M 0.915 0.006 0.003 0.001 0.008 0.003 0.064 196 V 0.932 0.003 0.004 0.002 0.006 0.002 0.052 197 G 0.924 0.002 0.003 0.002 0.006 0.001 0.061 198 V 0.914 0.005 0.004 0.003 0.008 0.003 0.063 199 V 0.893 0.009 0.004 0.004 0.014 0.003 0.075 200 E 0.645 0.009 0.006 0.009 0.051 0.008 0.273 201 K 0.318 0.016 0.005 0.010 0.137 0.020 0.495 202 P 0.082 0.022 0.010 0.016 0.215 0.035 0.619 203 K 0.016 0.013 0.022 0.015 0.117 0.045 0.772 204 A 0.005 0.002 0.310 0.061 0.095 0.312 0.214 205 D 0.003 0.002 0.362 0.056 0.085 0.340 0.151 206 V 0.004 0.009 0.196 0.056 0.198 0.097 0.440 207 A 0.010 0.014 0.111 0.074 0.186 0.152 0.452 208 P 0.015 0.011 0.191 0.087 0.144 0.250 0.301 209 S 0.043 0.012 0.205 0.048 0.174 0.196 0.323 210 N 0.091 0.012 0.141 0.050 0.164 0.213 0.328 211 L 0.378 0.022 0.052 0.031 0.152 0.083 0.282 212 A 0.545 0.018 0.025 0.031 0.125 0.028 0.227 213 I 0.732 0.049 0.018 0.027 0.022 0.017 0.134 214 V 0.729 0.008 0.029 0.044 0.029 0.048 0.113 215 G 0.660 0.005 0.029 0.063 0.065 0.093 0.085 216 R 0.685 0.007 0.035 0.061 0.050 0.070 0.091 217 Y 0.782 0.007 0.017 0.025 0.037 0.083 0.049 218 V 0.793 0.015 0.016 0.015 0.041 0.044 0.076 219 L 0.587 0.062 0.007 0.006 0.117 0.014 0.207 220 S 0.153 0.005 0.003 0.006 0.088 0.010 0.734 221 A 0.003 0.002 0.376 0.433 0.028 0.138 0.020 222 D 0.002 0.004 0.278 0.585 0.025 0.094 0.013 223 I 0.001 0.001 0.290 0.646 0.009 0.037 0.016 224 W 0.002 0.001 0.066 0.884 0.009 0.017 0.021 225 P 0.005 0.001 0.080 0.818 0.012 0.069 0.016 226 L 0.002 0.001 0.082 0.812 0.015 0.074 0.015 227 L 0.003 0.004 0.098 0.768 0.026 0.066 0.035 228 A 0.004 0.001 0.130 0.588 0.017 0.239 0.021 229 K 0.003 0.001 0.102 0.498 0.019 0.341 0.037 230 T 0.006 0.022 0.045 0.262 0.195 0.071 0.399 231 P 0.012 0.030 0.026 0.053 0.127 0.097 0.654 232 P 0.007 0.010 0.057 0.056 0.169 0.476 0.225 233 G 0.004 0.004 0.080 0.024 0.143 0.469 0.276 234 A 0.009 0.005 0.084 0.037 0.250 0.279 0.335 235 G 0.019 0.009 0.077 0.069 0.180 0.425 0.221 236 D 0.026 0.013 0.086 0.114 0.275 0.147 0.339 237 E 0.072 0.028 0.051 0.250 0.140 0.083 0.376 238 I 0.188 0.046 0.054 0.245 0.086 0.073 0.307 239 Q 0.188 0.046 0.082 0.232 0.059 0.098 0.295 240 L 0.097 0.013 0.074 0.301 0.056 0.089 0.371 241 T 0.050 0.004 0.066 0.543 0.064 0.058 0.215 242 D 0.019 0.004 0.041 0.805 0.030 0.037 0.064 243 A 0.005 0.002 0.016 0.896 0.023 0.017 0.040 244 I 0.003 0.001 0.006 0.954 0.008 0.008 0.021 245 D 0.002 0.001 0.003 0.979 0.004 0.007 0.006 246 M 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.003 247 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.008 0.003 248 I 0.001 0.001 0.003 0.958 0.004 0.027 0.005 249 E 0.001 0.001 0.008 0.802 0.007 0.175 0.007 250 K 0.002 0.001 0.006 0.204 0.054 0.699 0.035 251 E 0.008 0.002 0.003 0.013 0.263 0.411 0.301 252 T 0.074 0.004 0.002 0.001 0.213 0.034 0.672 253 V 0.644 0.016 0.002 0.001 0.028 0.004 0.305 254 E 0.922 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.061 255 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 256 Y 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 257 H 0.933 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.056 258 M 0.764 0.005 0.004 0.001 0.031 0.027 0.168 259 K 0.162 0.006 0.019 0.002 0.203 0.499 0.110 260 G 0.082 0.004 0.028 0.003 0.279 0.479 0.126 261 K 0.433 0.046 0.020 0.006 0.096 0.051 0.349 262 S 0.606 0.076 0.012 0.006 0.043 0.022 0.235 263 H 0.493 0.050 0.022 0.013 0.124 0.043 0.254 264 D 0.279 0.051 0.024 0.019 0.131 0.109 0.387 265 C 0.064 0.013 0.018 0.020 0.232 0.275 0.378 266 G 0.010 0.012 0.005 0.009 0.524 0.124 0.316 267 N 0.003 0.009 0.001 0.024 0.469 0.012 0.482 268 K 0.001 0.001 0.019 0.900 0.026 0.032 0.022 269 L 0.001 0.001 0.016 0.947 0.004 0.028 0.004 270 G 0.001 0.001 0.016 0.958 0.003 0.019 0.004 271 Y 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.004 0.002 272 M 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.007 0.004 273 Q 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.014 0.003 274 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.012 0.005 275 F 0.002 0.001 0.001 0.983 0.003 0.007 0.003 276 V 0.002 0.001 0.001 0.985 0.003 0.005 0.003 277 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.008 0.002 278 Y 0.001 0.001 0.004 0.968 0.002 0.021 0.003 279 G 0.003 0.001 0.008 0.916 0.006 0.060 0.006 280 I 0.003 0.001 0.015 0.789 0.018 0.156 0.019 281 R 0.003 0.004 0.017 0.653 0.097 0.121 0.105 282 H 0.004 0.005 0.031 0.362 0.170 0.080 0.347 283 N 0.001 0.001 0.143 0.494 0.061 0.232 0.067 284 T 0.002 0.004 0.193 0.359 0.060 0.317 0.066 285 L 0.003 0.005 0.164 0.326 0.111 0.229 0.161 286 G 0.006 0.003 0.037 0.376 0.125 0.123 0.331 287 T 0.001 0.001 0.042 0.884 0.015 0.034 0.024 288 E 0.001 0.002 0.026 0.925 0.007 0.027 0.014 289 F 0.001 0.001 0.009 0.976 0.001 0.010 0.004 290 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 291 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 292 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 293 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 294 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.010 0.002 295 E 0.001 0.001 0.005 0.966 0.003 0.023 0.003 296 E 0.001 0.001 0.014 0.893 0.003 0.081 0.008 297 M 0.001 0.005 0.032 0.592 0.016 0.334 0.020 298 G 0.007 0.003 0.045 0.295 0.076 0.475 0.100 299 I 0.011 0.007 0.063 0.195 0.166 0.154 0.404 300 K 0.026 0.064 0.034 0.123 0.028 0.077 0.648 301 K 0.001 0.001 0.003 0.013 0.007 0.005 0.969