# TARGET T0243 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.384 0.247 0.168 0.121 0.058 0.019 0.002 2 K 0.401 0.321 0.159 0.078 0.030 0.010 0.002 3 I 0.139 0.104 0.139 0.257 0.244 0.108 0.009 4 R 0.194 0.277 0.250 0.166 0.080 0.029 0.004 5 K 0.320 0.322 0.193 0.104 0.041 0.016 0.003 6 Y 0.075 0.125 0.178 0.236 0.222 0.137 0.027 7 M 0.050 0.072 0.123 0.215 0.274 0.221 0.044 8 R 0.119 0.265 0.259 0.186 0.099 0.057 0.016 9 I 0.054 0.053 0.099 0.212 0.291 0.238 0.053 10 N 0.098 0.175 0.191 0.180 0.174 0.144 0.039 11 Y 0.059 0.069 0.104 0.170 0.241 0.274 0.084 12 Y 0.095 0.103 0.137 0.205 0.217 0.174 0.069 13 I 0.097 0.077 0.089 0.140 0.193 0.258 0.146 14 I 0.082 0.096 0.119 0.174 0.156 0.208 0.163 15 L 0.089 0.068 0.088 0.137 0.172 0.261 0.184 16 K 0.095 0.126 0.143 0.187 0.179 0.181 0.090 17 V 0.085 0.091 0.113 0.175 0.212 0.246 0.078 18 L 0.101 0.115 0.109 0.164 0.217 0.243 0.052 19 V 0.082 0.115 0.153 0.224 0.240 0.164 0.022 20 I 0.109 0.115 0.159 0.232 0.239 0.133 0.013 21 N 0.251 0.300 0.234 0.146 0.055 0.013 0.001 22 G 0.299 0.276 0.217 0.140 0.055 0.012 0.001 23 S 0.567 0.266 0.106 0.044 0.014 0.003 0.001 24 R 0.437 0.311 0.157 0.070 0.021 0.004 0.001 25 L 0.214 0.156 0.187 0.252 0.153 0.038 0.002 26 E 0.443 0.333 0.145 0.059 0.016 0.003 0.001 27 K 0.422 0.329 0.162 0.067 0.017 0.003 0.001 28 K 0.487 0.291 0.134 0.064 0.020 0.004 0.001 29 R 0.274 0.338 0.225 0.115 0.038 0.009 0.001 30 L 0.108 0.127 0.194 0.299 0.206 0.064 0.003 31 R 0.213 0.286 0.248 0.163 0.070 0.019 0.002 32 S 0.407 0.306 0.169 0.083 0.027 0.007 0.001 33 E 0.284 0.334 0.218 0.112 0.040 0.012 0.001 34 I 0.073 0.089 0.151 0.268 0.283 0.128 0.008 35 L 0.071 0.116 0.212 0.289 0.223 0.083 0.006 36 K 0.348 0.404 0.167 0.059 0.017 0.004 0.001 37 R 0.183 0.268 0.263 0.191 0.074 0.019 0.002 38 F 0.067 0.083 0.145 0.259 0.299 0.137 0.010 39 D 0.258 0.379 0.221 0.098 0.032 0.010 0.002 40 I 0.095 0.120 0.164 0.271 0.247 0.096 0.007 41 D 0.191 0.342 0.256 0.140 0.054 0.015 0.002 42 I 0.117 0.107 0.153 0.264 0.242 0.108 0.010 43 S 0.352 0.288 0.193 0.107 0.044 0.013 0.002 44 D 0.335 0.299 0.188 0.114 0.048 0.014 0.002 45 G 0.255 0.204 0.189 0.182 0.112 0.050 0.007 46 V 0.142 0.140 0.167 0.213 0.199 0.121 0.017 47 L 0.113 0.109 0.121 0.161 0.195 0.229 0.072 48 Y 0.083 0.108 0.152 0.218 0.221 0.174 0.043 49 P 0.138 0.190 0.207 0.201 0.153 0.089 0.023 50 L 0.116 0.100 0.127 0.191 0.222 0.199 0.046 51 I 0.111 0.095 0.113 0.169 0.230 0.233 0.049 52 D 0.178 0.228 0.224 0.191 0.117 0.054 0.009 53 S 0.198 0.230 0.204 0.182 0.118 0.058 0.009 54 L 0.095 0.127 0.167 0.232 0.225 0.136 0.018 55 I 0.131 0.134 0.182 0.242 0.201 0.100 0.010 56 D 0.390 0.316 0.175 0.081 0.029 0.008 0.001 57 D 0.455 0.273 0.158 0.078 0.029 0.007 0.001 58 K 0.440 0.303 0.148 0.072 0.028 0.008 0.001 59 I 0.096 0.137 0.207 0.285 0.207 0.064 0.004 60 L 0.114 0.168 0.242 0.274 0.164 0.038 0.002 61 R 0.445 0.349 0.146 0.048 0.011 0.001 0.001 62 E 0.569 0.281 0.104 0.037 0.008 0.001 0.001 63 E 0.655 0.233 0.077 0.027 0.007 0.001 0.001 64 E 0.455 0.332 0.149 0.053 0.010 0.001 0.001 65 A 0.346 0.261 0.200 0.142 0.045 0.006 0.001 66 P 0.564 0.262 0.116 0.045 0.011 0.001 0.001 67 D 0.701 0.217 0.060 0.018 0.003 0.001 0.001 68 G 0.260 0.247 0.247 0.175 0.060 0.010 0.001 69 K 0.202 0.319 0.261 0.147 0.056 0.014 0.001 70 V 0.056 0.090 0.164 0.267 0.288 0.126 0.009 71 L 0.040 0.083 0.149 0.246 0.285 0.178 0.018 72 F 0.046 0.095 0.147 0.234 0.265 0.189 0.023 73 L 0.060 0.101 0.161 0.282 0.266 0.119 0.012 74 T 0.153 0.256 0.259 0.204 0.097 0.028 0.003 75 E 0.323 0.321 0.203 0.106 0.037 0.009 0.001 76 K 0.519 0.297 0.117 0.048 0.015 0.003 0.001 77 G 0.362 0.259 0.177 0.131 0.057 0.013 0.001 78 M 0.236 0.228 0.242 0.199 0.081 0.014 0.001 79 K 0.609 0.286 0.080 0.020 0.004 0.001 0.001 80 E 0.424 0.353 0.152 0.058 0.012 0.002 0.001 81 F 0.092 0.153 0.238 0.293 0.182 0.041 0.001 82 E 0.571 0.275 0.102 0.039 0.011 0.002 0.001 83 E 0.393 0.345 0.175 0.068 0.015 0.003 0.001 84 L 0.088 0.089 0.159 0.288 0.274 0.098 0.004 85 H 0.158 0.225 0.267 0.216 0.101 0.031 0.002 86 E 0.408 0.372 0.145 0.055 0.016 0.004 0.001 87 F 0.162 0.138 0.205 0.252 0.181 0.058 0.005 88 F 0.127 0.084 0.110 0.208 0.279 0.179 0.014 89 K 0.255 0.329 0.247 0.124 0.034 0.010 0.001 90 K 0.467 0.266 0.139 0.083 0.035 0.009 0.001 91 I 0.279 0.174 0.152 0.164 0.146 0.077 0.008 92 V 0.344 0.184 0.147 0.161 0.102 0.054 0.008 93 C 0.441 0.224 0.144 0.106 0.058 0.023 0.005