# TARGET T0243 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.004 0.837 0.001 0.005 0.086 0.001 0.001 0.002 0.025 0.008 0.013 0.018 2 K 0.004 0.039 0.585 0.002 0.012 0.236 0.001 0.001 0.011 0.016 0.023 0.011 0.061 3 I 0.015 0.019 0.252 0.007 0.023 0.479 0.002 0.002 0.016 0.072 0.039 0.027 0.047 4 R 0.020 0.004 0.206 0.019 0.031 0.468 0.003 0.004 0.016 0.087 0.054 0.045 0.042 5 K 0.038 0.009 0.142 0.009 0.051 0.490 0.003 0.004 0.013 0.044 0.079 0.034 0.083 6 Y 0.058 0.008 0.121 0.009 0.055 0.462 0.003 0.006 0.010 0.051 0.093 0.039 0.083 7 M 0.037 0.007 0.145 0.015 0.034 0.469 0.002 0.005 0.013 0.092 0.075 0.062 0.045 8 R 0.051 0.009 0.120 0.014 0.028 0.498 0.003 0.002 0.009 0.070 0.091 0.028 0.076 9 I 0.066 0.008 0.142 0.009 0.018 0.503 0.005 0.004 0.013 0.067 0.064 0.044 0.057 10 N 0.112 0.007 0.164 0.043 0.015 0.341 0.010 0.003 0.014 0.081 0.074 0.054 0.083 11 Y 0.187 0.006 0.078 0.010 0.025 0.377 0.027 0.011 0.024 0.034 0.050 0.052 0.118 12 Y 0.375 0.004 0.047 0.020 0.022 0.281 0.036 0.025 0.016 0.018 0.023 0.053 0.080 13 I 0.478 0.005 0.030 0.009 0.015 0.185 0.048 0.021 0.025 0.013 0.020 0.072 0.080 14 I 0.470 0.004 0.034 0.031 0.010 0.143 0.046 0.023 0.029 0.013 0.021 0.038 0.139 15 L 0.393 0.003 0.047 0.153 0.007 0.127 0.035 0.018 0.026 0.020 0.016 0.071 0.085 16 K 0.391 0.003 0.054 0.077 0.008 0.133 0.039 0.024 0.035 0.022 0.014 0.095 0.105 17 V 0.430 0.004 0.035 0.012 0.008 0.115 0.062 0.037 0.040 0.010 0.009 0.040 0.197 18 L 0.406 0.006 0.034 0.011 0.005 0.083 0.115 0.065 0.045 0.007 0.008 0.136 0.078 19 V 0.335 0.009 0.054 0.013 0.006 0.092 0.104 0.043 0.071 0.011 0.025 0.037 0.199 20 I 0.220 0.017 0.149 0.024 0.007 0.074 0.058 0.015 0.061 0.049 0.068 0.158 0.101 21 N 0.041 0.015 0.296 0.009 0.011 0.071 0.008 0.003 0.023 0.170 0.207 0.046 0.099 22 G 0.005 0.007 0.294 0.004 0.025 0.097 0.001 0.001 0.006 0.206 0.312 0.010 0.032 23 S 0.004 0.010 0.248 0.002 0.059 0.286 0.001 0.001 0.004 0.162 0.188 0.019 0.016 24 R 0.003 0.013 0.164 0.001 0.073 0.458 0.001 0.001 0.004 0.087 0.160 0.006 0.029 25 L 0.003 0.008 0.157 0.002 0.074 0.548 0.001 0.001 0.003 0.064 0.122 0.007 0.011 26 E 0.005 0.007 0.182 0.002 0.058 0.534 0.001 0.001 0.002 0.072 0.111 0.011 0.013 27 K 0.006 0.006 0.150 0.001 0.071 0.565 0.001 0.001 0.002 0.063 0.109 0.006 0.020 28 K 0.007 0.006 0.117 0.001 0.040 0.669 0.001 0.001 0.002 0.062 0.074 0.013 0.009 29 R 0.008 0.008 0.130 0.001 0.024 0.687 0.001 0.001 0.002 0.043 0.071 0.008 0.017 30 L 0.010 0.008 0.145 0.001 0.018 0.691 0.001 0.001 0.002 0.037 0.055 0.011 0.020 31 R 0.007 0.005 0.123 0.002 0.017 0.753 0.001 0.001 0.002 0.034 0.037 0.009 0.011 32 S 0.006 0.003 0.062 0.001 0.029 0.815 0.001 0.001 0.002 0.030 0.037 0.004 0.009 33 E 0.006 0.003 0.048 0.001 0.030 0.818 0.001 0.002 0.003 0.024 0.050 0.008 0.006 34 I 0.005 0.005 0.038 0.001 0.033 0.812 0.001 0.005 0.005 0.019 0.058 0.003 0.013 35 L 0.005 0.004 0.056 0.005 0.053 0.738 0.001 0.003 0.004 0.034 0.080 0.007 0.009 36 K 0.006 0.003 0.065 0.008 0.046 0.624 0.001 0.001 0.006 0.068 0.146 0.011 0.015 37 R 0.008 0.010 0.172 0.004 0.046 0.433 0.001 0.001 0.009 0.081 0.184 0.011 0.040 38 F 0.009 0.018 0.357 0.007 0.015 0.208 0.003 0.001 0.023 0.143 0.109 0.057 0.051 39 D 0.011 0.018 0.520 0.012 0.010 0.078 0.004 0.002 0.031 0.081 0.078 0.057 0.098 40 I 0.021 0.045 0.396 0.008 0.017 0.101 0.006 0.006 0.027 0.100 0.046 0.082 0.144 41 D 0.012 0.040 0.619 0.008 0.022 0.050 0.005 0.005 0.024 0.045 0.034 0.042 0.094 42 I 0.019 0.013 0.254 0.011 0.115 0.133 0.006 0.004 0.018 0.083 0.256 0.017 0.071 43 S 0.013 0.012 0.167 0.010 0.094 0.132 0.005 0.004 0.018 0.103 0.352 0.052 0.037 44 D 0.004 0.008 0.120 0.008 0.068 0.088 0.001 0.003 0.007 0.142 0.525 0.011 0.017 45 G 0.013 0.008 0.176 0.012 0.024 0.074 0.002 0.001 0.011 0.131 0.502 0.014 0.032 46 V 0.099 0.046 0.303 0.002 0.016 0.082 0.023 0.007 0.025 0.065 0.055 0.129 0.148 47 L 0.134 0.058 0.158 0.014 0.010 0.138 0.028 0.011 0.041 0.048 0.030 0.031 0.298 48 Y 0.064 0.005 0.160 0.026 0.009 0.252 0.014 0.005 0.022 0.076 0.014 0.318 0.034 49 P 0.043 0.010 0.142 0.005 0.026 0.476 0.012 0.003 0.016 0.032 0.043 0.013 0.179 50 L 0.047 0.010 0.080 0.005 0.051 0.632 0.008 0.002 0.008 0.027 0.073 0.030 0.026 51 I 0.033 0.007 0.072 0.005 0.057 0.699 0.005 0.003 0.009 0.022 0.054 0.009 0.025 52 D 0.019 0.003 0.090 0.007 0.075 0.662 0.003 0.001 0.008 0.036 0.067 0.017 0.014 53 S 0.015 0.002 0.053 0.001 0.062 0.705 0.003 0.001 0.004 0.032 0.100 0.010 0.013 54 L 0.016 0.010 0.052 0.001 0.048 0.650 0.004 0.001 0.006 0.034 0.155 0.005 0.018 55 I 0.010 0.011 0.091 0.002 0.037 0.581 0.004 0.002 0.007 0.033 0.201 0.011 0.009 56 D 0.005 0.004 0.166 0.004 0.036 0.510 0.001 0.001 0.004 0.063 0.188 0.007 0.012 57 D 0.003 0.003 0.105 0.003 0.067 0.480 0.001 0.001 0.001 0.099 0.223 0.005 0.011 58 K 0.008 0.010 0.125 0.002 0.080 0.487 0.002 0.001 0.004 0.070 0.176 0.015 0.020 59 I 0.016 0.019 0.189 0.005 0.049 0.475 0.007 0.001 0.011 0.054 0.078 0.017 0.081 60 L 0.012 0.020 0.263 0.012 0.038 0.364 0.004 0.001 0.013 0.068 0.090 0.073 0.044 61 R 0.012 0.018 0.257 0.009 0.033 0.356 0.002 0.001 0.007 0.109 0.084 0.032 0.082 62 E 0.011 0.010 0.231 0.004 0.100 0.392 0.001 0.001 0.002 0.077 0.104 0.014 0.052 63 E 0.008 0.012 0.231 0.007 0.112 0.326 0.002 0.001 0.006 0.100 0.138 0.032 0.026 64 E 0.008 0.029 0.287 0.005 0.100 0.234 0.002 0.001 0.006 0.094 0.152 0.016 0.068 65 A 0.003 0.016 0.455 0.003 0.043 0.090 0.001 0.001 0.004 0.213 0.109 0.029 0.035 66 P 0.002 0.010 0.280 0.006 0.036 0.074 0.001 0.001 0.001 0.139 0.425 0.010 0.018 67 D 0.003 0.009 0.145 0.006 0.026 0.037 0.001 0.001 0.001 0.187 0.567 0.008 0.011 68 G 0.006 0.004 0.351 0.010 0.015 0.022 0.001 0.001 0.003 0.305 0.237 0.017 0.027 69 K 0.074 0.018 0.487 0.006 0.008 0.017 0.009 0.002 0.032 0.107 0.047 0.077 0.117 70 V 0.248 0.021 0.108 0.003 0.002 0.015 0.054 0.020 0.084 0.014 0.004 0.065 0.363 71 L 0.317 0.008 0.075 0.082 0.002 0.028 0.068 0.059 0.085 0.014 0.005 0.161 0.096 72 F 0.464 0.003 0.039 0.005 0.002 0.016 0.073 0.037 0.051 0.006 0.002 0.145 0.154 73 L 0.375 0.008 0.090 0.007 0.010 0.026 0.075 0.029 0.028 0.013 0.009 0.073 0.257 74 T 0.191 0.011 0.266 0.021 0.018 0.054 0.021 0.005 0.034 0.065 0.036 0.116 0.162 75 E 0.071 0.006 0.193 0.011 0.043 0.173 0.007 0.001 0.015 0.121 0.151 0.079 0.129 76 K 0.013 0.005 0.133 0.012 0.048 0.164 0.001 0.001 0.004 0.136 0.434 0.021 0.028 77 G 0.006 0.007 0.204 0.005 0.044 0.146 0.001 0.001 0.004 0.177 0.356 0.022 0.027 78 M 0.005 0.012 0.402 0.001 0.036 0.335 0.001 0.001 0.006 0.103 0.055 0.010 0.035 79 K 0.007 0.021 0.227 0.002 0.032 0.506 0.002 0.001 0.007 0.079 0.065 0.026 0.025 80 E 0.005 0.011 0.170 0.001 0.030 0.625 0.001 0.001 0.004 0.055 0.072 0.006 0.020 81 F 0.003 0.003 0.065 0.001 0.027 0.823 0.001 0.001 0.002 0.025 0.045 0.002 0.005 82 E 0.004 0.001 0.043 0.001 0.030 0.855 0.001 0.001 0.001 0.025 0.034 0.004 0.002 83 E 0.002 0.002 0.031 0.001 0.027 0.879 0.001 0.001 0.001 0.010 0.040 0.001 0.005 84 L 0.002 0.001 0.026 0.001 0.019 0.905 0.001 0.001 0.001 0.009 0.033 0.001 0.002 85 H 0.002 0.001 0.023 0.001 0.014 0.910 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.002 0.002 86 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.017 0.910 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.001 0.002 87 F 0.002 0.002 0.020 0.001 0.011 0.908 0.001 0.001 0.001 0.014 0.040 0.001 0.002 88 F 0.002 0.004 0.038 0.001 0.024 0.856 0.001 0.001 0.001 0.015 0.053 0.002 0.004 89 K 0.003 0.002 0.052 0.002 0.055 0.697 0.001 0.001 0.002 0.043 0.132 0.005 0.005 90 K 0.003 0.004 0.076 0.002 0.041 0.656 0.001 0.001 0.003 0.061 0.134 0.006 0.013 91 I 0.004 0.037 0.230 0.001 0.016 0.396 0.004 0.001 0.012 0.109 0.136 0.015 0.040 92 V 0.001 0.029 0.709 0.001 0.003 0.095 0.003 0.001 0.018 0.021 0.069 0.016 0.036 93 C 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004