# TARGET T0242 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0242.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.006 0.006 0.010 0.082 0.037 0.790 2 G 0.209 0.008 0.006 0.008 0.117 0.129 0.524 3 K 0.528 0.013 0.011 0.025 0.095 0.052 0.275 4 V 0.890 0.011 0.002 0.010 0.007 0.006 0.074 5 F 0.943 0.003 0.002 0.011 0.005 0.003 0.033 6 L 0.945 0.003 0.002 0.010 0.005 0.004 0.032 7 T 0.843 0.006 0.009 0.024 0.021 0.015 0.082 8 N 0.582 0.007 0.029 0.055 0.090 0.049 0.188 9 A 0.323 0.010 0.059 0.103 0.118 0.116 0.271 10 F 0.298 0.024 0.087 0.106 0.133 0.130 0.223 11 S 0.257 0.023 0.084 0.141 0.122 0.058 0.315 12 I 0.103 0.016 0.200 0.378 0.073 0.072 0.158 13 N 0.070 0.012 0.215 0.377 0.071 0.143 0.112 14 M 0.063 0.012 0.178 0.349 0.081 0.182 0.134 15 L 0.040 0.026 0.184 0.262 0.100 0.172 0.216 16 K 0.023 0.006 0.068 0.123 0.170 0.471 0.140 17 E 0.012 0.005 0.026 0.032 0.228 0.594 0.103 18 F 0.025 0.009 0.003 0.008 0.425 0.030 0.500 19 P 0.077 0.004 0.002 0.003 0.134 0.020 0.761 20 T 0.709 0.009 0.004 0.006 0.102 0.012 0.159 21 T 0.945 0.009 0.001 0.002 0.004 0.001 0.038 22 I 0.966 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.026 23 T 0.927 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.063 24 I 0.518 0.008 0.066 0.031 0.031 0.030 0.316 25 D 0.206 0.003 0.159 0.046 0.187 0.167 0.233 26 K 0.150 0.014 0.187 0.074 0.191 0.188 0.197 27 L 0.136 0.064 0.048 0.077 0.185 0.043 0.447 28 D 0.139 0.027 0.016 0.078 0.104 0.047 0.589 29 E 0.034 0.005 0.058 0.665 0.074 0.056 0.108 30 E 0.023 0.002 0.062 0.766 0.038 0.061 0.048 31 D 0.014 0.002 0.053 0.813 0.026 0.049 0.042 32 F 0.024 0.008 0.033 0.769 0.040 0.060 0.066 33 C 0.028 0.005 0.030 0.722 0.033 0.114 0.068 34 L 0.026 0.003 0.034 0.677 0.032 0.152 0.076 35 K 0.038 0.009 0.045 0.520 0.077 0.130 0.181 36 L 0.099 0.016 0.071 0.354 0.094 0.129 0.238 37 E 0.178 0.022 0.078 0.225 0.148 0.146 0.204 38 L 0.179 0.024 0.038 0.138 0.211 0.180 0.229 39 R 0.162 0.027 0.018 0.078 0.038 0.195 0.483 40 L 0.005 0.002 0.001 0.007 0.011 0.004 0.970 41 E 0.034 0.022 0.009 0.064 0.045 0.081 0.744 42 D 0.013 0.009 0.015 0.107 0.348 0.133 0.375 43 G 0.015 0.005 0.055 0.452 0.099 0.187 0.187 44 T 0.042 0.012 0.066 0.569 0.083 0.134 0.093 45 L 0.105 0.022 0.075 0.626 0.038 0.054 0.080 46 I 0.160 0.012 0.057 0.577 0.037 0.034 0.122 47 N 0.230 0.003 0.060 0.501 0.102 0.045 0.059 48 A 0.368 0.013 0.075 0.390 0.024 0.074 0.057 49 I 0.193 0.036 0.069 0.374 0.039 0.191 0.098 50 G 0.115 0.011 0.021 0.224 0.201 0.157 0.271 51 H 0.024 0.002 0.022 0.459 0.118 0.046 0.328 52 D 0.001 0.001 0.024 0.947 0.008 0.017 0.004 53 S 0.001 0.001 0.025 0.955 0.003 0.014 0.002 54 T 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.007 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 56 N 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 57 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 58 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.010 0.002 59 N 0.001 0.001 0.017 0.945 0.003 0.033 0.002 60 T 0.001 0.001 0.016 0.914 0.008 0.059 0.003 61 L 0.001 0.001 0.037 0.842 0.015 0.092 0.011 62 C 0.006 0.005 0.039 0.547 0.047 0.316 0.040 63 G 0.014 0.004 0.041 0.230 0.095 0.488 0.126 64 T 0.034 0.008 0.015 0.111 0.385 0.086 0.362 65 Q 0.159 0.026 0.007 0.044 0.112 0.056 0.596 66 L 0.210 0.020 0.022 0.076 0.097 0.040 0.536 67 Q 0.343 0.027 0.046 0.057 0.086 0.043 0.398 68 K 0.359 0.015 0.116 0.052 0.163 0.073 0.222 69 N 0.506 0.010 0.055 0.026 0.139 0.039 0.224 70 R 0.790 0.005 0.012 0.007 0.027 0.009 0.151 71 V 0.937 0.003 0.004 0.003 0.009 0.004 0.039 72 E 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 73 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 74 K 0.936 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 75 M 0.634 0.019 0.003 0.003 0.026 0.012 0.302 76 N 0.244 0.006 0.006 0.002 0.162 0.052 0.528 77 E 0.037 0.003 0.052 0.006 0.344 0.495 0.063 78 G 0.020 0.002 0.039 0.004 0.212 0.661 0.062 79 D 0.187 0.011 0.033 0.005 0.211 0.110 0.443 80 E 0.692 0.013 0.004 0.003 0.051 0.009 0.228 81 A 0.915 0.004 0.001 0.002 0.012 0.002 0.065 82 L 0.972 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.017 83 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 I 0.983 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 85 M 0.957 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.025 86 I 0.790 0.004 0.003 0.042 0.018 0.009 0.133 87 S 0.704 0.006 0.006 0.064 0.071 0.015 0.134 88 Q 0.539 0.011 0.013 0.159 0.071 0.036 0.172 89 R 0.320 0.024 0.029 0.252 0.099 0.081 0.195 90 L 0.157 0.014 0.055 0.390 0.099 0.160 0.125 91 E 0.065 0.006 0.053 0.401 0.126 0.238 0.111 92 E 0.013 0.002 0.029 0.215 0.076 0.616 0.049 93 G 0.026 0.004 0.019 0.046 0.172 0.541 0.193 94 K 0.161 0.021 0.021 0.040 0.122 0.050 0.585 95 V 0.347 0.092 0.013 0.031 0.084 0.025 0.408 96 L 0.112 0.024 0.006 0.022 0.159 0.023 0.653 97 S 0.040 0.007 0.001 0.020 0.087 0.006 0.840 98 D 0.001 0.001 0.010 0.952 0.007 0.021 0.009 99 K 0.001 0.001 0.014 0.958 0.005 0.017 0.005 100 E 0.001 0.001 0.014 0.964 0.003 0.013 0.004 101 I 0.002 0.001 0.005 0.980 0.004 0.005 0.004 102 K 0.011 0.001 0.004 0.968 0.003 0.008 0.006 103 D 0.009 0.001 0.006 0.957 0.003 0.019 0.005 104 M 0.020 0.001 0.007 0.933 0.011 0.015 0.014 105 Y 0.020 0.001 0.014 0.927 0.007 0.021 0.008 106 R 0.017 0.001 0.015 0.842 0.015 0.099 0.011 107 Q 0.005 0.001 0.010 0.294 0.066 0.605 0.020 108 G 0.007 0.001 0.003 0.020 0.120 0.786 0.063 109 K 0.168 0.009 0.004 0.005 0.133 0.088 0.594 110 I 0.657 0.008 0.002 0.002 0.027 0.006 0.297 111 S 0.814 0.008 0.002 0.002 0.018 0.003 0.153 112 F 0.898 0.002 0.002 0.001 0.012 0.003 0.082 113 Y 0.948 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.039 114 E 0.901 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.082 115 V 0.685 0.016 0.002 0.002 0.001 0.005 0.288 116 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997