# TARGET T0244 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0244.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.610 0.234 0.097 0.046 0.011 0.002 0.001 2 A 0.440 0.239 0.152 0.108 0.048 0.012 0.001 3 I 0.271 0.185 0.176 0.192 0.131 0.042 0.003 4 N 0.440 0.245 0.123 0.095 0.065 0.028 0.004 5 T 0.283 0.254 0.215 0.158 0.067 0.020 0.003 6 K 0.438 0.324 0.148 0.063 0.021 0.005 0.001 7 V 0.099 0.239 0.245 0.247 0.139 0.030 0.002 8 K 0.023 0.076 0.143 0.281 0.332 0.139 0.006 9 K 0.024 0.132 0.216 0.289 0.234 0.097 0.008 10 A 0.018 0.020 0.028 0.075 0.174 0.456 0.229 11 V 0.003 0.004 0.008 0.032 0.095 0.375 0.484 12 I 0.003 0.003 0.006 0.018 0.049 0.227 0.694 13 P 0.005 0.005 0.009 0.022 0.053 0.216 0.691 14 V 0.004 0.006 0.009 0.027 0.090 0.312 0.552 15 A 0.003 0.008 0.018 0.042 0.104 0.314 0.512 16 G 0.012 0.029 0.062 0.127 0.226 0.322 0.222 17 L 0.030 0.079 0.133 0.183 0.205 0.242 0.128 18 G 0.038 0.052 0.091 0.160 0.242 0.279 0.138 19 T 0.043 0.067 0.118 0.165 0.214 0.266 0.127 20 R 0.050 0.055 0.069 0.140 0.219 0.296 0.171 21 M 0.054 0.040 0.044 0.082 0.158 0.334 0.288 22 L 0.103 0.107 0.105 0.159 0.195 0.215 0.116 23 P 0.157 0.157 0.160 0.166 0.147 0.139 0.074 24 A 0.152 0.114 0.114 0.162 0.192 0.189 0.078 25 T 0.171 0.155 0.168 0.187 0.157 0.119 0.043 26 K 0.275 0.225 0.177 0.142 0.100 0.061 0.020 27 A 0.272 0.236 0.176 0.144 0.101 0.055 0.015 28 I 0.146 0.159 0.166 0.206 0.172 0.120 0.030 29 P 0.095 0.090 0.114 0.183 0.221 0.230 0.067 30 K 0.052 0.064 0.098 0.175 0.264 0.252 0.094 31 E 0.065 0.060 0.088 0.143 0.215 0.285 0.143 32 M 0.041 0.033 0.040 0.092 0.166 0.354 0.273 33 L 0.064 0.054 0.068 0.127 0.186 0.287 0.215 34 P 0.173 0.149 0.122 0.144 0.165 0.171 0.077 35 L 0.128 0.090 0.112 0.167 0.214 0.228 0.060 36 V 0.188 0.134 0.126 0.176 0.181 0.159 0.036 37 D 0.173 0.209 0.205 0.193 0.119 0.082 0.018 38 K 0.040 0.104 0.162 0.252 0.283 0.138 0.020 39 P 0.026 0.076 0.133 0.219 0.298 0.203 0.045 40 L 0.005 0.016 0.036 0.112 0.228 0.452 0.151 41 I 0.001 0.002 0.005 0.021 0.094 0.499 0.378 42 Q 0.005 0.031 0.091 0.247 0.289 0.271 0.067 43 Y 0.004 0.019 0.068 0.182 0.318 0.339 0.070 44 V 0.001 0.004 0.006 0.027 0.134 0.485 0.343 45 V 0.001 0.001 0.006 0.055 0.272 0.550 0.114 46 N 0.005 0.111 0.259 0.344 0.217 0.059 0.005 47 E 0.005 0.034 0.143 0.340 0.327 0.142 0.009 48 C 0.001 0.005 0.012 0.059 0.298 0.557 0.068 49 I 0.016 0.127 0.290 0.366 0.155 0.042 0.003 50 A 0.250 0.453 0.172 0.084 0.031 0.009 0.001 51 A 0.036 0.177 0.252 0.285 0.186 0.056 0.006 52 G 0.077 0.255 0.286 0.249 0.108 0.024 0.001 53 I 0.009 0.018 0.059 0.169 0.377 0.341 0.028 54 T 0.007 0.073 0.174 0.379 0.291 0.074 0.003 55 E 0.001 0.017 0.094 0.241 0.346 0.273 0.028 56 I 0.001 0.001 0.001 0.008 0.066 0.488 0.438 57 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.303 0.651 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.886 59 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.260 0.715 60 T 0.001 0.001 0.005 0.025 0.111 0.515 0.343 61 H 0.001 0.010 0.046 0.151 0.334 0.377 0.081 62 S 0.005 0.037 0.114 0.242 0.340 0.225 0.037 63 S 0.095 0.390 0.272 0.159 0.066 0.016 0.002 64 K 0.075 0.218 0.326 0.266 0.091 0.021 0.002 65 N 0.491 0.396 0.093 0.016 0.003 0.001 0.001 66 S 0.023 0.193 0.361 0.296 0.108 0.017 0.002 67 I 0.003 0.011 0.048 0.196 0.483 0.253 0.007 68 E 0.026 0.253 0.415 0.240 0.058 0.008 0.001 69 N 0.160 0.520 0.223 0.071 0.019 0.006 0.001 70 H 0.004 0.030 0.167 0.431 0.304 0.062 0.002 71 F 0.007 0.020 0.067 0.249 0.446 0.203 0.007 72 D 0.151 0.441 0.263 0.104 0.032 0.008 0.001 73 T 0.235 0.395 0.241 0.093 0.028 0.008 0.001 74 S 0.071 0.137 0.194 0.274 0.222 0.096 0.006 75 F 0.188 0.235 0.238 0.193 0.109 0.035 0.002 76 E 0.408 0.258 0.150 0.110 0.055 0.018 0.002 77 L 0.299 0.239 0.191 0.149 0.091 0.029 0.002 78 E 0.411 0.234 0.166 0.118 0.054 0.016 0.001 79 A 0.407 0.247 0.158 0.107 0.058 0.021 0.002 80 M 0.412 0.240 0.161 0.121 0.051 0.014 0.001 81 L 0.333 0.212 0.175 0.157 0.092 0.028 0.002 82 E 0.497 0.271 0.148 0.061 0.019 0.005 0.001 83 K 0.662 0.193 0.074 0.047 0.018 0.006 0.001 84 R 0.705 0.152 0.068 0.042 0.023 0.009 0.001 85 V 0.455 0.237 0.151 0.098 0.042 0.014 0.002 86 K 0.464 0.251 0.127 0.091 0.048 0.017 0.003 87 R 0.331 0.307 0.184 0.108 0.050 0.019 0.003 88 Q 0.409 0.262 0.164 0.103 0.045 0.015 0.001 89 L 0.188 0.196 0.167 0.197 0.166 0.076 0.009 90 L 0.118 0.139 0.203 0.236 0.191 0.100 0.013 91 D 0.352 0.321 0.151 0.099 0.051 0.022 0.003 92 E 0.196 0.252 0.203 0.176 0.115 0.052 0.006 93 V 0.100 0.122 0.169 0.258 0.228 0.110 0.013 94 Q 0.348 0.241 0.159 0.131 0.078 0.036 0.005 95 S 0.431 0.257 0.147 0.096 0.046 0.019 0.003 96 I 0.361 0.233 0.150 0.133 0.081 0.036 0.005 97 C 0.311 0.242 0.177 0.149 0.085 0.032 0.005 98 P 0.304 0.277 0.190 0.136 0.068 0.023 0.003 99 P 0.126 0.196 0.224 0.250 0.158 0.043 0.002 100 H 0.116 0.295 0.301 0.201 0.071 0.015 0.001 101 V 0.019 0.043 0.090 0.238 0.375 0.217 0.019 102 T 0.020 0.107 0.245 0.322 0.221 0.079 0.007 103 I 0.005 0.011 0.028 0.095 0.259 0.475 0.127 104 M 0.011 0.043 0.093 0.190 0.297 0.308 0.058 105 Q 0.011 0.037 0.080 0.188 0.289 0.323 0.073 106 V 0.014 0.045 0.088 0.176 0.294 0.302 0.080 107 R 0.068 0.174 0.208 0.244 0.182 0.100 0.025 108 Q 0.128 0.198 0.201 0.219 0.153 0.079 0.022 109 G 0.271 0.265 0.170 0.129 0.094 0.056 0.016 110 L 0.187 0.204 0.197 0.175 0.125 0.082 0.030 111 A 0.091 0.143 0.154 0.216 0.205 0.145 0.046 112 K 0.047 0.134 0.216 0.247 0.223 0.110 0.022 113 G 0.018 0.050 0.092 0.211 0.299 0.253 0.077 114 L 0.002 0.007 0.015 0.045 0.157 0.469 0.305 115 G 0.003 0.015 0.040 0.130 0.285 0.380 0.147 116 H 0.005 0.032 0.102 0.268 0.325 0.222 0.047 117 A 0.002 0.005 0.008 0.033 0.129 0.500 0.324 118 V 0.001 0.002 0.003 0.014 0.061 0.409 0.511 119 L 0.002 0.024 0.113 0.308 0.299 0.224 0.030 120 C 0.001 0.005 0.032 0.181 0.463 0.296 0.022 121 A 0.001 0.001 0.002 0.015 0.145 0.575 0.263 122 H 0.001 0.011 0.062 0.206 0.312 0.335 0.073 123 P 0.019 0.246 0.286 0.241 0.140 0.059 0.008 124 V 0.006 0.049 0.162 0.382 0.298 0.096 0.009 125 V 0.008 0.035 0.093 0.275 0.434 0.150 0.006 126 G 0.192 0.426 0.263 0.098 0.019 0.002 0.001 127 D 0.324 0.463 0.156 0.049 0.007 0.001 0.001 128 E 0.060 0.336 0.341 0.202 0.055 0.006 0.001 129 P 0.004 0.069 0.206 0.409 0.261 0.050 0.001 130 V 0.001 0.002 0.008 0.053 0.230 0.568 0.140 131 A 0.001 0.001 0.001 0.009 0.056 0.389 0.544 132 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.168 0.815 133 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.159 0.822 134 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.054 0.222 0.697 135 P 0.001 0.003 0.009 0.030 0.095 0.297 0.565 136 D 0.004 0.013 0.036 0.078 0.176 0.393 0.299 137 V 0.008 0.020 0.046 0.126 0.217 0.378 0.205 138 I 0.009 0.013 0.024 0.068 0.184 0.452 0.249 139 L 0.008 0.016 0.031 0.099 0.282 0.427 0.138 140 D 0.027 0.127 0.234 0.292 0.215 0.088 0.017 141 E 0.139 0.242 0.245 0.179 0.117 0.065 0.013 142 Y 0.126 0.188 0.206 0.214 0.157 0.093 0.016 143 E 0.311 0.267 0.206 0.130 0.062 0.022 0.003 144 S 0.234 0.148 0.166 0.202 0.173 0.069 0.008 145 D 0.486 0.258 0.143 0.064 0.033 0.015 0.002 146 L 0.395 0.252 0.163 0.137 0.044 0.009 0.001 147 S 0.216 0.272 0.258 0.166 0.067 0.019 0.001 148 Q 0.399 0.223 0.153 0.114 0.070 0.036 0.005 149 D 0.206 0.329 0.208 0.149 0.070 0.029 0.009 150 N 0.037 0.063 0.114 0.202 0.311 0.233 0.041 151 L 0.048 0.181 0.323 0.286 0.125 0.033 0.003 152 A 0.151 0.476 0.256 0.090 0.022 0.005 0.001 153 E 0.018 0.053 0.134 0.294 0.361 0.134 0.006 154 M 0.005 0.016 0.043 0.213 0.430 0.279 0.015 155 I 0.081 0.406 0.298 0.156 0.047 0.010 0.001 156 R 0.072 0.290 0.341 0.215 0.067 0.013 0.001 157 R 0.016 0.050 0.094 0.251 0.401 0.179 0.009 158 F 0.078 0.170 0.285 0.303 0.134 0.029 0.002 159 D 0.487 0.339 0.112 0.046 0.013 0.003 0.001 160 E 0.332 0.361 0.194 0.088 0.022 0.003 0.001 161 T 0.251 0.356 0.230 0.110 0.042 0.009 0.001 162 G 0.020 0.095 0.203 0.320 0.274 0.084 0.004 163 H 0.004 0.036 0.122 0.354 0.341 0.132 0.012 164 S 0.001 0.004 0.013 0.057 0.200 0.508 0.217 165 Q 0.001 0.001 0.004 0.018 0.089 0.413 0.474 166 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.228 0.739 167 M 0.001 0.002 0.006 0.023 0.077 0.347 0.545 168 V 0.001 0.003 0.011 0.037 0.135 0.485 0.328 169 E 0.002 0.015 0.049 0.162 0.342 0.352 0.078 170 P 0.022 0.156 0.279 0.281 0.195 0.059 0.008 171 V 0.042 0.143 0.242 0.307 0.194 0.067 0.006 172 A 0.333 0.362 0.173 0.095 0.030 0.007 0.001 173 D 0.315 0.309 0.200 0.116 0.046 0.013 0.001 174 V 0.145 0.170 0.201 0.257 0.170 0.054 0.003 175 T 0.271 0.285 0.205 0.140 0.074 0.023 0.002 176 A 0.234 0.333 0.238 0.133 0.046 0.014 0.002 177 Y 0.046 0.106 0.198 0.280 0.241 0.115 0.013 178 G 0.014 0.053 0.119 0.239 0.297 0.246 0.032 179 V 0.006 0.027 0.093 0.218 0.319 0.293 0.043 180 V 0.003 0.006 0.019 0.072 0.241 0.540 0.118 181 D 0.016 0.099 0.246 0.330 0.223 0.080 0.007 182 C 0.022 0.070 0.144 0.264 0.320 0.163 0.016 183 K 0.156 0.298 0.242 0.184 0.088 0.029 0.002 184 G 0.228 0.289 0.205 0.154 0.087 0.034 0.002 185 V 0.221 0.239 0.216 0.181 0.104 0.037 0.002 186 E 0.417 0.259 0.149 0.106 0.053 0.015 0.001 187 L 0.511 0.242 0.137 0.078 0.026 0.005 0.001 188 A 0.620 0.224 0.090 0.049 0.014 0.003 0.001 189 P 0.642 0.239 0.079 0.031 0.008 0.001 0.001 190 G 0.698 0.190 0.073 0.031 0.008 0.001 0.001 191 E 0.646 0.212 0.084 0.043 0.012 0.002 0.001 192 S 0.533 0.295 0.110 0.044 0.014 0.003 0.001 193 V 0.178 0.287 0.252 0.188 0.079 0.015 0.001 194 P 0.056 0.207 0.299 0.281 0.126 0.030 0.001 195 M 0.009 0.019 0.054 0.197 0.428 0.273 0.020 196 V 0.030 0.125 0.256 0.314 0.217 0.054 0.003 197 G 0.042 0.172 0.287 0.283 0.160 0.052 0.004 198 V 0.006 0.024 0.067 0.215 0.387 0.273 0.028 199 V 0.044 0.133 0.223 0.267 0.215 0.110 0.008 200 E 0.054 0.137 0.202 0.266 0.227 0.107 0.006 201 K 0.098 0.204 0.281 0.242 0.131 0.043 0.003 202 P 0.252 0.207 0.195 0.193 0.118 0.033 0.002 203 K 0.659 0.219 0.074 0.035 0.011 0.002 0.001 204 A 0.646 0.223 0.085 0.036 0.008 0.001 0.001 205 D 0.711 0.196 0.062 0.024 0.006 0.001 0.001 206 V 0.576 0.256 0.103 0.046 0.016 0.003 0.001 207 A 0.343 0.191 0.179 0.182 0.088 0.016 0.001 208 P 0.482 0.321 0.132 0.052 0.012 0.002 0.001 209 S 0.272 0.270 0.193 0.163 0.080 0.019 0.002 210 N 0.094 0.234 0.248 0.260 0.131 0.031 0.002 211 L 0.053 0.093 0.132 0.231 0.272 0.185 0.034 212 A 0.030 0.040 0.056 0.128 0.216 0.352 0.178 213 I 0.007 0.021 0.049 0.107 0.183 0.348 0.286 214 V 0.002 0.003 0.009 0.028 0.077 0.265 0.616 215 G 0.004 0.011 0.014 0.031 0.083 0.247 0.610 216 R 0.003 0.008 0.023 0.055 0.117 0.285 0.508 217 Y 0.001 0.005 0.016 0.040 0.079 0.353 0.505 218 V 0.001 0.007 0.022 0.082 0.210 0.417 0.260 219 L 0.001 0.005 0.012 0.052 0.235 0.542 0.153 220 S 0.003 0.056 0.223 0.382 0.256 0.072 0.008 221 A 0.066 0.311 0.349 0.180 0.067 0.022 0.004 222 D 0.045 0.356 0.332 0.185 0.061 0.018 0.002 223 I 0.002 0.007 0.024 0.131 0.413 0.406 0.017 224 W 0.003 0.029 0.149 0.329 0.348 0.139 0.004 225 P 0.063 0.489 0.305 0.112 0.026 0.005 0.001 226 L 0.008 0.066 0.283 0.425 0.192 0.025 0.001 227 L 0.007 0.017 0.036 0.162 0.478 0.292 0.007 228 A 0.071 0.285 0.344 0.233 0.059 0.009 0.001 229 K 0.332 0.466 0.156 0.037 0.007 0.001 0.001 230 T 0.056 0.190 0.351 0.293 0.096 0.013 0.001 231 P 0.371 0.350 0.171 0.082 0.022 0.003 0.001 232 P 0.643 0.239 0.082 0.029 0.006 0.001 0.001 233 G 0.742 0.184 0.049 0.019 0.005 0.001 0.001 234 A 0.480 0.256 0.151 0.081 0.027 0.004 0.001 235 G 0.557 0.263 0.110 0.051 0.016 0.003 0.001 236 D 0.336 0.263 0.166 0.146 0.068 0.020 0.002 237 E 0.129 0.261 0.238 0.220 0.116 0.032 0.003 238 I 0.030 0.081 0.146 0.278 0.299 0.149 0.016 239 Q 0.016 0.071 0.163 0.298 0.286 0.149 0.018 240 L 0.005 0.021 0.036 0.108 0.287 0.445 0.098 241 T 0.019 0.109 0.260 0.320 0.202 0.082 0.009 242 D 0.023 0.138 0.256 0.284 0.190 0.096 0.012 243 A 0.003 0.008 0.015 0.064 0.264 0.515 0.131 244 I 0.003 0.011 0.035 0.149 0.386 0.381 0.035 245 D 0.037 0.299 0.359 0.211 0.072 0.020 0.001 246 M 0.026 0.163 0.311 0.337 0.132 0.029 0.001 247 L 0.008 0.028 0.066 0.230 0.437 0.224 0.006 248 I 0.064 0.197 0.279 0.296 0.136 0.027 0.001 249 E 0.517 0.402 0.068 0.012 0.001 0.001 0.001 250 K 0.255 0.435 0.234 0.066 0.009 0.001 0.001 251 E 0.236 0.408 0.236 0.097 0.021 0.002 0.001 252 T 0.098 0.334 0.320 0.183 0.058 0.008 0.001 253 V 0.005 0.011 0.041 0.190 0.425 0.308 0.020 254 E 0.009 0.070 0.176 0.307 0.305 0.126 0.006 255 A 0.002 0.005 0.018 0.075 0.244 0.540 0.116 256 Y 0.010 0.055 0.110 0.222 0.317 0.252 0.033 257 H 0.030 0.134 0.237 0.286 0.202 0.097 0.014 258 M 0.036 0.078 0.136 0.276 0.310 0.147 0.016 259 K 0.279 0.366 0.198 0.104 0.039 0.013 0.001 260 G 0.181 0.302 0.237 0.167 0.084 0.026 0.003 261 K 0.069 0.185 0.258 0.270 0.157 0.056 0.005 262 S 0.040 0.079 0.122 0.224 0.307 0.208 0.020 263 H 0.033 0.079 0.153 0.251 0.270 0.182 0.031 264 D 0.075 0.131 0.175 0.227 0.206 0.159 0.027 265 C 0.029 0.049 0.087 0.171 0.268 0.312 0.084 266 G 0.130 0.169 0.152 0.179 0.192 0.141 0.036 267 N 0.071 0.236 0.281 0.241 0.118 0.043 0.009 268 K 0.035 0.132 0.226 0.282 0.232 0.082 0.010 269 L 0.263 0.415 0.198 0.085 0.028 0.009 0.002 270 G 0.085 0.237 0.310 0.230 0.101 0.032 0.006 271 Y 0.013 0.029 0.064 0.179 0.385 0.303 0.027 272 M 0.040 0.156 0.256 0.292 0.188 0.063 0.005 273 Q 0.125 0.316 0.296 0.179 0.058 0.023 0.003 274 A 0.023 0.045 0.071 0.167 0.337 0.319 0.038 275 F 0.011 0.025 0.066 0.172 0.309 0.345 0.072 276 V 0.082 0.235 0.281 0.225 0.114 0.054 0.009 277 E 0.069 0.187 0.260 0.261 0.163 0.056 0.005 278 Y 0.009 0.017 0.044 0.145 0.325 0.404 0.057 279 G 0.040 0.105 0.186 0.282 0.257 0.119 0.011 280 I 0.167 0.277 0.216 0.176 0.117 0.042 0.005 281 R 0.220 0.300 0.231 0.166 0.067 0.015 0.001 282 H 0.198 0.232 0.231 0.219 0.097 0.021 0.001 283 N 0.578 0.271 0.092 0.042 0.012 0.003 0.001 284 T 0.581 0.269 0.096 0.037 0.013 0.003 0.001 285 L 0.234 0.249 0.243 0.197 0.068 0.010 0.001 286 G 0.323 0.371 0.201 0.080 0.021 0.003 0.001 287 T 0.606 0.263 0.088 0.034 0.008 0.001 0.001 288 E 0.286 0.451 0.202 0.051 0.009 0.001 0.001 289 F 0.017 0.053 0.127 0.321 0.395 0.085 0.002 290 K 0.032 0.236 0.399 0.251 0.074 0.007 0.001 291 A 0.316 0.557 0.108 0.016 0.002 0.001 0.001 292 W 0.012 0.073 0.297 0.426 0.170 0.021 0.001 293 L 0.014 0.026 0.058 0.216 0.474 0.207 0.006 294 E 0.100 0.325 0.351 0.177 0.041 0.005 0.001 295 E 0.361 0.418 0.176 0.038 0.006 0.001 0.001 296 E 0.046 0.109 0.182 0.312 0.281 0.068 0.002 297 M 0.050 0.086 0.245 0.354 0.223 0.041 0.001 298 G 0.594 0.299 0.082 0.020 0.004 0.001 0.001 299 I 0.383 0.302 0.177 0.107 0.028 0.003 0.001 300 K 0.511 0.242 0.144 0.076 0.022 0.004 0.001 301 K 0.671 0.192 0.081 0.041 0.013 0.002 0.001