# TARGET T0243 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.208 0.078 0.024 0.225 0.020 0.021 0.136 0.064 0.064 0.044 2 K 0.131 0.207 0.072 0.011 0.230 0.009 0.020 0.173 0.052 0.056 0.039 3 I 0.154 0.085 0.026 0.012 0.159 0.012 0.016 0.313 0.115 0.065 0.044 4 R 0.042 0.099 0.044 0.033 0.091 0.036 0.043 0.458 0.113 0.027 0.014 5 K 0.065 0.054 0.024 0.010 0.094 0.012 0.035 0.522 0.112 0.048 0.024 6 Y 0.080 0.042 0.016 0.014 0.090 0.018 0.027 0.416 0.141 0.112 0.044 7 M 0.056 0.153 0.043 0.018 0.152 0.017 0.026 0.384 0.098 0.038 0.015 8 R 0.130 0.061 0.021 0.006 0.162 0.008 0.029 0.368 0.096 0.072 0.047 9 I 0.080 0.105 0.029 0.018 0.143 0.028 0.043 0.387 0.095 0.046 0.027 10 N 0.087 0.061 0.023 0.017 0.131 0.021 0.059 0.423 0.089 0.058 0.030 11 Y 0.096 0.066 0.021 0.012 0.156 0.012 0.034 0.397 0.113 0.066 0.028 12 Y 0.161 0.113 0.016 0.009 0.345 0.012 0.025 0.226 0.046 0.020 0.027 13 I 0.167 0.113 0.017 0.006 0.402 0.011 0.035 0.191 0.025 0.016 0.017 14 I 0.311 0.050 0.008 0.005 0.330 0.012 0.035 0.136 0.025 0.027 0.061 15 L 0.189 0.132 0.022 0.032 0.347 0.042 0.028 0.116 0.028 0.025 0.039 16 K 0.192 0.098 0.023 0.011 0.439 0.018 0.030 0.105 0.023 0.024 0.037 17 V 0.288 0.074 0.009 0.004 0.488 0.007 0.012 0.057 0.014 0.011 0.036 18 L 0.168 0.133 0.012 0.005 0.539 0.009 0.018 0.059 0.013 0.014 0.030 19 V 0.303 0.098 0.018 0.004 0.365 0.008 0.017 0.064 0.019 0.033 0.071 20 I 0.101 0.111 0.064 0.078 0.151 0.105 0.091 0.128 0.051 0.073 0.046 21 N 0.046 0.233 0.162 0.188 0.096 0.055 0.042 0.058 0.033 0.061 0.028 22 G 0.027 0.068 0.074 0.112 0.040 0.037 0.029 0.135 0.143 0.273 0.062 23 S 0.036 0.221 0.114 0.023 0.101 0.022 0.043 0.254 0.118 0.052 0.016 24 R 0.073 0.112 0.044 0.010 0.104 0.012 0.028 0.335 0.136 0.104 0.042 25 L 0.068 0.094 0.034 0.012 0.080 0.019 0.027 0.404 0.136 0.081 0.044 26 E 0.040 0.103 0.049 0.018 0.067 0.018 0.029 0.467 0.127 0.059 0.022 27 K 0.042 0.051 0.023 0.010 0.065 0.009 0.022 0.520 0.158 0.080 0.021 28 K 0.035 0.105 0.038 0.016 0.079 0.014 0.025 0.481 0.139 0.050 0.017 29 R 0.043 0.073 0.025 0.008 0.079 0.011 0.034 0.540 0.095 0.069 0.025 30 L 0.056 0.074 0.028 0.007 0.072 0.008 0.020 0.538 0.095 0.076 0.026 31 R 0.026 0.046 0.019 0.010 0.041 0.010 0.019 0.633 0.136 0.046 0.014 32 S 0.015 0.044 0.018 0.008 0.037 0.007 0.015 0.678 0.146 0.025 0.007 33 E 0.014 0.022 0.013 0.005 0.028 0.006 0.028 0.724 0.117 0.036 0.007 34 I 0.021 0.014 0.005 0.003 0.027 0.006 0.025 0.711 0.133 0.046 0.008 35 L 0.035 0.043 0.012 0.013 0.059 0.013 0.032 0.529 0.179 0.068 0.018 36 K 0.017 0.058 0.032 0.022 0.049 0.022 0.083 0.491 0.165 0.051 0.009 37 R 0.080 0.049 0.018 0.011 0.095 0.019 0.086 0.333 0.150 0.126 0.033 38 F 0.080 0.263 0.055 0.021 0.287 0.016 0.023 0.107 0.060 0.054 0.034 39 D 0.287 0.041 0.011 0.006 0.227 0.009 0.019 0.086 0.066 0.139 0.110 40 I 0.098 0.267 0.058 0.012 0.329 0.012 0.013 0.076 0.057 0.049 0.030 41 D 0.219 0.131 0.029 0.007 0.369 0.006 0.012 0.060 0.032 0.057 0.078 42 I 0.168 0.114 0.068 0.023 0.129 0.014 0.017 0.145 0.127 0.124 0.072 43 S 0.021 0.098 0.114 0.124 0.058 0.105 0.105 0.218 0.088 0.057 0.011 44 D 0.026 0.154 0.096 0.146 0.058 0.060 0.076 0.164 0.100 0.101 0.021 45 G 0.021 0.045 0.060 0.059 0.031 0.024 0.020 0.096 0.098 0.442 0.105 46 V 0.097 0.287 0.042 0.003 0.351 0.004 0.013 0.113 0.052 0.021 0.017 47 L 0.209 0.083 0.031 0.012 0.195 0.009 0.020 0.132 0.085 0.133 0.092 48 Y 0.056 0.297 0.119 0.032 0.220 0.011 0.018 0.149 0.065 0.019 0.014 49 P 0.034 0.088 0.042 0.011 0.070 0.010 0.031 0.521 0.151 0.025 0.018 50 L 0.043 0.040 0.025 0.008 0.053 0.017 0.065 0.500 0.127 0.098 0.023 51 I 0.045 0.061 0.018 0.009 0.066 0.011 0.021 0.488 0.176 0.078 0.026 52 D 0.019 0.049 0.024 0.018 0.033 0.017 0.027 0.556 0.197 0.050 0.012 53 S 0.015 0.064 0.028 0.010 0.046 0.008 0.033 0.561 0.152 0.072 0.011 54 L 0.038 0.030 0.011 0.006 0.045 0.013 0.066 0.541 0.127 0.101 0.023 55 I 0.045 0.095 0.042 0.021 0.072 0.021 0.048 0.410 0.114 0.101 0.032 56 D 0.032 0.124 0.049 0.036 0.068 0.033 0.049 0.390 0.107 0.087 0.023 57 D 0.031 0.077 0.043 0.021 0.065 0.013 0.026 0.392 0.171 0.127 0.032 58 K 0.030 0.058 0.030 0.009 0.057 0.011 0.039 0.517 0.142 0.086 0.022 59 I 0.072 0.077 0.016 0.005 0.111 0.008 0.032 0.474 0.106 0.073 0.026 60 L 0.074 0.113 0.034 0.015 0.117 0.024 0.045 0.369 0.100 0.076 0.031 61 R 0.065 0.128 0.062 0.027 0.114 0.018 0.031 0.318 0.128 0.078 0.030 62 E 0.067 0.111 0.054 0.022 0.116 0.014 0.028 0.300 0.162 0.090 0.035 63 E 0.054 0.148 0.064 0.016 0.136 0.020 0.052 0.286 0.121 0.078 0.026 64 E 0.085 0.161 0.049 0.020 0.191 0.019 0.034 0.147 0.083 0.165 0.046 65 A 0.101 0.269 0.232 0.034 0.150 0.016 0.019 0.086 0.035 0.028 0.030 66 P 0.028 0.072 0.119 0.058 0.054 0.071 0.086 0.318 0.126 0.050 0.015 67 D 0.032 0.278 0.148 0.100 0.089 0.031 0.058 0.101 0.059 0.081 0.022 68 G 0.041 0.065 0.064 0.067 0.053 0.017 0.012 0.045 0.039 0.451 0.147 69 K 0.081 0.352 0.062 0.009 0.310 0.017 0.030 0.063 0.026 0.034 0.016 70 V 0.377 0.069 0.008 0.002 0.478 0.001 0.002 0.012 0.005 0.006 0.039 71 L 0.171 0.173 0.034 0.022 0.442 0.030 0.031 0.045 0.011 0.011 0.030 72 F 0.180 0.201 0.038 0.004 0.476 0.003 0.004 0.028 0.009 0.014 0.042 73 L 0.276 0.132 0.039 0.012 0.289 0.010 0.014 0.060 0.025 0.040 0.103 74 T 0.073 0.276 0.184 0.054 0.158 0.030 0.033 0.098 0.038 0.033 0.024 75 E 0.054 0.126 0.096 0.066 0.078 0.043 0.039 0.268 0.126 0.070 0.034 76 K 0.019 0.133 0.087 0.068 0.048 0.045 0.072 0.313 0.126 0.070 0.019 77 G 0.028 0.064 0.070 0.048 0.031 0.021 0.019 0.224 0.106 0.315 0.075 78 M 0.051 0.092 0.026 0.006 0.092 0.008 0.014 0.440 0.189 0.060 0.022 79 K 0.016 0.048 0.022 0.011 0.034 0.014 0.031 0.657 0.137 0.018 0.011 80 E 0.017 0.031 0.015 0.006 0.025 0.005 0.018 0.644 0.139 0.088 0.012 81 F 0.014 0.015 0.006 0.003 0.021 0.004 0.008 0.703 0.173 0.045 0.009 82 E 0.004 0.017 0.008 0.006 0.009 0.009 0.020 0.798 0.118 0.008 0.003 83 E 0.011 0.013 0.006 0.002 0.016 0.003 0.024 0.769 0.095 0.051 0.009 84 L 0.006 0.010 0.006 0.003 0.008 0.003 0.011 0.734 0.157 0.057 0.005 85 H 0.005 0.021 0.005 0.002 0.014 0.003 0.010 0.744 0.176 0.016 0.003 86 E 0.003 0.007 0.003 0.003 0.007 0.005 0.037 0.796 0.119 0.016 0.002 87 F 0.006 0.006 0.004 0.004 0.008 0.010 0.069 0.676 0.128 0.082 0.005 88 F 0.049 0.028 0.007 0.004 0.054 0.004 0.016 0.477 0.210 0.114 0.037 89 K 0.009 0.038 0.017 0.015 0.023 0.032 0.073 0.552 0.199 0.038 0.005 90 K 0.044 0.056 0.024 0.010 0.098 0.011 0.054 0.411 0.146 0.123 0.025 91 I 0.106 0.082 0.024 0.012 0.191 0.022 0.064 0.291 0.102 0.074 0.033 92 V 0.108 0.116 0.034 0.013 0.239 0.015 0.044 0.198 0.078 0.103 0.052 93 C 0.097 0.166 0.076 0.031 0.218 0.023 0.031 0.138 0.070 0.102 0.047