# TARGET T0242 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.021 0.495 0.006 0.025 0.022 0.002 0.001 0.009 0.145 0.221 0.013 0.035 2 G 0.010 0.002 0.285 0.027 0.008 0.006 0.003 0.001 0.012 0.341 0.255 0.031 0.018 3 K 0.097 0.016 0.293 0.010 0.002 0.012 0.074 0.042 0.155 0.070 0.016 0.026 0.188 4 V 0.188 0.009 0.045 0.008 0.001 0.012 0.218 0.234 0.136 0.007 0.001 0.068 0.071 5 F 0.169 0.002 0.019 0.004 0.001 0.010 0.248 0.372 0.105 0.002 0.001 0.028 0.039 6 L 0.167 0.002 0.028 0.002 0.001 0.008 0.221 0.357 0.134 0.002 0.002 0.034 0.041 7 T 0.157 0.005 0.101 0.029 0.005 0.020 0.139 0.203 0.178 0.023 0.016 0.034 0.090 8 N 0.071 0.007 0.276 0.063 0.018 0.041 0.030 0.025 0.150 0.131 0.051 0.077 0.059 9 A 0.084 0.012 0.236 0.011 0.049 0.067 0.014 0.003 0.036 0.144 0.151 0.051 0.142 10 F 0.053 0.054 0.266 0.005 0.037 0.058 0.011 0.003 0.035 0.180 0.126 0.073 0.099 11 S 0.006 0.031 0.519 0.003 0.032 0.079 0.002 0.001 0.017 0.167 0.040 0.020 0.083 12 I 0.002 0.005 0.176 0.005 0.123 0.390 0.001 0.001 0.004 0.155 0.115 0.011 0.013 13 N 0.001 0.005 0.166 0.004 0.171 0.382 0.001 0.001 0.003 0.079 0.173 0.005 0.011 14 M 0.001 0.018 0.140 0.001 0.194 0.393 0.001 0.001 0.003 0.059 0.176 0.005 0.009 15 L 0.001 0.038 0.263 0.001 0.112 0.213 0.001 0.001 0.008 0.120 0.220 0.005 0.017 16 K 0.001 0.008 0.143 0.002 0.055 0.062 0.001 0.001 0.001 0.119 0.599 0.003 0.006 17 E 0.001 0.002 0.122 0.004 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.320 0.519 0.001 0.002 18 F 0.001 0.009 0.492 0.009 0.009 0.007 0.001 0.001 0.004 0.351 0.100 0.009 0.010 19 P 0.005 0.008 0.669 0.011 0.003 0.007 0.005 0.001 0.037 0.100 0.026 0.015 0.114 20 T 0.050 0.008 0.242 0.005 0.001 0.006 0.045 0.016 0.134 0.038 0.007 0.386 0.061 21 T 0.111 0.015 0.064 0.005 0.001 0.009 0.163 0.071 0.170 0.012 0.002 0.023 0.353 22 I 0.106 0.004 0.047 0.016 0.001 0.009 0.260 0.108 0.181 0.005 0.002 0.233 0.029 23 T 0.061 0.003 0.082 0.005 0.001 0.009 0.183 0.080 0.364 0.008 0.003 0.029 0.173 24 I 0.077 0.013 0.243 0.029 0.059 0.032 0.100 0.012 0.163 0.028 0.036 0.070 0.138 25 D 0.044 0.006 0.284 0.070 0.065 0.035 0.028 0.004 0.079 0.178 0.075 0.069 0.064 26 K 0.011 0.025 0.277 0.012 0.092 0.058 0.007 0.001 0.046 0.179 0.121 0.033 0.139 27 L 0.007 0.020 0.429 0.002 0.013 0.048 0.004 0.001 0.014 0.263 0.018 0.123 0.059 28 D 0.001 0.022 0.712 0.003 0.011 0.073 0.001 0.001 0.006 0.060 0.016 0.005 0.092 29 E 0.001 0.001 0.040 0.001 0.050 0.825 0.001 0.001 0.001 0.018 0.063 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.019 0.001 0.039 0.874 0.001 0.001 0.001 0.013 0.051 0.001 0.001 31 D 0.001 0.002 0.017 0.001 0.052 0.892 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 32 F 0.002 0.002 0.019 0.001 0.033 0.880 0.001 0.001 0.002 0.008 0.052 0.001 0.002 33 C 0.003 0.003 0.054 0.001 0.046 0.746 0.001 0.001 0.003 0.018 0.118 0.003 0.003 34 L 0.006 0.007 0.089 0.002 0.052 0.502 0.001 0.001 0.002 0.057 0.268 0.005 0.008 35 K 0.006 0.006 0.140 0.001 0.043 0.456 0.001 0.001 0.002 0.111 0.213 0.007 0.013 36 L 0.004 0.010 0.197 0.002 0.044 0.369 0.001 0.002 0.007 0.159 0.187 0.006 0.012 37 E 0.004 0.005 0.271 0.004 0.112 0.272 0.002 0.003 0.015 0.085 0.199 0.011 0.015 38 L 0.006 0.014 0.159 0.005 0.146 0.290 0.003 0.010 0.021 0.111 0.201 0.008 0.027 39 R 0.005 0.014 0.287 0.005 0.078 0.198 0.002 0.003 0.032 0.114 0.212 0.031 0.018 40 L 0.003 0.024 0.561 0.002 0.019 0.102 0.002 0.001 0.037 0.109 0.062 0.010 0.066 41 E 0.003 0.036 0.436 0.004 0.017 0.149 0.002 0.004 0.024 0.132 0.139 0.025 0.028 42 D 0.001 0.023 0.380 0.004 0.028 0.250 0.001 0.002 0.012 0.142 0.125 0.003 0.030 43 G 0.001 0.002 0.066 0.003 0.083 0.675 0.001 0.001 0.002 0.035 0.126 0.003 0.003 44 T 0.002 0.005 0.048 0.004 0.073 0.711 0.002 0.007 0.004 0.025 0.108 0.003 0.008 45 L 0.005 0.007 0.048 0.002 0.040 0.778 0.004 0.009 0.011 0.022 0.042 0.005 0.028 46 I 0.010 0.017 0.083 0.020 0.017 0.694 0.013 0.037 0.027 0.027 0.025 0.013 0.015 47 N 0.009 0.006 0.076 0.013 0.019 0.682 0.007 0.009 0.015 0.055 0.065 0.014 0.030 48 A 0.004 0.005 0.070 0.002 0.029 0.714 0.003 0.008 0.013 0.043 0.089 0.005 0.014 49 I 0.003 0.016 0.134 0.001 0.018 0.582 0.001 0.006 0.020 0.080 0.120 0.008 0.011 50 G 0.001 0.011 0.238 0.002 0.019 0.398 0.001 0.001 0.006 0.106 0.208 0.003 0.008 51 H 0.001 0.005 0.144 0.001 0.015 0.613 0.001 0.001 0.002 0.146 0.069 0.001 0.003 52 D 0.001 0.003 0.019 0.001 0.023 0.890 0.001 0.001 0.001 0.023 0.040 0.001 0.001 53 S 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 54 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 60 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.898 0.001 0.001 0.001 0.008 0.076 0.001 0.001 62 C 0.001 0.003 0.028 0.001 0.021 0.567 0.001 0.001 0.001 0.019 0.357 0.002 0.001 63 G 0.001 0.001 0.079 0.001 0.024 0.271 0.001 0.001 0.001 0.058 0.558 0.002 0.004 64 T 0.002 0.013 0.343 0.001 0.032 0.223 0.001 0.001 0.002 0.201 0.124 0.023 0.035 65 Q 0.006 0.110 0.301 0.003 0.026 0.125 0.001 0.001 0.005 0.116 0.107 0.021 0.178 66 L 0.006 0.014 0.449 0.052 0.034 0.095 0.001 0.001 0.003 0.124 0.064 0.064 0.094 67 Q 0.005 0.017 0.332 0.052 0.064 0.067 0.001 0.001 0.003 0.159 0.174 0.038 0.088 68 K 0.011 0.011 0.179 0.048 0.062 0.042 0.001 0.001 0.003 0.250 0.257 0.046 0.090 69 N 0.041 0.012 0.352 0.020 0.021 0.021 0.003 0.001 0.008 0.206 0.083 0.121 0.112 70 R 0.180 0.012 0.212 0.020 0.006 0.011 0.018 0.001 0.021 0.050 0.022 0.103 0.343 71 V 0.347 0.005 0.085 0.042 0.003 0.008 0.022 0.003 0.021 0.029 0.006 0.246 0.184 72 E 0.547 0.004 0.039 0.011 0.002 0.004 0.026 0.004 0.008 0.007 0.001 0.098 0.248 73 V 0.652 0.003 0.030 0.006 0.003 0.004 0.030 0.005 0.009 0.004 0.001 0.084 0.166 74 K 0.534 0.009 0.053 0.009 0.002 0.002 0.019 0.001 0.008 0.008 0.003 0.129 0.223 75 M 0.157 0.023 0.223 0.007 0.004 0.001 0.006 0.001 0.008 0.043 0.016 0.171 0.341 76 N 0.004 0.005 0.588 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.064 0.013 0.136 77 E 0.001 0.001 0.014 0.004 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.118 0.843 0.003 0.003 78 G 0.002 0.001 0.037 0.002 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.193 0.729 0.009 0.008 79 D 0.042 0.006 0.414 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.259 0.035 0.029 0.192 80 E 0.322 0.019 0.190 0.009 0.001 0.014 0.018 0.002 0.015 0.017 0.003 0.091 0.300 81 A 0.632 0.004 0.018 0.023 0.001 0.005 0.036 0.001 0.005 0.004 0.001 0.049 0.224 82 L 0.743 0.001 0.006 0.005 0.001 0.003 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.168 0.030 83 I 0.749 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.071 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.154 84 I 0.774 0.001 0.003 0.009 0.001 0.005 0.095 0.001 0.002 0.001 0.001 0.087 0.023 85 M 0.716 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.066 0.001 0.009 0.001 0.001 0.058 0.138 86 I 0.499 0.001 0.021 0.014 0.002 0.025 0.085 0.002 0.019 0.004 0.004 0.062 0.263 87 S 0.400 0.004 0.064 0.128 0.006 0.072 0.030 0.003 0.021 0.027 0.011 0.116 0.118 88 Q 0.098 0.010 0.101 0.009 0.016 0.225 0.010 0.002 0.023 0.054 0.015 0.216 0.221 89 R 0.034 0.009 0.108 0.020 0.049 0.437 0.013 0.003 0.007 0.030 0.030 0.020 0.241 90 L 0.015 0.013 0.064 0.032 0.124 0.551 0.005 0.001 0.005 0.047 0.068 0.027 0.047 91 E 0.006 0.003 0.045 0.011 0.128 0.547 0.001 0.001 0.002 0.058 0.162 0.021 0.016 92 E 0.003 0.003 0.038 0.003 0.074 0.268 0.001 0.001 0.002 0.046 0.544 0.003 0.015 93 G 0.006 0.004 0.142 0.005 0.026 0.064 0.001 0.001 0.003 0.138 0.581 0.019 0.012 94 K 0.009 0.021 0.557 0.003 0.018 0.042 0.002 0.001 0.009 0.164 0.076 0.027 0.071 95 V 0.029 0.081 0.316 0.007 0.014 0.045 0.008 0.001 0.024 0.125 0.058 0.074 0.219 96 L 0.016 0.073 0.403 0.003 0.008 0.056 0.004 0.001 0.013 0.189 0.037 0.124 0.075 97 S 0.001 0.016 0.704 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.008 0.116 0.006 0.003 0.096 98 D 0.001 0.001 0.019 0.001 0.013 0.923 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.001 0.002 99 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 101 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 103 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.002 104 M 0.004 0.001 0.013 0.001 0.015 0.929 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.001 0.003 105 Y 0.002 0.001 0.022 0.001 0.031 0.849 0.001 0.001 0.001 0.018 0.066 0.006 0.004 106 R 0.001 0.004 0.027 0.001 0.041 0.657 0.001 0.001 0.001 0.023 0.238 0.002 0.007 107 Q 0.001 0.002 0.055 0.001 0.024 0.159 0.001 0.001 0.001 0.098 0.653 0.002 0.005 108 G 0.001 0.001 0.154 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.231 0.588 0.002 0.002 109 K 0.004 0.014 0.633 0.002 0.006 0.006 0.005 0.001 0.055 0.145 0.067 0.010 0.054 110 I 0.023 0.009 0.408 0.015 0.001 0.008 0.021 0.011 0.230 0.076 0.005 0.093 0.097 111 S 0.098 0.006 0.169 0.039 0.001 0.007 0.067 0.052 0.252 0.038 0.003 0.173 0.096 112 F 0.202 0.006 0.042 0.002 0.002 0.005 0.228 0.174 0.160 0.006 0.001 0.030 0.142 113 Y 0.304 0.003 0.031 0.006 0.002 0.003 0.371 0.086 0.097 0.004 0.001 0.045 0.048 114 E 0.118 0.004 0.091 0.002 0.001 0.002 0.185 0.026 0.359 0.009 0.003 0.111 0.089 115 V 0.019 0.007 0.453 0.006 0.001 0.001 0.047 0.003 0.204 0.014 0.009 0.024 0.214 116 W 0.001 0.004 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.003 0.018