# TARGET T0244 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0244.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1685 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.981 2 A 0.046 0.026 0.013 0.050 0.009 0.030 0.826 3 I 0.064 0.016 0.061 0.042 0.116 0.105 0.597 4 N 0.043 0.002 0.093 0.024 0.100 0.164 0.574 5 T 0.051 0.005 0.118 0.027 0.279 0.150 0.370 6 K 0.071 0.006 0.054 0.013 0.271 0.182 0.402 7 V 0.240 0.015 0.011 0.004 0.085 0.056 0.589 8 K 0.384 0.018 0.001 0.001 0.027 0.003 0.566 9 K 0.895 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.096 10 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 11 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 12 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 13 P 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 14 V 0.583 0.005 0.008 0.005 0.067 0.019 0.313 15 A 0.174 0.006 0.021 0.013 0.355 0.052 0.379 16 G 0.067 0.016 0.046 0.029 0.397 0.126 0.318 17 L 0.037 0.017 0.100 0.126 0.242 0.258 0.222 18 G 0.054 0.020 0.155 0.164 0.149 0.244 0.214 19 T 0.055 0.021 0.325 0.191 0.078 0.187 0.142 20 R 0.048 0.019 0.224 0.133 0.114 0.357 0.105 21 M 0.049 0.041 0.186 0.132 0.130 0.250 0.211 22 L 0.035 0.014 0.036 0.030 0.433 0.039 0.413 23 P 0.024 0.011 0.193 0.085 0.095 0.304 0.288 24 A 0.031 0.041 0.166 0.071 0.131 0.275 0.286 25 T 0.044 0.029 0.184 0.057 0.107 0.216 0.363 26 K 0.060 0.029 0.116 0.055 0.220 0.303 0.217 27 A 0.064 0.026 0.075 0.041 0.320 0.198 0.277 28 I 0.101 0.026 0.014 0.013 0.430 0.022 0.393 29 P 0.128 0.053 0.021 0.011 0.077 0.020 0.689 30 K 0.174 0.036 0.204 0.039 0.144 0.066 0.338 31 E 0.191 0.023 0.241 0.054 0.079 0.164 0.249 32 M 0.297 0.045 0.179 0.073 0.068 0.107 0.231 33 L 0.359 0.065 0.048 0.055 0.202 0.021 0.250 34 P 0.230 0.019 0.080 0.056 0.052 0.106 0.457 35 L 0.069 0.050 0.288 0.087 0.059 0.222 0.224 36 V 0.012 0.006 0.081 0.025 0.070 0.749 0.056 37 D 0.005 0.001 0.021 0.017 0.176 0.715 0.064 38 K 0.034 0.006 0.002 0.071 0.532 0.015 0.340 39 P 0.114 0.037 0.002 0.351 0.071 0.013 0.411 40 L 0.112 0.005 0.004 0.814 0.010 0.010 0.044 41 I 0.104 0.003 0.006 0.841 0.008 0.009 0.029 42 Q 0.041 0.002 0.003 0.933 0.008 0.002 0.011 43 Y 0.019 0.001 0.006 0.955 0.005 0.006 0.009 44 V 0.020 0.003 0.008 0.924 0.004 0.015 0.025 45 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 46 N 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 48 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 49 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 50 A 0.001 0.001 0.007 0.907 0.002 0.082 0.001 51 A 0.001 0.001 0.006 0.210 0.008 0.774 0.002 52 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.958 0.026 53 I 0.006 0.002 0.003 0.001 0.017 0.009 0.963 54 T 0.099 0.003 0.012 0.001 0.508 0.015 0.363 55 E 0.918 0.001 0.008 0.001 0.021 0.003 0.049 56 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 57 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 59 V 0.883 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.104 60 T 0.563 0.008 0.002 0.001 0.099 0.019 0.307 61 H 0.166 0.018 0.008 0.002 0.380 0.050 0.376 62 S 0.057 0.014 0.041 0.015 0.334 0.278 0.260 63 S 0.016 0.009 0.052 0.032 0.297 0.196 0.397 64 K 0.009 0.007 0.140 0.303 0.138 0.167 0.235 65 N 0.008 0.004 0.081 0.612 0.064 0.140 0.090 66 S 0.014 0.012 0.099 0.732 0.016 0.051 0.076 67 I 0.010 0.003 0.047 0.889 0.006 0.024 0.021 68 E 0.010 0.002 0.060 0.879 0.007 0.025 0.016 69 N 0.007 0.001 0.094 0.786 0.008 0.082 0.022 70 H 0.010 0.003 0.061 0.796 0.012 0.080 0.039 71 F 0.024 0.011 0.042 0.506 0.195 0.084 0.138 72 D 0.013 0.004 0.054 0.430 0.055 0.301 0.142 73 T 0.005 0.002 0.031 0.358 0.139 0.396 0.068 74 S 0.007 0.004 0.029 0.393 0.144 0.220 0.203 75 F 0.007 0.005 0.046 0.561 0.117 0.152 0.111 76 E 0.016 0.016 0.051 0.653 0.029 0.082 0.153 77 L 0.007 0.003 0.035 0.889 0.008 0.022 0.036 78 E 0.005 0.002 0.019 0.925 0.008 0.018 0.023 79 A 0.005 0.001 0.022 0.914 0.009 0.028 0.021 80 M 0.007 0.002 0.017 0.933 0.007 0.016 0.019 81 L 0.006 0.002 0.021 0.927 0.007 0.026 0.011 82 E 0.004 0.001 0.024 0.885 0.007 0.070 0.010 83 K 0.002 0.001 0.013 0.794 0.014 0.161 0.015 84 R 0.003 0.002 0.007 0.634 0.054 0.219 0.081 85 V 0.007 0.008 0.007 0.429 0.083 0.105 0.362 86 K 0.013 0.004 0.012 0.710 0.031 0.058 0.170 87 R 0.012 0.003 0.015 0.892 0.021 0.020 0.037 88 Q 0.012 0.004 0.033 0.872 0.012 0.021 0.046 89 L 0.007 0.002 0.028 0.896 0.011 0.025 0.031 90 L 0.005 0.002 0.020 0.933 0.007 0.014 0.019 91 D 0.004 0.001 0.036 0.905 0.006 0.038 0.011 92 E 0.003 0.001 0.029 0.895 0.005 0.056 0.011 93 V 0.004 0.003 0.054 0.861 0.008 0.058 0.013 94 Q 0.005 0.003 0.115 0.755 0.015 0.085 0.022 95 S 0.006 0.002 0.125 0.549 0.024 0.246 0.048 96 I 0.014 0.017 0.078 0.281 0.138 0.301 0.171 97 C 0.013 0.012 0.017 0.024 0.237 0.062 0.636 98 P 0.012 0.004 0.075 0.027 0.153 0.120 0.610 99 P 0.015 0.004 0.088 0.024 0.308 0.414 0.147 100 H 0.074 0.006 0.055 0.008 0.200 0.360 0.296 101 V 0.256 0.016 0.004 0.005 0.046 0.007 0.666 102 T 0.623 0.008 0.002 0.004 0.029 0.005 0.328 103 I 0.947 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.039 104 M 0.970 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.019 105 Q 0.972 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.016 106 V 0.889 0.003 0.003 0.010 0.011 0.005 0.079 107 R 0.624 0.006 0.006 0.015 0.071 0.019 0.258 108 Q 0.291 0.013 0.021 0.037 0.230 0.086 0.322 109 G 0.108 0.020 0.053 0.053 0.210 0.201 0.356 110 L 0.058 0.013 0.070 0.061 0.190 0.145 0.465 111 A 0.049 0.021 0.096 0.094 0.113 0.265 0.361 112 K 0.018 0.011 0.067 0.134 0.196 0.488 0.087 113 G 0.016 0.010 0.036 0.172 0.257 0.295 0.214 114 L 0.011 0.007 0.019 0.570 0.065 0.072 0.256 115 G 0.004 0.006 0.010 0.850 0.033 0.025 0.072 116 H 0.002 0.001 0.009 0.942 0.011 0.010 0.024 117 A 0.002 0.001 0.012 0.974 0.002 0.006 0.004 118 V 0.005 0.001 0.016 0.964 0.002 0.010 0.002 119 L 0.008 0.002 0.033 0.900 0.004 0.051 0.003 120 C 0.006 0.002 0.049 0.689 0.005 0.241 0.008 121 A 0.006 0.005 0.084 0.672 0.009 0.190 0.034 122 H 0.005 0.002 0.193 0.648 0.061 0.030 0.062 123 P 0.004 0.001 0.316 0.588 0.012 0.056 0.022 124 V 0.005 0.007 0.203 0.616 0.024 0.117 0.028 125 V 0.019 0.015 0.182 0.238 0.171 0.166 0.208 126 G 0.004 0.002 0.059 0.046 0.064 0.780 0.046 127 D 0.006 0.002 0.022 0.004 0.258 0.617 0.091 128 E 0.023 0.002 0.001 0.001 0.615 0.006 0.353 129 P 0.198 0.002 0.001 0.001 0.237 0.027 0.534 130 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.020 131 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 132 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 133 I 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 134 L 0.366 0.002 0.001 0.001 0.041 0.004 0.586 135 P 0.100 0.008 0.031 0.008 0.269 0.212 0.373 136 D 0.057 0.017 0.063 0.019 0.300 0.218 0.325 137 V 0.043 0.024 0.131 0.049 0.261 0.156 0.336 138 I 0.046 0.032 0.042 0.076 0.109 0.076 0.618 139 L 0.055 0.028 0.065 0.085 0.073 0.091 0.602 140 D 0.040 0.039 0.123 0.143 0.110 0.119 0.427 141 E 0.015 0.010 0.182 0.185 0.077 0.375 0.156 142 Y 0.010 0.008 0.153 0.134 0.073 0.420 0.203 143 E 0.013 0.015 0.155 0.078 0.122 0.200 0.417 144 S 0.013 0.007 0.134 0.072 0.158 0.336 0.280 145 D 0.021 0.020 0.110 0.072 0.113 0.334 0.330 146 L 0.022 0.054 0.034 0.058 0.209 0.051 0.573 147 S 0.013 0.016 0.025 0.075 0.070 0.052 0.749 148 Q 0.002 0.002 0.094 0.693 0.033 0.130 0.048 149 D 0.001 0.002 0.048 0.822 0.023 0.081 0.023 150 N 0.002 0.012 0.041 0.788 0.020 0.039 0.097 151 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.003 152 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 154 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 155 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 156 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 157 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.018 0.002 158 F 0.001 0.002 0.006 0.961 0.003 0.020 0.007 159 D 0.001 0.001 0.038 0.851 0.004 0.101 0.005 160 E 0.001 0.001 0.046 0.672 0.015 0.261 0.006 161 T 0.001 0.001 0.032 0.064 0.058 0.819 0.025 162 G 0.003 0.001 0.007 0.002 0.114 0.814 0.059 163 H 0.106 0.006 0.008 0.001 0.124 0.041 0.713 164 S 0.749 0.012 0.002 0.001 0.026 0.002 0.208 165 Q 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 166 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 167 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 168 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 169 E 0.900 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.086 170 P 0.736 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.235 171 V 0.223 0.009 0.004 0.001 0.142 0.015 0.607 172 A 0.115 0.016 0.011 0.003 0.355 0.046 0.454 173 D 0.064 0.012 0.023 0.005 0.242 0.061 0.593 174 V 0.059 0.018 0.098 0.018 0.178 0.149 0.480 175 T 0.113 0.013 0.114 0.018 0.228 0.243 0.271 176 A 0.284 0.021 0.088 0.017 0.158 0.187 0.244 177 Y 0.379 0.016 0.037 0.013 0.136 0.128 0.291 178 G 0.641 0.009 0.015 0.006 0.112 0.074 0.144 179 V 0.860 0.014 0.004 0.003 0.018 0.008 0.092 180 V 0.917 0.018 0.001 0.001 0.006 0.001 0.055 181 D 0.829 0.012 0.002 0.001 0.010 0.003 0.143 182 C 0.480 0.014 0.068 0.014 0.060 0.089 0.274 183 K 0.199 0.004 0.108 0.011 0.227 0.269 0.181 184 G 0.187 0.011 0.208 0.020 0.171 0.203 0.200 185 V 0.424 0.023 0.042 0.024 0.080 0.055 0.352 186 E 0.654 0.035 0.011 0.010 0.047 0.021 0.222 187 L 0.540 0.083 0.006 0.009 0.046 0.016 0.300 188 A 0.271 0.022 0.003 0.003 0.049 0.024 0.627 189 P 0.029 0.006 0.016 0.008 0.094 0.781 0.065 190 G 0.015 0.003 0.025 0.003 0.135 0.718 0.100 191 E 0.058 0.016 0.024 0.006 0.296 0.286 0.314 192 S 0.130 0.044 0.014 0.003 0.222 0.194 0.393 193 V 0.284 0.024 0.003 0.003 0.188 0.006 0.493 194 P 0.545 0.016 0.005 0.004 0.037 0.009 0.384 195 M 0.905 0.027 0.004 0.003 0.007 0.003 0.052 196 V 0.933 0.002 0.002 0.002 0.008 0.003 0.049 197 G 0.964 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.019 198 V 0.966 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 199 V 0.964 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.025 200 E 0.941 0.004 0.001 0.001 0.011 0.002 0.040 201 K 0.558 0.010 0.001 0.001 0.086 0.003 0.341 202 P 0.125 0.014 0.001 0.002 0.076 0.005 0.777 203 K 0.024 0.015 0.016 0.004 0.092 0.019 0.830 204 A 0.005 0.003 0.347 0.045 0.102 0.385 0.113 205 D 0.006 0.004 0.382 0.070 0.071 0.357 0.110 206 V 0.022 0.034 0.257 0.085 0.195 0.118 0.288 207 A 0.027 0.012 0.024 0.026 0.187 0.035 0.688 208 P 0.025 0.014 0.153 0.091 0.082 0.158 0.477 209 S 0.029 0.021 0.191 0.098 0.146 0.259 0.255 210 N 0.050 0.019 0.173 0.112 0.156 0.263 0.227 211 L 0.166 0.021 0.126 0.156 0.121 0.142 0.270 212 A 0.313 0.019 0.063 0.156 0.089 0.078 0.282 213 I 0.504 0.030 0.037 0.111 0.077 0.052 0.188 214 V 0.529 0.024 0.027 0.082 0.050 0.063 0.226 215 G 0.564 0.008 0.036 0.075 0.098 0.070 0.148 216 R 0.611 0.009 0.062 0.104 0.055 0.045 0.114 217 Y 0.726 0.007 0.050 0.068 0.025 0.049 0.075 218 V 0.618 0.042 0.067 0.042 0.060 0.051 0.121 219 L 0.421 0.089 0.028 0.021 0.186 0.046 0.209 220 S 0.093 0.011 0.008 0.004 0.132 0.013 0.738 221 A 0.001 0.001 0.486 0.339 0.016 0.140 0.018 222 D 0.001 0.001 0.416 0.360 0.010 0.203 0.009 223 I 0.001 0.001 0.243 0.654 0.004 0.081 0.017 224 W 0.001 0.001 0.032 0.940 0.005 0.009 0.014 225 P 0.001 0.001 0.023 0.968 0.001 0.005 0.003 226 L 0.001 0.001 0.023 0.968 0.001 0.008 0.001 227 L 0.001 0.002 0.037 0.927 0.002 0.031 0.001 228 A 0.002 0.001 0.041 0.747 0.005 0.200 0.004 229 K 0.003 0.001 0.043 0.412 0.025 0.484 0.032 230 T 0.007 0.017 0.004 0.017 0.500 0.037 0.417 231 P 0.005 0.012 0.002 0.001 0.070 0.011 0.899 232 P 0.004 0.010 0.089 0.009 0.129 0.394 0.365 233 G 0.008 0.007 0.134 0.017 0.133 0.469 0.234 234 A 0.014 0.011 0.185 0.049 0.178 0.380 0.185 235 G 0.017 0.007 0.061 0.057 0.249 0.403 0.206 236 D 0.044 0.011 0.041 0.109 0.273 0.130 0.393 237 E 0.207 0.063 0.040 0.306 0.077 0.072 0.235 238 I 0.306 0.073 0.020 0.294 0.071 0.031 0.204 239 Q 0.253 0.032 0.027 0.212 0.078 0.055 0.343 240 L 0.077 0.006 0.063 0.531 0.051 0.058 0.214 241 T 0.021 0.005 0.055 0.762 0.045 0.041 0.072 242 D 0.006 0.003 0.066 0.828 0.019 0.045 0.032 243 A 0.003 0.001 0.042 0.893 0.006 0.027 0.028 244 I 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.003 0.003 245 D 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 246 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 247 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.008 0.001 248 I 0.001 0.001 0.009 0.954 0.002 0.034 0.001 249 E 0.001 0.001 0.010 0.704 0.003 0.282 0.001 250 K 0.001 0.001 0.012 0.124 0.016 0.835 0.012 251 E 0.005 0.002 0.007 0.015 0.280 0.329 0.362 252 T 0.064 0.010 0.004 0.001 0.084 0.029 0.808 253 V 0.553 0.021 0.003 0.001 0.048 0.004 0.371 254 E 0.899 0.003 0.002 0.001 0.012 0.001 0.082 255 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 256 Y 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 257 H 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 258 M 0.867 0.010 0.003 0.004 0.011 0.010 0.094 259 K 0.442 0.006 0.010 0.007 0.094 0.276 0.165 260 G 0.109 0.002 0.012 0.003 0.283 0.422 0.170 261 K 0.335 0.045 0.012 0.008 0.182 0.090 0.327 262 S 0.461 0.080 0.018 0.010 0.115 0.044 0.272 263 H 0.296 0.021 0.045 0.014 0.147 0.128 0.349 264 D 0.208 0.025 0.046 0.018 0.148 0.211 0.343 265 C 0.123 0.026 0.040 0.033 0.163 0.363 0.252 266 G 0.053 0.023 0.014 0.030 0.306 0.266 0.308 267 N 0.036 0.015 0.006 0.025 0.263 0.019 0.637 268 K 0.013 0.008 0.033 0.735 0.034 0.103 0.074 269 L 0.006 0.002 0.020 0.832 0.021 0.095 0.024 270 G 0.011 0.005 0.014 0.853 0.030 0.035 0.052 271 Y 0.012 0.002 0.004 0.949 0.004 0.011 0.017 272 M 0.020 0.002 0.003 0.956 0.003 0.009 0.007 273 Q 0.012 0.001 0.003 0.969 0.003 0.007 0.006 274 A 0.012 0.001 0.004 0.969 0.003 0.007 0.006 275 F 0.016 0.001 0.004 0.958 0.002 0.014 0.004 276 V 0.017 0.001 0.005 0.963 0.002 0.007 0.004 277 E 0.012 0.001 0.004 0.965 0.002 0.013 0.004 278 Y 0.013 0.001 0.006 0.911 0.004 0.052 0.013 279 G 0.023 0.002 0.005 0.842 0.017 0.088 0.024 280 I 0.076 0.012 0.011 0.680 0.042 0.072 0.107 281 R 0.079 0.011 0.008 0.566 0.068 0.078 0.190 282 H 0.036 0.008 0.020 0.438 0.056 0.082 0.360 283 N 0.007 0.002 0.077 0.425 0.063 0.328 0.097 284 T 0.005 0.004 0.094 0.385 0.031 0.400 0.081 285 L 0.006 0.006 0.059 0.416 0.058 0.294 0.162 286 G 0.013 0.006 0.031 0.242 0.078 0.286 0.345 287 T 0.019 0.011 0.052 0.533 0.129 0.087 0.168 288 E 0.022 0.023 0.059 0.675 0.032 0.050 0.138 289 F 0.006 0.003 0.027 0.889 0.009 0.015 0.052 290 K 0.002 0.001 0.012 0.965 0.003 0.010 0.007 291 A 0.001 0.001 0.005 0.979 0.002 0.009 0.002 292 W 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.007 0.003 293 L 0.002 0.001 0.003 0.977 0.002 0.010 0.005 294 E 0.006 0.001 0.005 0.968 0.003 0.011 0.006 295 E 0.005 0.001 0.011 0.934 0.006 0.032 0.012 296 E 0.003 0.001 0.011 0.818 0.011 0.129 0.026 297 M 0.006 0.004 0.012 0.441 0.029 0.381 0.128 298 G 0.011 0.003 0.021 0.058 0.067 0.181 0.659 299 I 0.025 0.013 0.026 0.036 0.139 0.074 0.686 300 K 0.019 0.017 0.008 0.020 0.056 0.034 0.847 301 K 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.982