# TARGET T0244 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0244.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1685 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.637 0.233 0.084 0.033 0.010 0.002 0.001 2 A 0.457 0.261 0.146 0.091 0.036 0.009 0.001 3 I 0.342 0.252 0.194 0.147 0.053 0.011 0.001 4 N 0.655 0.239 0.073 0.026 0.006 0.001 0.001 5 T 0.740 0.170 0.057 0.024 0.008 0.001 0.001 6 K 0.484 0.333 0.129 0.041 0.011 0.001 0.001 7 V 0.104 0.297 0.278 0.227 0.079 0.014 0.001 8 K 0.012 0.073 0.181 0.323 0.311 0.095 0.006 9 K 0.007 0.035 0.132 0.362 0.359 0.098 0.006 10 A 0.001 0.002 0.008 0.039 0.164 0.562 0.223 11 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.314 0.644 12 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.185 0.769 13 P 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.157 0.806 14 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.218 0.738 15 A 0.001 0.007 0.020 0.056 0.120 0.318 0.479 16 G 0.006 0.019 0.042 0.090 0.173 0.316 0.356 17 L 0.015 0.039 0.061 0.121 0.198 0.307 0.261 18 G 0.015 0.037 0.063 0.125 0.189 0.291 0.281 19 T 0.022 0.048 0.075 0.157 0.217 0.304 0.177 20 R 0.019 0.033 0.074 0.152 0.249 0.300 0.173 21 M 0.017 0.016 0.018 0.036 0.104 0.376 0.433 22 L 0.047 0.088 0.110 0.193 0.217 0.191 0.154 23 P 0.076 0.135 0.153 0.180 0.178 0.172 0.106 24 A 0.055 0.086 0.118 0.173 0.208 0.232 0.128 25 T 0.088 0.113 0.161 0.241 0.220 0.141 0.037 26 K 0.284 0.248 0.168 0.136 0.093 0.053 0.017 27 A 0.475 0.235 0.122 0.085 0.048 0.025 0.011 28 I 0.242 0.272 0.225 0.146 0.067 0.036 0.012 29 P 0.292 0.288 0.178 0.125 0.067 0.037 0.012 30 K 0.155 0.176 0.201 0.215 0.160 0.071 0.021 31 E 0.289 0.315 0.200 0.112 0.052 0.026 0.006 32 M 0.065 0.088 0.135 0.216 0.238 0.208 0.049 33 L 0.075 0.116 0.166 0.235 0.246 0.138 0.025 34 P 0.218 0.303 0.229 0.150 0.068 0.027 0.005 35 L 0.171 0.127 0.144 0.222 0.213 0.110 0.014 36 V 0.180 0.180 0.209 0.195 0.146 0.076 0.013 37 D 0.357 0.333 0.169 0.085 0.037 0.015 0.004 38 K 0.072 0.162 0.247 0.269 0.176 0.065 0.010 39 P 0.065 0.125 0.164 0.209 0.230 0.174 0.033 40 L 0.010 0.039 0.090 0.166 0.254 0.324 0.118 41 I 0.002 0.003 0.006 0.034 0.164 0.519 0.271 42 Q 0.004 0.041 0.156 0.337 0.273 0.152 0.038 43 Y 0.009 0.052 0.125 0.220 0.254 0.263 0.076 44 V 0.004 0.012 0.023 0.044 0.139 0.469 0.310 45 V 0.002 0.004 0.012 0.066 0.233 0.511 0.172 46 N 0.017 0.147 0.314 0.322 0.146 0.047 0.008 47 E 0.008 0.045 0.137 0.365 0.325 0.116 0.005 48 C 0.004 0.007 0.014 0.071 0.299 0.512 0.093 49 I 0.012 0.101 0.268 0.357 0.202 0.056 0.003 50 A 0.157 0.415 0.251 0.118 0.045 0.012 0.001 51 A 0.021 0.098 0.243 0.356 0.230 0.049 0.004 52 G 0.070 0.248 0.262 0.231 0.139 0.046 0.004 53 I 0.005 0.020 0.059 0.203 0.410 0.274 0.030 54 T 0.018 0.176 0.289 0.293 0.159 0.055 0.010 55 E 0.002 0.018 0.078 0.246 0.338 0.249 0.068 56 I 0.001 0.001 0.001 0.011 0.092 0.560 0.336 57 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.369 0.600 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.195 0.788 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.241 0.739 60 T 0.001 0.001 0.001 0.013 0.101 0.496 0.388 61 H 0.001 0.008 0.044 0.187 0.389 0.323 0.049 62 S 0.020 0.158 0.269 0.304 0.182 0.059 0.008 63 S 0.160 0.334 0.258 0.165 0.064 0.016 0.002 64 K 0.220 0.313 0.238 0.149 0.063 0.017 0.001 65 N 0.326 0.360 0.204 0.079 0.025 0.005 0.001 66 S 0.059 0.271 0.323 0.224 0.093 0.027 0.002 67 I 0.004 0.013 0.040 0.186 0.405 0.326 0.025 68 E 0.024 0.185 0.357 0.299 0.110 0.024 0.002 69 N 0.094 0.459 0.306 0.109 0.025 0.006 0.001 70 H 0.005 0.022 0.094 0.296 0.395 0.177 0.011 71 F 0.008 0.025 0.093 0.263 0.393 0.205 0.014 72 D 0.316 0.409 0.182 0.069 0.019 0.004 0.001 73 T 0.275 0.328 0.211 0.126 0.043 0.016 0.002 74 S 0.133 0.167 0.190 0.215 0.171 0.113 0.011 75 F 0.129 0.191 0.246 0.241 0.139 0.049 0.006 76 E 0.190 0.252 0.222 0.163 0.108 0.054 0.010 77 L 0.055 0.076 0.131 0.233 0.294 0.186 0.025 78 E 0.089 0.169 0.229 0.244 0.177 0.084 0.008 79 A 0.170 0.201 0.223 0.221 0.135 0.046 0.005 80 M 0.152 0.235 0.219 0.202 0.127 0.057 0.007 81 L 0.051 0.082 0.162 0.311 0.277 0.110 0.007 82 E 0.383 0.324 0.172 0.084 0.030 0.007 0.001 83 K 0.583 0.264 0.096 0.039 0.013 0.004 0.001 84 R 0.527 0.260 0.110 0.061 0.029 0.012 0.001 85 V 0.111 0.174 0.239 0.272 0.154 0.046 0.002 86 K 0.155 0.236 0.258 0.217 0.103 0.028 0.002 87 R 0.408 0.289 0.165 0.093 0.035 0.008 0.001 88 Q 0.308 0.383 0.199 0.078 0.026 0.006 0.001 89 L 0.023 0.067 0.150 0.304 0.311 0.136 0.009 90 L 0.020 0.053 0.144 0.323 0.317 0.136 0.008 91 D 0.374 0.416 0.153 0.045 0.010 0.002 0.001 92 E 0.121 0.288 0.320 0.204 0.056 0.011 0.001 93 V 0.016 0.035 0.086 0.264 0.398 0.194 0.008 94 Q 0.134 0.308 0.308 0.173 0.062 0.014 0.001 95 S 0.299 0.366 0.189 0.097 0.036 0.012 0.001 96 I 0.028 0.096 0.205 0.312 0.260 0.094 0.005 97 C 0.103 0.193 0.262 0.263 0.136 0.040 0.002 98 P 0.354 0.310 0.189 0.101 0.038 0.008 0.001 99 P 0.472 0.295 0.143 0.063 0.021 0.005 0.001 100 H 0.472 0.308 0.123 0.066 0.023 0.007 0.001 101 V 0.046 0.104 0.223 0.324 0.222 0.075 0.006 102 T 0.093 0.326 0.319 0.181 0.061 0.017 0.002 103 I 0.010 0.019 0.051 0.168 0.374 0.334 0.045 104 M 0.021 0.089 0.188 0.288 0.260 0.135 0.020 105 Q 0.028 0.098 0.176 0.239 0.235 0.190 0.034 106 V 0.014 0.031 0.070 0.189 0.314 0.317 0.065 107 R 0.050 0.146 0.220 0.247 0.193 0.118 0.026 108 Q 0.100 0.226 0.217 0.202 0.142 0.089 0.024 109 G 0.143 0.214 0.194 0.170 0.136 0.103 0.039 110 L 0.060 0.127 0.181 0.230 0.208 0.156 0.039 111 A 0.127 0.165 0.181 0.213 0.173 0.111 0.030 112 K 0.162 0.269 0.221 0.164 0.107 0.063 0.014 113 G 0.035 0.109 0.175 0.239 0.258 0.152 0.031 114 L 0.008 0.028 0.065 0.154 0.250 0.346 0.150 115 G 0.003 0.006 0.013 0.046 0.197 0.506 0.230 116 H 0.002 0.013 0.073 0.263 0.361 0.232 0.056 117 A 0.001 0.002 0.007 0.020 0.086 0.428 0.455 118 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.197 0.782 119 L 0.001 0.003 0.017 0.077 0.204 0.380 0.319 120 C 0.001 0.005 0.029 0.114 0.294 0.369 0.189 121 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.070 0.513 0.408 122 H 0.001 0.009 0.049 0.207 0.380 0.315 0.040 123 P 0.009 0.151 0.246 0.251 0.195 0.123 0.025 124 V 0.002 0.028 0.126 0.326 0.338 0.168 0.013 125 V 0.002 0.010 0.053 0.238 0.487 0.203 0.007 126 G 0.132 0.389 0.306 0.136 0.033 0.004 0.001 127 D 0.272 0.455 0.192 0.065 0.013 0.002 0.001 128 E 0.023 0.220 0.337 0.276 0.117 0.026 0.002 129 P 0.001 0.003 0.031 0.210 0.487 0.250 0.018 130 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.062 0.534 0.397 131 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.235 0.750 132 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.938 133 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.943 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.112 0.877 135 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.161 0.821 136 D 0.001 0.001 0.002 0.012 0.067 0.353 0.567 137 V 0.001 0.001 0.007 0.035 0.147 0.440 0.369 138 I 0.001 0.002 0.008 0.027 0.124 0.481 0.358 139 L 0.002 0.006 0.014 0.050 0.195 0.503 0.230 140 D 0.011 0.040 0.105 0.245 0.330 0.233 0.035 141 E 0.085 0.219 0.256 0.246 0.144 0.045 0.005 142 Y 0.191 0.276 0.272 0.191 0.058 0.012 0.001 143 E 0.532 0.266 0.121 0.059 0.019 0.003 0.001 144 S 0.655 0.231 0.085 0.024 0.005 0.001 0.001 145 D 0.570 0.287 0.101 0.032 0.008 0.001 0.001 146 L 0.037 0.072 0.181 0.373 0.274 0.062 0.002 147 S 0.272 0.423 0.215 0.074 0.014 0.002 0.001 148 Q 0.258 0.464 0.203 0.063 0.011 0.001 0.001 149 D 0.256 0.371 0.214 0.106 0.043 0.009 0.001 150 N 0.005 0.084 0.272 0.334 0.229 0.073 0.004 151 L 0.001 0.002 0.009 0.087 0.372 0.482 0.047 152 A 0.009 0.148 0.380 0.340 0.104 0.018 0.001 153 E 0.015 0.246 0.436 0.232 0.061 0.010 0.001 154 M 0.001 0.001 0.007 0.061 0.334 0.558 0.039 155 I 0.001 0.004 0.036 0.228 0.499 0.223 0.010 156 R 0.060 0.535 0.305 0.083 0.014 0.002 0.001 157 R 0.011 0.191 0.431 0.306 0.055 0.005 0.001 158 F 0.002 0.012 0.063 0.282 0.462 0.175 0.004 159 D 0.197 0.412 0.242 0.113 0.032 0.003 0.001 160 E 0.695 0.243 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 161 T 0.249 0.355 0.252 0.113 0.027 0.004 0.001 162 G 0.147 0.349 0.287 0.169 0.041 0.006 0.001 163 H 0.042 0.110 0.215 0.317 0.237 0.074 0.007 164 S 0.002 0.007 0.026 0.087 0.279 0.491 0.108 165 Q 0.001 0.004 0.017 0.080 0.252 0.446 0.200 166 I 0.001 0.001 0.003 0.008 0.044 0.325 0.619 167 M 0.001 0.001 0.004 0.022 0.125 0.440 0.408 168 V 0.001 0.001 0.003 0.019 0.119 0.508 0.350 169 E 0.001 0.013 0.050 0.177 0.357 0.334 0.068 170 P 0.009 0.088 0.196 0.287 0.248 0.150 0.021 171 V 0.010 0.052 0.144 0.283 0.314 0.175 0.022 172 A 0.389 0.314 0.158 0.085 0.038 0.014 0.003 173 D 0.548 0.264 0.114 0.049 0.017 0.007 0.002 174 V 0.287 0.219 0.188 0.171 0.099 0.034 0.003 175 T 0.280 0.275 0.210 0.131 0.067 0.031 0.006 176 A 0.210 0.278 0.212 0.156 0.089 0.046 0.010 177 Y 0.036 0.078 0.160 0.252 0.274 0.165 0.036 178 G 0.027 0.069 0.126 0.207 0.265 0.245 0.060 179 V 0.009 0.034 0.087 0.171 0.258 0.332 0.109 180 V 0.007 0.014 0.030 0.093 0.268 0.454 0.134 181 D 0.029 0.133 0.240 0.287 0.201 0.094 0.017 182 C 0.018 0.058 0.152 0.297 0.316 0.143 0.016 183 K 0.317 0.367 0.191 0.082 0.030 0.011 0.002 184 G 0.170 0.194 0.205 0.220 0.145 0.061 0.006 185 V 0.119 0.154 0.223 0.256 0.179 0.064 0.005 186 E 0.259 0.301 0.220 0.138 0.060 0.020 0.002 187 L 0.185 0.222 0.216 0.194 0.124 0.054 0.006 188 A 0.222 0.203 0.180 0.196 0.138 0.056 0.003 189 P 0.493 0.252 0.141 0.075 0.031 0.007 0.001 190 G 0.557 0.256 0.119 0.052 0.014 0.002 0.001 191 E 0.691 0.218 0.064 0.022 0.005 0.001 0.001 192 S 0.496 0.327 0.124 0.042 0.009 0.002 0.001 193 V 0.051 0.151 0.281 0.318 0.167 0.030 0.001 194 P 0.043 0.225 0.309 0.267 0.124 0.030 0.002 195 M 0.005 0.011 0.035 0.141 0.353 0.397 0.058 196 V 0.012 0.063 0.162 0.282 0.277 0.184 0.020 197 G 0.007 0.043 0.159 0.270 0.276 0.209 0.036 198 V 0.002 0.005 0.011 0.052 0.218 0.525 0.187 199 V 0.004 0.024 0.061 0.139 0.277 0.362 0.132 200 E 0.011 0.043 0.091 0.182 0.283 0.315 0.075 201 K 0.019 0.106 0.203 0.280 0.240 0.138 0.014 202 P 0.070 0.193 0.282 0.273 0.142 0.036 0.003 203 K 0.537 0.279 0.106 0.049 0.021 0.006 0.001 204 A 0.627 0.215 0.095 0.045 0.014 0.004 0.001 205 D 0.642 0.221 0.086 0.037 0.011 0.003 0.001 206 V 0.408 0.291 0.165 0.092 0.033 0.010 0.001 207 A 0.183 0.217 0.230 0.203 0.121 0.040 0.005 208 P 0.233 0.274 0.211 0.158 0.083 0.034 0.007 209 S 0.168 0.196 0.210 0.192 0.140 0.075 0.018 210 N 0.121 0.168 0.185 0.204 0.170 0.120 0.031 211 L 0.128 0.111 0.120 0.166 0.197 0.195 0.083 212 A 0.074 0.097 0.113 0.151 0.188 0.231 0.146 213 I 0.064 0.055 0.065 0.114 0.174 0.267 0.261 214 V 0.039 0.034 0.042 0.071 0.121 0.253 0.440 215 G 0.016 0.021 0.035 0.061 0.097 0.250 0.520 216 R 0.015 0.031 0.073 0.147 0.225 0.274 0.236 217 Y 0.005 0.013 0.026 0.065 0.172 0.412 0.307 218 V 0.003 0.009 0.018 0.048 0.164 0.469 0.289 219 L 0.001 0.003 0.011 0.060 0.249 0.550 0.126 220 S 0.010 0.061 0.136 0.219 0.284 0.232 0.057 221 A 0.022 0.135 0.299 0.321 0.165 0.054 0.005 222 D 0.087 0.368 0.316 0.163 0.053 0.013 0.002 223 I 0.003 0.008 0.028 0.115 0.364 0.439 0.043 224 W 0.005 0.016 0.059 0.233 0.430 0.242 0.015 225 P 0.061 0.375 0.344 0.162 0.047 0.010 0.001 226 L 0.018 0.086 0.237 0.379 0.219 0.057 0.004 227 L 0.008 0.023 0.067 0.217 0.410 0.261 0.014 228 A 0.090 0.224 0.302 0.261 0.105 0.018 0.001 229 K 0.389 0.376 0.149 0.061 0.019 0.004 0.001 230 T 0.237 0.283 0.240 0.155 0.067 0.017 0.001 231 P 0.406 0.281 0.164 0.105 0.034 0.010 0.001 232 P 0.659 0.200 0.074 0.044 0.017 0.005 0.001 233 G 0.731 0.176 0.054 0.025 0.010 0.003 0.001 234 A 0.503 0.252 0.141 0.076 0.024 0.004 0.001 235 G 0.367 0.297 0.187 0.103 0.037 0.008 0.001 236 D 0.398 0.352 0.169 0.061 0.016 0.003 0.001 237 E 0.084 0.252 0.295 0.234 0.107 0.026 0.002 238 I 0.018 0.044 0.108 0.262 0.348 0.198 0.022 239 Q 0.014 0.075 0.168 0.265 0.257 0.184 0.037 240 L 0.003 0.005 0.014 0.056 0.184 0.488 0.250 241 T 0.016 0.067 0.144 0.249 0.259 0.214 0.051 242 D 0.036 0.121 0.206 0.238 0.201 0.151 0.048 243 A 0.010 0.018 0.035 0.087 0.218 0.451 0.180 244 I 0.009 0.013 0.029 0.091 0.259 0.462 0.136 245 D 0.028 0.164 0.287 0.287 0.157 0.066 0.010 246 M 0.025 0.136 0.224 0.289 0.210 0.103 0.013 247 L 0.005 0.021 0.054 0.165 0.365 0.350 0.038 248 I 0.028 0.098 0.227 0.357 0.235 0.053 0.002 249 E 0.545 0.351 0.086 0.016 0.002 0.001 0.001 250 K 0.509 0.330 0.121 0.034 0.005 0.001 0.001 251 E 0.292 0.414 0.209 0.069 0.014 0.002 0.001 252 T 0.072 0.287 0.337 0.230 0.065 0.009 0.001 253 V 0.005 0.021 0.089 0.274 0.433 0.171 0.007 254 E 0.012 0.086 0.255 0.376 0.206 0.061 0.004 255 A 0.006 0.015 0.030 0.093 0.262 0.514 0.080 256 Y 0.007 0.031 0.079 0.222 0.373 0.257 0.031 257 H 0.026 0.136 0.243 0.272 0.195 0.108 0.019 258 M 0.019 0.059 0.126 0.272 0.314 0.189 0.023 259 K 0.209 0.314 0.225 0.144 0.073 0.031 0.005 260 G 0.270 0.277 0.213 0.144 0.071 0.022 0.003 261 K 0.227 0.305 0.236 0.144 0.060 0.024 0.003 262 S 0.079 0.125 0.184 0.248 0.228 0.119 0.016 263 H 0.094 0.156 0.207 0.227 0.179 0.111 0.025 264 D 0.112 0.198 0.216 0.219 0.156 0.083 0.015 265 C 0.045 0.053 0.083 0.169 0.278 0.287 0.085 266 G 0.059 0.106 0.147 0.214 0.219 0.191 0.064 267 N 0.063 0.167 0.218 0.220 0.165 0.124 0.043 268 K 0.057 0.104 0.141 0.226 0.248 0.176 0.048 269 L 0.121 0.224 0.238 0.185 0.124 0.080 0.027 270 G 0.083 0.143 0.187 0.210 0.185 0.146 0.046 271 Y 0.039 0.034 0.045 0.092 0.200 0.384 0.205 272 M 0.051 0.081 0.127 0.216 0.237 0.229 0.059 273 Q 0.053 0.205 0.291 0.246 0.125 0.065 0.016 274 A 0.029 0.033 0.063 0.171 0.321 0.317 0.066 275 F 0.018 0.034 0.056 0.104 0.226 0.410 0.151 276 V 0.052 0.102 0.158 0.227 0.228 0.195 0.037 277 E 0.045 0.142 0.256 0.297 0.184 0.066 0.010 278 Y 0.028 0.044 0.083 0.182 0.300 0.294 0.068 279 G 0.065 0.104 0.139 0.225 0.256 0.182 0.028 280 I 0.149 0.245 0.233 0.184 0.126 0.053 0.009 281 R 0.179 0.253 0.247 0.195 0.096 0.026 0.004 282 H 0.167 0.244 0.234 0.200 0.111 0.040 0.003 283 N 0.429 0.262 0.159 0.096 0.043 0.011 0.001 284 T 0.609 0.237 0.087 0.043 0.018 0.006 0.001 285 L 0.189 0.167 0.214 0.248 0.143 0.037 0.002 286 G 0.397 0.326 0.160 0.079 0.028 0.009 0.001 287 T 0.322 0.258 0.204 0.140 0.061 0.014 0.001 288 E 0.256 0.313 0.226 0.132 0.056 0.017 0.001 289 F 0.040 0.057 0.134 0.313 0.324 0.125 0.007 290 K 0.139 0.272 0.304 0.194 0.074 0.016 0.001 291 A 0.469 0.334 0.128 0.049 0.016 0.004 0.001 292 W 0.118 0.174 0.228 0.261 0.160 0.055 0.003 293 L 0.061 0.077 0.151 0.302 0.289 0.115 0.005 294 E 0.287 0.341 0.211 0.112 0.038 0.010 0.001 295 E 0.297 0.307 0.206 0.124 0.050 0.014 0.002 296 E 0.170 0.215 0.219 0.208 0.131 0.053 0.004 297 M 0.215 0.205 0.221 0.212 0.112 0.031 0.003 298 G 0.532 0.271 0.115 0.054 0.021 0.007 0.001 299 I 0.284 0.223 0.195 0.174 0.094 0.027 0.002 300 K 0.348 0.287 0.179 0.112 0.051 0.020 0.003 301 K 0.369 0.246 0.171 0.125 0.062 0.022 0.004