# TARGET T0243 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.010 0.476 0.007 0.014 0.130 0.004 0.001 0.007 0.089 0.029 0.153 0.057 2 K 0.034 0.033 0.339 0.003 0.010 0.166 0.009 0.001 0.014 0.021 0.015 0.089 0.264 3 I 0.043 0.021 0.235 0.028 0.026 0.288 0.010 0.002 0.014 0.023 0.020 0.060 0.230 4 R 0.051 0.003 0.172 0.138 0.047 0.250 0.006 0.001 0.007 0.061 0.040 0.149 0.075 5 K 0.070 0.004 0.088 0.025 0.067 0.188 0.008 0.001 0.014 0.076 0.083 0.160 0.215 6 Y 0.088 0.008 0.095 0.028 0.034 0.169 0.016 0.002 0.022 0.037 0.075 0.083 0.343 7 M 0.114 0.008 0.144 0.025 0.012 0.138 0.014 0.003 0.023 0.039 0.038 0.314 0.128 8 R 0.147 0.012 0.114 0.014 0.009 0.131 0.018 0.003 0.021 0.038 0.044 0.084 0.365 9 I 0.160 0.008 0.107 0.025 0.009 0.138 0.015 0.003 0.017 0.039 0.031 0.258 0.190 10 N 0.200 0.004 0.114 0.090 0.009 0.082 0.010 0.001 0.007 0.072 0.065 0.111 0.236 11 Y 0.259 0.002 0.057 0.012 0.012 0.180 0.022 0.003 0.018 0.033 0.057 0.156 0.188 12 Y 0.531 0.002 0.015 0.012 0.003 0.098 0.051 0.008 0.011 0.009 0.010 0.094 0.156 13 I 0.606 0.001 0.008 0.005 0.001 0.036 0.060 0.007 0.010 0.003 0.002 0.188 0.074 14 I 0.598 0.002 0.008 0.016 0.001 0.031 0.071 0.007 0.014 0.002 0.003 0.037 0.208 15 L 0.599 0.001 0.019 0.062 0.001 0.019 0.044 0.003 0.011 0.004 0.004 0.144 0.089 16 K 0.677 0.001 0.016 0.028 0.001 0.015 0.025 0.002 0.008 0.010 0.005 0.074 0.138 17 V 0.649 0.001 0.010 0.015 0.001 0.014 0.045 0.005 0.014 0.005 0.002 0.083 0.155 18 L 0.698 0.001 0.008 0.019 0.001 0.009 0.053 0.011 0.010 0.003 0.002 0.118 0.068 19 V 0.635 0.003 0.017 0.004 0.001 0.010 0.068 0.011 0.019 0.002 0.004 0.050 0.177 20 I 0.440 0.012 0.066 0.012 0.002 0.023 0.049 0.007 0.014 0.010 0.021 0.205 0.140 21 N 0.025 0.011 0.157 0.016 0.006 0.043 0.005 0.002 0.009 0.086 0.534 0.058 0.048 22 G 0.002 0.001 0.111 0.004 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.126 0.723 0.004 0.010 23 S 0.020 0.019 0.378 0.003 0.021 0.085 0.003 0.001 0.003 0.162 0.179 0.060 0.066 24 R 0.040 0.056 0.271 0.002 0.039 0.211 0.007 0.003 0.006 0.089 0.085 0.076 0.114 25 L 0.025 0.017 0.305 0.009 0.059 0.350 0.007 0.001 0.003 0.059 0.075 0.024 0.064 26 E 0.016 0.010 0.290 0.010 0.053 0.390 0.005 0.001 0.002 0.061 0.087 0.039 0.036 27 K 0.009 0.004 0.151 0.003 0.071 0.569 0.002 0.001 0.002 0.084 0.056 0.014 0.037 28 K 0.006 0.002 0.096 0.004 0.037 0.712 0.001 0.001 0.001 0.038 0.066 0.022 0.012 29 R 0.008 0.009 0.087 0.001 0.033 0.709 0.001 0.001 0.002 0.027 0.082 0.011 0.029 30 L 0.006 0.009 0.121 0.001 0.023 0.702 0.001 0.001 0.002 0.035 0.075 0.008 0.017 31 R 0.002 0.004 0.134 0.002 0.019 0.762 0.001 0.001 0.001 0.027 0.032 0.008 0.008 32 S 0.001 0.001 0.030 0.001 0.028 0.892 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.002 0.004 33 E 0.001 0.001 0.022 0.001 0.030 0.893 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.003 0.004 34 I 0.002 0.002 0.020 0.001 0.033 0.891 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.002 0.006 35 L 0.004 0.005 0.037 0.006 0.034 0.824 0.001 0.001 0.004 0.021 0.046 0.006 0.012 36 K 0.011 0.005 0.056 0.015 0.043 0.602 0.002 0.003 0.008 0.055 0.159 0.033 0.010 37 R 0.015 0.005 0.121 0.003 0.058 0.379 0.003 0.004 0.017 0.055 0.287 0.009 0.045 38 F 0.005 0.012 0.348 0.005 0.021 0.158 0.003 0.004 0.030 0.197 0.174 0.022 0.022 39 D 0.008 0.021 0.433 0.028 0.017 0.042 0.005 0.005 0.042 0.151 0.146 0.038 0.064 40 I 0.018 0.029 0.511 0.014 0.008 0.021 0.009 0.018 0.083 0.112 0.017 0.079 0.081 41 D 0.019 0.048 0.499 0.007 0.010 0.017 0.009 0.029 0.115 0.041 0.021 0.057 0.129 42 I 0.010 0.023 0.302 0.016 0.136 0.118 0.008 0.020 0.057 0.052 0.178 0.014 0.065 43 S 0.004 0.009 0.215 0.012 0.123 0.132 0.003 0.012 0.028 0.092 0.326 0.032 0.012 44 D 0.001 0.003 0.058 0.008 0.092 0.089 0.001 0.002 0.005 0.157 0.577 0.003 0.005 45 G 0.002 0.006 0.191 0.006 0.032 0.083 0.001 0.002 0.011 0.102 0.546 0.007 0.013 46 V 0.022 0.090 0.392 0.002 0.028 0.092 0.011 0.012 0.053 0.071 0.053 0.088 0.086 47 L 0.066 0.048 0.201 0.007 0.018 0.140 0.024 0.022 0.071 0.047 0.028 0.038 0.292 48 Y 0.020 0.007 0.187 0.041 0.039 0.401 0.007 0.008 0.028 0.067 0.033 0.143 0.019 49 P 0.012 0.010 0.179 0.004 0.066 0.482 0.005 0.003 0.018 0.044 0.068 0.013 0.098 50 L 0.010 0.008 0.097 0.005 0.104 0.628 0.004 0.001 0.008 0.028 0.076 0.012 0.020 51 I 0.007 0.008 0.066 0.003 0.069 0.762 0.001 0.001 0.004 0.015 0.041 0.007 0.016 52 D 0.004 0.002 0.047 0.003 0.101 0.748 0.001 0.001 0.002 0.028 0.048 0.007 0.009 53 S 0.003 0.002 0.045 0.001 0.083 0.720 0.001 0.001 0.001 0.033 0.097 0.005 0.009 54 L 0.004 0.007 0.055 0.001 0.055 0.716 0.001 0.001 0.004 0.029 0.110 0.005 0.014 55 I 0.002 0.012 0.072 0.002 0.024 0.651 0.001 0.001 0.004 0.038 0.179 0.007 0.008 56 D 0.001 0.004 0.155 0.003 0.024 0.473 0.001 0.001 0.002 0.094 0.232 0.006 0.007 57 D 0.001 0.002 0.153 0.002 0.043 0.497 0.001 0.001 0.002 0.135 0.152 0.003 0.008 58 K 0.004 0.009 0.133 0.001 0.054 0.618 0.001 0.001 0.006 0.051 0.084 0.018 0.020 59 I 0.014 0.033 0.134 0.003 0.051 0.529 0.004 0.001 0.011 0.039 0.067 0.015 0.100 60 L 0.019 0.026 0.278 0.028 0.057 0.316 0.005 0.001 0.008 0.069 0.082 0.069 0.042 61 R 0.017 0.015 0.386 0.006 0.070 0.181 0.002 0.001 0.005 0.089 0.093 0.056 0.079 62 E 0.014 0.010 0.270 0.008 0.158 0.185 0.001 0.001 0.003 0.103 0.144 0.021 0.082 63 E 0.010 0.009 0.233 0.008 0.124 0.181 0.001 0.001 0.002 0.151 0.188 0.055 0.036 64 E 0.010 0.056 0.288 0.006 0.067 0.117 0.002 0.001 0.005 0.185 0.152 0.016 0.095 65 A 0.001 0.012 0.766 0.003 0.007 0.017 0.001 0.001 0.002 0.141 0.026 0.015 0.011 66 P 0.001 0.008 0.415 0.005 0.022 0.018 0.001 0.001 0.001 0.090 0.424 0.006 0.011 67 D 0.001 0.004 0.074 0.003 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.110 0.774 0.002 0.003 68 G 0.002 0.004 0.294 0.011 0.013 0.002 0.001 0.001 0.003 0.396 0.245 0.019 0.011 69 K 0.022 0.011 0.634 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.027 0.065 0.010 0.082 0.132 70 V 0.128 0.030 0.091 0.004 0.002 0.003 0.060 0.011 0.066 0.013 0.001 0.060 0.532 71 L 0.308 0.003 0.045 0.150 0.002 0.005 0.123 0.037 0.047 0.005 0.003 0.223 0.048 72 F 0.398 0.005 0.028 0.003 0.002 0.008 0.168 0.050 0.070 0.005 0.003 0.098 0.163 73 L 0.389 0.005 0.054 0.011 0.003 0.009 0.105 0.039 0.056 0.008 0.005 0.134 0.183 74 T 0.183 0.006 0.231 0.043 0.010 0.021 0.031 0.015 0.067 0.036 0.021 0.152 0.184 75 E 0.044 0.006 0.284 0.017 0.083 0.102 0.006 0.003 0.023 0.128 0.132 0.060 0.112 76 K 0.008 0.007 0.108 0.009 0.121 0.110 0.002 0.001 0.004 0.142 0.433 0.031 0.025 77 G 0.004 0.010 0.187 0.004 0.090 0.130 0.001 0.001 0.003 0.093 0.446 0.012 0.019 78 M 0.003 0.017 0.366 0.003 0.072 0.314 0.001 0.001 0.004 0.097 0.088 0.005 0.030 79 K 0.004 0.011 0.195 0.001 0.075 0.478 0.001 0.001 0.005 0.095 0.091 0.033 0.012 80 E 0.002 0.008 0.203 0.001 0.057 0.580 0.001 0.001 0.006 0.042 0.065 0.003 0.031 81 F 0.001 0.003 0.106 0.001 0.041 0.806 0.001 0.001 0.002 0.016 0.018 0.002 0.004 82 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.022 0.946 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 83 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 85 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 88 F 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.019 0.003 0.037 0.884 0.001 0.001 0.001 0.020 0.025 0.004 0.003 90 K 0.003 0.001 0.020 0.001 0.036 0.850 0.001 0.001 0.004 0.018 0.053 0.005 0.008 91 I 0.006 0.005 0.048 0.001 0.027 0.748 0.003 0.004 0.011 0.022 0.103 0.007 0.016 92 V 0.005 0.026 0.381 0.004 0.010 0.303 0.004 0.002 0.018 0.065 0.139 0.014 0.029 93 C 0.001 0.011 0.868 0.003 0.002 0.027 0.001 0.001 0.007 0.050 0.013 0.009 0.009