# TARGET T0242 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.94507 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.152 0.106 0.051 0.114 0.091 0.089 0.107 0.082 0.084 0.070 0.056 2 G 0.169 0.162 0.058 0.183 0.155 0.101 0.087 0.039 0.025 0.014 0.007 3 K 0.032 0.063 0.050 0.166 0.214 0.190 0.157 0.068 0.037 0.016 0.008 4 V 0.002 0.004 0.003 0.018 0.032 0.054 0.163 0.217 0.226 0.175 0.105 5 F 0.002 0.005 0.011 0.035 0.063 0.101 0.199 0.202 0.190 0.118 0.072 6 L 0.003 0.002 0.007 0.009 0.009 0.014 0.070 0.133 0.216 0.269 0.268 7 T 0.002 0.004 0.011 0.023 0.028 0.050 0.125 0.181 0.231 0.208 0.136 8 N 0.002 0.007 0.012 0.019 0.019 0.033 0.129 0.179 0.247 0.220 0.133 9 A 0.013 0.012 0.030 0.032 0.035 0.047 0.122 0.155 0.187 0.200 0.167 10 F 0.010 0.014 0.035 0.039 0.045 0.060 0.145 0.144 0.181 0.179 0.146 11 S 0.009 0.041 0.059 0.109 0.098 0.087 0.143 0.132 0.143 0.108 0.072 12 I 0.020 0.020 0.041 0.068 0.082 0.128 0.192 0.127 0.149 0.106 0.066 13 N 0.184 0.092 0.152 0.125 0.105 0.100 0.119 0.052 0.039 0.020 0.013 14 M 0.007 0.013 0.020 0.044 0.049 0.075 0.171 0.164 0.186 0.154 0.117 15 L 0.011 0.016 0.025 0.041 0.055 0.081 0.166 0.148 0.181 0.156 0.122 16 K 0.107 0.116 0.199 0.227 0.157 0.092 0.063 0.020 0.010 0.004 0.003 17 E 0.281 0.193 0.219 0.172 0.075 0.036 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 18 F 0.031 0.032 0.017 0.069 0.099 0.140 0.233 0.152 0.110 0.074 0.044 19 P 0.383 0.232 0.079 0.136 0.075 0.042 0.028 0.012 0.007 0.004 0.002 20 T 0.074 0.070 0.044 0.114 0.128 0.142 0.188 0.103 0.070 0.045 0.021 21 T 0.066 0.116 0.094 0.300 0.206 0.118 0.066 0.019 0.008 0.003 0.002 22 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.021 0.085 0.137 0.244 0.258 0.238 23 T 0.009 0.114 0.102 0.337 0.219 0.111 0.067 0.022 0.011 0.005 0.003 24 I 0.003 0.005 0.005 0.016 0.035 0.059 0.170 0.195 0.236 0.171 0.106 25 D 0.263 0.183 0.209 0.218 0.085 0.027 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 26 K 0.042 0.119 0.078 0.244 0.191 0.142 0.128 0.035 0.015 0.005 0.002 27 L 0.003 0.004 0.005 0.009 0.017 0.031 0.087 0.129 0.210 0.251 0.253 28 D 0.116 0.364 0.193 0.191 0.086 0.031 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 29 E 0.242 0.186 0.248 0.192 0.079 0.031 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 30 E 0.453 0.153 0.070 0.124 0.075 0.056 0.044 0.013 0.006 0.003 0.002 31 D 0.256 0.145 0.108 0.172 0.098 0.088 0.074 0.028 0.017 0.008 0.004 32 F 0.026 0.038 0.059 0.068 0.085 0.137 0.218 0.141 0.117 0.077 0.035 33 C 0.035 0.058 0.161 0.117 0.109 0.139 0.174 0.092 0.064 0.035 0.015 34 L 0.137 0.094 0.199 0.182 0.130 0.091 0.082 0.039 0.025 0.014 0.008 35 K 0.060 0.107 0.098 0.197 0.169 0.136 0.110 0.053 0.036 0.022 0.013 36 L 0.052 0.026 0.053 0.057 0.067 0.106 0.185 0.148 0.149 0.104 0.055 37 E 0.164 0.115 0.180 0.236 0.159 0.075 0.047 0.014 0.006 0.002 0.001 38 L 0.022 0.037 0.121 0.089 0.084 0.103 0.188 0.138 0.110 0.075 0.033 39 R 0.054 0.077 0.103 0.183 0.136 0.122 0.149 0.067 0.053 0.032 0.023 40 L 0.003 0.004 0.007 0.010 0.019 0.040 0.141 0.168 0.216 0.192 0.198 41 E 0.151 0.382 0.236 0.147 0.052 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 42 D 0.253 0.228 0.072 0.197 0.132 0.067 0.037 0.009 0.004 0.001 0.001 43 G 0.489 0.154 0.034 0.093 0.082 0.057 0.046 0.021 0.014 0.006 0.004 44 T 0.026 0.107 0.124 0.349 0.219 0.113 0.047 0.010 0.003 0.001 0.001 45 L 0.003 0.005 0.007 0.022 0.037 0.066 0.188 0.214 0.213 0.151 0.094 46 I 0.012 0.008 0.019 0.036 0.055 0.102 0.206 0.186 0.167 0.120 0.089 47 N 0.017 0.064 0.136 0.275 0.188 0.121 0.096 0.049 0.030 0.016 0.009 48 A 0.009 0.017 0.023 0.040 0.050 0.098 0.186 0.153 0.165 0.146 0.112 49 I 0.026 0.018 0.018 0.033 0.043 0.047 0.128 0.154 0.179 0.180 0.174 50 G 0.044 0.125 0.048 0.108 0.111 0.115 0.167 0.095 0.080 0.060 0.048 51 H 0.041 0.085 0.077 0.137 0.150 0.131 0.155 0.088 0.068 0.043 0.025 52 D 0.674 0.132 0.071 0.065 0.032 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 53 S 0.066 0.063 0.066 0.130 0.128 0.153 0.205 0.087 0.051 0.030 0.022 54 T 0.006 0.015 0.030 0.035 0.031 0.043 0.114 0.132 0.201 0.211 0.182 55 I 0.016 0.012 0.040 0.040 0.055 0.133 0.285 0.149 0.128 0.085 0.057 56 N 0.029 0.046 0.456 0.266 0.117 0.049 0.024 0.008 0.003 0.002 0.001 57 L 0.004 0.010 0.057 0.040 0.053 0.093 0.237 0.161 0.137 0.117 0.090 58 V 0.003 0.004 0.069 0.034 0.022 0.019 0.065 0.100 0.184 0.243 0.257 59 N 0.009 0.030 0.268 0.155 0.196 0.163 0.127 0.032 0.014 0.005 0.002 60 T 0.044 0.059 0.489 0.192 0.105 0.065 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 61 L 0.007 0.012 0.041 0.031 0.048 0.073 0.212 0.162 0.183 0.145 0.086 62 C 0.014 0.028 0.060 0.062 0.058 0.085 0.230 0.157 0.130 0.097 0.078 63 G 0.181 0.151 0.367 0.183 0.075 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 64 T 0.077 0.103 0.182 0.112 0.102 0.114 0.165 0.072 0.041 0.022 0.011 65 Q 0.257 0.282 0.223 0.156 0.051 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.013 0.015 0.028 0.025 0.037 0.059 0.166 0.123 0.194 0.182 0.157 67 Q 0.306 0.128 0.287 0.169 0.060 0.027 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 68 K 0.052 0.088 0.240 0.309 0.170 0.087 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 69 N 0.017 0.014 0.029 0.031 0.035 0.078 0.224 0.201 0.169 0.129 0.074 70 R 0.007 0.023 0.116 0.298 0.241 0.174 0.082 0.029 0.016 0.010 0.004 71 V 0.002 0.008 0.054 0.020 0.029 0.043 0.163 0.183 0.215 0.177 0.105 72 E 0.009 0.040 0.157 0.452 0.233 0.077 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 73 V 0.002 0.004 0.008 0.008 0.018 0.031 0.155 0.167 0.250 0.223 0.133 74 K 0.026 0.093 0.134 0.384 0.230 0.087 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 75 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.067 0.103 0.214 0.251 0.335 76 N 0.070 0.263 0.204 0.275 0.120 0.043 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 77 E 0.573 0.251 0.052 0.081 0.025 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.773 0.134 0.029 0.046 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 D 0.004 0.022 0.010 0.065 0.121 0.201 0.267 0.144 0.108 0.042 0.017 80 E 0.055 0.190 0.156 0.311 0.178 0.075 0.029 0.005 0.002 0.001 0.001 81 A 0.010 0.009 0.015 0.031 0.048 0.100 0.233 0.183 0.170 0.122 0.078 82 L 0.004 0.005 0.009 0.037 0.051 0.086 0.249 0.220 0.167 0.117 0.055 83 I 0.003 0.012 0.025 0.067 0.064 0.093 0.177 0.158 0.174 0.138 0.089 84 I 0.005 0.009 0.056 0.041 0.037 0.056 0.148 0.163 0.191 0.178 0.117 85 M 0.007 0.024 0.065 0.136 0.153 0.144 0.208 0.130 0.079 0.039 0.016 86 I 0.004 0.013 0.045 0.036 0.030 0.032 0.119 0.138 0.220 0.220 0.143 87 S 0.043 0.059 0.188 0.213 0.201 0.129 0.108 0.034 0.017 0.005 0.002 88 Q 0.091 0.108 0.267 0.235 0.125 0.081 0.061 0.020 0.008 0.003 0.001 89 R 0.030 0.069 0.115 0.147 0.137 0.126 0.158 0.097 0.065 0.040 0.016 90 L 0.039 0.040 0.080 0.075 0.071 0.089 0.181 0.134 0.135 0.091 0.065 91 E 0.075 0.057 0.206 0.142 0.149 0.125 0.136 0.058 0.031 0.015 0.006 92 E 0.039 0.063 0.132 0.144 0.119 0.130 0.182 0.093 0.055 0.031 0.013 93 G 0.109 0.071 0.102 0.145 0.125 0.091 0.110 0.088 0.076 0.057 0.026 94 K 0.067 0.092 0.093 0.131 0.137 0.139 0.163 0.075 0.051 0.034 0.017 95 V 0.023 0.029 0.101 0.076 0.078 0.091 0.192 0.135 0.140 0.092 0.044 96 L 0.004 0.009 0.017 0.023 0.055 0.086 0.227 0.195 0.165 0.133 0.085 97 S 0.011 0.444 0.220 0.182 0.070 0.030 0.023 0.010 0.005 0.003 0.002 98 D 0.217 0.171 0.105 0.212 0.187 0.074 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 99 K 0.963 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.010 0.051 0.061 0.281 0.216 0.190 0.148 0.029 0.010 0.003 0.001 101 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.106 0.169 0.263 0.245 0.192 102 K 0.005 0.017 0.270 0.311 0.206 0.132 0.044 0.009 0.003 0.001 0.001 103 D 0.009 0.043 0.702 0.160 0.057 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 104 M 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.051 0.225 0.206 0.203 0.167 0.123 105 Y 0.002 0.002 0.010 0.017 0.034 0.077 0.280 0.235 0.186 0.112 0.045 106 R 0.013 0.047 0.650 0.171 0.072 0.029 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.051 0.109 0.245 0.255 0.165 0.100 0.053 0.013 0.005 0.002 0.001 108 G 0.184 0.062 0.020 0.047 0.051 0.080 0.175 0.146 0.120 0.080 0.035 109 K 0.070 0.179 0.108 0.310 0.192 0.096 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 110 I 0.002 0.002 0.004 0.004 0.006 0.011 0.061 0.129 0.278 0.286 0.216 111 S 0.014 0.068 0.061 0.347 0.259 0.138 0.077 0.022 0.009 0.003 0.001 112 F 0.005 0.016 0.011 0.026 0.028 0.046 0.123 0.167 0.222 0.209 0.146 113 Y 0.009 0.015 0.021 0.080 0.110 0.155 0.202 0.161 0.143 0.069 0.036 114 E 0.022 0.039 0.038 0.095 0.091 0.104 0.202 0.158 0.132 0.080 0.040 115 V 0.013 0.026 0.026 0.086 0.079 0.073 0.125 0.150 0.177 0.155 0.088 116 W 0.027 0.051 0.028 0.132 0.171 0.158 0.169 0.116 0.088 0.041 0.019