# TARGET T0244 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0244.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1685 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.063 0.013 0.018 0.031 0.168 0.707 2 A 0.112 0.024 0.041 0.061 0.225 0.536 3 I 0.081 0.025 0.060 0.054 0.279 0.500 4 N 0.056 0.021 0.068 0.041 0.376 0.438 5 T 0.053 0.012 0.082 0.033 0.419 0.400 6 K 0.055 0.006 0.048 0.017 0.371 0.503 7 V 0.113 0.012 0.024 0.008 0.304 0.538 8 K 0.321 0.019 0.006 0.003 0.180 0.471 9 K 0.656 0.004 0.002 0.001 0.072 0.265 10 A 0.978 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 11 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 P 0.926 0.002 0.001 0.001 0.019 0.052 14 V 0.541 0.009 0.004 0.001 0.136 0.309 15 A 0.222 0.015 0.017 0.003 0.331 0.412 16 G 0.124 0.019 0.063 0.005 0.481 0.308 17 L 0.095 0.025 0.093 0.018 0.542 0.227 18 G 0.111 0.034 0.141 0.034 0.479 0.201 19 T 0.166 0.038 0.103 0.044 0.466 0.183 20 R 0.170 0.028 0.096 0.068 0.402 0.235 21 M 0.115 0.071 0.054 0.087 0.297 0.376 22 L 0.069 0.047 0.021 0.034 0.348 0.481 23 P 0.036 0.025 0.073 0.056 0.455 0.354 24 A 0.032 0.034 0.100 0.059 0.487 0.289 25 T 0.023 0.036 0.124 0.031 0.634 0.152 26 K 0.024 0.014 0.112 0.030 0.555 0.266 27 A 0.024 0.025 0.051 0.031 0.397 0.472 28 I 0.026 0.040 0.020 0.030 0.397 0.486 29 P 0.022 0.025 0.036 0.052 0.337 0.529 30 K 0.003 0.002 0.646 0.180 0.132 0.038 31 E 0.006 0.002 0.718 0.128 0.121 0.025 32 M 0.012 0.006 0.709 0.165 0.088 0.020 33 L 0.070 0.046 0.202 0.221 0.218 0.243 34 P 0.077 0.026 0.176 0.157 0.277 0.287 35 L 0.023 0.015 0.353 0.187 0.378 0.044 36 V 0.020 0.013 0.114 0.265 0.472 0.116 37 D 0.006 0.003 0.020 0.084 0.312 0.575 38 K 0.016 0.008 0.006 0.571 0.132 0.266 39 P 0.031 0.011 0.003 0.704 0.047 0.203 40 L 0.021 0.007 0.006 0.922 0.017 0.027 41 I 0.020 0.001 0.008 0.956 0.008 0.008 42 Q 0.017 0.001 0.022 0.930 0.017 0.013 43 Y 0.015 0.001 0.018 0.928 0.020 0.017 44 V 0.012 0.003 0.009 0.925 0.010 0.040 45 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 46 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 47 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 48 C 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 49 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 50 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.003 0.004 51 A 0.001 0.001 0.007 0.927 0.011 0.053 52 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.964 53 I 0.023 0.003 0.019 0.002 0.145 0.807 54 T 0.281 0.004 0.026 0.001 0.193 0.497 55 E 0.899 0.002 0.006 0.001 0.029 0.063 56 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 57 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 60 T 0.733 0.005 0.001 0.001 0.035 0.226 61 H 0.230 0.008 0.003 0.003 0.487 0.269 62 S 0.033 0.008 0.021 0.024 0.726 0.188 63 S 0.010 0.005 0.060 0.101 0.662 0.163 64 K 0.018 0.010 0.121 0.381 0.395 0.075 65 N 0.011 0.005 0.058 0.733 0.110 0.083 66 S 0.013 0.006 0.062 0.789 0.074 0.057 67 I 0.007 0.002 0.042 0.908 0.025 0.015 68 E 0.012 0.001 0.033 0.910 0.028 0.016 69 N 0.008 0.001 0.023 0.928 0.027 0.013 70 H 0.005 0.001 0.015 0.943 0.021 0.016 71 F 0.005 0.002 0.018 0.882 0.055 0.038 72 D 0.004 0.001 0.038 0.812 0.091 0.054 73 T 0.006 0.002 0.027 0.763 0.112 0.090 74 S 0.009 0.003 0.014 0.620 0.135 0.219 75 F 0.014 0.003 0.015 0.764 0.084 0.120 76 E 0.037 0.006 0.019 0.805 0.071 0.062 77 L 0.065 0.005 0.027 0.789 0.063 0.051 78 E 0.039 0.002 0.032 0.847 0.040 0.040 79 A 0.025 0.002 0.037 0.874 0.034 0.029 80 M 0.016 0.002 0.028 0.872 0.041 0.041 81 L 0.013 0.002 0.022 0.876 0.045 0.041 82 E 0.019 0.003 0.023 0.852 0.053 0.050 83 K 0.024 0.002 0.023 0.814 0.066 0.070 84 R 0.020 0.002 0.009 0.826 0.060 0.083 85 V 0.029 0.004 0.005 0.808 0.041 0.113 86 K 0.017 0.001 0.002 0.947 0.009 0.024 87 R 0.013 0.001 0.002 0.970 0.006 0.009 88 Q 0.006 0.001 0.001 0.987 0.002 0.003 89 L 0.005 0.001 0.002 0.987 0.002 0.004 90 L 0.003 0.001 0.003 0.982 0.005 0.006 91 D 0.003 0.001 0.010 0.969 0.010 0.009 92 E 0.004 0.001 0.012 0.951 0.016 0.015 93 V 0.003 0.002 0.022 0.916 0.032 0.025 94 Q 0.005 0.001 0.052 0.807 0.070 0.065 95 S 0.008 0.003 0.068 0.707 0.102 0.111 96 I 0.029 0.021 0.056 0.373 0.215 0.306 97 C 0.033 0.016 0.020 0.074 0.377 0.480 98 P 0.024 0.007 0.037 0.032 0.741 0.159 99 P 0.024 0.006 0.037 0.023 0.772 0.138 100 H 0.060 0.012 0.020 0.012 0.649 0.247 101 V 0.405 0.016 0.006 0.006 0.225 0.342 102 T 0.760 0.006 0.003 0.005 0.040 0.186 103 I 0.952 0.003 0.003 0.009 0.009 0.024 104 M 0.963 0.001 0.001 0.012 0.006 0.016 105 Q 0.958 0.001 0.001 0.012 0.009 0.019 106 V 0.884 0.004 0.001 0.024 0.023 0.064 107 R 0.744 0.007 0.006 0.043 0.093 0.106 108 Q 0.447 0.014 0.024 0.088 0.245 0.182 109 G 0.150 0.016 0.062 0.086 0.463 0.223 110 L 0.109 0.033 0.090 0.091 0.517 0.159 111 A 0.056 0.018 0.069 0.118 0.533 0.206 112 K 0.012 0.008 0.042 0.241 0.434 0.262 113 G 0.011 0.007 0.009 0.173 0.209 0.592 114 L 0.013 0.007 0.004 0.816 0.034 0.127 115 G 0.004 0.001 0.002 0.968 0.009 0.016 116 H 0.004 0.001 0.003 0.977 0.007 0.008 117 A 0.003 0.001 0.005 0.985 0.004 0.002 118 V 0.003 0.001 0.008 0.983 0.004 0.002 119 L 0.002 0.001 0.015 0.973 0.007 0.003 120 C 0.004 0.001 0.019 0.953 0.015 0.008 121 A 0.006 0.002 0.031 0.900 0.028 0.033 122 H 0.019 0.008 0.126 0.541 0.174 0.133 123 P 0.018 0.003 0.209 0.460 0.220 0.091 124 V 0.028 0.008 0.165 0.395 0.229 0.175 125 V 0.036 0.026 0.082 0.269 0.337 0.250 126 G 0.019 0.006 0.037 0.074 0.429 0.436 127 D 0.015 0.003 0.010 0.007 0.347 0.617 128 E 0.082 0.009 0.007 0.001 0.398 0.503 129 P 0.333 0.007 0.005 0.001 0.184 0.470 130 V 0.909 0.012 0.002 0.001 0.022 0.054 131 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 132 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 133 I 0.947 0.004 0.001 0.001 0.008 0.040 134 L 0.662 0.006 0.002 0.003 0.185 0.142 135 P 0.147 0.003 0.016 0.005 0.560 0.269 136 D 0.055 0.011 0.044 0.009 0.694 0.187 137 V 0.104 0.111 0.036 0.019 0.564 0.167 138 I 0.064 0.043 0.022 0.026 0.282 0.563 139 L 0.038 0.035 0.018 0.034 0.300 0.576 140 D 0.032 0.014 0.043 0.088 0.454 0.370 141 E 0.031 0.019 0.104 0.246 0.445 0.156 142 Y 0.028 0.021 0.078 0.245 0.490 0.138 143 E 0.023 0.017 0.060 0.145 0.615 0.141 144 S 0.015 0.007 0.109 0.181 0.499 0.189 145 D 0.014 0.007 0.116 0.144 0.523 0.196 146 L 0.018 0.021 0.119 0.191 0.431 0.220 147 S 0.021 0.016 0.041 0.245 0.215 0.460 148 Q 0.019 0.009 0.052 0.460 0.176 0.284 149 D 0.010 0.006 0.051 0.581 0.178 0.174 150 N 0.004 0.003 0.040 0.774 0.070 0.107 151 L 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.004 152 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 153 E 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.004 154 M 0.002 0.001 0.006 0.981 0.006 0.005 155 I 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 156 R 0.001 0.001 0.005 0.984 0.005 0.004 157 R 0.001 0.001 0.008 0.973 0.010 0.007 158 F 0.002 0.002 0.017 0.930 0.031 0.019 159 D 0.002 0.001 0.043 0.848 0.088 0.017 160 E 0.003 0.001 0.071 0.741 0.139 0.044 161 T 0.005 0.003 0.080 0.449 0.268 0.196 162 G 0.012 0.003 0.014 0.009 0.302 0.660 163 H 0.072 0.004 0.004 0.001 0.151 0.768 164 S 0.796 0.006 0.001 0.001 0.042 0.154 165 Q 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 166 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 167 M 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 168 V 0.874 0.001 0.001 0.001 0.018 0.105 169 E 0.684 0.005 0.002 0.001 0.053 0.256 170 P 0.485 0.014 0.005 0.001 0.195 0.299 171 V 0.139 0.016 0.024 0.005 0.400 0.416 172 A 0.080 0.017 0.035 0.008 0.538 0.322 173 D 0.062 0.016 0.064 0.008 0.629 0.221 174 V 0.063 0.018 0.183 0.023 0.442 0.272 175 T 0.150 0.024 0.231 0.019 0.371 0.204 176 A 0.214 0.017 0.168 0.023 0.353 0.225 177 Y 0.221 0.010 0.036 0.017 0.356 0.360 178 G 0.316 0.008 0.011 0.006 0.262 0.397 179 V 0.715 0.020 0.005 0.005 0.076 0.179 180 V 0.836 0.034 0.002 0.003 0.028 0.097 181 D 0.769 0.024 0.003 0.004 0.121 0.079 182 C 0.365 0.012 0.008 0.007 0.379 0.229 183 K 0.122 0.004 0.016 0.006 0.626 0.226 184 G 0.232 0.011 0.026 0.014 0.578 0.140 185 V 0.392 0.030 0.032 0.030 0.224 0.292 186 E 0.587 0.074 0.016 0.027 0.138 0.157 187 L 0.497 0.088 0.011 0.014 0.150 0.240 188 A 0.216 0.031 0.010 0.007 0.655 0.081 189 P 0.075 0.009 0.015 0.005 0.824 0.072 190 G 0.014 0.003 0.009 0.002 0.953 0.019 191 E 0.049 0.010 0.005 0.001 0.872 0.062 192 S 0.178 0.030 0.009 0.007 0.490 0.287 193 V 0.532 0.038 0.005 0.002 0.261 0.163 194 P 0.763 0.011 0.006 0.002 0.059 0.160 195 M 0.918 0.007 0.005 0.002 0.019 0.049 196 V 0.915 0.001 0.006 0.003 0.024 0.051 197 G 0.921 0.001 0.005 0.005 0.021 0.047 198 V 0.919 0.003 0.003 0.007 0.020 0.048 199 V 0.891 0.004 0.003 0.006 0.029 0.068 200 E 0.827 0.008 0.003 0.004 0.037 0.122 201 K 0.350 0.020 0.005 0.007 0.097 0.522 202 P 0.075 0.019 0.006 0.007 0.176 0.717 203 K 0.016 0.010 0.048 0.015 0.547 0.364 204 A 0.004 0.004 0.360 0.049 0.491 0.092 205 D 0.004 0.004 0.416 0.057 0.452 0.067 206 V 0.008 0.013 0.211 0.076 0.512 0.180 207 A 0.006 0.013 0.022 0.038 0.319 0.601 208 P 0.008 0.015 0.083 0.097 0.435 0.362 209 S 0.019 0.018 0.100 0.085 0.502 0.275 210 N 0.039 0.012 0.156 0.088 0.479 0.225 211 L 0.135 0.018 0.142 0.102 0.318 0.286 212 A 0.348 0.030 0.056 0.096 0.225 0.246 213 I 0.424 0.020 0.028 0.087 0.209 0.232 214 V 0.482 0.012 0.016 0.090 0.175 0.225 215 G 0.418 0.007 0.017 0.106 0.196 0.256 216 R 0.656 0.007 0.035 0.094 0.101 0.107 217 Y 0.805 0.010 0.023 0.076 0.048 0.038 218 V 0.768 0.023 0.014 0.053 0.057 0.086 219 L 0.398 0.037 0.014 0.085 0.160 0.305 220 S 0.092 0.010 0.020 0.076 0.452 0.349 221 A 0.001 0.001 0.397 0.429 0.157 0.015 222 D 0.001 0.001 0.356 0.533 0.101 0.009 223 I 0.002 0.003 0.249 0.704 0.037 0.004 224 W 0.003 0.006 0.037 0.900 0.024 0.029 225 P 0.002 0.002 0.049 0.900 0.027 0.021 226 L 0.001 0.001 0.052 0.914 0.022 0.010 227 L 0.001 0.001 0.030 0.927 0.031 0.009 228 A 0.001 0.001 0.019 0.900 0.052 0.027 229 K 0.001 0.003 0.014 0.678 0.132 0.172 230 T 0.001 0.008 0.008 0.090 0.326 0.566 231 P 0.001 0.003 0.005 0.003 0.507 0.481 232 P 0.001 0.004 0.065 0.003 0.701 0.225 233 G 0.002 0.004 0.081 0.005 0.808 0.100 234 A 0.003 0.006 0.172 0.028 0.723 0.068 235 G 0.007 0.009 0.069 0.069 0.595 0.251 236 D 0.035 0.020 0.051 0.107 0.413 0.375 237 E 0.109 0.026 0.081 0.274 0.209 0.300 238 I 0.177 0.040 0.069 0.346 0.139 0.228 239 Q 0.181 0.024 0.091 0.347 0.116 0.241 240 L 0.111 0.012 0.066 0.559 0.071 0.182 241 T 0.061 0.004 0.037 0.568 0.115 0.214 242 D 0.013 0.002 0.035 0.859 0.044 0.048 243 A 0.002 0.001 0.015 0.967 0.008 0.006 244 I 0.002 0.001 0.007 0.980 0.006 0.005 245 D 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.004 246 M 0.002 0.001 0.006 0.985 0.005 0.002 247 L 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.003 248 I 0.001 0.001 0.010 0.969 0.017 0.003 249 E 0.001 0.001 0.007 0.952 0.030 0.009 250 K 0.003 0.001 0.009 0.827 0.078 0.081 251 E 0.006 0.002 0.003 0.029 0.177 0.783 252 T 0.032 0.004 0.002 0.003 0.124 0.835 253 V 0.451 0.008 0.006 0.003 0.116 0.416 254 E 0.817 0.003 0.005 0.002 0.046 0.127 255 A 0.958 0.002 0.002 0.002 0.010 0.026 256 Y 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 257 H 0.961 0.002 0.001 0.001 0.010 0.025 258 M 0.835 0.007 0.001 0.002 0.051 0.105 259 K 0.425 0.007 0.004 0.004 0.275 0.285 260 G 0.232 0.008 0.010 0.006 0.434 0.310 261 K 0.381 0.022 0.019 0.011 0.289 0.277 262 S 0.495 0.028 0.032 0.020 0.202 0.224 263 H 0.361 0.033 0.037 0.030 0.223 0.315 264 D 0.209 0.020 0.041 0.032 0.432 0.267 265 C 0.108 0.024 0.038 0.070 0.443 0.317 266 G 0.039 0.020 0.018 0.058 0.450 0.415 267 N 0.019 0.020 0.010 0.059 0.312 0.579 268 K 0.005 0.004 0.046 0.628 0.128 0.189 269 L 0.002 0.001 0.030 0.896 0.046 0.025 270 G 0.001 0.001 0.034 0.931 0.024 0.009 271 Y 0.003 0.001 0.015 0.960 0.012 0.010 272 M 0.006 0.001 0.011 0.961 0.012 0.010 273 Q 0.005 0.001 0.005 0.973 0.009 0.007 274 A 0.006 0.001 0.004 0.979 0.007 0.005 275 F 0.009 0.001 0.005 0.966 0.011 0.009 276 V 0.011 0.001 0.007 0.966 0.008 0.007 277 E 0.013 0.001 0.006 0.970 0.006 0.005 278 Y 0.017 0.001 0.007 0.951 0.007 0.017 279 G 0.065 0.003 0.015 0.643 0.046 0.228 280 I 0.152 0.012 0.026 0.496 0.092 0.222 281 R 0.185 0.020 0.019 0.372 0.139 0.265 282 H 0.090 0.012 0.040 0.212 0.246 0.400 283 N 0.035 0.007 0.120 0.198 0.289 0.351 284 T 0.029 0.011 0.153 0.233 0.321 0.253 285 L 0.025 0.017 0.100 0.293 0.309 0.256 286 G 0.027 0.009 0.046 0.135 0.275 0.507 287 T 0.024 0.008 0.145 0.341 0.215 0.267 288 E 0.037 0.017 0.103 0.373 0.200 0.270 289 F 0.023 0.008 0.103 0.529 0.156 0.181 290 K 0.006 0.001 0.041 0.883 0.036 0.032 291 A 0.009 0.001 0.030 0.911 0.033 0.016 292 W 0.023 0.002 0.028 0.884 0.041 0.022 293 L 0.028 0.003 0.022 0.901 0.025 0.021 294 E 0.026 0.002 0.041 0.883 0.027 0.021 295 E 0.013 0.001 0.027 0.916 0.020 0.022 296 E 0.013 0.003 0.021 0.884 0.030 0.050 297 M 0.010 0.004 0.019 0.708 0.087 0.173 298 G 0.015 0.004 0.020 0.174 0.200 0.586 299 I 0.040 0.014 0.014 0.072 0.178 0.682 300 K 0.053 0.024 0.009 0.029 0.142 0.743 301 K 0.050 0.014 0.020 0.045 0.205 0.665