# TARGET T0243 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.292 0.238 0.218 0.100 0.059 0.025 0.035 0.009 0.022 0.003 0.001 2 K 0.360 0.224 0.246 0.037 0.022 0.053 0.028 0.003 0.025 0.003 0.001 3 I 0.483 0.212 0.192 0.038 0.013 0.042 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 4 R 0.748 0.087 0.063 0.069 0.010 0.010 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 5 K 0.537 0.193 0.124 0.044 0.054 0.016 0.017 0.003 0.009 0.002 0.001 6 Y 0.481 0.220 0.100 0.112 0.024 0.024 0.013 0.002 0.023 0.001 0.001 7 M 0.283 0.316 0.211 0.068 0.054 0.023 0.013 0.003 0.026 0.002 0.001 8 R 0.301 0.267 0.236 0.050 0.031 0.059 0.020 0.005 0.026 0.004 0.001 9 I 0.370 0.331 0.189 0.038 0.019 0.029 0.004 0.001 0.018 0.002 0.001 10 N 0.591 0.115 0.116 0.080 0.018 0.038 0.021 0.003 0.015 0.003 0.001 11 Y 0.501 0.232 0.071 0.071 0.072 0.018 0.017 0.005 0.010 0.002 0.001 12 Y 0.367 0.381 0.125 0.030 0.045 0.024 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 13 I 0.213 0.547 0.127 0.025 0.029 0.030 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 14 I 0.112 0.574 0.172 0.025 0.020 0.051 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 15 L 0.166 0.374 0.346 0.032 0.041 0.024 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 16 K 0.141 0.466 0.221 0.014 0.083 0.036 0.021 0.003 0.013 0.001 0.001 17 V 0.104 0.687 0.142 0.008 0.021 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 18 L 0.147 0.590 0.189 0.011 0.013 0.028 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 19 V 0.143 0.555 0.190 0.018 0.022 0.045 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 20 I 0.287 0.386 0.144 0.077 0.020 0.044 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 21 N 0.091 0.127 0.242 0.178 0.056 0.066 0.139 0.004 0.084 0.011 0.001 22 G 0.214 0.007 0.043 0.036 0.054 0.004 0.099 0.390 0.002 0.150 0.001 23 S 0.726 0.037 0.103 0.101 0.014 0.008 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 24 R 0.763 0.036 0.054 0.091 0.010 0.015 0.013 0.004 0.010 0.002 0.001 25 L 0.851 0.023 0.051 0.048 0.004 0.011 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 26 E 0.852 0.025 0.036 0.062 0.005 0.007 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 27 K 0.836 0.028 0.054 0.052 0.007 0.008 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 28 K 0.735 0.044 0.070 0.098 0.010 0.013 0.017 0.005 0.006 0.001 0.001 29 R 0.760 0.036 0.057 0.065 0.010 0.017 0.037 0.004 0.012 0.002 0.001 30 L 0.671 0.062 0.112 0.096 0.010 0.028 0.006 0.002 0.011 0.002 0.001 31 R 0.835 0.028 0.053 0.051 0.006 0.012 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 32 S 0.939 0.007 0.018 0.022 0.005 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 33 E 0.954 0.006 0.011 0.021 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 34 I 0.965 0.005 0.006 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.944 0.011 0.015 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 K 0.933 0.020 0.016 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.742 0.044 0.039 0.146 0.007 0.008 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 38 F 0.228 0.135 0.102 0.447 0.029 0.011 0.014 0.004 0.027 0.001 0.001 39 D 0.086 0.070 0.118 0.085 0.019 0.178 0.384 0.008 0.047 0.005 0.001 40 I 0.063 0.598 0.183 0.053 0.059 0.022 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 41 D 0.030 0.103 0.456 0.018 0.015 0.320 0.008 0.001 0.049 0.001 0.001 42 I 0.600 0.111 0.085 0.146 0.014 0.024 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 43 S 0.714 0.070 0.068 0.092 0.017 0.010 0.006 0.004 0.010 0.008 0.001 44 D 0.266 0.022 0.092 0.472 0.018 0.007 0.101 0.009 0.010 0.003 0.001 45 G 0.049 0.003 0.046 0.023 0.027 0.002 0.091 0.673 0.001 0.085 0.001 46 V 0.213 0.350 0.347 0.033 0.026 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 47 L 0.173 0.244 0.435 0.041 0.006 0.071 0.006 0.001 0.020 0.002 0.002 48 Y 0.208 0.307 0.287 0.005 0.055 0.020 0.008 0.001 0.103 0.005 0.001 49 P 0.528 0.010 0.361 0.008 0.002 0.043 0.002 0.001 0.002 0.001 0.043 50 L 0.701 0.055 0.086 0.086 0.007 0.040 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 51 I 0.663 0.096 0.095 0.088 0.011 0.030 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 52 D 0.814 0.026 0.042 0.072 0.009 0.012 0.016 0.002 0.004 0.002 0.001 53 S 0.818 0.031 0.037 0.068 0.025 0.006 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 54 L 0.715 0.020 0.032 0.203 0.003 0.014 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 55 I 0.571 0.119 0.111 0.113 0.007 0.034 0.008 0.001 0.033 0.001 0.001 56 D 0.525 0.042 0.130 0.155 0.013 0.052 0.057 0.006 0.012 0.008 0.001 57 D 0.657 0.028 0.054 0.153 0.011 0.020 0.056 0.012 0.008 0.001 0.001 58 K 0.761 0.059 0.063 0.077 0.007 0.011 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 59 I 0.773 0.065 0.088 0.043 0.003 0.016 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 60 L 0.670 0.097 0.083 0.107 0.011 0.018 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 61 R 0.482 0.156 0.189 0.074 0.038 0.020 0.020 0.003 0.015 0.002 0.001 62 E 0.549 0.131 0.174 0.081 0.030 0.016 0.006 0.002 0.009 0.002 0.001 63 E 0.558 0.154 0.129 0.089 0.033 0.013 0.007 0.003 0.012 0.002 0.001 64 E 0.268 0.142 0.270 0.226 0.018 0.041 0.008 0.002 0.021 0.001 0.001 65 A 0.055 0.093 0.637 0.004 0.046 0.010 0.012 0.003 0.102 0.038 0.001 66 P 0.667 0.003 0.191 0.023 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 67 D 0.115 0.024 0.176 0.479 0.011 0.022 0.144 0.015 0.012 0.004 0.001 68 G 0.005 0.004 0.025 0.012 0.039 0.001 0.051 0.788 0.001 0.074 0.001 69 K 0.034 0.409 0.450 0.027 0.034 0.029 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 70 V 0.006 0.582 0.355 0.002 0.007 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 71 L 0.046 0.766 0.103 0.020 0.019 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 72 F 0.009 0.573 0.238 0.006 0.070 0.061 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 73 L 0.040 0.559 0.237 0.024 0.040 0.065 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 74 T 0.058 0.463 0.255 0.025 0.159 0.018 0.002 0.001 0.013 0.007 0.001 75 E 0.462 0.193 0.166 0.074 0.048 0.023 0.012 0.005 0.013 0.005 0.001 76 K 0.437 0.069 0.252 0.176 0.017 0.009 0.024 0.004 0.008 0.003 0.001 77 G 0.170 0.004 0.025 0.032 0.029 0.002 0.112 0.415 0.002 0.209 0.001 78 M 0.658 0.045 0.217 0.041 0.009 0.018 0.003 0.001 0.004 0.002 0.002 79 K 0.868 0.023 0.038 0.052 0.005 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 80 E 0.768 0.051 0.082 0.056 0.013 0.013 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 81 F 0.930 0.010 0.022 0.028 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 82 E 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.970 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 H 0.988 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.945 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 F 0.900 0.009 0.018 0.057 0.002 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 89 K 0.930 0.011 0.022 0.026 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.842 0.029 0.049 0.055 0.006 0.007 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 91 I 0.736 0.051 0.106 0.081 0.002 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 92 V 0.442 0.168 0.114 0.180 0.011 0.041 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 93 C 0.271 0.158 0.244 0.125 0.067 0.034 0.031 0.013 0.024 0.033 0.001