# TARGET T0243 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.286 0.065 0.007 0.273 0.005 0.011 0.191 0.032 0.021 0.022 2 K 0.136 0.204 0.053 0.004 0.241 0.005 0.016 0.267 0.026 0.023 0.025 3 I 0.162 0.069 0.015 0.008 0.162 0.011 0.024 0.384 0.078 0.048 0.039 4 R 0.042 0.131 0.039 0.032 0.144 0.041 0.046 0.427 0.071 0.017 0.009 5 K 0.101 0.073 0.025 0.014 0.163 0.020 0.079 0.421 0.055 0.026 0.023 6 Y 0.097 0.076 0.020 0.022 0.152 0.035 0.085 0.323 0.075 0.084 0.033 7 M 0.140 0.254 0.041 0.012 0.290 0.013 0.021 0.133 0.033 0.028 0.035 8 R 0.194 0.109 0.024 0.009 0.225 0.014 0.036 0.171 0.051 0.083 0.083 9 I 0.125 0.179 0.041 0.016 0.241 0.028 0.047 0.188 0.059 0.036 0.040 10 N 0.057 0.063 0.030 0.036 0.095 0.054 0.121 0.355 0.106 0.059 0.023 11 Y 0.165 0.093 0.021 0.008 0.255 0.009 0.022 0.248 0.091 0.052 0.035 12 Y 0.118 0.129 0.016 0.007 0.357 0.013 0.030 0.249 0.052 0.013 0.017 13 I 0.238 0.083 0.011 0.003 0.445 0.004 0.015 0.147 0.018 0.008 0.026 14 I 0.316 0.063 0.008 0.007 0.365 0.010 0.028 0.118 0.021 0.021 0.043 15 L 0.278 0.098 0.011 0.012 0.415 0.020 0.032 0.081 0.014 0.009 0.030 16 K 0.272 0.063 0.007 0.009 0.373 0.019 0.052 0.124 0.024 0.020 0.037 17 V 0.303 0.086 0.007 0.003 0.498 0.006 0.016 0.037 0.012 0.009 0.023 18 L 0.218 0.133 0.007 0.002 0.540 0.007 0.010 0.041 0.011 0.009 0.022 19 V 0.355 0.095 0.015 0.002 0.366 0.003 0.009 0.043 0.010 0.028 0.073 20 I 0.063 0.051 0.024 0.106 0.075 0.259 0.135 0.142 0.036 0.069 0.039 21 N 0.025 0.093 0.116 0.310 0.054 0.121 0.116 0.073 0.026 0.047 0.018 22 G 0.022 0.034 0.076 0.114 0.029 0.030 0.011 0.128 0.101 0.394 0.061 23 S 0.019 0.187 0.072 0.011 0.099 0.010 0.026 0.420 0.101 0.047 0.008 24 R 0.035 0.046 0.015 0.004 0.067 0.006 0.021 0.650 0.090 0.046 0.020 25 L 0.021 0.031 0.012 0.005 0.032 0.008 0.020 0.751 0.075 0.034 0.012 26 E 0.014 0.025 0.016 0.008 0.021 0.009 0.016 0.763 0.078 0.040 0.009 27 K 0.013 0.025 0.010 0.004 0.023 0.006 0.014 0.781 0.086 0.030 0.007 28 K 0.010 0.058 0.027 0.006 0.029 0.013 0.040 0.717 0.069 0.026 0.006 29 R 0.018 0.030 0.016 0.005 0.029 0.006 0.031 0.731 0.060 0.059 0.014 30 L 0.032 0.068 0.025 0.004 0.035 0.006 0.015 0.674 0.071 0.055 0.015 31 R 0.013 0.034 0.014 0.005 0.024 0.004 0.008 0.742 0.105 0.044 0.008 32 S 0.004 0.019 0.005 0.002 0.015 0.003 0.010 0.853 0.082 0.005 0.001 33 E 0.005 0.005 0.003 0.001 0.007 0.002 0.018 0.863 0.070 0.023 0.003 34 I 0.007 0.008 0.003 0.002 0.010 0.004 0.015 0.856 0.069 0.026 0.002 35 L 0.029 0.045 0.008 0.005 0.064 0.007 0.016 0.657 0.109 0.050 0.011 36 K 0.016 0.027 0.016 0.012 0.025 0.017 0.100 0.563 0.165 0.051 0.009 37 R 0.049 0.060 0.021 0.006 0.095 0.017 0.172 0.351 0.111 0.097 0.020 38 F 0.054 0.448 0.099 0.008 0.314 0.003 0.007 0.017 0.010 0.021 0.019 39 D 0.466 0.028 0.008 0.002 0.215 0.002 0.006 0.014 0.010 0.057 0.192 40 I 0.087 0.367 0.048 0.003 0.341 0.005 0.006 0.029 0.037 0.040 0.036 41 D 0.304 0.071 0.014 0.001 0.483 0.001 0.006 0.009 0.007 0.025 0.078 42 I 0.207 0.108 0.045 0.005 0.162 0.004 0.010 0.086 0.178 0.116 0.079 43 S 0.010 0.061 0.078 0.079 0.032 0.122 0.186 0.266 0.127 0.033 0.005 44 D 0.008 0.102 0.070 0.138 0.022 0.073 0.168 0.208 0.110 0.087 0.014 45 G 0.018 0.040 0.081 0.063 0.027 0.027 0.008 0.045 0.074 0.473 0.145 46 V 0.118 0.228 0.039 0.003 0.348 0.003 0.014 0.123 0.059 0.034 0.031 47 L 0.140 0.201 0.068 0.008 0.223 0.004 0.009 0.107 0.071 0.092 0.076 48 Y 0.032 0.280 0.108 0.019 0.122 0.008 0.020 0.328 0.061 0.011 0.011 49 P 0.020 0.078 0.030 0.003 0.051 0.007 0.029 0.668 0.091 0.013 0.009 50 L 0.019 0.035 0.015 0.005 0.022 0.007 0.029 0.701 0.096 0.059 0.012 51 I 0.018 0.029 0.010 0.007 0.022 0.008 0.014 0.612 0.190 0.079 0.012 52 D 0.006 0.024 0.009 0.006 0.016 0.014 0.035 0.635 0.232 0.020 0.005 53 S 0.005 0.016 0.011 0.004 0.011 0.005 0.041 0.739 0.132 0.032 0.004 54 L 0.007 0.011 0.008 0.005 0.010 0.016 0.088 0.673 0.113 0.063 0.007 55 I 0.030 0.075 0.026 0.016 0.042 0.023 0.053 0.491 0.108 0.102 0.034 56 D 0.053 0.111 0.053 0.022 0.106 0.024 0.041 0.286 0.109 0.145 0.048 57 D 0.024 0.097 0.046 0.009 0.073 0.007 0.018 0.406 0.196 0.107 0.017 58 K 0.032 0.035 0.015 0.004 0.043 0.005 0.034 0.507 0.178 0.118 0.028 59 I 0.034 0.088 0.024 0.008 0.068 0.011 0.065 0.494 0.115 0.076 0.017 60 L 0.089 0.163 0.056 0.010 0.172 0.012 0.035 0.258 0.089 0.068 0.049 61 R 0.030 0.249 0.137 0.018 0.113 0.009 0.015 0.208 0.138 0.065 0.016 62 E 0.062 0.086 0.054 0.007 0.094 0.014 0.054 0.379 0.190 0.042 0.018 63 E 0.034 0.151 0.054 0.017 0.097 0.021 0.078 0.326 0.112 0.088 0.023 64 E 0.110 0.151 0.057 0.011 0.189 0.013 0.044 0.086 0.057 0.224 0.057 65 A 0.055 0.275 0.475 0.021 0.102 0.006 0.007 0.032 0.009 0.006 0.014 66 P 0.019 0.119 0.165 0.066 0.046 0.112 0.149 0.228 0.069 0.021 0.008 67 D 0.016 0.293 0.160 0.092 0.064 0.038 0.167 0.057 0.034 0.059 0.020 68 G 0.039 0.056 0.046 0.032 0.036 0.012 0.003 0.012 0.030 0.537 0.198 69 K 0.073 0.304 0.038 0.004 0.478 0.006 0.017 0.030 0.019 0.021 0.009 70 V 0.361 0.060 0.005 0.001 0.545 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 71 L 0.170 0.162 0.014 0.006 0.600 0.008 0.008 0.007 0.002 0.003 0.020 72 F 0.242 0.159 0.020 0.001 0.512 0.001 0.002 0.008 0.002 0.008 0.046 73 L 0.238 0.172 0.028 0.006 0.333 0.006 0.009 0.036 0.012 0.045 0.117 74 T 0.072 0.332 0.200 0.036 0.136 0.020 0.028 0.069 0.033 0.042 0.032 75 E 0.041 0.104 0.068 0.023 0.097 0.017 0.045 0.359 0.159 0.062 0.025 76 K 0.015 0.212 0.173 0.051 0.041 0.053 0.087 0.229 0.093 0.034 0.012 77 G 0.024 0.031 0.036 0.073 0.018 0.026 0.023 0.230 0.082 0.371 0.086 78 M 0.051 0.131 0.026 0.006 0.097 0.007 0.018 0.374 0.146 0.107 0.038 79 K 0.008 0.045 0.021 0.006 0.025 0.014 0.024 0.676 0.154 0.021 0.007 80 E 0.020 0.036 0.020 0.003 0.025 0.002 0.011 0.742 0.089 0.042 0.011 81 F 0.005 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.005 0.800 0.131 0.037 0.003 82 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.891 0.082 0.003 0.001 83 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.883 0.062 0.031 0.002 84 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.821 0.113 0.050 0.001 85 H 0.001 0.008 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.859 0.111 0.006 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.895 0.068 0.006 0.001 87 F 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.005 0.036 0.860 0.061 0.025 0.001 88 F 0.018 0.011 0.002 0.001 0.019 0.001 0.005 0.733 0.139 0.061 0.010 89 K 0.004 0.007 0.002 0.003 0.008 0.009 0.027 0.773 0.150 0.014 0.002 90 K 0.016 0.026 0.010 0.004 0.041 0.006 0.063 0.676 0.111 0.042 0.006 91 I 0.066 0.050 0.014 0.005 0.118 0.012 0.069 0.484 0.104 0.058 0.022 92 V 0.142 0.078 0.014 0.007 0.168 0.013 0.051 0.266 0.091 0.108 0.063 93 C 0.078 0.206 0.072 0.018 0.188 0.020 0.040 0.176 0.079 0.089 0.036