# TARGET T0243 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.711 0.197 0.065 0.022 0.004 0.001 0.001 2 K 0.568 0.283 0.096 0.039 0.011 0.002 0.001 3 I 0.248 0.161 0.166 0.211 0.163 0.048 0.003 4 R 0.376 0.259 0.176 0.118 0.053 0.016 0.002 5 K 0.531 0.261 0.113 0.062 0.023 0.008 0.002 6 Y 0.252 0.151 0.140 0.181 0.154 0.098 0.024 7 M 0.196 0.134 0.161 0.205 0.185 0.103 0.016 8 R 0.278 0.220 0.165 0.145 0.114 0.066 0.012 9 I 0.214 0.119 0.118 0.166 0.192 0.160 0.032 10 N 0.174 0.153 0.143 0.197 0.170 0.130 0.034 11 Y 0.127 0.107 0.098 0.154 0.212 0.227 0.075 12 Y 0.098 0.075 0.095 0.167 0.232 0.241 0.092 13 I 0.116 0.077 0.092 0.155 0.213 0.257 0.090 14 I 0.102 0.057 0.073 0.129 0.185 0.310 0.144 15 L 0.054 0.043 0.065 0.117 0.217 0.346 0.159 16 K 0.064 0.089 0.135 0.189 0.218 0.230 0.073 17 V 0.065 0.059 0.091 0.155 0.247 0.305 0.077 18 L 0.075 0.072 0.092 0.166 0.231 0.297 0.066 19 V 0.116 0.113 0.136 0.194 0.220 0.195 0.026 20 I 0.177 0.123 0.120 0.181 0.227 0.153 0.019 21 N 0.348 0.257 0.172 0.130 0.065 0.024 0.003 22 G 0.445 0.242 0.143 0.101 0.050 0.017 0.002 23 S 0.449 0.263 0.140 0.088 0.043 0.015 0.002 24 R 0.396 0.276 0.163 0.102 0.046 0.015 0.001 25 L 0.244 0.172 0.185 0.206 0.140 0.050 0.004 26 E 0.411 0.268 0.158 0.100 0.047 0.015 0.001 27 K 0.395 0.273 0.165 0.106 0.046 0.013 0.001 28 K 0.397 0.286 0.162 0.099 0.041 0.013 0.001 29 R 0.313 0.317 0.194 0.110 0.047 0.017 0.002 30 L 0.086 0.121 0.177 0.276 0.245 0.088 0.007 31 R 0.187 0.262 0.238 0.185 0.093 0.033 0.003 32 S 0.412 0.287 0.151 0.095 0.041 0.013 0.001 33 E 0.277 0.327 0.204 0.120 0.052 0.018 0.002 34 I 0.062 0.090 0.147 0.274 0.285 0.131 0.011 35 L 0.073 0.114 0.193 0.275 0.232 0.101 0.011 36 K 0.341 0.339 0.174 0.091 0.037 0.015 0.002 37 R 0.158 0.244 0.244 0.205 0.108 0.037 0.004 38 F 0.046 0.070 0.130 0.267 0.312 0.160 0.015 39 D 0.185 0.296 0.236 0.165 0.084 0.031 0.004 40 I 0.122 0.116 0.148 0.228 0.232 0.135 0.020 41 D 0.253 0.270 0.202 0.157 0.082 0.032 0.004 42 I 0.141 0.134 0.170 0.218 0.206 0.111 0.019 43 S 0.312 0.222 0.159 0.147 0.096 0.052 0.012 44 D 0.371 0.258 0.162 0.108 0.061 0.032 0.008 45 G 0.259 0.205 0.166 0.156 0.119 0.074 0.020 46 V 0.135 0.133 0.140 0.193 0.195 0.157 0.047 47 L 0.091 0.079 0.096 0.159 0.209 0.256 0.110 48 Y 0.115 0.117 0.141 0.185 0.201 0.178 0.062 49 P 0.159 0.160 0.159 0.180 0.163 0.134 0.045 50 L 0.096 0.097 0.116 0.179 0.220 0.216 0.077 51 I 0.083 0.072 0.089 0.159 0.238 0.272 0.087 52 D 0.152 0.190 0.183 0.187 0.149 0.109 0.029 53 S 0.201 0.212 0.183 0.166 0.128 0.090 0.019 54 L 0.136 0.144 0.154 0.203 0.196 0.143 0.025 55 I 0.128 0.134 0.161 0.218 0.215 0.125 0.020 56 D 0.315 0.270 0.177 0.125 0.072 0.035 0.007 57 D 0.375 0.267 0.163 0.106 0.058 0.027 0.004 58 K 0.362 0.282 0.175 0.108 0.050 0.020 0.003 59 I 0.138 0.165 0.205 0.239 0.177 0.070 0.005 60 L 0.125 0.141 0.194 0.248 0.205 0.081 0.006 61 R 0.335 0.297 0.187 0.117 0.049 0.014 0.001 62 E 0.381 0.273 0.171 0.114 0.047 0.013 0.002 63 E 0.433 0.256 0.152 0.100 0.044 0.014 0.001 64 E 0.436 0.292 0.143 0.085 0.035 0.009 0.001 65 A 0.256 0.226 0.221 0.184 0.090 0.022 0.001 66 P 0.481 0.235 0.137 0.095 0.039 0.011 0.001 67 D 0.574 0.242 0.104 0.054 0.020 0.005 0.001 68 G 0.354 0.252 0.175 0.131 0.067 0.019 0.002 69 K 0.203 0.291 0.228 0.171 0.080 0.026 0.002 70 V 0.067 0.093 0.149 0.253 0.262 0.159 0.016 71 L 0.061 0.077 0.118 0.204 0.278 0.237 0.025 72 F 0.064 0.097 0.144 0.223 0.260 0.191 0.022 73 L 0.052 0.071 0.125 0.238 0.294 0.197 0.023 74 T 0.148 0.235 0.240 0.217 0.120 0.038 0.003 75 E 0.334 0.284 0.183 0.125 0.055 0.017 0.002 76 K 0.508 0.275 0.127 0.059 0.022 0.007 0.001 77 G 0.391 0.278 0.157 0.105 0.051 0.017 0.001 78 M 0.146 0.186 0.242 0.255 0.135 0.034 0.002 79 K 0.473 0.333 0.125 0.049 0.015 0.004 0.001 80 E 0.262 0.344 0.213 0.125 0.045 0.009 0.001 81 F 0.072 0.130 0.217 0.312 0.210 0.055 0.003 82 E 0.351 0.351 0.183 0.084 0.026 0.005 0.001 83 E 0.299 0.369 0.209 0.092 0.025 0.005 0.001 84 L 0.096 0.098 0.123 0.221 0.302 0.150 0.010 85 H 0.169 0.231 0.262 0.220 0.095 0.022 0.001 86 E 0.408 0.342 0.155 0.068 0.021 0.006 0.001 87 F 0.155 0.169 0.209 0.243 0.168 0.053 0.004 88 F 0.152 0.107 0.142 0.224 0.242 0.120 0.014 89 K 0.389 0.308 0.170 0.090 0.032 0.009 0.001 90 K 0.537 0.283 0.107 0.048 0.018 0.005 0.001 91 I 0.272 0.206 0.190 0.189 0.102 0.037 0.004 92 V 0.468 0.226 0.133 0.098 0.053 0.020 0.002 93 C 0.534 0.183 0.103 0.092 0.060 0.025 0.004